Minnesotan historiaan ovat vaikuttaneet sen alkuperäinen amerikkalaisväestö, eurooppalaisten tutkimusmatkat ja uudisraivaus sekä osavaltion runsaiden luonnonvarojen ansiosta syntynyt teollisuus. Minnesota saavutti huomattavan aseman turkiskaupalla, puuteollisuudella ja maataloudella sekä myöhemmin rautateiden, myllyjen ja rautakaivosten avulla. Nämä teollisuusalat ovat yhä tärkeitä, mutta nykyisin osavaltion talouden kannalta tärkeimpiä ovat pankki-, tietokone- ja terveydenhoitoala.

thumb|right|Fort Snellingin linnakkeella on ollut keskeinen osa Minnesotan historiassa ja Minneapolisin ja Saint Paulin kaupunkien kehityksessä. Varhaisimmat tunnetut asukkaat tulivat alueelle suurriistalaumojen perässä viimeisen jääkauden aikana. Heitä seurasivat anishinaabet, dakotat ja muut alkuperäisamerikkalaiset. 1600-luvulla Ranskasta saapui turkiskauppiaita. 1800-luvulla länteen päin siirtyvät eurooppalaiset karkottivat suurimman osan alkuperäisasukkaista. Varhaisia uudisasukkaita alueelle toi Yhdysvaltojen paikallisia etuja suojelemaan rakennettu Fort Snellingin linnake. Ensimmäiset uudisasukkaat käyttivät Saint Anthony Fallsin putousta sahalaitosten voimanlähteenä alueella, josta syntyi Minneapolis, ja toiset asettuivat asumaan joen alajuoksulle alueelle, josta tuli Saint Paul.

Minnesota liitettiin Yhdysvaltoihin 1849 Minnesotan territoriona, ja 11. toukokuuta 1858 siitä tuli Yhdysvaltain 32. osavaltio. Yhdysvaltain sisällissodan ja vuonna 1862 käydyn dakota-sodan mullistusten jälkeen osavaltion talous alkoi kehittyä, kun luonnonvarat valjastettiin puuteollisuuden ja maatalouden käyttöön. Rautatiet toivat mukanaan siirtolaisia, vakiinnuttivat maatalouden asemaa ja toivat markkinoille kauppatavaraa. Saint Anthony Fallsin tuottama sähkövoima siivitti Minneapolisin kasvua, ja kehittyneet jauhamismenetelmät antoivat sille ”maailman myllypääkaupungin” nimen.

Uusi teollisuusala syntyi, kun pohjoisesta löydettiin rautamalmia. Sitä louhittiin suhteellisen helposti avolouhoksilta ja laivattiin Duluthin ja Two Harborsin satamista Suurten järvien terästehtaisiin. Taloudellinen kehitys ja yhteiskunnalliset muutokset kasvattivat osavaltion hallinnon merkitystä ja johtivat maaltamuuttoon. 1930-luvun lama toi mukanaan irtisanomisia kaivoksissa ja kireyttä työmarkkinasuhteissa, mutta New deal -hankkeet auttoivat osavaltiota. Toisen maailmansodan jälkeen Minnesota tuli tunnetuksi teknologiasta, jolle ensimmäiset tietokoneyhtiöt Sperry Rand, Control Data ja Cray antoivat alkusysäyksen. Guthrie-teatterin, Minnesota Orchestran ja Walkerin taidekeskuksen kaltaisten kulttuurilaitosten avulla Twin Cities -alueesta (Minneapolis-Saint Paul) tuli myös alueellinen taiteiden keskus.

