miniaturadeimagen|311x311px|Nación Yaqui La guerra del Yaqui fue el enfrentamiento armado entre el gobierno mexicano y el pueblo yaqui de Sonora entre las décadas de 1870 y 1880. Los gobiernos emergidos de la Constitución de 1857 habiendo impulsado la Ley de Desamortización de las Fincas Rústicas y Urbanas de las Corporaciones Civiles y Religiosas de México, también llamada Ley Lerdo, desconocían la posesión comunal de los pueblos en pos de colonizar los amplios terrenos que se consideraban «improductivos».
Si bien los yaquis han tenido una historia de relaciones turbulentas con las autoridades gubernamentales, fue tras la guerra de Intervención Francesa, en la que los yaquis participaron del lado imperial en que los gobiernos federales de Benito Juárez, Sebastián Lerdo de Tejada, Porfirio Díaz y Manuel González comienzan a hacer de la pacificación del Valle del Yaqui objeto de abierto etnocidio.
La guerra del Yaqui es uno de los conflictos armados más largos de la historia de México. Los yaquis se enfrentaron a las fuerzas armadas del gobierno federal, del estado de Sonora y a las guardias blancas de los terratenientes. Después de la Batalla de Mazocoba en 1900, en la que murieron alrededor de 400 combatientes yaquis y fueron capturados otros 800 hombres, mujeres y niños prisioneros, se definió la derrota yaqui. A partir de este momento comenzó la deportación de yaquis a Yucatán para someterlos a trabajos forzados en las haciendas henequeneras. Otros pueblos indígenas, como los pimas, ópatas y mayos también padecieron deportaciones al ser confundidos con los yaquis. Las deportaciones continuaron hasta 1908. En esa época los yaquis fueron esclavizados.
España
En 1533, el explorador español Diego Guzmán y sus hombres llegaron al río Yaqui donde el pueblo yaqui marcó una raya en el suelo, con el fin de que los españoles supieran que estos no tenían que cruzar por sus tierras. El encuentro es descrito así por los narradores: el jefe español hace saber que viene bajo el signo de la paz. Los yaquis responden que están determinados a matar a todos los invasores; liberan enseguida al guía capturado la víspera y uno de los indios, que llevaba ropas “bordadas de perlas finas que representaban venados y pájaros”, se aproxima a Guzmán. Se detuvo frente a él, hizo sobre el suelo un trazo con el extremo de su arco, lo besó y, levantándose, amenazó al español: “si pisas esta raya o la cruzas, mueren todos ustedes”. Por medio de un intérprete, el comandante español le respondió que volviesen a sus casas y les dieran provisiones. El yaqui dijo que así lo haría, siempre y cuando se dejaran amarrar ellos y los caballos, y ya traían los indios las cuerdas para tal efecto cuando Guzmán ordenó disparar su artillería, misma que lograron resistir los yaquis, obligando la retirada de Guzmán a Nueva Galicia. En 1565, Francisco de Ibarra intentó a negociar una salida pacífica con el pueblo yaqui. Para el año 1600, no existía ninguna población española más allá del presidio de Sinaloa. Ante el comienzo de una sublevación contra los españoles por los Zuaques Juan Lautaro y Babilomo, el capitán Diego Martínez de Hurdaide comenzó una campaña con el fin de conquistar y pacificar a los pueblos yaqui y mayo. Los zuaques se refugiaron en territorio yaqui por lo que Hurdaide exigió la entrega de los rebeldes, recibiendo amenazas de guerra por parte de los pueblos indígenas.
