La historia de Santoña solo se puede explicar por sus condiciones geográficas, situada al pie del Monte Buciero y rodeada, casi en su totalidad, por el Mar Cantábrico. Así, el refugio que proporcionaba el monte atrajo a los primeros pobladores. Posteriormente, su situación estratégica influyó decisivamente en el devenir histórico y económico de la villa.
Época prehistórica
Se sabe que hubo asentamientos en el Paleolítico y en el Mesolítico. En el monte Buciero se han encontrado yacimientos que se han catalogado como del periodo Magdaleniense Superior y Epipaleolítico. Se han encontrado vestigios en la cueva de San Carlos, La Horca del Fraile, la Fragua, la Higuera y otras. La Universidad de Cantabria tiene establecido un programa de prospección arqueológica por la zona.
Las cuevas y refugios prehistóricos que se han descubierto y han sido estudiados hasta la fecha en el Monte de Santoña son: Cueva del Perro Tradicionalmente era utilizada para cobijo de los rebaños de cabras que se apacentaban en el monte. Su descubrimiento como abrigo prehistórico fue debido al interés y estudio de un grupo de aficionados integrado en su mayor parte por maestros nacionales que solían frecuentar el monte en largas caminatas. En 1984 un santoñés llamado Antonio Vinatea Cagigas, gran conocedor de la zona les puso sobre aviso de la existencia de la cueva. El grupo de maestros descubrió en ella gran indicio de huellas prehistóricas pero en un principio mantuvieron el secreto temiendo que su divulgación desataría una excesiva curiosidad y visitas indiscriminadas que a la larga dañarían el hallazgo. Pasado algún tiempo decidieron comunicar el descubrimiento al Ayuntamiento de Santoña que trató el asunto en la Comisión Permanente en fecha del 16 de febrero de 1984. La Comisión informó al Departamento de Prehistoria y Arqueología de la Universidad de Cantabria. La prensa dio también la noticia y la cueva se vio objeto de varias catas realizadas por estudiosos y aficionados.
El abrigo de la Cueva del Perro está situado a 50 m sobre el nivel del mar y a unos 200 m al este del fuerte de San Carlos, en el acantilado del sureste del monte. La parte inferior estuvo habitada en el Paleolítico (periodo Magdaleniense final) y en ella se encontraron raspadores, buriles y puntas azilienses. Otros restos encontrados demuestran que sus habitantes utilizaron ocres naturales y otros colorantes para sus tareas. En una de sus paredes pueden verse grabados lineales y profundos. El estudio de estos elementos dio a conocer la época de transición del Paleolítico Superior final al Mesolítico, siendo el primer yacimiento costero de Cantabria de estas características.
El grupo de maestros ya citado se interesó por la cueva de San Carlos donde encontró otros vestigios prehistóricos. A raíz de estos descubrimientos la Universidad de Cantabria se interesó con más atención y se realizaron una serie de estudios y exploraciones por el monte, lo que dio lugar al descubrimiento de otras cuevas.
Cueva de La Fragua Los hallazgos encontrados corresponden al Magdaleniense Superior. Sus habitantes (8900 a. C.) se dedicaban a la recolección de caracoles terrestres. En esta cueva se encontraron vestigios de hogueras, huesos y otros utensilios. Hacia el año 6400 la cueva debió ser habitada por hombres cazadores y mariscadores de roca. Cuevas de los Cuartos I y II. Cueva del Fortín de San Carlos. Cuevas de la Hiedra II y III. Cueva de la Peña de la Horca del Fraile con un interesante ajuar de cerámica decorada. Cueva Oscura. Cueva de la Varilla del Faro del Pescador. Cueva de Traslaencrucijada. Cueva de Santa María de Puerto, lugar situado al pie del monte y detrás de la iglesia, lugar muy conocido desde siempre por los vecinos de la zona, del barrio de Santoñuca. Según los estudiosos de estas cuevas, el modo de vida de sus ocupantes era la caza de animales que el propio monte proporcionaba, así como ofrecía abundancia de frutos y productos vegetales. También se dedicaban al marisqueo y a una incipiente pesca fluvial. El monte les ofrecía suficiente leña para el fuego.
