Rautakaudella Turussa oli Aurajoen ja Vähäjoen laaksoissa jo runsaasti maaseutumaista asutusta vilkkaine kauppayhteyksineen. Eräs varhainen todiste tästä on Kuralan Hannunniitussa tutkittu esiroomalaisen rautakauden hauta. roomalaisella rautakaudella löydöt yleistyvät: Maariassa on tutkittu suuri Kärsämäen kalmisto. Muita rautakautisia muinaisjäännöksiä nykyisellä Turun alueella ovat esimerkiksi Ristimäen merovingiaikainen polttokenttäkalmisto Kuralan kaupunginosassa sekä viikinki- ja ristiretkiaikaiset ruumiskalmistot Maarian Saramäessä ja Kaarinan Kirkkomäellä.
Turun nimi on slaavilainen lainasana, ja Paaskunnan (murresana paas ’panna, laittaa, asettaa’) kaupunginosan muistuttaa pogost-sanaa (novgorodilainen hallintoalue). Varmoja arkeologisia tai historiallisia todisteita novgorodilaisesta kauppiasyhteisöstä Aurajokilaaksossa ei kuitenkaan ole.
Varhaisempi rautakausi (noin 500 eaa. – 550 jaa.)
Suomen rannikkoseudut Turku mukaan lukien kuuluivat pronssikaudella läntisen pronssikulttuurin piiriin, jolla oli vahvat siteet Skandinaviaan. Pronssikauden jo ennestään harvat metallilöydöt ehtyvät lähes kokonaan tämän ajanjakson loppuvaiheessa. Muutamat Turun seudulta Maariasta ja Kärsämäestä tehdyt löydöt on sijoitettu noin vuoden 500 eaa. tienoille, eli niin sanottuun esiroomalaiseen ajanjaksoon, josta varhaisen rautakauden katsotaan alkavan. Vähäinen löytöisyys niin Turussa, Suomessa kuin laajemminkin Pohjoismaissa tällä aikakaudella on johtunut todennäköisimmin nykytutkimuksen mukaan kauppasuhteiden muuttumisesta, jolloin metallia oli vähemmän käytettävissä, eivätkä orgaanisesti valmistetut korvaavat välineet ole säilyneet nykypäiviin saakka.
Noin ajanlaskun alussa ilmaantui Suomen rannikolle joukko kalmistoja, jotka ovat osoittaneet, että alueelle on siirtynyt tai syntynyt todellinen rautakautinen kulttuuri ja väestö. Vanhimpiin näistä löydöistä lukeutuu Turun Kärsämäen kalmisto, joka on tehty aiemman kivikautisen asuinpaikan tienoille. Vanhimpiin löytöihin lukeutuu myös Maarian Saramäen Marttilan ja Maarian Katajamäen kalmistot. Kärsämäestä on tutkittu kymmenittäin hautoja, mutta hautoja on näiden tutkimusten pohjalta arvioitu olevan vielä paljon enemmänkin. Valtaosa löydetyistä haudoista on polttohautoja, joissa vainaja on poltettu roviolla ja palaneet luut, tuhka ja hiilet on yhdessä hautakaluston kanssa sijoitettu matalaan, noin 30–60 sentin tai joskus jopa metrinkin läpimittaisiin kuoppiin. Useimmiten jäännökset oli laitettu maahan savi- tai puuastiassa eli uurnassa. Uurnan viereen on usein löydetty sijoitettuna pikkuesineitä ja joskus myös aseita.
Jotkin haudoista on Kärsämäessä sijoitettu eräänlaisten kehien keskelle, ja kehän reunojen on arveltu olleen jonkinlaisia ojia tai aitoja, jotka ovat myöhemmin maatuneet. Vastaavanlaisia kalmistoja ei ole muualta Suomesta löydetty. Esineistönä Kärsämäen kalmistoista on löydetty keihäänkärkiä, kaksi miekkaa, tikari, sakset, sirppejä, solkia, neuloja, renkaita ja koruja. Harvinaisuutena Suomessa Kärsämäen miekoista toinen on niin sanottu Rooman gladiustyyppinen kaksiteräinen miekka, jollaisia on löydetty Suomesta hyvin vähän. Asemuodot ovat useimmiten olleet samoja kuin Keski- ja Pohjois-Euroopan germaanisilla alueilla. Kärsämäen löytöjen lisäksi merkittäviä rautakautisia kalmistoja on löydetty myös Saramäestä. Alueen vanhimmat haudat ovat samalta ajalta kuin Kärsämäen vanhimmat, ja myös niiden rakenne ja esineistö on samankaltaista. Kärsämäen tuoreimmat kalmistot on ajoitettu 600-luvulle, mutta pääasiallinen osa löydöistä on sijoitettu varhaiselle rautakaudelle, jolloin alueella näyttää olleen merkittävämpi rooli.
