thumb|325px|Muros marroquíes en el territorio del Sahara Occidental, durante la guerra del Sahara Occidental (1975-1991). En amarillo, el territorio bajo control del Frente Polisario.
El estatus político del Sahara Occidental y la cuestión de su soberanía son objetos de controversia. Es uno de los diecisiete integrantes de la lista de territorios no autónomos de las Naciones Unidas bajo supervisión de su Comité Especial de Descolonización.
Para la ONU, la potencia administradora sigue siendo España. Sin embargo, al firmar los Acuerdos de Madrid de 1975 y al retirarse del territorio en 1976, este país intentó renunciar a la administración del Sahara Occidental y a toda responsabilidad internacional sobre el territorio. No obstante, la doctrina internacional considera que dicha renuncia no fue válida, ya que impidió el ejercicio del derecho a la autodeterminación del pueblo saharaui y permitió la ocupación del territorio por parte de Marruecos y Mauritania. Por ello, España sigue siendo de iure la potencia administradora del territorio y, por tanto, debería cumplir con las obligaciones establecidas en los artículos 73 y 74 de la Carta de las Naciones Unidas.
Actualmente su soberanía es reclamada por Marruecos y por la República Árabe Saharaui Democrática, que se disputan el control de la totalidad del territorio. Mauritania se retiró del Sahara Occidental en 1979, movimiento aprovechado por Marruecos para ocupar y anexar ilegalmente el resto del territorio, administrando de facto el 80% del Sahara Occcidental, mientras que la República Saharaui controla el 20% restante.
Antecedentes La Corte Internacional de Justicia, a través de la opinión consultiva del 16 de octubre de 1975, estableció por unanimidad que el Sahara Occidental en el momento de su colonización por España no era un territorio sin dueño (terra nullius) y que ni Marruecos ni Mauritania tenían derechos de soberanía sobre el territorio del Sahara Occidental. Además, dictaminó que seguía, por tanto, siendo de aplicación la resolución 1514 (XV) de la Asamblea General de las Naciones Unidas, sobre la concesión de la independencia a los países y pueblos coloniales:
No obstante, el mismo dictamen recogía:
Lo que sirvió de pretexto a Marruecos para organizar la Marcha Verde, cuyo resultado fue la firma del Acuerdo Tripartito de Madrid del 14 de noviembre de 1975, que entró en vigor por la Ley 40/1975, de 19 de noviembre, sobre descolonización del Sahara, por la que España trató de llevar a cabo la liquidación efectiva de su administración en el territorio del Sahara Occidental.
El 26 de febrero de 1976, coincidiendo con la salida de los últimos militares del territorio, España comunicó al secretario general de la ONU que a partir de dicha fecha daba por terminada su presencia en el territorio del Sáhara y hacía constar que a partir de ese momento se consideraba exenta de toda responsabilidad de carácter internacional en relación con la administración del territorio puesto que había cesado su participación en la administración temporal establecida para el mismo.
No obstante todo lo anterior, la doctrina internacional entiende que esa renuncia de la soberanía y de la administración del Sahara Occidental por parte de España no fue válida por impedir el ejercicio del derecho a la autodeterminación del pueblo saharaui y permitir la ocupación del territorio por parte de Marruecos, por lo que España sigue siendo de iure potencia administradora del Sahara Occidental, y, por tanto, debería cumplir con las obligaciones previstas en los artículos 73 y 74 de la Carta de las Naciones Unidas. Esta posición es también defendida por la ONU así como por los órganos jurisdiccionales españoles.
Conflicto entre Marruecos y la República Árabe Saharaui Democrática
Guerra del Sahara Occidental
Un día después de haber puesto fin a la presencia española en el Sahara Occidental, el Frente Polisario (Frente Popular de Liberación de Saguía el Hamra y Río de Oro) proclamó el 27 de febrero de 1976 la República Árabe Saharaui Democrática (RASD) como un gobierno en el exilio, pues el territorio del Sahara Occidental se dividió de facto entre Marruecos y Mauritania a raíz de la invasión militar de ambos países y el posterior acuerdo marroquí-mauritano de Rabat que fijó las fronteras el 14 de abril de ese año. Por este acuerdo, Marruecos se anexionó los dos tercios ubicados en el norte de la zona en una línea que iba del norte de Villa Cisneros hacia Zuérate, a pesar de la presión del ejército convencional saharaui y sus comandos de guerrilla a lo largo de todo el desierto. El 5 de agosto de 1979, Mauritania renunció en los Acuerdos Argel a sus pretensiones en el Sahara Occidental, y cuando evacuó sus tropas su territorio fue ocupado por las tropas marroquíes, no obstante, Mauritania mantuvo una guarnición en La Güera para evitar el avance marroquí sobre Cabo Blanco.