Alkuperäisväestöjen asutus thumb|right|Ojibwa-naisia kanootissa, Leechjärvi, 1909. Minnesotan vanhimmat tunnetut ihmisen jäännökset, noin 9 000 vuoden takaa, löydettiin Browns Valleyn läheltä vuonna 1933. ”Browns Valleyn ihmisen” mukana löydettiin Clovis- ja Folsom-tyyppisiä työkaluja. Osa varhaisimmista todisteista pysyvästä asutuksesta alueella on peräisin Mille Lacs -järven lähellä sijaitsevasta Bradbury Brookista, jossa oli asutusta noin 7 500 vuotta eaa. Myöhemmin alueella kehittyi laajoja kaupankäyntiverkostoja. Vuonna 1931 Otter Tailin piirikunnasta löydettiin varhaisen asukkaan ruumis, joka tunnetaan ”Minnesotan naisena”. Radiohiiliajoituksen perusteella hänen pääteltiin liikkuneen alueella noin 6 600 vuotta eaa. Hänellä oli mukanaan aiemmin vain Floridassa tavatun Busycon perversa -etanalajin kotilonkuori.

Useita satoja vuosia myöhemmin Minnesotan ilmasto lämpeni huomattavasti. Kun mammutin kaltaiset suuret eläimet kuolivat sukupuuttoon, alkuasukkaat muuttivat ruokavaliotaan. He keräsivät pähkinöitä, marjoja ja vihanneksia ja metsästivät pienempiä eläimiä, kuten peuraa, biisonia ja lintuja. Tältä ajalta löydetyt kivityökalut olivat pienempiä, ja ne soveltuivat paremmin uusien ravintolähteiden käyttöön. He kehittivät myös uusia kalastusmenetelmiä, kuten koukkuja, verkkoja ja atraimia. Noin 5 000 vuotta eaa. ihmiset Yläjärven rannalla (Minnesotassa ja osittain nykyisten Michiganin, Wisconsinin ja Kanadan alueilla) alkoivat maanosan ensimmäisten joukossa valmistaa metallityökaluja. Hyvin kuparipitoiset malminkappaleet taottiin ensin karkeaan muotoon, karkaistiin kuumentamalla, taottiin uudelleen, viimeisteltiin muotoonsa ja kuumennettiin vielä kerran. Kärjet saattoivat olla niin teräviä, että niitä voitiin käyttää veitsinä tai keihäänkärkinä.

Arkeologisia todisteita alkuperäisamerikkalaisasutuksesta on löydetty 3000-luvulta eaa. asti. Jeffersin kalliopiirrosalueella Lounais-Minnesotassa on kaiverruksia myöhäisarkaaiselta kaudelta ja ajanjaksolta 1750 eaa.–900 eaa. Lyhytaikaisissa asuinpaikoissa alkoi ilmetä keramiikkaesineitä noin vuonna 1000 eaa. Noin 700 vuotta eaa. koottiin ensimmäiset hautakummut, ja käytäntö jatkui eurooppalaisten saapumiseen asti, jolloin osavaltiota täplitti 10 000 kumpua.

Hopewellin kulttuurin uskotaan vaikuttaneen Mississippijoen rannoilla 200-luvulta eaa. noin 400-luvulle jaa. asti. 800-luvulla jaa. alueen pääasiallinen vilja oli intiaaniriisi, etelämpänä maissi. Muutamassa sadassa vuodessa Mississippin kulttuuri saavutti osavaltion kaakkoisosan, jonne perustettiin laajoja kyliä. Dakota-heimon kulttuuri saattaa periytyä joiltakin Mississippin kulttuurin kansoilta.

Kun eurooppalaiset alkoivat ensimmäisen kerran tutkia Minnesotaa, aluetta asuttivat pääasiassa dakota-heimot. Ojibwat (kutsutaan joskus myös nimillä chippewa ja anishinaabe) alkoivat siirtyä länteen kohti Minnesotaa 1700-luvun tienoilla. Näiden heimojen elinkeinoja olivat pääasiassa metsästys ja keräily. Long Prairien lähellä oli myös pieni ryhmä ho-chunk (winnebago) -heimon edustajia, jotka muuttivat myöhemmin vuonna 1855 Blue Earthin piirikunnassa sijaitsevaan reservaattiin.

