SARS-CoV-2 je taxonomický ráz či vnitrodruhový klad virového druhu s mezinárodním taxonomickým názvem Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus, binominálně Betacoronavirus pandemicum. Jedná se o RNA koronavirus, který způsobuje onemocnění covid-19, jež bylo poprvé pozorováno na konci roku 2019 v čínském městě Wu-chan. Nyní je osmým známým lidským koronavirem. Sekvenční analýza odhalila, že patří do stejného druhu jako SARS-CoV, tedy virus způsobující nemoc SARS. Od SARS-CoV se nový virus liší v sekvenci některých virových proteinů, které potlačují antivirovou imunitu a aktivují inflamazóm.
Nákaza covidem-19 se začátkem roku 2020 masově rozšířila na všechny obydlené kontinenty a 11. března 2020 byla Světovou zdravotnickou organizací označena za pandemii. Onemocnění se objevilo v 220 zemích světa, včetně České republiky. Do bylo v zemích celkem potvrzeno případů, z toho úmrtí, připisovaných covidu-19. Ke stejnému dni bylo podáno dávek vakcíny.
Epidemiologie náhled|Vzorky odebrané z Rhinolophus sinicus, druhu netopýrů, vykazují 80% podobnost s SARS-CoV-2 náhled|3D animace koronaviru
Dne 31. prosince 2019 městská zdravotnická komise ve Wu-chanu oznámila, že ve městě se vyskytlo množství pacientů s příznaky pneumonie neznámého původu. Část pacientů byli prodejci a obchodníci na místním trhu s živými zvířaty a mořskými produkty z jižní Číny, kde syrové maso určené ke konzumaci přicházelo do styku s živými zvířaty. Jako jeden z možných mezihostitelů nebo zdroj komplementárního viru byli zvažováni luskouni, ale pozdější zkoumání tuto teorii jednoznačně vyvrátilo.
Po provedení krevních testů a výtěrů z krku u 15 pacientů bylo oznámeno, že se jedná o nový typ koronaviru, což o dva dny později potvrdila Světová zdravotnická organizace. Poté, co onemocnělo několik členů zdravotnického personálu, který se podílel na péči o nakažené, vyšlo najevo, že virus je přenosný z člověka na člověka. Byl také zveřejněn genom viru, který je nyní dostupný skrze Evropský globální katalog pro archivaci virů a genový archiv NCBI.
Z Wu-chanu se virem způsobená choroba, nazvaná covid-19, šířila nejprve po dalších čínských městech. První případ nákazy mimo území Číny byl zaznamenán v Thajsku. Nakažené později ohlásily mimo jiné Japonsko, Tchaj-wan, USA či Singapur. Počet nakažených rychle narůstá. V lednu 2020 se covid-19 rozšířil i do zbývajících obydlených kontinentů včetně Evropy. V Česku byla nákaza potvrzena dne 1. března 2020.
Dne 30. ledna 2020 byl Světovou zdravotnickou organizací vyhlášen globální stav zdravotní nouze. Dne 11. března 2020 bylo rozšíření covidu-19 Světovou zdravotnickou organizací označeno za pandemii.
Původ viru Podle oficiální čínské verze byla zdrojem pandemie tržnice Chua-nan prodávající živá zvířata ve Wu-chanu, ale i po déle než 17 měsících od počátku pandemie není původ viru dostatečně vysvětlen a únik z laboratoře zůstává pravděpodobnou variantou, která by se měla prošetřit. Trh se zvířaty mohl být pouze sekundárním ohniskem, kam nákazu zanesli infikovaní lidé. Čína i v říjnu 2022 brání vyšetřování původu viru a nezávislí výzkumníci nedostali možnost prohlédnout laboratorní zápisníky, databáze, záznamy elektronické pošty a vzorky.