Suurin osa näistä ajanlaskun alun uudentyyppisistä kalmistoista liittyy itäbalttilaisiin – niin sanottuihin tarhakalmistoihin. Tämäntyyppisten kalmistojen yleistymisen on katsottu merkinneen uuden merkitsevän väestön – nykyisten suomalaisten varhaisten esi-isien – siirtymistä Suomen alueelle Suomenlahden eteläpuolisilta alueilta, pääasiallisesti Pohjois-Virosta. Tulijat toivat mukanaan oman hautamuotonsa sekä itäbalttilaisen esinekulttuurin, ja he jäivät Suomen alueelle pysyvästi. Tästä ajasta lähtien pystytään löydösten perusteella seuraamaan asutuksen kehitystä ja asteittaista levittäytymistä aina historiallisen ajan alkuun saakka, jolloin väestön tiedetään varmuudella olleen suomalaista. On totta kai luonnollista, että Suomen alueella ennestään sijainneet kulttuurit ovat sulautuneet jälleen osaksi tätä uutta kulttuuria, ja ajan väestö on ollut koostumukseltaan moninainen ja varhaisemmilta kulttuureilta vaikutteita saanut. Turun seudulla on löytöjen perusteella jo tällöin ollut myös tiiviit yhteydet Skandinavian kulttuureihin.
Roomalaisen rautakauden lopulla merenpinta oli yhä 8,5 metriä nykyistä korkeampana, mutta nykyinen Turun kaupungin alue alkoi olla jo suurelta osin merenpinnan yläpuolella. Myös Aurajoki oli kuroutunut kapeaksi salmeksi, ei tosin vielä joeksi. Turun seutu oli kuitenkin jo tässä vaiheessa sijainniltaan edullinen, sillä sen ympärillä ja idempänä levisivät laajat riistarikkaat alueet. Turusta löydetyistä kalmistoista on löydetty sirppejä, mikä on selvä osoitus siitä, että alueen väestön pääasiallinen elinkeino on ollut maanviljelys. Lisäksi tätä puoltaa myös asutuksen keskittyminen nimenomaan aurajokilaaksoon, jonka rantamaata on ollut helppo raivata pelloksi.
Nuorempi rautakausi (noin 550–800) pienoiskuva|Linnasmäen linnavuoren muurin kiviperustaa Turun Räntämäessä. Turun seudulta on löydetty kalmistoja koko ajanjaksolta vuodesta 550 vuoteen 1150. Muutamat kalmistoista ovat olleet käytössä ainoastaan kansainvaellusajan alkuvaiheessa, muutamat vain viikinkiajan ja muutamat vasta 1100-luvulta. Kalmistojen lisäksi alueelta on löydetty nuoremman rautakauden aikaisia talojen ja kylien jäännöksiä sekä muinaislinnoja.
500-luvulta alkaen käyttöön otettiin hautaustyyppi, jossa vainaja polttohaudattiin, eikä maanpäälle jätetty mitään merkkejä haudasta lukuun ottamatta yksittäisiä esiin pistäviä kiviä. Tämän vuoksi haudoista puhutaankin usein poltto- tai polttokenttäkalmistoina. Suurimmat ja merkittävimmät tämän kaltaisista polttokalmistoalueista Turussa ovat Maarian Virusmäen, Taskulan ja Mullin kalmistot. Edellä mainittujen lisäksi Turun seudulla kalmistoja on Kaarinan Ristimäellä, Liedon Pitkäsmäellä, Ylipäässä, Merolanmaassa ja Haimionmäellä sekä Pappilanmäellä Raisiossa. Kalmistot noudattelevat sijainneissaan pitkälti Aurajoen ja Vähäjoen ranta-alueita.
Kuralasta löydetty Ristimäen alue on yksi tärkeimmistä tämän aikakauden löytöalueista koko Suomessa. Paikka löydettiin Kaarinan Ristimäen kansakoulun perustustöissä 1910-luvulla ja tutkittiin pääasiallisesti vuosina 1914 ja 1915. Ristimäki sijaitsee rantatöyräällä, kymmenisen metriä Aurajoen nykyistä vedenpintaa ylempänä. Roviojäännösten lisäksi paikalta löydettiin aseita, muun muassa miekkoja, keihäänkärkiä ja väkipuukkoja, sekä esimerkiksi koruja, vyönsolkia ja hihnanheloja. Paikalta löydettiin myös satoja veneniittejä, joiden perusteella voitiin päätellä, että paikalla on tehty myös venehautauksia.
Nuoremman rautakauden asuinpaikat, talot ja kylät ovat selvästi sijainneet Turussa olleiden kalmistojen läheisyydessä, mutta tiedot paikoista ovat Turun seudulta kuten ylipäätään muustakin Suomesta, hyvin niukat. Muun muassa Kuralan Ristimäestä on löydetty useampien asumusten jäännöksiä paalu- ja liedensijoineen. Lisäksi pakalta on löydetty tiivisteitä, jotka viittaavat erilaisten seinärakennelmien olemassaoloon. Turun seudulla olleista linnavuorista kaikkein tärkein on Liedon Vanhalinna, mutta muita varmoja linnavuoria ovat olleet Prusin Linnasmäki Maariassa ja Kaskalan linnamäki Liedossa, joissa kummassakin on Vanhalinnan ohella säilynyt merkkejä ihmisten rakentamista valleista. Epävarmempia linnavuorien sijainteja Turussa ovat Kulhon saaren linnavuori Kakskerrassa ja nykyisin Turun keskustassa sijaitseva Samppalinna. Liedon Vanhalinna lienee kuitenkin ollut koko alueen keskeisin ja tärkein linnavuori.
