Sudanin historia kattaa ajan alueen ensimmäisistä asukkaista kymmenien tuhansien vuosien takaa. Itsenäinen valtio Sudan on ollut vuodesta 1956.
Varhaishistoria Sudanin alueelle ensimmäiset ihmiset elivät todistettavasti myöhäispaleoliittisella kaudella (n. 30–20 tuhatta vuotta sitten) Khartumin seutuvilla. Nykyihmistä edeltävistä hominideista ei ole toistaiseksi löydetty merkkejä. Ensimmäiset asukkaat osasivat muokata hiekkakivestä keramiikkaa ja hankkivat toimeentulonsa metsästämällä eläimiä ja keräilemällä kasveja. Nämä ilmeisesti ensimmäiset sudanilaiset saapuivat etelästä ja lännestä ja siirtyivät ajan kuluessa kohti keskistä Sudania asuttaen lopulta pohjoiset ja itäisetkin alueet. Yhdessä muiden suurten jokien läheisten kansojen kanssa he alkoivat asuttaa jokilaaksoja, etenkin Niilin laaksoa, noin 10 000 eaa. Tällöin sudanilaiset siirtyivät lähes samanaikaisesti muiden kulttuurien kanssa metsästäjä-keräilijä-kulttuurista maanviljelyyn ja karjanhoitoon. Sudanilaiset tuottivat muiden neoliittisen kauden kulttuurien tapaisesti runsaasti keramiikkaa ja yhteiskuntarakenne monimutkaistui, mikä ilmenee haudoista löydetyistä koruista ja muualta tuoduista esineistä. Sudanin esihistorialliseen kulttuuriperintöön kuuluu muun muassa Fred Wendorfin tutkimusryhmän vuonna 1964 Jebel Sahabasta löytämä noin 13 000 vuotta vanha (11 000 eaa.) kalmisto 117 (), joka on tulkittu maailman vanhimmaksi säilyneeksi merkiksi organisoidusta sodankäynnistä.
thumb|left|Sudanista löydetty nubialaisen kuninkaan patsas. Neljännellä vuosituhannella eaa. syntyi Mesopotamiaan sumerilaisten korkeakulttuuri, mutta juuri samoihin aikoihin kehittyi Niilin alajuoksun varrelle egyptiläisten korkeakulttuuri. Muutama vuosisata myöhemmin Saharan ilmaston kuivuttua nykyisen Libyan alueelta lähti ihmisiä etsimään suotuisampia maita, ja he asettuivat nykyisen Nubian alueelle. He olivat nubialaisten esivanhempia.
Varhaisdynastisella Egyptillä lienee ollut yhteys sudanilaisiin, mutta heitä erottanut kuiva ylänkö saattoi estää aluksi egyptiläisiä levittäytymästä Sudaniin. Egyptiläiset valloittivat kuitenkin ennen 2300-lukua eaa. pohjoisen Sudanin ja liittivät sen osaksi egyptiläistä valtakuntaa Nubian provinssina. Sudan oli tärkeä alue Egyptin faaraoille, sillä sieltä tuotiin runsaasti arvomateriaalia norsunluusta kultaan. Pohjois-Sudan oli myös kauttakulkumaa Puntmaan maustekaupalle. Monet sudanilaiset joutuivat orjuutetuiksi, mutta se vain vahvisti afrikkalaisvaikutusta Vanhan valtakunnan Egyptin kulttuuriin.