Porovnáním publikovaných sekvencí SARS-CoV-2 z počátku pandemie s frekvencí mutací viru byl odvozen společný předek těchto variant, který se začal exponenciálně šířit už v listopadu 2019. Fylogeneze viru rovněž jednoznačně vyloučila luskouny jako mezihostitele. Na konci října 2022 byla veřejně uvolněna studie, která na základě statistické analýzy naznačuje umělý původ viru, avšak neprošla ještě recenzním řízením. Podobně silné argumenty hájí přírodní původ viru. Dne 31. října 2022 byla agenturou Bloomberg zveřejněna zpráva Senátu USA, podle které na základě posledních výzkumů již nelze hypotézu o přirozeném zoonotickém původu považovat za správnou, a proto byla pandemie viru covid-19 s největší pravděpodobností výsledkem incidentu souvisejícího s výzkumem. K podobnému závěru došli i čeští vědci Zdeněk Hostomský a Roman Prymula.Jan Menšík, Koronavirus zřejmě opravdu unikl z laboratoře, tvrdí Hostomský s Prymulou, Novinky.cz, 15.1.2023
Na druhou stranu, dvě vzájemně se doplňující veřejně dostupné studie publikované r. 2022 v prestižním vědeckém časopise Science naznačují na základě fylogenetických studií virových genomů a na základě podrobné statistické analýzy geografických dat, že právě tržnice Chua-nan byla nejspíše skutečně primárním epicentrem nákazy a zároveň i místem, kde došlo ke dvojímu přenosu viru ze zvířat na člověka: nejprve podle všeho došlo k nákaze významnou linií B během listopadu 2019 a o několik týdnů později i linií A; zvířata vnímavá k viru SARS-CoV-2, která mohla být přímým zdrojem nákazy, se na tržnici prodávala. Tyto studie zpochybňují hypotézu o laboratorním původu viru, ačkoli je již přesný sled událostí možné jen obtížně (pokud vůbec) rekonstruovat. Podobné závěry podporující spíše přirozený původ viru a naopak zpochybňující některé argumenty ve prospěch jeho laboratorního původu (např. údajně umělé modifikace genu pro spike protein) byly publikovány i v dalších významných odborných časopisech věnovaných přírodním vědám.
Největší koncentrace viru SARS-CoV-2 na tržnici Chua-nan byla zaznamenána u jednoho z konkrétních stánků, který prodával nedomestikovaná zvířata. Ve vzorcích pozitivních na výskyt viru z tohoto stánku byly nalezeny také stopy DNA několika zvířat, přičemž z těchto zvířat byl u oviječe maskovaného, psíka mývalovitého, hlodounů z čeledi slepcovitých a dikobraze krátkoocasého v minulosti zaznamenán přenos koronavirů z netopýrů. K přenosu na člověka pravděpodobně došlo na tržnici Chua-nan z některého z těchto druhů v průběhu listopadu 2019.
Obecná epidemiologická rizika Vědci již dříve varovali, že trhy, na nichž se prodávají zvířata odchycená v přírodě, jmenovitě netopýři, jsou potenciálním zdrojem infekce. Čínští vědci, kteří po pět let zkoumali netopýry v provincii Yunnan, sekvenovali 11 nově objevených kmenů netopýřích SARSr-CoV, z nichž některé se díky mutaci v S-proteinu byly schopné vázat na ACE2 receptor lidských buněk. Z fekálií netopýrů byl izolován kmen koronaviru Rs3367 schopný vazby na ACE2 receptor několika druhů zvířat a reprodukující se in vitro v kultuře Vero E6 buněk z opičích ledvin.
Výzkum koronavirů, které mají schopnost vyvolat infekční onemocnění lidí, je považován za vysoce rizikový a vyžaduje laboratoř s nejvyšším stupněm zabezpečení (biohazard s certifikací BSL-4). V USA byla již roku 2014 zrušena podpora výzkumu, kterým jsou transformovány viry k získání nových vlastností, které by mohly být potenciálně nebezpečné (označované jako „gain-of-function“), např. schopnosti přenosu mezi lidmi. Přesto byl s povolením NIH (US National Institutes of Health) ještě v následujícím roce na University of North Carolina at Chapel Hill dokončen pokus, kdy vědci vytvořili chiméru koronaviru netopýra (SHC014) s virem SARS, která byla schopna infikovat lidské plicní buňky in vitro. Tento typ experimentů byl kritizován ve vědecké komunitě, protože riziko úniku takového viru z laboratoře převažuje nad potenciálním vědeckým přínosem. Obhájci argumentovali tím, že virus byl takto předefinován z kategorie „možný patogen“ do kategorie „jasné a přítomné nebezpečí“. Autoři virové chiméry připojili v březnu 2020 prohlášení, že jejich článek byl užit jako důkaz pro neověřené teorie, že covid-19 byl uměle vytvořen.
Šíření viru náhled|Zdravotníci v ochranných oblecích ošetřující pacienta s covidem-19, nemocnice Karlovy Vary. Virus SARS-CoV-2 se šíří vzájemným kontaktem. Primárně pomocí infikovaných kapének, které nakažený vylučuje při kašli, kýchání nebo mluvení. Tyto infikované kapénky se mohou šířit až na vzdálenost dvou metrů. Lidé se mohou nakazit jejich vdechnutím nebo přenesením viru v kapénce z nějakého povrchu na obličej (typicky při doteku úst, nosu nebo očí). Zatím není zcela jasné, jak dlouho virus přežívá mimo lidské tělo.
