alt=|derecha|miniaturadeimagen|227x227px|Escudo de Millonarios en conmemoración de la época de El Dorado. Utilizado de 2011 a 2012. El uniforme de Millonarios usa los colores azul y blanco. No obstante, en sus inicios en 1938, cuando el club era el Club Municipal de Deportes, vestía con camiseta blanca y pantaloneta negra, ya que utilizaba los que en esa época eran los colores de la bandera de la ciudad de Bogotá, después vino en 1939, el cambio al color azul propiciado por el del Club Atlético Tigre de Argentina, que finalmente en 1941 se convirtió en el actual.
Actualmente, el equipo mantiene una identidad definida para sus uniformes local y visitante. Su uniforme local consta de: camiseta azul, pantaloneta blanca y medias azules, mientras que el uniforme de visita, históricamente, consta de: camiseta blanca, pantaloneta azul o blanca y medias blancas. Sin embargo, con la llegada de adidas en 2009, Millonarios ha presentado uniformes alternativos de color amarillo, dorado, negro, gris y rosado.
Aunque históricamente el equipo no cuenta con un color definido para su tercer uniforme, algunas veces que ha presentado una tercera opción, esta ha optado por los colores negro, o dorado.
Historia Blanco y negro
1938-1946 En sus inicios, el uniforme del club distaba de los vivos azul y blanco actuales. Fue por primera vez que el club contó con colores oficiales al ser adquirido por la Municipalidad y el Concejo de Bogotá. El club fue denominado Club Municipal de Deportes, recibió el escudo del águila rampante (primer emblema del club) y los colores oficiales de la ciudad, que en ese entonces eran el blanco y el negro. Se recurrió a una equipación que constó de camiseta blanca, pantaloneta negra y medias negras con una franja blanca. A la altura de pecho, en la parte izquierda, se posó el escudo de la ciudad, representando así la alianza que se ostentaba. En la equipación del guardameta se invirtió la disposición cromática, utilizando camiseta negra con short y medias blancas.
Dicho uniforme y colores se mantendrían hasta 1939, cuando después de la desvinculación del municipio, el club cambia de nombre, escudo y colores oficiales.
Azul y blanco 1939-1980 El 13 de agosto de 1939 se utilizó por primera vez en la historia del club el emblemático uniforme azul, en esa ocasión combinado con pantaloneta azul y medias grises. Dicho uniforme estaba basado en aquel que usaba el equipo argentino Tigre, equipo del cual Fernando Paternoster era hincha. Dichos colores se mantuvieron, sin embargo al siguiente partido Manuel Briceño Pardo sugirió cambiar la pantaloneta por una de color blanco, y a su vez implementar medias azules, eso debido a su militancia en el Partido Conservador. Fue así como se estableció el que hasta la actualidad es el uniforme oficial del equipo, el cual consta de camiseta azul, pantaloneta blanca y medias azules.
Desde su fundación oficial en 1946 se mantuvo dicha equipación sin agregar mayores detalles. Se utilizaban camisetas de algodón abotonables, las cuales no presentaban mayor personalización más allá de la numeración reglamentaria, que entonces era bordada en tela en la espalda del jugador. Durante esa época el club no estampó el escudo en la camiseta, no fue sino hasta 1948 cuando el escudo apareció por primera vez en la camiseta del equipo.
Debido a que en esa época no existía la figura de proveedor o patrocinador técnico, el club era el encargado de la confección de los uniformes, razón por la cual no se veían diseños extravagantes o cambios notables en la indumentaria, pues un diseño podía ser utilizado por dos o más años si era necesario.
Con el paso del tiempo la camiseta fue evolucionando, esta pasó a ser cerrada, dejando atrás botones, y posteriormente, cuellos polo, simplificándose a una vestidura básica de cuello redondo blanco con detalles en las mangas y cuello de la misma.
