Pražskou II. třídu (jednu ze skupin 8. nejvyšší fotbalové soutěže) hrálo v sezóně 2003/2004 48 klubů ve čtyřech skupinách. Vítězství ve skupinách a postup si zajistily týmy TJ Sokol Řepy, 1. FC Prosex Praha, ČAFC Praha „B“ a TJ Kyje „B“. Do III. třídy sestoupil z každé ze skupin poslední tým – TJ Tatran Střešovice, Sokol Vinoř, TJ Pankrác a TJ Točná a nejhorší z týmů na předposledním místě AFK Záběhlice.
Systém soutěže Kluby se střetly v soutěži každý s každým dvoukolovým systémem podzim–jaro, hrály tedy 22 kol.
Výsledná tabulka - skupina A
Výsledná tabulka - skupina B
Výsledná tabulka - skupina C
Výsledná tabulka - skupina D
Poznámky: Z = Odehrané zápasy; V = Vítězství; R = Remízy; P = Prohry; VG = Vstřelené góly; OG = Obdržené góly; B = Body; (S) = Mužstvo sestoupivší z vyšší soutěže; (N) = Mužstvo postoupivší z nižší soutěže (nováček)
Postup do Pražské I. B třídy 2004/2005 Sestup do příslušné III. třídy
Literatura Kamil Popelář, Martin Werner: Fotbal 2003–2004 Velká ročenka českého a světového fotbalu
2003/2004 Pražská II. třída Pražská II. třída