La conquista rusa de Siberia comenzó en el , cuando el Kanato de Siberia se convirtió en una débil estructura política de vasallajes que estaban siendo minados por las actividades de los exploradores rusos, quienes, a pesar de ser superados en número, coaccionaron a las diferentes tribus familiares para cambiar su lealtad y establecer fortalezas distantes desde las cuales organizaran asaltos. Para contestar, el Kan Küçüm intentó centralizar su poder imponiendo el Islam a sus súbditos y reformando su forma de recaudación de impuestos. Tradicionalmente se considera que la campaña de Yermak Timoféyevich contra el kanato siberiano comenzó en 1581. La anexión de Siberia y el hoy Extremo Oriente ruso por el Zarato moscovita fue resistida por los residentes locales y tuvo lugar como telón de fondo de feroces batallas entre los pueblos indígenas y los cosacos rusos, que a menudo cometieron atrocidades contra los pueblos indígenas.
Historia La conquista de Siberia comenzó en julio de 1580, cuando 540 cosacos liderados por Yermak Timoféyevich, invadieron el territorio de los mansi, sujetos a Küçüm, el Kan de Siberia. Fueron acompañados por 300 peones esclavos lituanos y alemanes, a quienes los Stróganov habían comprado del zar. Durante todo el año de 1581, esta fuerza atravesó el territorio conocido como Yugrá y avasalló a las ciudades mansis y ostiakas. Fue entonces cuando también capturaron a un recaudador de impuesto de Kuchum. thumb|350px|Conquista de Siberia por Yermak, un cuadro de Vasili Súrikov. Como continuación de una sucesión de asaltos tártaros como represalia frente al avance ruso, las fuerzas de Yermak se prepararon para comenzar una campaña: Kashlyk (Qashliq), la capital siberiana. Las tropas embarcaron en mayo de 1582. Tras tres días de batalla a orillas del río Irtysh, Yermak venció a una fuerza combinada del Kan Kuchum y seis príncipes tártaros aliados. El 29 de junio, las fuerzas cosacas fueron atacadas por los tártaros, pero fueron repelidos de nuevo.
Durante septiembre de 1582, el Kan reunió sus tropas para la defensa de Kashlyk. Una horda de tártaros siberianos, mansis y ostiakos se congregaron en el cabo Chuvash para luchar contra la invasión cosaca. El 1 de octubre fue repelido un ataque cosaco de asaltar la fortaleza tártara en el cabo Chuvash. El 23 de octubre los cosacos intentaron asaltar la fortaleza tártara en el cabo Chuvash por cuarta vez, cuando los tártaros contraatacaron. Alrededor de unos cien cosacos murieron, pero sus cañonazos obligaron a la retirada tártara y permitieron la captura de dos cañones tártaros. Las fuerzas del Kan se retiraron (batalla del cabo Chuvash) y Yermak entró en Kashlyk el 26 de octubre de 1582.
El Kan Kuchum se retiró a las estepas y los siguientes años reagrupó a su tropa. De repente atacó a Yermak el 6 de agosto de 1584 a altas horas de la noche y mató a la mayor parte de su armada. Se discute sobre los detalles con las fuentes rusas, las cuales afirman que Yermak fue herido e intentó escapar nadando a través del río Vagái (un afluente del afluente Irtysh), pero se ahogó por el peso de su propia armadura. Las fuentes tártaras afirman que esta historia fue inventada para salvaguardar su honor, y de hecho fue salvajemente masacrado junto con el resto de sus soldados y experimentaron una muerte anónima. Los restos de las tropas de Yermak bajo el liderazgo de Mescheriak se retiraron de Kashlyk, destruyendo la ciudad a su salida. En 1586 volvieron los rusos y después de someter a vasallaje al kanato y a los mansis mediante el uso de su artillería, establecieron una fortaleza en Tiumén, cerca de las ruinas de Kashlyk. Las tribus tártaras que eran sumisas al Kan Kuchum recibieron varios ataques por los rusos entre 1584 y 1595. Sin embargo, el Kan Kuchum no fue capturado. Finalmente, en agosto de 1598, el Kan Kuchum fue derrotado en la batalla de Irmén, cerca del río Obi. En el transcurso de la contienda, la familia real siberiana fue apresada por las tropas rusas. No obstante, el Kan Kuchum volvió a escapar. Los rusos llevaron a los miembros de la familia del Kan Kuchum a Moscú, donde permanecieron como rehenes. Los descendientes de la familia del kan pasaron a ser conocidos como los Príncipes Sibirski o Kuchúmovichi y se sabe que la familia existió hasta al menos finales del .
A pesar de su huida personal, la captura de su familia acabó con las actividades políticas y militares del Kan Kuchum y se entiende que se retirara a los territorios de la Horda de Nogay al sur de Siberia. Se ha averiguado que había estado en contacto con el zar y había pedido que se le garantizara una pequeña región a orillas del río Irtysh como dominio propio. Esta petición fue rechazada por el zar, quien propuso al Kan Kuchum que se dirigiera a Moscú y se "acomodara él mismo" al servicio del zar. No obstante, el viejo kan no quiso sufrir tal desprecio y prefirió permanecer en sus propias tierras a "acomodarse él mismo" en Moscú. Se cree que el Kan Kuchum se dirigió entonces a Bujará y siendo ya anciano se quedó ciego, muriendo en el exilio lejos de sus parientes, alrededor de 1605.
Tras la muerte del kan y la disolución de toda resistencia siberiana organizada, los rusos avanzaron en primer lugar hacia el lago Baikal y luego al mar de Ojotsk y el río Amur. Sin embargo, cuando alcanzaron primero las fronteras chinas, se tropezaron con gente equipada con artillería y tuvieron que detenerse allí.
