UEFA Cupin kauden 2008–2009 lohkovaiheen arvonta suoritettiin 7. lokakuuta 2008. Ottelut alkoivat 23. lokakuuta ja loppuivat 18. joulukuuta 2008.

Lohkot Joukkueet jaetaan kahdeksaan viiden joukkueen lohkoon, joissa lohkojen joukkueet pelaavat toisiaan vastaan vain kerran. Jokaisen lohkon kolme parasta pääsevät pudotuspelien neljännesvälieriin. Lohkon neljänneksi ja viidenneksi sijoittuvat putoavat pois.

Jos lohkoissa päädytään tasapisteisiin, lohkosijoitukset ratkaistaan seuraavasti: joukkueiden kaikkien otteluiden maaliero joukkueiden kaikkien otteluiden tehdyt maalit joukkueiden kaikkien vierasotteluiden tehdyt maalit joukkueiden voitot joukkueiden vierasvoitot UEFA:n oma rankinglista

Pelien alkamisajat on Suomenajassa GMT+2

Lohko A Joukkue Pisteet O V T H TM PM ME Manchester City FC 7 4 2 1 1 6 5 +1 FC Twente 6 4 2 0 2 5 8 -3 Paris Saint-Germain 5 4 1 2 1 7 5 +2 Racing Santander 5 4 1 2 1 6 5 +1 FC Schalke 04 4 4 1 1 2 5 6 -1 O = ottelut, V = voitot, T = tasapelit, H = häviöt, TM = tehdyt maalit, PM = päästetyt maalit, ME = maaliero

Lohko B Joukkue Pisteet O V T H TM PM ME FK Metalist Harkova 10 4 3 1 0 3 0 +3 Galatasaray SK 9 4 3 0 1 4 1 +3 Olympiakos 6 4 2 0 2 9 3 +6 Hertha BSC 2 4 0 2 2 1 6 -5 SL Benfica 1 4 0 1 3 2 9 -7 O = ottelut, V = voitot, T = tasapelit, H = häviöt, TM = tehdyt maalit, PM = päästetyt maalit, ME = maaliero

Lohko C Joukkue Pisteet O V T H TM PM ME Standard Liège 9 4 3 0 1 5 3 +2 VfB Stuttgart 7 4 2 1 1 6 3 +3 UC Sampdoria 7 4 2 1 1 4 5 -1 Sevilla FC 6 4 2 0 2 5 2 +3 FK Partizan 0 4 0 0 4 1 8 -7 O = ottelut, V = voitot, T = tasapelit, H = häviöt, TM = tehdyt maalit, PM = päästetyt maalit, ME = maaliero

Lohko D Joukkue Pisteet O V T H TM PM ME Udinese Calcio 9 4 3 0 1 6 4 +2 Tottenham Hotspur FC 7 4 2 1 1 7 4 +3 NEC Nijmegen 6 4 2 0 2 6 5 +1 FK Spartak Moskova 4 4 1 1 2 5 6 -1 NK Dinamo Zagreb 3 4 1 0 3 4 9 -5 O = ottelut, V = voitot, T = tasapelit, H = häviöt, TM = tehdyt maalit, PM = päästetyt maalit, ME = maaliero

Lohko E Joukkue Pisteet O V T H TM PM ME VfL Wolfsburg 10 4 3 1 0 13 7 +6 AC Milan 8 4 2 2 0 8 5 +3 Sporting Clube de Braga 6 4 2 0 2 7 5 +2 Portsmouth FC 4 4 1 1 2 7 8 -1 SC Heerenveen 0 4 0 0 4 3 13 -10 O = ottelut, V = voitot, T = tasapelit, H = häviöt, TM = tehdyt maalit, PM = päästetyt maalit, ME = maaliero

Lohko F Joukkue Pisteet O V T H TM PM ME Hamburger SV 9 4 3 0 1 7 3 +4 AFC Ajax 7 4 2 1 1 5 4 +1 Aston Villa FC 6 4 2 0 2 5 6 -1 MŠK Žilina 4 4 1 1 2 3 4 -1 SK Slavia Praha 2 4 0 2 2 2 5 -3 O = ottelut, V = voitot, T = tasapelit, H = häviöt, TM = tehdyt maalit, PM = päästetyt maalit, ME = maaliero

Lohko G Joukkue Pisteet O V T H TM PM ME AS Saint-Étienne 8 4 2 2 0 9 4 +5 Valencia CF 6 4 1 3 0 8 4 +4 FC Kööpenhamina 5 4 1 2 1 4 5 -1 Club Brugge KV 3 4 0 3 1 2 3 -1 Rosenborg BK 2 4 0 2 2 1 8 -7 O = ottelut, V = voitot, T = tasapelit, H = häviöt, TM = tehdyt maalit, PM = päästetyt maalit, ME = maaliero

Lohko H Joukkue Pisteet O V T H TM PM ME PFK TsSKA Moskova 12 4 4 0 0 12 5 +7 Deportivo La Coruña 7 4 2 1 1 5 4 +1 KKS Lech Poznań 5 4 1 2 1 5 5 0 AS Nancy 4 4 1 1 2 8 7 +1 Feyenoord Rotterdam 0 4 0 0 4 1 10 -9 O = ottelut, V = voitot, T = tasapelit, H = häviöt, TM = tehdyt maalit, PM = päästetyt maalit, ME = maaliero

Luokka:Jalkapallosarjojen kausi 2008–2009/2009