náhled|Trasy vyznačené na nábřeží Kapitána Jaroše u Hlávkova mostu. Cyklistické trasy v Praze začaly být systematicky vyznačovány v druhé polovině 90. let 20. století (souběžně docházelo i k budování a rozvoji sdílených stezek pro chodce a cyklisty). V roce 1993 schválila Rada hlavního města Prahy Koncepci základního systému cyklistických tras (usnesení č. 323 ze 14. 3. 1993). Ta zahrnovala 400 km páteřních cyklotras, které měly být vybudovány do roku 2000. Na tuto koncepci navázal územní plán Prahy z roku 1999, usnesení Rady HMP z července 2003 a Koncepce dopravy hl. m. Prahy přijatá zastupitelstvem města v roce 1996.
V roce 2023 bylo v Praze celkem 549 km značených cyklotras, z toho 248 km jich bylo částečně chráněných, jako například sdílená stezka. K roku 2017 stezky pro cyklisty v Praze nebyly. Nacházelo se zde také 47,5 km vyhrazených cyklopruhů. Podíl cyklistické dopravy v Praze byl 1,5 %.
Seznam cyktoras Levý břeh: A1: Vltava, levobřežní trasa, na jih pokračuje podle Berounky A0: část Pražského kola, Zbraslav–Lipence, na jihozápad pokračuje k Berounu A101:Zbraslav–Lahovice A11: Radotínský potok (Zbraslav, Peluněk–Radotín–Zadní Kopanina–Řeporyje) A111: Radotín–Malá Chuchle podél železnice A112: Velká Chuchle–Chuchelský háj–sídliště Barrandov–Prokopské údolí A113: Cementárna Radotín–sídl. Barrandov, Pražská čtvrť A114: sídliště Barrandov–staré Hlubočepy (plánována od června 2007) A12: Prokopské údolí (Hlubočepy–Řeporyje–Jinočany, dále směr Loděnice) A121 + A131 + A141 Zlíchov–Smíchov–Malá Strana ve stávající trase po Nádražní a Štefánikově ulici (cyklotrasa A1 bude vedena v nové trase po nábřeží) A120: Radlice–Děvín–Butovice–Jinonice A122: Butovice–Ovčí Hájek–Centrální park Stodůlky úsek A33: Prokopské údolí–Nová Ves–Centrální park Stodůlky A123: Malá Ohrada–Velká Ohrada–Řeporyje úsek A34: prům. areál Řeporyje–metro Stodůlky A13: Radlická (Smíchovské nádraží–Nové Butovice–Stodůlky, dále směr Rudná) A132: Jinonice–Košíře, Klamovka úsek A33: metro Hůrka–pekárna Stodůlky–Motol, Poštovka A133: pekárna Stodůlky–krematorium Motol A134: metro Stodůlky–kolem vlečky Siemens–sídliště Řepy (nádraží Zličín) úsek A34: Chaby–metro Zličín–starý Zličín A14: Motolský potok (Anděl–Řepy–nádraží Zličín) A140: Strahovský klášter–Petřín–Vypich (bez označení:) Spiritka–Malovanka A142: Košíře, Klamovka–stadion Strahov úsek A33: Motol, Poštovka–Vypich A143: Krematorium Motol–Bílá Hora A15: Břevnovská (Klárov–Pohořelec–Bílá Hora–Zličín, dále směr Unhošť, Rakovník) A151 + A161: Holešovice, Vltavská–Pelc–Tyrolka úsek A31: Holešovice, nábř. kpt. Jaroše–Strossmayerovo náměstí–Stromovka A155: Chotkovy sady–Letenské sady–Stromovka spojka Chotkovy sady–nádraží Dejvice (stávající úsek A16) A152: Brusnice–Ořechovka A150: Brusnice–Petřiny úsek A33: Vypich–Liboc–Divoká Šárka A154: nádraží Veleslavín–Liboc–nádraží Ruzyně A153: Bílá Hora–nádraží Ruzyně úsek A34: staré