Operació Judes és el criptònim que va rebre una operació de la Guàrdia Civil, sota la instrucció de l'Audiència Nacional espanyola, en la qual el 23 de setembre de 2019 es van detenir nou persones vinculades als Comitès de Defensa de la República (CDR) sota l'acusació de terrorisme. Set dels detinguts van ser tancats en situació de presó preventiva, a la presó de Soto del Real. Mesos més tard, el jutjat d'instrucció va incloure més persones investigades a la causa, dictant un acte de processament formal contra tretze activistes el setembre de 2021. Després de l'excarceració als tres mesos, el judici, fixat inicialment per l'1 d'abril de 2024 es va acabar suspenent a les portes de l'aprovació de la Llei d'Amnistia i a l'espera que els tribunals resolguessin les consultes judicials.
Detencions Les primeres investigacions es van iniciar un any abans de les detencions. Dos dels investigats i detinguts pertanyien al grup conegut com "els 9 de Lladoners" i ja estaven sent processats per aquells fets.
Les detencions van començar la matinada del 23 de setembre de 2019 quan uns 500 agents de la Guàrdia Civil, sota les ordres del Jutjat d'Instrucció número 6 de l'Audiència Nacional, es van desplegar simultàniament al Vallès Occidental (Sabadell, Cerdanyola del Vallès, Santa Perpètua de Mogoda), Vallès Oriental (Mollet del Vallès, Sant Fost de Campsentelles) i Osona (Sant Pere de Torelló, Gurb), on es van realitzar 10 escorcolls en domicilis i locals. Es van detenir 9 persones de les que dues van ser alliberades la mateixa tarda i la resta foren traslladades a Madrid per prestar declaració davant el jutge. Des del moment que es van realitzar les detencions, l'organització antirepressiva Alerta Solidària va engegar un comitè de suport per a donar suport als represaliats i les seves famílies, exigir la llibertat dels empresonats i esclarir les raons que hi havia al darrere d'aquell operatiu.
La fiscalia va emetre un comunicat on qualificava els detinguts com a «grup terrorista de caràcter secessionista» i que s'havia procedit a la seva detenció per «avortar el projecte que hauria pogut ocasionar danys irreparables» i els acusava de delictes de terrorisme, rebel·lió i tinença d'explosius.
Empresonament El dijous següent van prestar declaració davant el jutge de l'Audiència Nacional Manuel García-Castellón i aquest va decretar presó sense fiança comunicada per 7 de acusats, els va enviar a la presó de Soto del Real i va mantenir la causa sota secret de sumari. En canvi David Budria i Clara Borrero van restar en llibertat amb càrrecs, sent a partir d'aleshores molt actius en la defensa dels seus set companys empresonats.
Irregularitats del procés Els advocats dels acusats van denunciar des del primer moment diverses irregularitats en el procés, ja que alguns dels registres s'havien fet sense l'advocat defensor present, alguns dels acusats havien estat privats de son durant més de 24 hores, se'ls havia interrogat ininterrompudament durant més de 6 hores i sotmesos a coaccions i amenaces. Els advocats també van criticar que part del sumari, tot i ser secret s'havia filtrat a la premsa, inclús alguns vídeos de la declaració davant del jutge d'algun dels acusats, provocant així indefensió dels seus clients. Segons aquestes filtracions, part del pla dels acusats era un tancament indefinit al Parlament de Catalunya amb la connivència del President Quim Torra.
El 10 d'octubre, Alerta Solidària, col·lectiu responsable de la defensa política i jurídica, va publicar un comunicat notificant que dos dels set presos polítics es trobaven en règim d'aïllament FIES-3, aplicat a reclusos amb acusacions de terrorisme. Així mateix, el col·lectiu també va denunciar que els acusats es trobaven dispersats en mòduls separats.
El 21 d'octubre, Alerta Solidària de nou va denunciar públicament el maltractament psicològic, fins i tot físic, a la que s'estava sotmetent a un dels empresonats a Madrid. El pres va mostrar moltes llacunes durant l'interrogatori, fet que denota la possibilitat que l'haguessin arribat a drogar.
El 23 d'octubre, un mes després de les detencions, institucions penitenciàries va fer saber a Ferran Jolis, veí de Santa Perpètua de Mogoda empresonat arran de l'operació, que se li restringien les comunicacions per telèfon i els vis a vis, amb la seva parella i el seu pare durant tres mesos. Xavier Pellicer, portaveu d'Alerta Solidària, va manifestar en roda de premsa que aquesta sanció s'havia imposat «sense cap justificació» i «per intentar tapar totes les vulneracions que han patit», i que li semblava «molta casualitat» que s'hagués fet quan pare i parella havien «denunciat el tracte» del seu familiar davant dels mitjans de comunicació.
Filtracions a la premsa Paral·lelament, aquell mateix dia, el jutge Manuel García-Castellón va aixecar el secret de sumari. No obstant això, els advocats de les víctimes de l'operació policíaca van seguir sense poder tenir accés a la documentació mentre que, durant els primers dies després de les detencions, es van filtrar a la premsa detalls de la causa, fins al punt que van acabar sent les principals fonts per a la defensa dels advocats. En aquesta línia, van presentar un escrit davant de l'Audiència Nacional espanyola denunciant aquesta greu irregularitat. Tot i que la fiscalia del tribunal es va afegir al prec dels advocats, va estimar que la investigació havia de córrer a càrrec d'un jutjat d'instrucció madrileny. El 21 de novembre de 2019 es va fer saber que Juan Carlos Peinado, titular del jutjat d'instrucció número 41 de Madrid, citaria a declarar periodistes de vuit mitjans de comunicació (La Vanguardia, El Mundo, El País, ABC, Cadena SER, RTVE, El Confidencial i El Español) per un delicte de revelació de secrets en grau de cooperadors necessaris.
