Helligåndskirken (eller Helligaandskirken) er en kirke midt i København, ved Amagertorv, som er en del af Strøget. Kirkens adresse er Niels Hemmingsens Gade, opkaldt efter en navnkundig teolog, som var præst ved kirken 1547-53. I forbindelse med kirken ligger Helligåndshuset og Helligaandskirkens Børnehave.
Kirken hed skiftevis Helligaands, Helliggeist og Helliggæst (på dansk). Efter reformationen blev Helliggeist det mest almindelige, men i 1881 blev navnet ved kongelig resolution fastsat til Helligaandskirken. Den stavemåde bruges på kirkens website.
Kirken har over hovedindgangen en stentavle med en inskription med kirkens historie: "DENNE KIRKE VAR FØRST EN DEL AF DET GAMLE HELLIGAANDS HOSPITAL. I KONG CHRISTIAN I's REGJERINGSTID OMBYGGEDES DEN SOM KIRKE FOR DET DAVÆRENDE DUEBRØDREKLOSTER. AAR 1530 PRÆDIKEDES HER DEN LUTHERSKE REFORMATION. AAR 1537 BLEV KIRKEN EN AF STADENS SOGNEKIRKER. PRYDEDES VED RIGSHOVMESTER VALKENDORFS OMSORG I AARENE 1582 OG 1594 MED TAARN OG SPIR. BRÆNDTE MED EN STOR DEL AF STADEN I AARET 1728. PAANY OPFØRT I DE FØLGENDE AAR OG OFTERE SIDEN UDBEDRET. NU I KONG CHRISTIAN IX's 16de REGJERINGSAAR ATTER FULDSTÆNDIG ISTANDSAT OG PRYDET MED TVENDE SPIR. MENIGHEDEN TIL OPBYGGELSE GUD TIL ÆRE. AAR 1878-1879." Kirkens 500 årsdag blev fejrer på Allehelgensdag i 1947. Kirkens organist Edwin Nielsen havde i dagens anledning komponeret en kantate med tekst af H. Helweg.
Historie Helligåndskirkens historie går tilbage til omkring 1295. Her oprettede roskildebiskoppen Johannes Krag et Helligåndshus, dvs et hospital for de fattige, på stedet. Det var en verdslig stiftelse, men den har utvivlsomt haft en præst og kirke tilknyttet. Den første sikre omtale af en kirke her er fra 1449, men Københavns matrikel fra 1377 viser at grunden havde samme udstrækning som ved reformationen, og der rimeligvis allerede lå en kirke på stedet.
I 1469 omdannede Christian 1. det københavnske Helligåndshus (domus sancti spiritus Hafnis) til et kloster. Under hans rejse til Rom i 1474 fik han det godkendt af paven som et kloster i Helligåndsordenen.
Klosterkirken thumb|Kirkens grundplan gennem tiderne.Vi ved ikke meget om den første kirkes størrelse. Bygningerne er bedre dokumenteret efter udbygningen til kloster. Klosterkomplekset bestod af fire længer omkring en urtegård, hvor kirken udgjorde sydfløjen og det nuværende Helligåndshus vestfløjen. Nordfløjen er siden forsvundet, og af østfløjen er der kun noget murværk bevaret i sakristiet/præstekontoret nord for koret.
Det ældste billede af klosterkirken er Jan van Wijcks københavnsprospekt fra 1611, som viser en kirke med næsten samme grundplan som den nuværende, men undersøgelser af fundamentet i 1870'erne og af murværket i 1928 påviser, at kirken oprindeligt har haft et kortere kor – formodentligt kun ét fag med flad gavl – og været uden tårn. Kirken lå der allerede før oprettelsen af klosteret, men dens alder er vanskelig at fastslå. Den nævnes første gang i 1449, men er altså ældre. Stilmæssigt kunne den være fra 1300-tallet, men er snarere fra første halvdel af 1400-tallet.
Formen var en basilika med et bredt, højt midterskib på fem fag, afsluttet i øst af et korfag i samme dimensioner. På hver side af midterskibet var et lavere sideskib på fem fag med pulttag. Udvendig var murene fagopdelt af støttepiller, og i hvert fag et spidsbuet vindue. Der var også vinduer i midterskibets mure over sideskibenes taghøjde. Taget var prydet af et gotisk spir, som antages at være lige så gammelt som bygningen, og som formodentlig har rummet kirkens klokker. På det nordøstlige hjørne af koret var tilbygget et trappetårn, som gav adgang til loftet og klokkerne. Indvendig var midterskib og sideskibe adskilt af aflange, profilerede piller, som bar arkadebuer. Hvert fag i midterskib og sideskibe havde krydshvælv.
