Henrik (Heinrich) Müller er navnet på flere personer:
Henrik Müller (1609-1692) – dansk rentemester, amtmand og godsejer Henrik Müller (1635-1717) (1635-1717) – dansk amtmand og godsejer, søn af den foregående Henrik Müller (død 1755) (død 1755) – dansk amtmand og godsejer, sønnesøn af den foregående