Řepy–Jivny–nádraží Ruzyně–Na Dědině A16: Veleslavínská (Libeňský most–Stromovka–Dejvice–Dědina, dále směr Hostivice) A165: Výstaviště–nádraží Holešovice úsek A31: Výstaviště–Stromovka–Trojská lávka A162: Ořechovka–vysoké školy Dejvice–Bubeneč A163: Jenerálka–Tichá Šárka–Divoká Šárka A166: Poštovka–Želivka v Divoké Šárce úsek A33: Divoká Šárka–Na Padesátníku–Přední Kopanina úsek A34: Na Dědině–Na Padesátníku–Purkrabský háj–Nebušice (bez čísla): Vizerka–Tuchoměřická (centrem Nebušic z jihovýchodu na severozápad) A167: Purkrabský háj–Tuchoměřická (kolem západního okraje Nebušic) A164: Dlouhá míle–letiště Ruzyně A17: Šárecký potok (Podbaba–Jenerálka–Přední Kopanina, dále směr Kladno) A171: Suchdol, Budovec–Lysolaje–Nebušice úsek A33: Přední Kopanina, směr Okoř A18: Suchdolská (Sedlec–Suchdol, dále směr Horoměřice) A181: Suchdol, Budovec–Roztocký háj, dále směr Roztoky (stávající trasa, bez nového čísla): Budovec–starý Suchdol, směr Horoměřice
Levobřežní diagonály: A31: Dukelských hrdinů–Stromovka A32: Hlubočepy–Jinonice–Košíře–Strahov–Dejvice–Bubeneč, jen výhledový plán A33: Prokopské údolí–Nové Butovice–Motol–Divoká Šárka–Okoř A34: prům. areál Řeporyje–Stodůlky–Ruzyně–Nebušice
Pravý břeh: A2: Vltava, pravobřežní trasa A0: část Pražského kola, Závist (nádraží Zbraslav), směr Vrané nad Vltavou A204: Komořany–Letiště Točná A201: Písnice–Letiště Točná–Točná, směr Dolní Břežany úsek A42: Libuš–Písnice, směr Zlatníky A202: Kunratice, směr Jesenice A207: Šeberák-východ, směr Jesenice, Týnec nad Sázavou A203: Šeberov, směr Průhonice A21: Modřanská rokle (Modřany–Kunratice–Háje) A211: Hodkovičky–Zátiší–koupaliště Lhotka A214: nádraží Krč–koupaliště Lhotka–Kamýk–Libuš A215: Kamýk–Nové Dvory–Zelená louka–Kunratický les úsek A42: Libuš–Nové Dvory–nemocnice Krč–Krč, zastávka Michelský les A212: Krč, zastávka Michelský les–údolím Kunratického potoka–Kunratický mlýn–Kunratice A213: Kunratický mlýn–Šeberák-východ A217: metro Chodov–Šeberák-východ A216: Kateřinky–Újezd A22: Kunratický potok (Braník–Krč–Háje–Petrovice–Uhříněves–Říčany a dále) A221: Podolí, Dvorce–Krč, Na strži A224: nádraží Krč–Na strži úsek A42: Krč, zastávka Michelský les–Kačerov–Bohdalec úsek A41: Háje–Košíkovský potok–Spořilov–Kačerov–Na strži–sídliště Pankrác–Nuselský most A220: Pankrác–nádraží Vyšehrad A223: Kačerov–Michle A222: Michelský les (Roztyly)–sídliště Spořilov A225: Chodov–sídliště Košík A226: Háje–přehrada Hostivař–sídliště Košík–Práče A23: Botič (Výtoň–Michle–Hostivař–Průhonice) A232 + A242: nádraží Vyšehrad–Karlovo náměstí–Staré Město A231: Palackého most–Karlovo náměstí–Vinohrady, Řípská úsek A41: Nuselský most–Muzeum A230: nádraží Vršovice–Průběžná–Rybníčky–sídliště Skalka–Na Groši–stará Hostivař–sídliště Horní Měcholupy–Petrovice A233: Slavia–Bělocerkevská–Orionka–Řípská úsek A42: Bohdalec–Slavia–Bělocerkevská–Želivského A234: Záběhlice, Pod vinicí–Slatiny–staré Strašnice–Solidarita–Sídliště