Osoituksena Turun seudun tiiviistä yhteydestä Ruotsiin jo rautakaudella on pidetty Ristimäestä löydettyä kaksoishautaa joka on ajoitettu 700-luvulle. Kalmistossa mies ja nainen on samanaikaisesti aseineen ja pukuineen poltettu roviolla ja roviojäännökset on sijoitettu yhtenä rykelmänä kivien lomaan kalmistoon. Hautauksessa on nähty ilmaus laajalti levinneestä Suttee tai Sati -tavasta, jonka mukaan vaimo seurasi miestään roviolle ja kuolemaan. Ruotsista on löydetty useista Birkan alueen rikkaista kammiohaudoista juuri tähän tapaan haudattuja päälliköitä, joiden haudassa on heidän ruumiinsa ohessa ollut naisen luuranko. Ei voida kuitenkaan varmuudella tietää onko kyseessä nimenomaan Suttee perinne, vai ovatko vainajat kuolleet vain samanaikaisesti. Samankaltaisia kaksoishautoja on kuitenkin löydetty jonkin verran myös muualta Suomesta.
Viikinkiaika (noin 800–1050)
pienoiskuva|Viikinkien asuttamat alueet sekä retket. Viikinkiajan alku ei tuonut muutoksia vallitsevaan hautaustapaan Turun seudulla, vaan myös Saramäessä, josta on löydetty myös rautakautta varhaisempia löytöjä, on tutkittu laajaa polttokenttäkalmistoa. Paikalta on löydetty runsaasti muun muassa aikakauden koruja sekä esimerkiksi tanskalaisia ja arabialaisia hopearahoja. Kalmiston piiristä on löydetty myös kolme ruumishautaa, kaksi miehen ja yksi naisen, ja paikalta tehtyjen irtolöytöjen perusteella on oletettu että hautoja on vielä enemmänkin. Miesten haudat oli sijoitettu luode-kaakko suuntaan, ja naisen pohjoinen-etelä suuntaan. Kaikissa hautakuopan pohja oli kivetty, ennen kuin vainaja oli sijoitettu kivetyksen päälle puuarkussa. Saramäestä löydetyn naisen hauta on yksi varhaisimpia 1000-luvun hautoja koko Suomessa ja se oli erittäin rikkaasti varustettu muun muassa hopeakoruilla. Ruumishautaus alkoi yleistyä Turun seudulla 1000-luvulta lähtien ja tältä ajalta löydetyistä kalmistoista on jo löydetty merkkejä kristillisyydestä muun muassa hopeisten ristien ja krusifiksien muodossa.
Viikinkiaika toi muutoksia arkeologisten löytöjen perusteella Turun seudun väestön pukeutumiseen, koruihin ja muuhun esineistöön. Koristeluun tulee lisänä esimerkiksi Viikingeille tyypillistä eläinornamentiikkaa. Tärkein uusi piirre naisten vaatetuksessa on, että viikinkiajasta lähtien tietyt vaatekappaleet - vaippa, esiliina ja päähine - koristeltiin pienistä pronssikiekuraputkista tehdyillä reunuksilla ja kuvioilla. Miehen puvuista on vain niukkoja löytöihin pohjautuvia tietoja, mutta polttokalmistoista on löydetty paljon sekä vyönsolkia että -heloja.
Viikinkiaika merkitsi pohjoiselle Euroopalle entistä vilkkaampia yhteyksiä muuhun mantereeseen ja sieltä saadut vaikutteet lisääntyivät. Kaupankäynti alkoi olla organisoitunutta, ja ensimmäiset kaupungit syntyivät myös Itämerelle. Turun ja Suomen kannalta keskeisin kaupunki viikinkiaikana oli Ruotsin Birka, joka muodostui merkittäväksi kauppa- ja kulttuuritekijäksi. Birkasta ja muualtakin lähteneet viikinkiretket sivusivat myös Suomen rannikkoa ja Turkua. Turku ei kuitenkaan ollut viikinkien itäisen kauppareitin välittömässä tuntumassa ja näyttää siltä, että Turussa olevien kalmistojen esineistö viittaisi enemmän kaupankäyntiin Birkan kanssa kuin viikinkien pysyvään asutukseen alueella. Birkan ohella ajan keskuksia oli Gotlanti, joka nousi Birkan tuhoutumisen jälkeen 900-luvun lopulla Itämeren vallitsevaksi kauppamahdiksi.
Hämeen härkätien synty