350px|mini|Situación política en Asia en 1636 Los rusos alcanzaron el océano Pacífico en 1639.2008-03-31 Reference Nationalencyklopedin http://ne.se/jsp/search/article.jsp?i_art_id=715527 Después de la conquista del Kanato de Siberia, todo el norte de Asia (una área mucho más extensa que el antiguo kanato) pasó a ser conocida como Siberia, y para el año 1640 las fronteras orientales de Rusia se habían expandido más de varios millones de kilómetros cuadrados. Muchas ciudades modernas rusas en Siberia Occidental se fundaron durante el periodo del Kanato de Siberia, incluyendo Tiumén y Tobolsk. En cierto modo, el kanato persistió bajo el título subsidiario de «zar de Siberia», que pasó a formar parte de la titulatura imperial de los autócratas rusos.
1715-1716: Expedición de Buchholz por el Irtish. En cumplimiento de una orden de Pedro I de Rusia de 1714, el teniente coronel Iván Buchholz organizó en Tobolsk una expedición destinada a remontar el río Irtish, establecer fortificaciones y avanzar posteriormente hacia Yarkand, donde se creía que existían yacimientos de oro. La expedición partió de Tobolsk en el verano de 1715 y alcanzó el lago Yamyshev, donde construyó una fortaleza. La presencia rusa provocó la oposición del Kanato de Zungaria, cuyas fuerzas sitiaron la posición durante el invierno de 1715-1716. El bloqueo, unido al hambre y las enfermedades, causó graves pérdidas entre los expedicionarios y Buchholz terminó abandonando y destruyendo la fortaleza en la primavera de 1716. Los supervivientes retrocedieron río abajo hasta la confluencia del río Om con el Irtish, donde establecieron ese mismo año una nueva fortaleza que dio origen a la ciudad de Omsk. La expedición, aunque fracasó en su objetivo de alcanzar Yarkand, formó parte del avance ruso hacia el curso superior del Irtish y las estepas situadas al sur de Siberia.
Efectos sobre los pueblos indígenas de Siberia thumb|Armadura laminar de cuero endurecido reforzado con madera y huesos como esta la llevaban los nativos siberianos"Armaduras tlingit, esquimales y aleutianas". Kunstkamera. Consultado el 10 de febrero de 2014. thumb|Armadura laminar usada tradicionalmente por el pueblo koriako (circa 1900) Cuando las súplicas de los cosacos fueron rechazadas, optaron por responder con la fuerza. Bajo el liderazgo de Vasili Poyárkov en 1645 y Yeroféi Jabárov en 1650, los cosacos mataron a muchas personas, incluidos miembros de la tribu Daur. 8.000 de una población anterior de 20.000 en Kamchatka quedaron después del primer medio siglo de la conquista rusa. En un principio, los Daurs abandonaron sus aldeas temiendo la crueldad de los rusos la primera vez que llegó Khabarov. La segunda vez que vino, los Daurs contraatacaron a los rusos, pero fueron masacrados.Forsyth 1994, p. 104. En el , los pueblos indígenas de la Región del Amur fueron atacados por rusos que llegaron a ser conocidos como "barbas rojas".Stephan 1996, p. 64.
En la década de 1640, los yakutos fueron objeto de violentas expediciones durante el avance ruso hacia las tierras cercanas al río Lena, y en Kamchatka, en la década de 1690, los koriakos, kamchadals y chukchi también fueron objeto de ello por parte de los rusos, según el historiador occidental Stephen Shenfield.Levene 2005, p. 294. Cuando los rusos no obtuvieron la cantidad exigida de yasak de los nativos, el gobernador de Yakutsk, Piotr Golovin, que era cosaco, utilizó ganchos para carne para ahorcar a los hombres nativos. En la cuenca del Lena, el 70% de la población yakut disminuyó en 40 años, las mujeres nativas fueron violadas y, junto con los niños, a menudo esclavizadas para obligar a los nativos a pagar el yasak.
Según John F. Richards:
En Kamchatka, los rusos aplastaron los levantamientos de los itelmen contra su dominio en 1706, 1731 y 1741. La primera vez, los itelmen estaban armados con armas de piedra y mal preparados y equipados, pero la segunda utilizaron armas de pólvora. Los rusos se enfrentaron a una resistencia más dura cuando entre 1745 y 1756 intentaron subyugar a los koriakos equipados con armas de fuego y arcos hasta su victoria. Los cosacos rusos también se enfrentaron a una feroz resistencia y se vieron obligados a rendirse cuando intentaron sin éxito acabar con los chukchi en 1729, 1730-1731 y 1744-1747. Tras la derrota rusa en 1729 a manos de los chukchis, el comandante ruso mayor Pavlutskiy fue el responsable de la guerra rusa contra los chukchis y de las matanzas masivas y esclavización de mujeres y niños chukchis en 1730-1731, pero su crueldad sólo hizo que los chukchis lucharan con más fiereza.Forsyth 1994, pp. 145-6. La limpieza de los chukchis y koriakos fue ordenada por la emperatriz Isabel de Rusia en 1742 para expulsarlos totalmente de sus tierras nativas y borrar su cultura mediante la guerra. La orden era que los nativos fueran "totalmente extirpados" con Pavlutskiy liderando de nuevo esta guerra desde 1744-1747 en la que condujo a los cosacos "con la ayuda de Dios Todopoderoso y a la buena fortuna de Su Alteza Imperial", a masacrar a los hombres chukchi y esclavizar a sus mujeres y niños como botín. Sin embargo, los chukchi pusieron fin a esta campaña y les obligaron a rendirse decapitando y matando a Pavlutskiy.Forsyth 1994, p. 146.