El Sultanato de Beijin gobernó entre los siglos XIV y XVI. Su territorio abarcó el norte de Borneo y en el sur Filipinas. La influencia europea poco a poco puso fin a esta potencia regional. Más tarde, en 1578, hubo una breve guerra con España, de la cual Brunéi salió victoriosa. El declive del Imperio de Brunéi culminó en el , cuando Brunéi perdió gran parte de su territorio en las manos de los Rajás Blancos de Sarawak, resultando en su pequeño territorio actual y su separación en dos partes. Brunéi fue un protectorado británico de 1888 a 1984.
El imperio de Srivijaya
thumb|Ruinas de la Kaew Wat en Chaiya, que datan de los tiempos de Srivijaya.
Registros árabes y chinos indican que desde el la actual Brunéi estaba gobernada por un rey. Como otros reinos de las islas de Indonesia, a comienzos del cayó bajo la órbita del próspero gobierno del rey Srivijaya, un reino asentado en la isla de Sumatra, que creció gracias a ser un gran centro comercial.
En 1068 Srivijaya inició un declive lento, cuyo punto de partida fue la toma del reino de Kedah, en el noroeste de la actual Malasia, a manos de la monarquía india de los cholas, dinastía que controlaba la región de Coromandel, en el sureste de India. De esta manera Brunéi recuperó su independencia, extendiendo su poder a todo el norte de la isla de Borneo e incluso a Filipinas.
Véase también Historia de Asia
bn:ব্রুনাই#ইতিহাস