El nombre de Francisco Javier Hernández puede aludir a alguno de los siguientes individuos:
Francisco Javier Hernández Basante (nacido en 1972). Ajedrecista costarricense que en 1999 obtuvo el título de MI (maestro internacional). Francisco Javier Hernández García, más conocido como Javi Hernández (nacido en 1983). Futbolista español. Francisco Javier Hernández (jesuita), un jesuita aragonés del . Francisco Javier Hernández Cardona, historiador español.