Los romanos La romanización fue muy importante en todo el territorio. Los romanos siguieron aquí la misma táctica que en el resto de la península: trazar calzadas y establecer puertos comerciales marítimos como el de Portus Vereasueca, Portus Blendium y Portus Victoriae Iuliobrigensium. Este último se cree que pueda ser o bien la ciudad de Santander o tal vez Santoña. Lo que sí es cierto es que entre los siglos I y IV existía en el lugar ocupado por Santoña un puerto romano situado estratégicamente para el comercio con el sur de la Galia. La arqueología ha dado bastantes datos al respecto. Se cree que estaba ubicado donde se encuentra hoy la iglesia románica de Santa María del Puerto. Entre otros objetos interesantes se han encontrado anzuelos romanos hechos en hierro y en bronce. Había una actividad pesquera muy importante así como la recolección de moluscos que se exportarían a lugares del interior.
Arqueología Al hacer en 1986 unas obras de abastecimiento de agua en la zona de la iglesia y al abrirse para ello unas cuantas zanjas, salieron a la luz junto al pórtico unos fragmentos de época romana. thumb|250px|Fragmentos de un vaso de terra sigillata procecentes de la Galia encontrados en el yacimiento de Julióbriga.Al mismo tiempo y en el espacio del jardín donde ahora están colocadas las campanas de la torre ya desaparecida se halló el fondo de una taza de terra sigillata, pieza de lujo que se fabricaba en el sur de la Galia con el sello (sigillum) del alfarero conocido como Iulius. Al poder datar esta pieza y otras más que fueron apareciendo, los arqueólogos tuvieron base para fechar la ocupación de una colonia romana establecida al amparo del puerto, en la segunda mitad del después de Cristo.
En la parte derecha del jardín apareció el yacimiento más valioso: un nivel romano intacto, un verdadero tesoro para los arqueólogos que lo calificaron como “el nivel romano más sellado de Cantabria”; se encontraron cerámicas de ajuar diario de terra sigillata, decoradas y muy bien trabajadas. Junto a la cerámica aparecieron monedas de los emperadores de los siglos y . Estos restos de ajuar diario, más las teselas de mosaicos, más los fragmentos de vidrio, más los estucos pintados al estilo pompeyano, más pequeñas joyas personales, fíbulas y agujas, todo esto, vino a demostrar un rico nivel de vida de aquellos ciudadanos romanos. También aparecieron aparejos de pesca.
Las excavaciones fueron efectuadas por el Instituto de Prehistoria y Arqueología Sautuola, con la ayuda del Ayuntamiento. Los sondeos dieron la cifra de varios miles de metros cuadrados del hábitat romana, lo que demuestra un establecimiento de cierta importancia. Santoña debió evolucionar favorablemente al amparo del puerto romano y con la caída del Imperio sufriría el mismo declive que el resto de las provincias. En el caso de Santoña este fenómeno se encuentra evidente en la capa de arena de dunas encontrada en el jardín de la iglesia, por encima del nivel romano. Esto indica que a partir de ese nivel no hubo continuación de asentamiento humano; las arenas estériles prueban el despoblamiento de los siglos posteriores hasta llegar al humus superior con indicios de edificaciones y enterramientos.
Reconquista y repoblación En el con el reinado de Alfonso I de Asturias hubo un auge de repoblación. Así se cuenta en la Crónica de Alfonso III. La repoblación en la Alta Edad Media se hacía a partir de los monasterios y uno de los más antiguos fue el de Santa María del Puerto que dio origen real a la villa de Santoña en el . La población de la villa siguió los mismos avatares que la vida del monasterio hasta el en que su poder había ya disminuido.