Efter oprettelsen af klosteret blev der brug for plads til munkene i kirkens kor, og det blev forlænget til tre fag plus den polygonale østende. Bygningen havde højere gesims og højere vinduer end den nuværende. Det er blevet konstateret flere steder i forbindelse med H. B. Storcks renovering i 1878, og kan stadig ses i murværket over det østligste vindue i koret.
Kirken havde to portaler i det sydlige sideskib, én i det vestligste fag, og én i det østligste fag. Der er fundet spor efter tre døre i korets nordvæg, men de har næppe været i brug samtidig. I tilbygningen nord for koret ses spor efter en dør i andet stokværks højde, som fører ind i koret. Klosterets østfløj må have haft to etager, antagelig med sovesal eller celler for munkene på øverste etage, hvorfra de har haft direkte adgang til kirken. Der har sandsynligvis været en for længst forsvundet trappe langs væggen i koret. Omkring 1520 påbegyndtes et tårn til ved østenden af det nordre sideskib, men inden det blev ret højt, kom Reformationen, og klosteret blev nedlagt i 1530.
Sognekirken 1537-1728 Efter nedlæggelsen af klosteret overtog bystyret kirken. Den blev tildelt et sogn, og har fungeret som sognekirke lige siden. I vinduesnichen i korets nordside er årstallet 1538 sat ind i form af murankre, og det henviser sandsynligvis til datoen for overgang til sognekirke. Kirkens nye funktion medførte blandt andet ændringer i inventaret og i de næsten 200 år inden branden i 1728, skete der også forskellige ændringer ved bygningen.
Tårnet thumb|Overgangen mellem gammelt og nyt murværk kan ses lige over det runde vindue I 1582 tog Københavns statholder Christoffer Valkendorf initiativ til at færdigøre af tårnet. Det blev nu bygget i krydsforbandt, hvor det tidligere var munkeforbandt, så overgangen mellem den gamle og den nye del er tydelig i murværket. Tårnet blev opført i otte stokværk adskilt af bjælkelag, hvor det øverste, der som i dag rummede klokkerne, var omkring dobbelt så højt som de øvrige. Det gamle udvendige trappetårn blev ført op til klokkestokværket. Tårnet kronedes af et spir, mage til det, kirken har i dag. Spirets udformning tilskrives pga stilen Hans van Steenwinckel den ældre.
I den øverste kugle på spiret blev indlagt en forgyldt kobberplade med en indskrift, som fortalte at spiret blev rejst i august 1594. Omkring 75 år senere indberettede kirkeværgerne, at der var opstået svagheder i tømmerkonstruktionen, og kongen gav 10. april 1671 ordre til at den øverste del skulle fjernes. Inden det blev gjort, blæste spidsen ned 16. august 1671. Skaden blev repareret samme år, og kobberpladen forsynet med en ny indskrift til minde om det.
Portalerne thumb|left|Våbenhusets portalKirkens to portaler mod syd i de yderste af de fem fag, der var i skibet dengang, blev begge fornyet på 1600-tallet. Den vestlige blev i 1612 forsynet med en sandstensportal af rådmand Thomas Lorck. Den kendes kun fra Thurahs gengivelser, da alle andre billeder viser portalens afløser fra 1770'erne. (Thurah gengiver kirkens sydside i opstalt i både Den Danske Vitruvius fra 1746 og Hafnia Hodierna fra 1748, men der er betydelige forskelle på de to gengivelser.
Den østlige portal fik senere tilføjet et våbenhus, men det præcise tidspunkt lader sig ikke bestemme: Indgangen er udstyret med portal og gavlafdækninger af sandsten; stilistiske uoverensstemmelser tyder på, at de forskellige dele ikke er samtidige. Årstallet 1620 er indridset i gesimsen, Christian 4.s monogram er i topstykket og der er bruskbarokdetaljer, som tidligst kan være fra 1630'erne. Christian 6.s monogram på toppen af gavlen stammer fra en langt senere renovering i 1730'erne.
Det er sandsynligt, at portalen oprindeligt var lavet til Børsen, men blev overflødig pga. ændringer under byggeriet. Portalen blev opmagasineret i et par årtier, indtil den blev bestemt for kirken og fik et moderne topstykke. Byggetidspunktet er så omkring 1640. Våbenhuset, som er 8 m bredt og 4 m dybt, har i siderne ovale vinduesglugger fra 1878.