El 24 d'octubre, l'endemà de l'aixecament del secret de sumari, el diari ABC va publicar que un informe de la Guàrdia Civil constatava que els membres dels CDRs detinguts formaven part, presumptament, d'una «cèl·lula dorment», preparada per actuar tant punt se la requerís. Segons l'informe, els agents van trobar durant l'escorcoll una caixa amb boles de plom, similars a les que es van usar posteriorment als aldarulls de plaça d'Urquinaona de Barcelona, en resposta a la sentència del judici al procés independentista català. En cap cas hi constava mencionada la intervenció d'explosius, tal com van assenyalar diversos mitjans de comunicació i persones després de les detencions, com per exemple la portaveu de Ciutadans a Catalunya Lorena Roldán. L'informe també exposava com els agents van interceptar una conversa entre els detinguts i un interlocutor anomenat «Quim» per tractar el tema de la «pólvora». Finalment, el diari va remarcar en el seu article la forma d'actuar d'aquestes suposades cèl·lules dels CDRs, equiparable a la dels comandos legals d'Euskadi Ta Askatasuna formats per activistes sense antecedents.
Excarceració El 20 de novembre de 2019, la sala penal de l'Audiència Nacional va desestimar els recursos que els advocats d'Alerta Solidària, Eva Pous i David Aranda, van presentar contra el sistema de pressa de declaració davant de jutge que van realitzar Ferran Jolis i Jordi Ros, ja que no hi va veure «indefensió» ni vulneració de drets. A les dues interlocutòries presentades pel tribunal, es va manifestar que la mesura de presó preventiva era «proporcionada», així com «adequada i raonable», davant del risc de fuga, de destrucció i alteració de proves i de reiteració delictiva, i que hi havia «elements indiciaris suficients» sobre la «comissió de fets que presenten caràcter de delicte», tant en grau de participació com en comissió.
El 12 de desembre, la fiscalia de l'Audiència Nacional va canviar d'opinió respecte als empresonaments i, en conseqüència, va proposar al jutge que Eduard Garzón, Xavier Duch i Xavier Buigas quedessin en llibertat amb càrrecs i sota fiança de 9.000 euros cadascun. No obstant això, el 19 de novembre, la sala penal de l'Audiència Nacional ja havia anul·lat l'ordre de presó als tres encausats, a més d'un quart detingut, Alexis Codina, perquè considerava que la decisió d'empresonar-los, presa durant la vista, no s'havia informat als presos sobre els seus drets. Malgrat això, García Castellón va decidir mantenir-los igualment en presó preventiva. Les defenses dels encausat van considerar la mesura com «una nova maniobra per mantenir el segrest».
A partir del 20 de desembre es van anar decretant llibertat amb fiances d'entre 5.000 i 10.000 euros pels acusats, ja que segons la pròpia investigació qüestionava que les substàncies trobades es poguessin considerar explosius. El 26 de desembre de 2019 van ser alliberats Ferran Jolis i Alexis Codina, previ pagament d'una fiança de 5.000 euros i 10.000 euros, respectivament. El 10 de gener de 2020, van ser alliberats amb càrrecs sota fiança els dos últims detinguts, Jordi Ros i Germinal Tomàs. Ambdós van poder sortir de la presó de Soto del Real després de pagar una fiança de 30.000 i 15.000 euros, respectivament.
Judici El 21 d'octubre de 2022, el magistrat Manuel García-Castellón va tancar el sumari només dues setmanes després que es facilitessin les diligències secretes a la defensa, fet que va generar una situació d'indefensió denunciada per Alerta Solidària, especialment després que el jutge d'instrucció del cas dictaminés fins a onze resolucions que ordenaven el seu lliurament en pro d'una tutela judicial efectiva.
Es va citar a l'Audiència Nacional espanyola a tretze encausats: Ferran Jolis, Jordi Ros, Germinal Tomàs, Edu Garzón, Alexis Codina, Xavier Buigas, Clara Borredo i David Budria, acusats de «pertinença a organització terrorista» i «fabricació i tinença d'explosius de caràcter terrorista», així com a Esther Canet, Sonia Pasqual, Rafael Delgado i Queralt Casoliva per «pertinença a organització terrorista». Dels tretze acusats inicials, finalment en van ser dotze ja que Xavier Duch va quedar exonerat del procés penal per motius de salut. Per a la resta, les penes de presó sol·licitades poden arribar als 27 anys de presó malgrat que la Guàrdia Civil no va trobar cap mena d'explosius en possessió.
Querella contra la Guàrdia Civil Just un any exacte després de les detencions, el jutjat d'instrucció de Sabadell va admetre a tràmit la querella interposada per Jordi Ros contra la Guàrdia Civil i va decidir obrir diligències d'investigació. L'acció penal posava en coneixement de les autoritats judicials les múltiples irregularitats comeses durant els escorcolls domiciliaris, les coaccions i amenaces i la impossibilitat d'accedir a l'assistència d'un advocat tant punt va ser detingut. Així mateix, el magistrat del jutjat va decidir procedir amb les investigacions per a identificar i fer declarar com a investigats a tots els agents del cos armat que van participar en l'operatiu, així com la declaració de la lletrada del jutjat de Sabadell present als escorcolls domicialiaris.