Egyptin eteläpuolelle Nubiaan syntyi ennen 1000-luvun eaa. puoltaväliä muutamia valtioita, muun muassa Kerma ja Kush. Tiedot näistä valtakunnista ovat vähäiset, mutta Egypti onnistui nujertamaan ne ilmeisesti vuosituhannen puolenvälin paikkeilla, ja valtioiden kansalaiset saatettiin egyptiläistää. Kušin valtakunta ja kušilaiset olivat tärkeitä koko Egyptin valtakunnalle, sillä seudulta saatiin aiemmin mainittujen luonnonvarojen lisäksi paljon erilaisia eläimiä ja kušilaiset sotilaat olivat vertaansa vailla. Egypti menetti otteensa Kušista noin 1070 eaa. ja noin 300 vuotta myöhemmin asetelmat kääntyivät päälaelleen, kun Kušin pääkaupunkiin Napataan nousi vallanhaluinen monarkkisuku. Kuningas Kašata valloitti Ylä-Egyptin ja asettui hallitsemaan Thebaan. Hänen seuraajansa Piye yhdisti Kušin ja Egyptin perustamalla 25. dynastian eli niin sanotun nubialaisdynastian. Laajentuminen nykyisen Syyrian ja Israelin alueille ajoi Assyrian ja nubialaisdynastian sotaan, joka päättyi Egyptin perääntymiseen ja nubialaisdynastian kaatumiseen.Invasion Egypt: The End of a Civilisation BBC
Vajaa sata vuotta myöhemmin noin 590 eaa. egyptiläisten armeija hääti kušilaiset Napatasta, josta tuli assyrialaisia vastaan koetun tappion jälkeen uusi hallintokeskus, ja pakotti heidät asettumaan Meroëen. Meroëlainen kuningaskunta kehittyi Egyptistä riippumatta, mutta egyptiläisvaikute oli silti vahvasti läsnä. He rakennuttivat hallitsijoiden kunniaksi steeloja ja Bagrawiyassa sijaitsevat pyramidit. Kulttuuri oli saanut runsaasti apua Välimeren kaupasta, vaikkei tällä lopulta ollut kulttuurista vaikutusta. Meroëlaiset kehittivät myös oman kirjaimiston (kuva kirjaimista), jota aiemmin egyptiläiset hieroglyfit olivat käytössä. Meroë-kaudesta on säilynyt temppeleiden, palatsien ja kylpylöiden raunioita. He onnistuivat rakentamaan myös tehokkaan keinokastelujärjestelmän, joka mahdollisti väkiluvun kasvun alueella. Valtakunta oli roomalaisille loistava puskuri Punaisen meren blemmyeitä vastaan. Meroën historia päättyy kuitenkin 350-luvulle, jolloin etiopialainen Aksumin kuningaskunta valtasi sen.Meroe Sudan: A Country Study.Library of Congress, 1991.
Kristinuskon ja islamin saapuminen Kristinusko levisi Sudaniin vielä Meroën kuningaskunnan loppuvaiheessa. Alueelle saapuneet kristityt olivat lähinnä pohjoisen vainoja pakenevia, mutta Rooman keisari Konstantinus Suuren käännyttyä kristityksi pakolaisvirta väheni ja kauppiaiden ja saarnaajien osuus lisääntyi. Lähetyssaarnaajia lähetettiin Sudaniin edelleen 500-luvulla Justianianuksen hallintokaudella, jolloin Sudanin kolme edellä mainittua kuningaskuntaa omaksuivat koptilaisuuden ja valtiot yhdistyivät Nubiaksi ja Alawaksi.
Vain vuosisata myöhemmin syntyi nykyisen Saudi-Arabian alueella uusi uskonto, islam. Se levisi erittäin nopeasti Lähi-idässä, Pohjois-Afrikassa ja eteni aina Espanjaan saakka. Islam saapui Nubiaan vasta perustetun islamilaisen Egyptin armeijan voimin.The coming of Islam Sudan: A Country Study. Library of Congress, 1991. Nubialaiset muodostivat voimakkaan vastarinnan ja onnistuivat torjumaan hyökkäyksen. On löydetty lisäksi todisteita siitä, että nubialaisia olisi taistellut kristittyjen rinnalla ristiretkien aikaan. Islam sai kuitenkin jalansijan alueella, islamilaiset esimerkiksi valloittivat kristinuskoisen Alawan itselleen, ja islamia on siitä asti harjoitettu etenkin Pohjois-Sudanin alueella, vaikka miehittäjät menettivätkin Alawan nopeasti afrikkalaisille funjeille vuonna 1504 (Sinnarin kuningaskunta).The Funj Sudan: A Country Study. Library of Congress, 1991. Funjit pitivät otteensa aina vuoteen 1821 saakka, jolloin ottomaanit ja egyptiläiset yksissä tuumin valloittivat ja liittivät sen Egyptiin.