Skibet Det søndre sideskib er forlænget med et fag mod øst, hvilket har forkortet koret til to fag og rundingen. Udvidelsen skete omkring 1650 (og ikke som tidligere ment efter branden i 1728): Der lå en gravkrypt under faget, hvis historie kan føres tilbage til 1678, hvor den lå inden for kirkens mure. En kilde fra 1654 fortæller, at døbefonten blev flyttet til dette hjørne i forbindelse med at Helligaandshuset blev omdannet til gravkapel. Endelig er den nye mur ikke i forbandt med våbenhuset.
Kapellerne thumb|right|Griffenfelds kapelEfter nedlæggelsen af klosteret tilhørte Helligåndshuset ikke længere kirken, men i 1650 generhvervede den huset for at benytte det som gravkapel. Første bisættelse fandt sted i 1652 og fortsatte frem til 1858, hvor begravelser inden for voldene blev forbudt.
Omkring 1680 blev der bygget et mindre gravkapel ved Helligaandshusets nordøsthjørne til rådmand Ditmer Bøfke. I 1768 blev der tilbygget et tilsvarende kapel til Hans Christopher Hersleb på sydsiden, så de dannede én bygning med fælles tag. Begge kapeller var på 7 alen × 7 alen. De blev nedrevet i 1879.
Den seneste tilbygning til kirken, som stadig står, er Griffenfelds gravkapel, som er bygget 1672-73 og tegnet af Lambert van Haven. Det er en cirkelrund bygning på 9 m i ydre diameter med kobbertækket kuppeltag på kirkens nordside lige vest for tårnet. Adgang til kapellet sker fra det nordre sideskib, og her var en portal, som må være gået tabt under branden. Dens udseende kendes ikke.
Kapellet blev bygget til Griffenfelds hustru, Karen Nansen, som døde 1672, og hun er så vidt vides den eneste, som er bisat i kapellet. Efter Griffenfelds fald blev hendes kiste overført til Vær Kirke.
Sognekirken 1728-1878 Københavns Brand i 1728 gik hårdt ud over Helligåndskirken. Om eftermiddagen den 21. oktober nåede ilden kirken, og omkring kl. 8 styrtede tårnet sammen. Hvælvingerne faldt ned i kirkerummet, og alt udbrændte. Kirkens præst på denne tid, den pengegriske Knud Tommerup, havde anbragt sin formue i kirken, før han selv i hast forlod den brændende by. Formuen den gik op i røg.
thumb|left|Fra Thurahs Hafnia Hodierna, 1748Ved genopbygningen af kirken var det kun dele af ydermuren, der kunne genbruges. Arkitekten J. C. Krieger udarbejdede en plan for genopbygningen, som blev godkendt af Frederik 4. i hans sidste leveår. Kriegers bygning havde samme grundplan som den brændte kirke, men hvor den gamle bygning var i basilikaform med lave sideskibe og fælles tagryg for midterskib og kor, fik den nye sideskibe med samme gesimshøjde som resten af bygningen og fælles tag med midterskibet. Det blev derved højere end korets tag, som også blev afvalmet i østenden, hvor der tidligere havde været en kamtaksgavl, knækket om den polygonale korafslutning.
Kirkeværgerne var ikke helt tilfredse med Kriegers plan. De ville have hvælvinger i kirkerummet, i stedet for det flade loft som Krieger foreslog, de ville have tagrytteren igen og de ville have et højere ottekantet spir på tårnet, i stedet for den forholdsvis beskedne afslutning, som Krieger havde tegnet (se Thurahs gengivelse). Byggekommissionen indvilligede i, at der blev lavet hvælvinger i træ (mod at kirken selv betalte halvdelen af merudgiften), men på de øvrige punkter blev det ved den godkendte plan.
thumb|Spor efter tidligere vinduerGesimshøjden på Kriegers kirke blev noget lavere end på middelalderkirken. Der er flere ting, som afslører det, men tydeligst ses det på korets østende, hvor der er rester af den gamle vinduesbue i murværket over det nuværende vindue. Skibets gavle måtte bygges op til den nye taghøjde – vestgavlen blev forsynet med tre rundbuede vinduer. Portalerne på sydsiden blev renoveret. Det var ved denne lejlighed at Christian 6.s monogram blev anbragt i gavltoppen på våbenhuset. Den udvendige trappe til tårnet blev muret til.
Kirken blev genindviet 30. november 1732. Herefter er den eneste nævneværdige ændring ved kirkens ydre i 1700-tallet udskiftningen af den vestre portal. Den blev bygget fra april til oktober 1774. Arkitektens navn kendes ikke.