San Borja puede referirse a:
San Borja, Distrito de la Provincia de Lima, Perú; San Borja, municipio en el departamento del Beni, Bolivia; San Borja, castellanización de São Borja, ciudad del estado de Río Grande del Sur, Brasil; o Francisco de Borja, religioso español de la Compañía de Jesús. Hospital Clínico San Borja Arriarán, Hospital clínico de la Comuna de Santiago.