Malešice–Malešický park–Třebešín úsek A43: stará Hostivař–Na Groši–Depo Hostivař–Teplárna Malešice A236: stará Hostivař–Průmyslová–Technoplyn úsek A44: Petrovice–Horní Měcholupy–Dolní Měcholupy–Nové Štěrboholy A238: Dolní Měcholupy–Dubeček–Dubeč A237: Dubeček–Podleský rybník–Uhříněves A50: úsek Pražského okruhu: Dobřejovice–Benice–Uhříněves–Královice A24: Vinohradská (Klárov–Staré Město–Vinohrady–Malešice–Jahodnice–Dubeč, dále Říčany) úsek A41: Muzeum–hlavní nádraží–Masarykovo nádraží A243: Vinohrady, Řípská–Žižkovská věž–Havlíčkovo náměstí–Hartigova pod Vítkovem úsek A42: Želivského–Ohrada A240: Havlíčkovo náměstí–Parukářka–Židovské pece–Jarov–Hrdlořezy A244: Třebešín–Jarov úsek A43: Teplárna Malešice–Hrdlořezy A246: Malešice, Technoplyn–Kyje, Za Horou–Kyjský rybník úsek A44: Dolní Počernice–Hostavice A248: Dubeč–Koloděje A247: Koloděje (silnice od Dubče)–Běchovice A50: úsek Pražského okruhu: Královice–Koloděje–Újezd nad Lesy–Klánovice A25: Žižkovská (Národní divadlo–Žižkov–Hrdlořezy–Dolní Počernice–Úvaly) (po zrušené Vítkovské trati a z Hrdlořez podél Rokytky, směr Úvaly) A251: náměstí Republiky–Revoluční–Štefánikův most–pod Letenským tunelem úsek A41: Florenc–Hlávkův most–Vltavská A252: náměstí Republiky–Florenc–Karlín–Palmovka–Balabenka A253: pěší tunel Žižkov–Karlín – budoucí lávka na východní straně Štvanice A255: Žižkov, pěší tunel – Ohrada–Krejcárek–Balabenka A254: Libeňský most–Palmovka–Krejcárek úsek A43: Hrdlořezy–Hloubětín A256: Kyjský rybník–Rajská zahrada úsek A44: Dolní Počernice–Černý Most A257: Běchovice–Svépravice–Chvaly A258: Dolní Počernice–Svépravice–Horní Počernice A259: Dolní Počernice–Běchovice–Klánovice A50: úsek Pražského okruhu: Klánovice–Horní Počernice náhled|Most nad Ocelářskou ulicí ve Vysočanech, součást cenově kontroverzní cyklotrasy podél Rokytky A26: Rokytka (Libeň–Hloubětín–Horní Počernice, směr Čelákovice) (podél Rokytky z Libně do Hloubětína) A261: Libeň, U Kříže–křižovatka Bulovka A262: Vysočany, Podvinní–Klíčov–Kbely–Vinoř, směr Kostelec nad Labem úsek A43: Hloubětín–Klíčov–sídliště Prosek A264: Klíčov–sídliště Prosek (bez čísla): Klíčov–Letňany úsek A44: Černý Most–Satalice–Kbely–Letňany A263 (Rajská zahrada–Hutě–) Satalice–Vinoř A50: úsek Pražského okruhu: Horní Počernice–Vinoř–Čakovice, směr Kostelec nad Labem A27: Bulovka (Bílá Skála–Bulovka–Prosek–Letňany–Kostelec nad Labem) A270: Trojská lávka–Čimický háj A275: Trojská–Kobylisy A271: Libeň, U Kříže–Kobylisy A273: Střížkov–sídliště Ďáblice A28: Bohnické údolí (Zámky–Bohnice–sídliště Ďáblice–Prosek) A284: Čimický háj–Čimice–Dolní Chabry, směr Zdiby A282: Dolní Chabry–Drahanské údolí A280: Čimický háj–vozovna Kobylisy–Ďáblický háj–Ďáblice–Čakovice A281: Kobylisy–vozovna Kobylisy A283: metro Ládví–Horní Chabry–Dolní Chabry
