El río Marañón, es un río que fluye íntegramente en territorio peruano. Es la fuente principal o troncal del río Amazonas. En su confluencia con el río Ucayali forma aquel gran río.
La fuente más lejana de su desembocadura en el Amazonas, está a al pie del nevado Yapura (o cerro Caudalosa), cuya cumbre está a m de altura en la cordillera Raura, (provincia de Lauricocha, Región Huánuco). Más al norte, en la cordillera Huayllay, hay una segunda fuente importante del Marañón: las nacientes de los ríos Carhuacocha y Janca, que van a formar el río Nupe, el cual, en confluencia con el río Lauricocha cambiará su nombre para llamarse Marañón.
La longitud del río Marañón es de 1707 km hasta su confluencia con el río Ucayali cerca de Nauta (Loreto), a Esta longitud es referencial puesto que en la llanura amazónica los meandros del río y sus consiguientes longitudes, varían según las crecidas y las vaciantes.
Nace a unos 160 km (100 millas) al noreste de Lima, Perú, y fluye hacia el noroeste a través de mesetas de 3.650 m (12.000 pies) de altura, recorre un valle andino profundamente erosionado, a lo largo de la base oriental de la Cordillera de los Andes, hasta los 5° 36′ de latitud sur; desde allí hace un gran giro hacia el noreste y atraviesa la selva andina en su curso medio, hasta que en el Pongo de Manseriche desemboca en la llanura de la cuenca amazónica.
El área de captación de caudal del río Marañón es de 363432 km² de los cuales 297038 (es decir 82%) están en el Perú. El 18% restante está en el Ecuador.
El nombre del río Marañón En su Historia general y natural de Indias (primera parte publicada en 1535 y la segunda en Madrid en 1853) Gonzalo Fernández de Oviedo relata el descubrimiento europeo de la boca del río Amazonas por Vicente Yáñez Pinzón y, ya en esa época, lo llama río Marañón, aunque dice no saber el porqué de ese nombre. Pinzón lo había llamado Santa María de la Mar Dulce. El río Marañón es ya mencionado por el cronista Agustín de Zárate en su libro Historia del descubrimiento y conquista de la provincia del Perú (Amberes 1555). Según el misionero jesuita Pablo Maroni, quien entró al Marañón en 1737, su nombre se debería a un capitán Marañón, español, quien habría explorado la boca del río Amazonas.
Marañón es un apellido español, de origen navarro, originado en la localidad del mismo nombre. Aunque su significado es desconocido, algunos lo relacionan con el castellano maraña (lugar riscoso, impracticable) y otros con el euskera marañon (endrinal, colina suave).
Primeros mapas El río Amazonas, entonces llamado Marañón, ya aparece en el Mappemonde de Sebastián Cabot (1544),«Mappemonde / par Sébastien Cabot» pero su origen, fluyendo de sur a norte en la cordillera de los Andes, el actual río Marañón peruano, no aparece. Pero aparece ya en el mapa del cartógrafo flamenco Cornelis De Jode, Brasilia et Peruvia (1593). miniaturadeimagen|283x283px|El río Marañón aparece en el mapa Brasilia et Peruvia de Cornelis De Jode
Más tarde el nombre de río Amazonas se popularizó, como ya se puede ver en el mapa de ese río publicado en Quito en 1707 por el jesuita Samuel Fritz. El nombre Marañón quedó reservado a su afluente mayor en su cuenca alta.
