náhled|Reliéf Madagaskaru Ekoregiony Madagaskaru podle definice Světového fondu na ochranu přírody zahrnují sedm suchozemských, pět sladkovodních a dva mořské ekoregiony. Rozmanitá přírodní stanoviště na Madagaskaru ukrývají bohatou faunu a flóru s vysokým stupněm endemismu, ale většina ekoregionů trpí úbytkem stanovišť.
Terestické regiony Opadavé suché lesy (Madagascar dry deciduous forests, AT0202) Horské mezofilní lesy (Madagascar subhumid forests, AT0118) Horské erikoidní křoviny (Madagascar ericoid thickets, AT1011) Tropické vlhké lesy (Madagascar humid forests, též Madagascar lowland forests, AT0117) Sukulentní suché lesy (Madagascar succulent woodlands, AT1312) Trnité suché lesy (Madagascar spiny forests, též Madagascar spiny thickets, AT1311) Mangrovy (Madagascar mangroves, AT1404) Mnohé z nich jsou pro svůj mimořádný biologický význam a množství endemitních rostlinných i živočišných druhů zařazeny na seznam nejcennějších světových ekoregionů Global 200 Světového fondu na ochranu přírody.
Opadavé suché lesy náhled|Schéma původního rozšíření opadavých suchých lesů na Madagaskaru Madagaskarské tropické suché opadavé lesy představují jedny z druhově nejbohatších porostů tohoto typu na světě. Je zde vysoký podíl endemismu, a to na úrovni druhů, rodů i čeledí. Absolutní počet druhů je sice nižší než např. v tropických deštných lesích východní části ostrova, mírou endemismu je však přesahují. Ekoregion se rozkládá v nadmořských výškách do 600 metrů. Skládá ze 2 oddělených celků, z nichž jeden se nachází ve středozápadní části a druhý v severní části ostrova. Na jihozápadě volně přechází v sukulentní suché lesy, na severu a východě v horské mezofilní lesy. Klima je tropické, charakterizované poměrně dlouhým obdobím sucha daným srážkovým stínem. Celkový roční úhrn srážek je od 1000 do 1500 mm, období dešťů trvá od října do dubna. Průměrné denní teploty se pohybují mezi 30 a 33 °C. Geologie je poměrně pestrá, tvořená vyvřelinami, nezpevněnými písky i druhohorními a třetihorními vápenci. Nacházejí se zde i rozlehlejší vápencové masívy (Ankarana, Namoroka a Bemaraha) a na severu vulkanický kužel hory Montagne d'Ambre. V některých oblastech s vápencovým podložím se nacházejí bizarně formované krasové jevy, známé pod místním názvem tsingy.
Porosty dřevin dosahují na úživných půdách výšky až 15 metrů, na písčitých půdách od 10 do 12 metrů. Lesy na vápencových útesech a půdách bývají zakrslé, což je dáno propustností podloží a s ní souvisejícím nedostatkem vláhy. Ve stromovém patru převládají zástupci čeledí bobovité, trubačovité, pryšcovité, mýdelníkovité a ledvinovníkovité. V keřovém patře dominují toješťovité liány a keře z čeledí bobovité a mořenovité. Bylinný podrost bývá chudý. Mezi výrazné složky stromové vegetace náležejí zejména baobaby a delonix královská, na bazičtějších půdách také různé druhy rodu pachypodium. V krasových oblastech mezi stromy dominují dalbergie, kasie, fíkovníky a baobab Adansonia madagascariensis. Řada druhů stromů či lián mívá ztlustlé kmeny, patří mezi ně zejména baobaby, moringy, Delonix hildebrandtii a pachypodia. Krasové oblasti jsou bohaté na sukulenty. Rostou zde pachypodia, sukulentní pryšce (Euphorbia ankarensis, E. pachypodioides, E. neohumbertii), adénie Adenia neohumbertii aj. Sukulence se týká převážně stonků, rostliny se sukulentními listy se vyskytují výjimečně.
Současná rozloha suchých opadavých lesů činí na Madagaskaru asi 12000 až 20000 km2 a jsou fragmentovány do menších celků. Na většině své rozlohy byly vykáceny a nahradila je travinná savanová vegetace s velkým zastoupením nepůvodních druhů. Tyto druhotné porosty se označují jako savoka. Zachovalé suché lesy jsou chráněny v národních parcích Ankarafantsika a Montagne d'Ambre a v přírodních rezervacích Ankarana, Tsingy de Bemaraha,Světové dědictví UNESCO „Suché lesy Andrefana“. Tsingy de Namoroka, Analamerana, Bemarivo, Maningozo, Ambohijanahary, Manongarivo a Bora.