Pravobřežní diagonály: A41: severojižní cyklomagistrála (Těšnov–Nuselský most–Spořilov–Háje) A42: Hodkovice–Libuš–Kačerov–Spořilov–Vršovice–Palmovka A43: Hostivař–Malešice–Hrdlořezy–Hloubětín–Prosek A44: Petrovice–Dolní Měcholupy–Dolní Počernice–Černý Most–Satalice–Letňany
Pražský okruh A0: Pražské kolo (mimo Prahu značená jako trasa č. 8100): Třeboradice – Čakovice – Ctěnice – Vinoř – Radonice – Horní Počernice – Klánovice – Újezd nad Lesy – Koloděje – Stupice – Královice – Nedvězí – Kolovraty – Říčany – Dobřejovice – Vestec – Vrané nad Vltavou – Zbraslav – Lipence – Černošice – Třebotov – Choteč – Zbuzany – Jinočany – Chrášťany – Jeneč – Kněževes – Tuchoměřice – Statenice – Únětice – Roztoky – Klecany – Bořanovice – Hovorčovice – Třeboradice.
Mezinárodní trasy Přes Prahu vedou dvě mezinárodní trasy z evropské sítě EuroVelo. Jedná se o EuroVelo 4 (Trasa střední Evropou) a EuroVelo 7 (Sluneční trasa).
Značení nezařazená do jednotné metodiky V době kolem roku 1999 občanské sdružení Oživení začalo pracovat na projektu Greenway Botič. Části této trasy jsou dodnes vyznačeny inverzním pásovým značením (bílý vodorovný pruh obklopený dvěma tmavě zelenými pruhy) a směrovkami. Později se členové sdružení Oživení podíleli na práci odborné komise Rady hlavního města Prahy, která připravuje koncepci cyklotras. Rovněž spolupracují s některými městskými částmi.
V Centrálním parku na Stodůlkách je umístěn informační panel nástupního místa dálkové trasy Greenways Praha – Vídeň. Na území Prahy však dosud není vyznačena.
Cyklotrasy nezařazené do jednotného značení a číslování jsou vyznačeny též například v okolí Klánovic.
Historie přečíslování náhled|Trasy vyznačené na nábřeží Kapitána Jaroše u Hlávkova mostu. náhled|Cyklotrasa u Libeňského mostu. 3. října 2006 schválila Rada hlavního města PrahyUsnesení Rady hl. m. Prahy č. 1551 k návrhu nového systému číselného označování cyklistických tras na území hlavního města Prahy (3. 10. 2006), po konzultacích v pracovních skupinách, v nichž byl zastoupen i Klub českých turistů jako koordinátor číslování cyklotras, návrh předložený Ústavem dopravního inženýrství na přečíslování cyklistických tras na území města Prahy. Označení cyklotras všech tříd začíná písmenem A, označujícím Prahu.
Páteřní cyklistické trasy (I. třída): zajišťují dálkové vztahy uvnitř města a spojení se Středočeským krajem a slouží dopravě i rekreaci. Základ systému tvoří trasy podél Vltavy: levobřežní (A 1) a pravobřežní (A 2). Navazující radiály vedené po přirozených terénních liniích, zejména podél potoků nebo po hřebenech, jsou označovány na levém břehu nebo napříč přes Vltavu A 1X (kde X je pořadové číslo trasy po proudu Vltavy), na pravém břehu A 2X (například A 21 je cyklotrasa Modřanskou roklí). Severojižní tangenty na levém břehu Vltavy jsou číslovány v řadě A 3X, na pravém břehu A 4X (X je pořadové číslo trasy ve směru od Vltavy). Páteřní trasou je i okružní cyklistická trasa č. 8100, tzv. Pražské kolo, která na území Prahy bude evidována pod číslem A 50.