Eurooppalainen löytöretkeily

Kiistellyssä muinaisjäännöksessä, Kensingtonin riimukivessä, lukee että Minnesotan alueella olisi käynyt skandinaavinen retkikunta jo vuonna 1362. Riimukirjoitustutkijat kuitenkin pitävät kiveä 1800-luvun väärennöksenä.

Yhteys eurooppalaisten ja Minnesotan alkuasukkaiden välillä on pystytty vahvistamaan muutamia satoja vuosia tätä myöhemmälle ajalle. 1650-luvun lopulla Pierre-Esprit Radisson ja Médard des Groseilliers olivat luultavasti ensimmäiset, jotka tapasivat dakotoja, ja paikka oli Yläjärven eteläranta, josta tuli myöhemmin Wisconsinin pohjoisosa. Pohjoisrantaa tutkittiin 1660-luvulla, ja ensimmäisiä siellä liikkuneita oli Madeline Island -saarella vaikuttanut lähetyssaarnaaja Claude-Jean Allouez. Hän laati kartan alueesta vuonna 1671.

Näihin aikoihin ojibwa-heimon länteen suuntautuva muuttoliike saavutti Minnesotan. Koska he olivat tulleet Mainen ympäristöstä, heillä oli kokemusta asioinnista eurooppalaisten kauppiaiden kanssa. He kävivät kauppaa turkiksilla, ja heillä oli tuliaseita. Seuraavina vuosina ojibwa- ja dakota-heimojen suhteet kiristyivät.

Vuonna 1671 Ranska allekirjoitti monien heimojen kanssa sopimuksen, jolla se salli kaupankäynnin. Pian ranskalainen kauppias Daniel Greysolon, Sieur du Lhut saapui alueelle ja alkoi käydä kauppaa paikallisten heimojen kanssa. Du Lhut tutkimusmatkaili Yläjärven länsipuolella lähellä kaimaansa, Duluthin kaupunkia, ja sen eteläpuolisilla alueilla. Hän avusti rauhansopimuksen teossa dakota- ja ojibwa-heimojen välille vuonna 1679.

thumb|left|Maalaus, jossa isä Hennepin löytää Saint Anthonyn putouksen. Katolinen pappi, isä Louis Hennepin, hänen kumppaninsa Michel Aco ja Antoine Auguelle (alias Picard Du Gay) suuntasivat Illinoisin alueelta pohjoiseen saavuttuaan sille alueelle Robert Cavelier de La Sallen johtaman tutkimusryhmän mukana. Eräs dakota-heimo vangitsi heidät vuonna 1680. Heimon kanssa ollessaan he löysivät Saint Anthonyn putouksen ja nimesivät sen. Du Lhut ryhtyi neuvottelemaan saadakseen Hennepinin ryhmän vapautetuksi. Hennepin palasi Eurooppaan ja kirjoitti matkoistaan kirjan, Description of Louisiana, joka julkaistiin vuonna 1683. Kirjassa monet asiat esitettiin hyvin väritettyinä, kuten Saint Anthonyn putousta koskeva osuus. Hän esimerkiksi kuvasi putouksen 15–18 metriä korkeaksi, kun sen todellinen korkeus oli vain noin viisi metriä. Vuoden 1700 tienoilla Pierre-Charles Le Sueur löytöretkeili Minnesota-jokea pitkin Blue Earthin alueelle saakka. Hän luuli sinisen maan olevan kuparin lähde ja puhui mineraalilla rikastumisen mahdollisuuksista, mutta alueella ei todellisuudessa ollut kupariesiintymiä.

Tarujen Luoteisväylää ja Pohjois-Amerikan suuria sisämeriä etsivät löytöretkeilijät kulkivat edelleen osavaltion läpi. Vuonna 1721 ranskalaiset rakensivat Fort Beauharnois’n linnakkeen Pepinjärvelle. Vuonna 1731 Pierre La Vérendrye kulki ensimmäisenä eurooppalaisena Grand Portagen reitin läpi. Hän käytti assiniboine-opas Ochagachin tuohelle piirtämää karttaa. Turkisyhtiö ja Hudson’s Bay Companyn kilpailija North West Company perustettiin Grand Portagen varrelle 1783-1784.