Marruecos trató de parar los éxitos militares y diplomáticos del Frente Polisario. Por un lado emprendió en 1981 la construcción de un muro defensivo con minas antipersona que divide actualmente el territorio del Sáhara Occidental, y por el que a través de sucesivas ampliaciones le permite controlar las tres cuartas partes al oeste del mismo. La porción oriental, prácticamente deshabitada, está controlada por el Frente Polisario, excepto la ciudad de La Güera controlada por Mauritania. Por otro lado, Marruecos trató de impedir la entrada de la RASD en la OUA: en la XVII cumbre en Freetown (agosto de 1980) lo pudo impedir, pero en la XVIII cumbre en Nairobi (junio de 1981), el rey Hasán II de Marruecos anunció que aceptaba el referéndum de autodeterminación como medio de solución del conflicto armado, para así impedir la entrada de la RASD en la organización. No fue así, la OUA se implicó en esta vía y en consecuencia admitió a las RASD en el Consejo de Ministros de la OUA en febrero de 1982. Marruecos consiguió boicotear la XIX cumbre en Trípoli (agosto de 1982) y no puedo ser reasumida hasta junio de 1983 en Adís Abeba, siempre que se excluyera a la RASD, pero en la XX cumbre en Adís Abeba (noviembre de 1984) finalmente se llevó a cabo la incorporación de la RASD y Marruecos se retiró de la organización, ya que no podía admitir la existencia y legitimidad de la RASD.
Plan de Arreglo La Guerra del Sahara Occidental entre Marruecos y RASD proseguía mientras tanto, pero el agotamiento militar llevó a ambas partes a iniciar las negociaciones y el 30 de agosto de 1988 aceptaron por separado la propuesta de la OUA y la ONU para el cese del fuego y celebración de un referéndum con dos propuestas, o independencia o integración en Marruecos. Del resultado de las negociaciones resultó el Plan de Arreglo que se materializó en las resoluciones 658 (1990) y 690 (1991), por las que establecía el poner fin al conflicto con un cese del fuego —que se estableció posteriormente para el 6 de septiembre de 1991—, la realización de un referéndum de autodeterminación para elegir «entre la independencia y la integración con Marruecos» tomando como base el censo realizado por España en 1974, y la creación de la Misión para la Organización de un Referéndum en el Sahara Occidental (MINURSO) con el cometido de actualizar el censo de votantes, vigilar la reducción de las tropas marroquíes del territorio y llevar a cabo la realización del referéndum para enero de 1992.
La MINURSO fue la encargada de establecer el censo de votantes, y para ello tomó como base el censo realizado por los españoles en 1974, pero tal censo se había llevado a cabo con rapidez, con errores dada la dificultad de registrar a la población nómada (que suponía un 20% en esa época), pero además el censo español detallaba la cabila de los censados, y en una de esas categorías se introducía un campo (H) para las cabilas de origen marroquí, y es aquí donde Marruecos se negó a aceptar esa lista y trató de introducir 170 000 nuevos votantes sobre la base que habían sido beduinos obligados a huir del colonialismo, como el de la Operación Écouvillon. Esto se materializó con la introducción de nueva población en el Sahara Occidental con el pretexto de «facilitar» su identificación, además de mantener sus tropas en el territorio y obstaculizar la labor de la MINURSO. Los mecanismos de establecimiento del censo se dilataron a lo largo de la década con interrupciones e incluso de acusaciones de debilidad de MINURSO ante Marruecos.
Tras los acuerdos de Houston de septiembre de 1997 —formalizado en la resolución 1133 (1997)—, el proceso de identificación se reanudó en diciembre, para hacer el referéndum el 31 de julio de 2000. MINURSO finalizó el censo provisional en diciembre de 1999 y lo publicó el 17 de enero de 2000, en él constaba que los saharauis con derecho a voto eran 86 412, pero Marruecos introdujo 131 038 apelaciones de modo que el referéndum se volvía a paralizar. Ante esto, el secretario general de la ONU, Kofi Annan expresó el 17 de febrero de 2000 en su informe S/2000/131 al Consejo de Seguridad, sus dudas a que se celebrara un referéndum y que si este llegare a producirse y no fuera aceptado por la parte perdedora no existía ningún poder coercitivo para aplicarlo. Así mismo, planteó en su informe S/2000/683 de 12 de julio de 2000, la posibilidad de alternativas al proceso del referéndum y buscar la solución por la vía política.
Planes Baker I y Baker II En la conferencia de Berlín de septiembre de 2000 Marruecos cambió el rumbo de los acontecimientos y ofreció discutir con el Frente Polisario una solución fuera del Plan de Arreglo, en la que garantizaba la autonomía al territorio del Sahara Occidental. En junio de 2001 el secretario general de Naciones Unidas presentó en su informe S/2001/613 al Consejo de Seguridad el «Acuerdo Marco sobre el estatuto del Sahara Occidental» (denominado informalmente como Plan Baker I, por James Baker, enviado personal del secretario general de Naciones Unidas). El Plan Baker I establecía una solución política en la que como máximo durante cinco años Marruecos y la «población del Sahara Occidental» compartirían competencias en el territorio, por la parte saharaui, los habitantes que habían estado residiendo en el territorio desde 1998, más los refugiados de los campos de Tinduf establecidos en la lista de repatriación de ACNUR del año 2000, elegirían una Asamblea legislativa sobre competencias en la región (educación, impuestos, agricultura, minería, pesca, industria…) pero con leyes que respetasen la Constitución de Marruecos, mientras que Marruecos se encargaría de las fronteras, relaciones exteriores, defensa, o de seleccionar a los jueces, y también se extendería la moneda, bandera o servicios de comunicación postal y telecomunicaciones sobre el Sahara Occidental. Antes del término de cinco años se llevaría a cabo un referéndum en el participarían los residentes en el territorio un año antes ese tiempo. A diferencia del plan de Arreglo no se planteaba un referéndum sobre la independencia del territorio sino sobre su estatus. Tanto Argelia como el Frente Polisario rechazaron este Plan, mientras que Marruecos se mostró receptivo y dispuesto a estudiarlo.