En 1608, Hurdaide volvió a entrar por segunda vez al mando de 40 jinetes y 2,000 aliados indígenas en territorio yaqui, quienes entablaron batalla en las cercanías en el río Yaqui. Luego de todo un día de enfrentamientos, Hurdaide fue obligado a retirarse con sus muchos heridos. En 1609, Hurdaide intentó crear la tercera ofensiva comandando 50 soldados y 4,000 aliados indígenas, a pesar de ello el contraataque yaqui obligó a las fuerzas españolas a mantenerse a la defensiva, resistiendo las acometidas yaquis. Las fuerzas españolas, mermadas a causa de los muertos, heridos y la deserción de los indígenas aliados, se refugiaron en una loma. cuando ya nada más quedaban 22 hombres al mando de Hurdaide. Las fuerzas yaquis, cercaron la loma, y prendieron fuego al pasto que se encontraba a su alrededor. El capitán español logró escapar con su caballo al caer la noche. En 1615, Hurdaide logró negociar la paz entre el gobierno novohispano y los jefes yaquis, mismos que aceptaron entregar a los prófugos Lautaro y Babilomo. En 1617, y por iniciativa de los propios yaquis, llegaron los padres jesuitas Andrés Pérez de Ribas (español) y Tomás Basilio (italiano), escoltados solo por cuatro indios zuaques del río Fuerte, que les servían de asistentes. Los yaquis recibieron bien a estos misioneros que llegaron sin escolta militar y que, por eso mismo, se diferenciaban notablemente de los conquistadores. Este recibimiento, aunque bueno, ni fue entusiasta ni concernía a la totalidad de la etnia. Los misioneros fueron bien aceptados en las rancherías situadas río arriba, no obstante el temor que las mujeres experimentaban ante el bautizo de sus hijos. Tras la llegada de los jesuitas se vivió en un proceso de relativa paz durante más de cien años rota ocasionalmente por problemas menores. Estos misioneros para poder enseñarles más fácilmente los congregan en ocho pueblos: Cócorit (Chiltepines), Bácum (lagunas), Vícam (puntas de flecha), Pótam (topos), Tórim (ratas), Huiribis (un tipo de pájaro), Ráhum (remansos) y Belem (Belén). El hecho de no haber sido derrotados en batalla y su voluntaria evangelización les permitió ser de las pocas etnias indígenas que no sufrieron el sistema de encomienda. En 1740, Juan Calixto sublevó de nuevo al pueblo yaqui, por lo que Manuel Bernal de Huidobro, quien era jefe novohispano, intentó una campaña en su contra, pero solo consiguió ser derrotado. Es entonces cuando Agustín de Vildósola reunió a los soldados españoles y logró victorias en Tecoripa, cerro del Tambor y Otancahui (que en cahita significa Cerro de los Huesos por la cantidad de muertos en la batalla). Con la firma de la paz, los yaquis pudieron conservar su autonomía, sus tierras y sus armas. Sin embargo en 1743 Vildósola sustituyó en el mando a Huidobro, con lo que aprehendió a los jefes yaqui y mayo Juan Ignacio Muni, Esteban, Juan Calixto, mandándolos fusilar en el presidio de San Carlos de Buenavista. La rebelión de 1740 es la primera en la que se mezclan aspiraciones territoriales y políticas indígenas pero sin salirse peligrosamente de la dinámica de Nueva España, de este modo en cartas conservadas del líder yaqui se observa una hábil diplomacia en la que divide a los españoles entre malos y buenos, corruptos y honestos, prometiendo hacerle la guerra solo a los primeros al mismo tiempo que ensalzaba al rey a la distancia y se queja solo de las autoridades españolas locales. Esta rebelión sería similar a lo que sucedería ya en el México independiente. En 1767, son expulsados los jesuitas de América. Los jesuitas habían sido durante largo tiempo aliados e intercesores de los yaquis ante la monarquía hispánica, a pesar de que en los últimos años habían surgido serios problemas que provocaron la rebelión yaqui de 1740. Aunque se quedaron solos, a partir de esta fecha y hasta 1825 la etnia viviría un periodo de gran paz. La guerra de independencia de México no afectaría al territorio yaqui, quienes tampoco se involucraron a favor de ningún bando.