Massachusettslainen suutari Jonathan Carver kävi alueella vuonna 1767 toisen löytöretken yhteydessä. Tavarapulan vuoksi hän ja muu tutkimusryhmä pystyivät viipymään alueella vain suhteellisen lyhyen ajan. He suuntasivat takaisin itään Fort Michilimackinacin kauppa-asemalle, missä Carver kirjoitti matkoista päiväkirjoja, vaikkakin monet väittivät jälkeenpäin kertomusten olevan suurelta osin muilta plagioituja. Kertomukset julkaistiin vuonna 1778, mutta Carver kuoli ennen kuin ehti ansaita kirjalla juurikaan rahaa. Carverin piirikunta ja Carverin luola on nimetty hänen mukaansa.

Vuoteen 1818 asti Red Riverin jokilaaksoa pidettiin osana Britanniaa, ja alueelle suunniteltiin useita siirtokuntia, näistä esimerkkinä Red River Colony -siirtokuntahanke. Red Riverin ja 49. leveyspiirin muodostama rajalinja merkittiin vasta vuonna 1823 Stephen H. Longin johtaman tutkimusretken yhteydessä. Kun sadat uudisasukkaat lähtivät Red River Colony -siirtokunnasta 1820-luvulla, he siirtyivät Red Riverin jokilaakson kautta Yhdysvaltojen alueelle, sen sijaan että olisivat muuttaneet Kanadan itäosiin tai palanneet Eurooppaan. Aluetta oli asuttanut 1600-luvun puolivälistä asti métis-kansa, alkuasukkaiden ja turkistyöläisten jälkeläiset.

Mississippi-joen alkulähteen määrittämiseksi tehtiin useita yrityksiä. Todellinen alkulähde löydettiin vuonna 1832, kun Ozaawindibin (”Keltainen Pää”) johtama ryhmä ojibwoja opasti Henry Schoolcraftin Minnesotan pohjoisosassa sijaitsevalle järvelle. Schoolcraft nimesi sen Itascajärveksi yhdistäen latinan kielen sanat veritas (totuus) ja caput (pää). Järven alkuperäinen nimi oli Omashkooz, mikä tarkoittaa hirveä. Muita löytöretkeilijöitä alueilla olivat Zebulon Pike vuonna 1806, majuri Stephen Long vuonna 1817 ja George William Featherstonhaugh vuonna 1835. Featherstonhaugh johti geologista tutkimusta Minnesota-joen laaksossa ja kirjoitti matkakertomuksen A Canoe Voyage up the Minnay Sotor.

Joseph Nicollet tutki aluetta 1830-luvun loppupuolella ja kartoitti alueita Mississippi-joen yläjuoksulla, St. Croix -joella ja maa-alueella Mississippi- ja Missouri-jokien välissä. Hän ja John C. Frémont jättivät jälkensä osavaltion lounaisosaan, kun he kaiversivat nimensä kiveen Winnewissan putouksen lähellä sijainneella katliniittilouhoksella (nykyisin alue on osa Pipestonen kansallismonumenttia Pipestonen piirikunnassa).

Henry Wadsworth Longfellow ei koskaan tutkimusmatkaillut osavaltiossa, mutta hän auttoi tekemään sen tunnetuksi. Hän julkaisi vuonna 1855 runon The Song of Hiawatha, jossa on viittauksia moniin Minnesotan alueisiin. Tarina perustui ojibwa-tarustoihin, joita muut löytöretkeilijät ja kaupankävijät toivat mukanaan palatessaan itään, erityisesti Henry Schoolcraftin keräämään aineistoon.

Aluejako ja uudisasutus Maan valtaus

thumb|right|Minnesotan territorion kartta(1849–1858).