1980-1990 En los años 1980 Millonarios innovó al presentar por primera vez un patrocinador, se trató de la empresa aseguradora colombiana Colseguros, la cual estampó su logotipo en el frente de la camiseta y en la manga derecha del short por dos años. Cuatro años más tarde llegaría adidas, en condición de proveedor, quien confeccionaría la ropa del club hasta 1985. Posteriormente llega nanque, encargada de la confección de la camiseta de 1986. Seguidamente el club firmaría con Puma, quien permanecería un año. Terminaría la década con un contrato por dos años con la empresa colombiana Torino. Ya en los 90's empieza con un contrato por dos años con Saeta, tras terminar dicho contrato vuelve a firmar por dos años con Torino. En 1994 llega la marca inglesa Umbro, la cual diseña una camiseta bastante apreciada por los hinchas: emplea un cuello polo blanco decorado con rombos azules y un patrón azul en la tela, creando un diseño sobrio y a la vez elegante. La marca inglesa se mantendría en el equipo embajador hasta mediados de 1995 donde, según se afirma, por incumplimiento de contrato este se rompería entre ambas partes dando el regreso de Torino. El diseño de la camiseta de 1995 deja un entonces polémico y novedoso diseño con mangas blancas, nunca antes visto. En 1996 ocurre un hecho relevante. Millonarios vuelve a vestir la marca Nanque, la cual confecciona unos uniformes especiales para el aniversario número 50 de la fundación del equipo. No obstante los diseños serían descartados, razón por la cual se jugarían algunos partidos con el uniforme Umbro de la temporada 94-95. Para el segundo semestre del año regresa la alemana Adidas, la cual junto al patrocinio de Cerveza Leona darían paso a una de las camisetas más recordadas de la historia del club, sin embargo también habrían problemas con la indumentaria, aduciéndole 'mala suerte'. Nuevamente se cortaría el contrato con la marca alemana, lo que llevó a que en un periodo de tiempo Millonarios usara hasta 4 uniformes de marcas distintas: El diseñado por Adidas, el provisional de Saeta, uno de una desconocida marca Wala, y finalmente uno de la marca colombiana Torino. Para 1997 el club firma por cuarta y última vez con la empresa Torino, en dicha ocasión aparece un insólito diseño con 4 escudos a modo de marcas de agua. Finalmente termina el siglo con la marca belga Patrick que viste al club en los años 1998 y 1999.
2000 Millonarios empieza el vistiendo ropa de la marca colombiana Saeta. En el año 2001 se presentan tres camisetas. La primera y la segundan presentan un diseño con dos grandes estrellas en las mangas. Tal como era habitual, la primera camiseta fue azul y la segunda blanca. La tercera equipación fue negra, con un diseño sencillo basado en el logotipo del patrocinador COMCEL. En 2002 hubo dos diseños, uno para el Torneo Apertura y otro para el Torneo Finalización 2002. En 2003 llega la marca china Runic firmando por dos años. Durante los primeros 6 meses se utiliza una equipación provisional sin marca, finalmente el diseño definitivo llega para el Torneo Finalización 2003, el cual presenta por primera vez la inclusión de un tercer color, siendo este el negro.
En 2005 regresa Saeta. La marca presenta una camiseta con un diseño a franjas azul oscuro, nunca antes visto en el club, mientras que la camiseta blanca alternativa tuvo un diseño con unas delgadas líneas azules. izquierda|miniaturadeimagen|177x177px|Escudo utilizado durante 2006 para conmemorar los 60 años del club. Para 2006 se presentaron los nuevos uniformes siguiendo una línea más conservadora, esto debido a la celebración de los 60 años del club. Se implementó un escudo de edición especial en el cual se adornó el escudo con dos ramas de olivo, un '60' tomó el lugar de los aros entrelazados, en honor a los 60 años del club; 13 estrellas en la parte superior, haciendo referencia a los trece campeonatos colombianos ganados por el equipo. Las camisetas fueron sencillas, de diseño clásico y sobrio. La titular fue íntegramente azul, con pantaloneta blanca y medias azules con el escudo del equipo. La camiseta alternativa presentó el mismo diseño, pero en color blanco, agregando nada más un detalle azul bajo las axilas. Con el mismo diseño de la alternativa, pero en color negro en vez de blanco, se presentó la tercera equipación. En el mismo año llega Pepsi como patrocinador principal, tomando el lugar de Giros y Finanzas de Western Union.