Horské mezofilní lesy náhled|Schéma původního rozšíření horských mezofilních lesů na Madagaskaru
Horské mezofilní lesy představují vegetačně poněkud různorodý ekoregion, rozkládající se ve vyšších nadmořských výškách v rozpětí od 600 až 800 do 2000 až 2500 metrů. Roční srážky se v oblasti pohybují od 600 až do 2000 mm, většinou okolo 1500 mm. Období od července do září je chladnější a sušší, zbytek roku je teplý a vlhký.
Zachovalé porosty tohoto typu se nacházejí zejména v regionu Sambirano na severozápadě ostrova, ve vysočině severního Madagaskaru a na hoře Montagne d’Ambre. Roztroušené fragmenty jsou i ve vysočině středního Madagaskaru. Součástí ekoregionu jsou i jezera a bažinaté oblasti. V geologickém podloží převažují vyvřeliny prekambrijského stáří. Na východě ekoregion přechází v nadm. výškách okolo 800 metrů ve tropické vlhké lesy, na západě v asi 600 metrech v opadavé suché či sukulentní suché lesy. Řadí se k němu i některé odloučené oblasti, např. Montagne d’Ambre na nejsevernějším Madagaskaru.
Většina porostů tohoto druhu již byla vymýcena a nahrazují je druhotné, druhově chudé travní porosty s nepůvodními druhy trav, případně plantáže. Mezi dřevinami v těchto druhotných porostech převažují rovněž nepůvodní blahovičníky a akácie. Porosty které se dochovaly jsou silně fragmentované. Jsou chráněny v národních parcích Isalo, Montagne d'Ambre, Marojejy, Andohahela a Andringitra a v přírodních rezervacích Lokobe, Ankarana, Tsaratanana a Anjanaharibe-Sud.
Tvrdolisté horské lesy Ve středojižní části centrální madagaskarské vysočiny se místy dochoval specifický ekosystém řídkých tvrdolistých stálezelených lesů, označovaných jako tapia forests. Byl pojmenován podle místního názvu charakteristické složky, stromu Uapaca bojeri z čeledi smuteňovité. Další charakteristickou složkou stromového patra je rod Sarcolaena z endemické čeledi Sarcolaenaceae. V keřovém patru dominují hvězdnicovité, mořenovité a bobovité. Ze sukulentů zde rostou např. některé endemické druhy aloe a kalanchoe. V některých oblastech roste také význačná endemická palma Bismarckia nobilis a "palma poutníků", ravenala madagaskarská z čeledi strelíciovité.
Horské tvrdolisté lesy odlišného charakteru se nacházejí v nejvyšších polohách tohoto ekoregionu. Dominují v nich zástupci čeledí nohoplodovité, kunoniovité, vřesovcovité a pandánovité. Větve a kmeny jsou pokryté mechy, lišejníky a epifyty. Na ně pak v nejvyšších pohořích navazují horské erikoidní křoviny, představující samostatný ekoregion.
Horské erikoidní křoviny náhled|Schéma původního rozšíření horských erikoidních křovin na Madagaskaru
V nejvyšších polohách madagaskarských pohoří Tsaratanana, Marojejy, Ankaratra a Andringitra se nacházejí porosty drobnolistých, erikoidních keřů. Navazují v nadmořských výškách asi 2000 až 2500 metrů na horské tvrdolisté lesy, které jsou řazeny k ekoregionu horské mezofilní lesy. Porosty erikoidních keřů zabírají plochu jen okolo 130000 hektarů a dosud jsou poměrně málo prozkoumané.
Klima se vyznačuje denním i sezónním kolísáním teplot. Maximální denní teploty dosahují 30 °C, minimální klesají i pod bod mrazu. Roční úhrn srážek přesahuje na východních svazích 2500 mm, ve srážkovém stínu západních svahů je nižší. Půdy jsou mělké a živinami chudé, podloží tvoří vyvřelé a metamorfované horniny. V keřovém patře dominují zástupci vřesovcovitých (vřesovce, brusnice, Agauria), hvězdnicovitých (smily, Psiadia, Stoebe) a mořenovitých, dále nohoplody a fyliky. Hojné jsou různé druhy mechů a lišejníků. Ve zrašelinělých terénních sníženinách rostou četné endemické druhy. Na skalních výchozech se nachází suchomilná vegetace, zastoupená zejména různými druhy kalanchoe, aloe a smilu.