México Independiente miniaturadeimagen|upright|Cajeme, jefe yaqui. miniatura|Grupo yaqui, deportado por soldados mexicanos. En 1825, luego de la Independencia de México, el jefe yaqui Juan Banderas proclamó la unión de los pueblos del noroeste en un solo gobierno y el exterminio de los yoris, como eran llamados los colonos españoles o mexicanos. A la rebelión se adhirieron los caciques ópatas Virgen y Dolores Gutiérrez, misma que fue instigada por misioneros desafectos con el sistema federal establecido en el México independiente. La rebelión impidió que los estados de Sonora y Sinaloa promulgaran sus respectivas constituciones locales. En 1829, Juan Banderas vuelve a levantarse en armas por ciertas diferencias con José María Madrid, con quien disputó el mando de su pueblo. Con el inicio de la nueva insurrección, la asamblea legislativa del estado se trasladó a Cosalá en busca de seguridad. Juan Banderas logró ejercer una gran influencia sobre los indígenas, promoviendo la unión de los pueblos con la promesa de reintegrarles sus tierras y concibiendo la idea de coronarse rey y enfrentarse a los blancos. Las sublevaciones de Juan Banderas enseñaron al pueblo yaqui a manejar las armas de fuego. En 1831, con la separación de Sonora y Sinaloa en dos diferentes entes federativas, el Congreso de la Unión concedió el indulto a los sublevados yaquis de 1825 y 1829, ofreciéndoles el autogobierno y como autoridad a Juan Banderas. Éste recibió el grado de General de la Nación pagado por el erario. En 1832, Juan Banderas volvió a sublevarse, por tercera vez, en alianza con los ópatas. El gobernador de Sonora Manuel Escalante y Arvizu salió a batirlo, sitiándolo en Torín. Al cabo de varios enfrentamientos, Escalante derrotó a los guerrilleros yaquis en Soyopa. Con la derrota yaqui, los caciques Juan Banderas y Dolores Gutiérrez fueron fusilados en 1833. En 1838 el general indígena Juan Ignacio Jusacamea, apoyó al gobierno mexicano, rompiendo la unidad yaqui y reprimiendo cualquier alzamiento. Además, algunas facciones políticas de Sonora lograron convertir a algunos grupos indígenas en sus seguidores. Finalmente, con la represión del gobierno mexicano del general Juan Urrea fueron replegados los últimos bandos en rebelión.
El porfiriato miniaturadeimagen|Detalle del mural Problemas de guerra entre yaquis y yoris, ITH, Hermosillo. En 1865, José María Tranquilino, quien fuera prefecto imperial de Álamos, logró que un gran número de yaquis se agregarán a las fuerzas imperiales. En Álamos, Antonio Rosales fue vencido y muerto en combate contra los yaquis, a pesar de aquella gran victoria, el general Ángel Martínez recuperó la población y derrotó a los indígenas en Cahinaui, decretando el indulto a todos los insurrectos de El Fuerte y Sinaloa. En 1867 los yaquis vuelven al combate; la campaña en su contra, fue comandada dirigida por el coronel Próspero Bustamante. El 18 de febrero de 1868, se llevó a cabo la matanza de Bácum, en la que se aplicó la ley fuga, con el fin de liquidar a los indígenas, con Próspero Bustamante al frente, autorizado por el gobernador Ignacio Pesqueira. En 1875, mientras el estado de Sonora se debatía en una guerra civil provocada por la imposición del coronel José J. Pesqueira como gobernador, José María Leyva (Cajeme), quien era capitán general de los ríos Yaqui y Mayo, se levantó en armas, fusilando a los desafectos a su insurrección, con el fin de reintegrar la unidad de sus pueblos. Expulsó a los blancos de Cócorit y Santa Cruz, reduciendo las poblaciones a cenizas. Atacó La Mesita de Guajari, en la sierra del Bacatete, manteniendo a las poblaciones en constante amago. Con ello, el pueblo Yaqui y los mayos no volvieron a hostilizar lugares fuera de su dominio, aunque se mantuvieron independientes, sin reconocer otra autoridad que la de su propio cacique. En 1882, y siendo gobernador Carlos R. Ortiz, él mismo tuvo interés en adquirir mayores terrenos para hacienda en Navojoa, por lo que en octubre, su hermano, Agustín Ortiz, con 300 soldados de Navojoa, partió a enfrentar a las fuerzas de Cajeme, que había acudido en auxilio de los Mayos en la Batalla de Capetamaya.