En 2007 se sigue con la línea de lo conservador. Se presentan nuevamente tres uniformes: El titular y el alternativo compartieron diseño, siendo de un solo color con unas líneas que atravesaban desde el cuello hasta la manga de la camiseta. La tercera camiseta presentó un diseño único, de color negro, adornada con una franja celeste en medio limitada por dos delgadas líneas blancas, y en el fondo un diseño del escudo con motivo de fuego. Finalmente en 2008 se presentan las últimas camisetas de Saeta en Millonarios. La colección tuvo 3 camisetas: dos titulares, una para el Torneo Apertura 2008 y otra para el Torneo Finalización 2008, y una alternativa blanca para todo el año.
En el año 2009 regresa la marca alemana adidas, la cual ya había patrocinado al club entre 1984 y 1985, y 1996. Con la llegada de la marca de las 3 tiras se presenta un nuevo escudo, el cual se mantendría hasta 2012.
2010 Época adidas Millonarios empieza una nueva década con la marca alemana. De cara a la temporada 2010 se presenta el nuevo uniforme titular, presentando unas variaciones con respecto al de 2009. A mitad de año se presenta la nueva camiseta alternativa, rompiendo los esquemas anteriormente establecidos. Con motivo del bicentenario de la independencia de Colombia, adidas diseñó una camiseta amarilla con detalles azules y rojos, emulando la bandera del país, siendo esta la primera y única vez que los 'embajadores se visten de amarillo.
En 2011 se presenta la camiseta titular, haciendo conmemoración a la época de El Dorado. La camiseta tomó un tono de azul más oscuro con respecto al utilizado anteriormente, los detalles se tiñeron de color dorado, reemplazando el habitual blanco. El uniforme es completado por shorts blancos con líneas azules y medias azules con franjas doradas. De la misma manera la numeración y el escudo tomaron color dorado. En septiembre se presenta la nueva camiseta alternativa, la cual siguiendo la línea de la local elige como principal el color dorado, dando paso al azul para los detalles secundarios. Con estas dos equipaciónes Millonarios volvió a ganar un torneo doméstico, la Copa Colombia ante Boyacá Chicó. alt=|izquierda|miniaturadeimagen|144x144px|Escudo de Millonarios utilizado desde 2012 hasta 2014. Para 2012 Adidas preparaba una camiseta con detalles dorados, que adpota el nuevo escudo de 'Millonarios Fútbol Club', no obstante, tras un robo de un cargamento de dicha equipación, Millonarios se vio obligado a seguir utilizando su equipación de la temporada pasada durante el primer semestre del año. El 27 de junio se presentó el uniforme definitivo de Millonarios para 2012, dejando atrás los detalles en dorado y empleando solo los colores azul y blanco. Con este uniforme, Millonarios rompió una racha de 24 años sin ganar títulos de liga, y se consagró campeón del Torneo Finalización.
En 2013 se presenta un novedoso uniforme negro con detalles en celeste.
En 2014 el uniforme se tiñe de azul claro, con la novedad de emplear detalles en celeste y cuello polo blanco. A diferencia de lo habitual, la pantaloneta del uniforme no fue blanca sino celeste con detalles en celeste. Bajo el escudo apareció el lema 'Somos Embajadores'. En agosto del mismo año se presentó el nuevo uniforme alternativo, volviendo al color blanco tras 5 años de ausencia.