Curso inicial miniaturadeimagen|283x283px|Mapa del río Marañón o Amazonas del misionero jesuita Samuel Fritz (Quito 1707) Nace al norte del Nudo de Pasco, en la cordillera Raura, nace como un pequeño curso de agua llamado Jayco. Cruza una serie de pequeñas lagunas, a las que siguen las de Puyhuancocha, Caballococha, Anaspampa, Tinquicocha, Chuspi, Patarcocha, a continuación de la cual, pasa a menos de del pequeño C.P. San Miguel de Cauri, luego seguirán las lagunas de Taulicocha y Lauricocha, de la cual emerge del río homónimo. A partir de ese punto su recorrido cambia a la dirección norte, pasando por las localidades de Cauri, Jesús y Jivia. La mina Raura, situada en las cabeceras del río es una fuente de contaminación importante. thumb|left|280px|La confluencia de los ríos Nupe y Lauricocha forman al río Marañón. Vista desde el cerro Gongui. Al pie de la meseta sobre la cual se asienta la ciudad de Rondos y al pie del cerro Gongui, confluye con el río Nupe y a partir de allí se llama Marañón. Allí se encuentran tres de los distritos de la provincia de Lauricocha que son Rondos, Jivia, que termina en el cerro Gongui, y San Francisco de Asís, al pie del cerro Talapunta. thumb|left|280px|Desfiladero del naciente río Marañón. A partir de dicho punto en las márgenes del naciente Marañón alternan playas de arena y desfiladeros de paredes casi verticales. Al pasar al pie de la meseta donde se encuentra la ciudad de Huarín toma rumbo noreste ingresando a la provincia de Yarowilca. Después de recibir en su margen este la quebrada Llicllatambo toma dirección noroeste.
Ingresando a la provincia de Dos de Mayo, en las proximidades de la localidad de Tingo Chico, el Marañón recibe por su margen izquierda al río Vizcarra.
Más al norte, ingresando a la provincia de Huamalíes, forma un profundo cañón con un máximo desnivel de casi 1500 m entre las cimas de las montañas de ambos lados y el curso de agua. Cerca del poblado de Nuevas Flores está la central hidroeléctrica Marañón con 18.4 MW (megavatios) de potencia instalada.
Curso intermedio y tramo de los pongos thumb|left|280px|Río Marañón visto desde Punta Rada. El centro de la imagen es el punto donde el río de sur a norte ya es el límite de los departamentos de Huánuco y Áncash´en su margen oeste (hacia la derecha de la foto). thumb|left|280px|Vista del río Marañón desde Urpish. El río sigue rumbo norte en el departamento de Huánuco, por los distritos de Llata, Puños, Miraflores, Punchao y Singa en el margen oeste; Jacas Grande, Chavín de Pariarca, Tantamayo, Jircán y Arancay. A partir de entre los distritos distritos de Singa, Rapayán (Áncash) y Chavín de Pariarca el río hace de límite natural entre las regiones Áncash y Huánuco; luego pasando por la localidad de Urpish (Jircán) toma la dirección noroeste. En esta parte el ancho del cauce del río se estrecha y el desnivel se acentúa aún más. En su margen oeste, correspondiente al distrito de Rapayán, en la provincia de Huari (Áncash), las paredes del cañón alcanzan pendientes muy pronunciadas, de casi 90°, por lo que la orilla oeste del río y las cumbres están casi en la misma vertical. Esta característica se extiende hasta su confluencia con el río Contan, el que llega por su margen izquierda.
En contraste, en su margen este, que viene a ser el flanco occidental de la Cordillera Central de los Andes del Norte peruanos y corresponde a los distritos de Jircán y Arancay (Huánuco), su pendiente es ligeramente más suave lo que favorece al asentamiento de centros poblados y las actividades agrícolas. thumb|left|280px|Río Marañón visto desde el cerro de Yarcan, entre las provincias de Antonio Raimondi y Huacaybamba, de los departamentos de Áncash y Huánuco respectivamente. Siguiendo el mismo rumbo noroeste recibe las aguas del río Puchka en su margen suroeste, a 2117 m de altitud sobre el nivel del mar. Entre las provincias de Antonio Raimondi y Huacaybamba, ancashina y huanuqueña respectivamente, el río Marañón, forma un valle profundo y amplio corriendo entre la Cadena Occidental y la Cadena Central de la Cordillera de los Andes. Luego, por su margen izquierda, recibe primero las aguas del río Yanamayo, el que tiene sus fuentes en los nevados Alpamayo, Chacraraju y Huascarán, y luego, las del río Rúpac. En ese lugar hay uno de los raros puentes que cruzan el Marañón, en la carretera que une el puerto de Chimbote con Tocache Nuevo, en la ceja de montaña. Es el lugar del proyecto hidroeléctrico Yaku de 314 MW.
