I. A třídu Středočeského kraje (jednu ze skupin 6. nejvyšší fotbalové soutěže) hrálo v sezóně 1998/1999 28 klubů ve dvou skupinách. Vítězem ve svých skupinách se stala mužstva FK Votice a TJ Sokol Libiš.
Systém soutěže Kluby se střetly v soutěži každý s každým dvoukolovým systémem podzim–jaro, hrály tedy 26 kol. Vítězové skupin mají právo postupu do krajského přeboru.
Nové týmy v sezoně 1998/1999 Z Krajského přeboru sestoupilo mužstvo FC PANOKO Brandýs n.L.. Z I. B třídy postoupila všechna vítězná mužstva: SK Hořovice, TJ Areo Odolena Voda, FK Libodřice, SK Slavia Jesenice a také nejlepší tým ze druhých míst - FK Dobrovice.
Konečná tabulka - skupina A
Konečná tabulka - skupina B
Poznámky: Z = Odehrané zápasy; V = Vítězství; R = Remízy; P = Prohry; VG = Vstřelené góly; OG = Obdržené góly; B = Body;
Postup do Středočeského krajského přeboru Sestup do příslušné I. B třídy Středočeského kraje
Externí odkazy SK Benátky - Kroniky - 1987-2000
1998/1999 I. A třída Středočeského kraje I. A třída Středočeského kraje