Inkubační doba se pohybuje mezi 1 až 14 dny, nicméně obvyklá doba od setkání se s nakaženým do prvních příznaků je 5–6 dní. Podle dat Světové zdravotnické organizace je základní reprodukční číslo (R0 – očekávaný počet nových nemocných, které nakazí jeden člověk v populaci, kde mohou být nakaženi všichni jedinci) 2–3. Nicméně mezinárodní vědecký tým, který analyzoval 140 případů onemocnění napříč Čínou zjistil, že hodnota R0 je 5,7 (medián, 95% CI 3.8–8.9).
Ultrafialové záření podle výzkumů Harvardovy univerzity stojí za snižováním šíření tohoto viru, nicméně si nejsou jistí, jakým způsobem se tak děje. Jako možné varianty uvádějí, že UV záření může ničit samotný virus na površích a v aerosolech nebo například to, že lidé chodí v létě více ven, kde se virus tak snadno nešíří. Další možností např. je, že lidský organismus v létě vlivem UV záření produkuje více vitaminu D, podporující imunitu. Dále uvádějí, že je nepravděpodobné, že UV záření bez dalších přísných opatření dokáže zabránit šíření wuchanského koronaviru. Mezi šířením SARS-CoV-2 a hladinou UV záření tak existuje korelace, přímá kauzalita však v článku potvrzena nebyla. UVC složka záření se průmyslově používá k dezinfekci. UVB má vliv na ničení virů SARS-CoV-2, ale patrně je zde i podíl záření UVA.
Příznaky nakažení jazyk=cs|náhled|Symptomy virové choroby covid-19.
Mezi příznaky nakažení patří suchý kašel, dušnost, únava a horečka. Životní funkce přijímaných pacientů byly obvykle stabilní. Závažnější případy mohou vést k zápalu plic, selhání ledvin a smrti. Symptomy většinou přicházejí postupně a zhruba 80 % nemocných se uzdraví bez nutnosti hospitalizace. U zbývajících 20 % nakažených má nemoc vážný průběh a nemocným se hůře dýchá (část z nich musí být připojena na ventilátor nebo ECMO).
Čínští vědci popsali obvyklý průběh nemoci u hospitalizovaných pacientů. Celkem zkoumali onemocnění u 138 pacientů – 26 % z nich bylo hospitalizováno na jednotce intenzivní péče a smrtnost byla 4,3 %. První symptomy byly horečka, únava, bolest svalů. Po pěti dnech (medián, IQR 1–10) od prvních symptomů se u pacientů začala projevovat dušnost. Sedmý den (medián, IQR 4–7) po propuknutí prvních příznaků byli nemocní hospitalizovaní. Syndrom akutní dechové tísně se projevil osmý den po propuknutí prvních příznaků (medián, IQR 6–12). Přesun na jednotku intenzivní péče potřebovali pacienti desátý den od propuknutí prvních příznaků (medián, IQR 6–12). Lidé, kteří se uzdravili byli z nemocnice propuštěni sedmnáctý den.
Průběh onemocnění a jeho závažnost záleží i na celkovém zdravotním a tělesném stavu nemocného. U lidí starších 65 let a lidí s vyšším krevním tlakem, problémy se srdcem nebo plícemi, lidí s cukrovkou nebo nádorovými onemocněními a obecně lidí se suprimovaným imunitním systémem je vyšší riziko vážného průběhu nemoci covid-19.
Přítomnost viru v tělesných orgánech U příbuzného viru SARS-CoV, který způsobil epidemii v letech 2002–2004, byla zkoumána jeho distribuce v orgánech zemřelých pacientů pomocí myší monoklonální protilátky proti nukleoproteinu viru a histochemickou reakcí nebo in situ hybridizací s fragmentem RNA virové RNA-polymerázy. Bylo zjištěno, že virus se nachází v plicích, trachei a bronchech, žaludku, tenkém střevě, distálním tubulu ledvin, potní žláze, příštítné žláze, hypofýze, pankreasu, játrech, nadledvině a v mozku. Nebyl nalezen v jícnu, slezině, mízních uzlinách, kostní dřeni, srdci, aortě, mozečku, štítné žláze, pohlavních orgánech a svalech. Studie významně přispěla k objasnění mechanismu přenosu viru, když prokázala, že může být vylučován i močí, výkaly nebo potem. Předběžné výsledky potvrdily vylučování viru anální cestou v pozdních fázích léčení a u 23% pacientů dokonce i po negativních testech na přítomnost viru v plicích také u SARS-CoV-2.
Fyziologické indikátory