Unos 130 km más al norte, cuando marca la frontera entre La Libertad y Áncash, el Marañón es parcialmente cortado por del Derrumbe de Wasson, así bautizado por los kayakistas en honor a John Wasson. Él y tres compañeros descendieron el río en 1977, en kayaks y una balsa, desde Rondos hasta Nazareth. El Derrumbe fue una consecuencia del terremoto de 1970 y forma rápidos de clase V y VI, espectaculares pero impasables por botes y kayaks, los que deben ser portados o remolcados desde la ribera.
La característica orográfica en este tramo es la de un profundo cañón que erosiona la meseta andina con desniveles entre las cumbres de los bordes y la línea de agua que varían entre los 2,990 y 3,130 m. Lo accidentado y estrecho de este recorrido forma un paisaje espectacular donde las actividades agropecuarias son mínimas. Sin embargo, en las tardes, los pobladores de los pueblos de las cumbres descienden varios cientos de metros a pescar en el río.
Más al norte ya dentro del departamento de La Libertad, el río separa las provincias de Santiago de Chuco y Sánchez Carrión, en su margen oeste, de las provincias de Bolívar y Pataz. Allí, en Chagual, está el único aeródromo de la región y la carretera de Trujillo a Pataz y Parcoy cruza el río por un puente que lleva a las productivas minas de oro Poderosa, Horizonte y Retamas. Los residuos allí abandonados por las corporaciones mineras son explotados por mineros informales. En Pataz está la laguna de Pías y comienza el sendero que desciende al parque nacional del Río Abiseo, el que contiene las remarcables ruinas del Gran Pajatén, de la civilización Chachapoyas.
Unos 45 km más al norte está el pueblo de Calemar donde el escritor Ciro Alegría, quien había nacido en la vecina hacienda Marcabal Grande, se inspiró en la vida de los balseros del río para su novela La serpiente de oro, un clásico de la literatura peruana. En Calemar hay un puente sobre el Marañón en la carretera a Cajabamba, A 1,142 m de altura tiene ya un clima cálido, pero hay muy pocos casos de paludismo y dengue. Más bien su posta médica debe tratar, de vez en cuando, picaduras de serpiente.
A partir de aquí el Marañón separa las regiones Cajamarca y Amazonas y forma un profundo y espectacular cañón. Tiene unos 260 km de largo, 3,000 m de desnivel entre las cumbres más altas de ambos lados y el río, y quizás sea uno de los más bellos del mundo. Sus riberas se cubren de una vegetación tropical y aparecen cocoteros cultivados por los escasos pobladores. Aquí hay dos proyectos hidroeléctricos, Río Grande 1 (600 MW) y Río Grande 2 (150 MW). Recibe por su margen izquierda el río Crisnejas, el que también desciende cortando un profundo cañón. En el pueblo de Balsas, a 860 m de altura, un puente de acero cruza el Marañón llevando la carretera que viene desde Trujillo, una importante arteria comercial que desciende vertiginosamente desde Cajamarca (2,729 m) para luego trepar el cañón hacia Chachapoyas (2,021 m).
Más al norte hay unos cuantos caseríos a los que solo se puede llegar a lomo de mula. Tienen cuatro oroyas (cables para cruzar personas y acémilas) sobre 170 km de longitud. Se llaman Mendán, Tupén y Chucen (población total, aproximadamente 1,500 personas). Allí la electricidad solo llegó en el año 2015. El cultivo predominante es la coca, que es acopiada por comerciantes que vienen regularmente con sus acémilas a esos valles poblados de cactus gigantes. En el lado de Cajamarca (provincia de Celendín) se produce un cacao de magnífica calidad. Una banda que atraviesa América del Sur de este a oeste, desde las Guayanas hasta el norte del Perú y el sur del Ecuador es la zona del origen del cacao (Theobroma cacao) y en los alrededores del Marañón se encuentran muchos cultivares diferentes. En ese tramo de un río con angostas gargantas y muchos rápidos, están los controvertidos y suspendidos proyectos hidroeléctricos Chadín 2 (650 MW), al sur de Chucen, y Veracruz (730 MW), en una zona de bosques muy poco poblada. Este último ha sido formalmente abandonado por su concesionaria, la empresa ENEL.