Tento ekoregion je chráněn v národních parcích Marojejy a Andringitra a v přírodní rezervaci Tsaratanana. Je ohrožen zejména požáry vegetace, v některých oblastech i rozšiřováním horských pastvin.
Tropické vlhké lesy náhled|Schéma původního rozšíření tropických vlhkých lesů na Madagaskaru Vlhké lesy se na Madagaskaru nacházejí ve východní části ostrova na pobřežních planinách a horských svazích. Představují významné ohnisko endemismu a jsou řazeny mezi nejohroženější ekoregiony světa. Na severu přecházejí s nižší nadmořskou výškou do suchých opadavých lesů, na jihu v trnité suché lesy. Definice tohoto ekoregionu není zcela jednotná. V materiálech WWF jsou sem řazeny pouze nížinné a nižší horské lesy do nadmořských výšek okolo 800 metrů, kde na ně navazují horské mezofilní lesy. V jiných zdrojích (např. ) jsou sem přiřazeny i vlhčí horské lesy vyšších poloh východních svahů až po horské hřebeny v nadm. výškách okolo 1200 až 1600 metrů, které jsou v současném pojetí součástí zmíněných horských mezofilních lesů.
Klima je charakterizováno ročním úhrnem srážek nad 2000 mm (místy až 6000 mm). Období od května do září představuje sušší periodu. Období sucha nepřesahuje 2 měsíce. Vláha přichází z východního směru od moře, úroveň mraků je ve výškách od 900 do 1200 metrů. Ve vlhkém období se mezi listopadem a březnem někdy objevují cyklony. Geologický podklad je poměrně homogenní, tvořený magmatickými a metamorfovanými horninami. Při východním pobřeží se nacházejí i vulkanické horniny a nezpevněné písky.
Korunní patro nížinného deštného lesa dosahuje výšek okolo 30 metrů. Charakteristické dřeviny těchto lesů jsou např. tomely, obaleně, dalbergie, rod Symphonia z čeledi klusiovité a Tambourissa z čeledi Monimiaceae. Roztroušeně se vyskytují emergentní stromy, mezi něž náleží zejména albízie, kanárníky a Brochoneura acuminata z čeledi březulovité. Je zde poměrně vysoké zastoupení palem, pandánů, bambusovitých trav a stromovitých kapradin. V porovnání s tropickými deštnými lesy jiných částí světa jsou porosty poměrně nízké, s malým zastoupením robustních stromů, a vyskytuje se v nich jen málo velkolistých jednoděložných rostlin. V horských lesích středních poloh je korunní patro nižší, v rozmezí od 20 do 25 metrů. Druhy charakteristické i pro nížinný les se zde mísí s dřevinami význačnými pro lesy vyšších poloh, jako jsou šeflery nebo rod Weinmannia z čeledi kunoniovité. V keřovém a bylinném patře dominují zástupci hvězdnicovitých, mořenovitých a prvosenkovitých. Vyskytuje se zde také řada druhů pandánů, bambusovité trávy a epifyty. Zachovalé porosty jsou chráněny v národních parcích Mantadia, MarojejyOd roku 2007 součást světového přírodního dědictví UNESCO pod společnou položkou „Deštné lesy Atsinanana“., Ranomafana a Andohahela a v přírodních rezervacích Périnet Analamozaotra, Mananara Nord a Anjanaharibe-Sud.
Sukulentní suché lesy náhled|Schéma původního rozšíření sukulentních suchých lesů na Madagaskaru
Tento ekoregion představuje přechodový ekosystém mezi opadavými suchými lesy a trnitými suchými lesy. Nachází se v západní a jihozápadní části ostrova. Na východě přechází v nadm. výškách asi 600 až 800 metrů v horské mezofilní lesy. Klima je tropické, s výrazným suchým obdobím trvajícím od května do října. Roční srážky jsou v rozpětí od 575 do 1330 mm. Průměrná denní teplota je 25 až 31 °C. Půdy jsou převážně písčité, podél říčních toků úživnější. Geologické podloží tvoří ve vnitrozemí zejména třetihorní vápence a pískovce, na jihu také hlubinné vyvřeliny a metamorfity. Při pobřeží jsou nezpevněné písky.