A mediados del la costa cantábrica sufrió los saqueos y correrías de los normandos. Su objetivo era ocupar Galicia con el fin de tener una buena base desde la cual poder hacer sus incursiones por la costa atlántica. Santoña en este sentido era un puerto estratégico, por lo que trataron de invadirla en varias ocasiones hasta que finalmente lo consiguieron sentando sus bases durante 10 años.
Posiblemente la entrada de Santoña en la historia como núcleo establecido y organizado se deba a la repoblación en torno al monasterio de Santa María de Puerto. De los orígenes del monasterio se sabe poco y relacionado con leyendas, pero sí está documentada la intervención del abad Paterno que llegó a Santoña hacia el 1038. Con el apoyo del rey navarro García III "El de Nájera", restauró el edificio, reorganizó la comunidad religiosa y llevó a cabo una intensa tarea de repoblación. Así fue como aumentó el número de habitantes, se levantaron casas, se cultivó la tierra y comenzó para Santoña la verdadera vida como población. Muchos historiadores consideran al abad Paterno como el verdadero fundador de Santoña.
Tradicionalmente se dice que Santoña tuvo un papel muy importante en la conquista de Sevilla en 1248 por el rey Fernando III el Santo, participando con tropas por tierra y con una escuadra por mar, al mando de Ramón Bonifaz (primer Almirante de Castilla). La contribución de los santoñeses quedó plasmada en el propio escudo de la villa donde aparece abajo una nave y a su derecha una torre que se dice es la torre del Oro de Sevilla.La participación de Puerto en estos sucesos, como núcleo social, no está documentada; la heráldica se refiere a tantas otras participaciones que tuvo Santoña a lo largo de la Historia de España: Florentino Antón Reglero, capitán de la M.M.E. en Santoña, una heráldica municipal acorde con su tradición marítima (1998).
Los linajes en Santoña Según el historiador Lope García de Salazar,Libro de las bienandanzas e fortunas en PuertoSantoña fue conocida como Puerto o Puerto de Santoña. hubo desde antiguo dos linajes: Linaje de los De la Cosa. Linaje de los Laverde (o La Verde). Ambos linajes pertenecían a su vez al bando de Trasmiera llamado bando de los Negretes perteneciente al linaje de los Agüero. Pero a fines del estos dos linajes santoñeses se independizaron el uno del otro: El linaje de los De la Cosa se unió a los linajes de Isla llamados Castillo y Sánchez de Aro. El linaje de los Laverde (o La Verde) se asoció con los Maeda, otro linaje santoñés muy antiguo. Los dos linajes, De la Cosa y Laverde mantuvieron entre sí guerras banderizas por la obtención de la hegemonía de la villa, manteniendo a veces verdaderas batallas campales; estas refriegas duraron hasta finales del cuando fueron eliminadas por la política de los Reyes Católicos y por la imposición de la Santa Hermandad.
Edad Moderna En el ya había asentadas en Santoña familias de marinos que comerciaban con Francia y Flandes, como la familia del Hoyo, que tenía su clientela en Brujas. De una de estas ilustres familias que habitaba en el barrio llamado de La Cosa procedía el navegante Juan de la Cosa, geógrafo y patrón de la carabela Santa María.
El descubrimiento de América llevó consigo un aumento del comercio lo que redundó en la economía de Santoña, favorecida por la disposición de su bahía.
En 1542 los vecinos de Santoña solicitaron a los Reyes Católicos que cesase la sujeción de la abadía de Santa María del Puerto a la de Santa María de Najera, si bien dicha solicitud fue rechazada al oponerse la Casa de Nájera.
Fue en 1579 cuando Felipe II desmembró la abadía de Santa María del Puerto de la jurisdicción del abad de Nájera, aunque posteriormente, en 1615, la Corona cedió la villa a la Casa de Lerma.
En 1639, una escuadra francesa, al mando del Arzobispo de Burdeos arrasó la villa de Santoña, que entró en una fase de declive.