Osana Egyptiä Funj-sulttaanien maat rajoittuivat pienehkölle alueelle. Heidän käsissään olivat ainoastaan lyhyt kaistale Vanha-Dunqulahin Niilin mutkasta pääkaupunki Sinnarin eteläpuolelle. Tämä tuli kuitenkin muuttumaan ratkaisevasti, kun Ottomaanien kuningaskuntaan kuuluneen Egyptin varakuningas Muhammad Ali löi funjit vuonna 1820 aloittamallaan hyökkäyksellä, ja vastarinta kukistui lopulta 1821. Vallanvaihdon seurauksena valtakunnan rajat laajenivat ja nykyiset rajat alkoivat hiljalleen muotoutua, vaikka pohjoinen olikin tiukemmin Egyptin hallinnassa. Uusi isäntä vaati kovalla kädellä sudanilaisilta veroina kultaa, karjaa ja orjia. Tämä ei miellyttänyt kansaa ja he alkoivat kapinoida hallintoa vastaan. Hallinto tukahdutti kapinan alut eikä vastarinta onnistunut saamaan johtajahahmoa, joten liike hiljeni. Vuonna 1826 kenraalikuvernööriksi nimitettiin ʿAlī Khūrshīd Āghā, jonka verohelpotukset olivat sudanilaisten mieleen. Hän uudisti maan maataloutta ja modernisoi tekniikkaa, minkä lisäksi siirsi pääkaupungin Khartumiin. Eläköidyttyään 1838 hän jätti seuraajalleen vauraan ja hyvinvoivan valtion.
Aḥmad Pasha Abū Widān jatkoi toimessaan ja jatkoi Āghān aloittamia projekteja. Hän oli kuitenkin kovakourainen ja Muḥammad ʿAlī arveli, ettei hän ollut luottamuksen arvoinen. Hän erotti Āghān, joka kuoli sen jälkeen hämärissä olosuhteissa. Sittemmin Sudan joutui kahdeksi vuosikymmeneksi kehityksestä jälkeen, kun kenraalikuvernöörit vaihtuivat niin verkkaisesti, ettei kukaan oikein ehtinyt aloittaa projektejaan eikä valtiolla tuntunut olevan minkäänlaista suuntaa.
Suurvallat, Britannia etunenässä, vaativat taloudellisesti keskeisen elinkeinon eli orjakaupan kieltämistä Sudanissa. Britannia vaati myös varakuningas Ismail paššan erottamista ja hänen poikansa Tewfik paššan nimittämistä. Tämä onnistui, mutta korruptio ja hänen huonot kykynsä johtivat Orabi-kapinaan. Tewfik pyysi apua Britannialta, joka vastasi pyyntöön lopulta miehittäen Egyptin vuonna 1882.
Mahdivaltio thumb|Muhammad Ahmad ibn Abd Allah Ulkovaltojen läsnäolo ja orjuuden kielto nostattivat kapinaliikkeen, jonka nokkamiehenä oli Muhammad Ahmad ibn Abd Allah. Sudanin sodassa vuosina 1881–1885 hän onnistui päämäärässään nujertaa ulkovaltojen hallinto ja alkoi itse rakentaa islamiin perustuvaa teokratiaa. Hän julisti itsensä mahdiksi, jonka sudanilaiset tulkitsivat pimeiden aikojen lopun ennustetuksi pelastajaksi.The Mahdiyah Sudan: A Country Study. Library of Congress, 1991. Hänen valtaanastumisensa osui yhteen islamilaisen kalenterin 1200-luvun lopun kanssa, joka oli tulkittu uskonnollisen uudistuksen kaudeksi, joten Muhammad Ahmad sai täyden tuen islamilaiselta kansaltaan. Pitkään hän ei kuitenkaan elänyt, sillä hän kuoli jo kuuden kuukauden päästä Khartumin kukistamisen jälkeen.The Khalifa Sudan: A Country Study. Library of Congress, 1991.
Valtiota Ahmadin kuolema ei romuttanut, vaan hänen seuraajansa laittoivat asevoimansa liikkeelle valloittamaan alueita kaikista ilmansuunnista vannomalla pyhän sodan nimeen tarkoituksenaan uudistaa koko islam. Joidenkin hetkellisten voittojen jälkeen vuonna 1889 lakannut laajentumissota johti kaikilla rintamilla tappioihin. Tappioita seurasi laajempi kurjuus, sillä huonot sadot ajoivat kansan nälänhätään ja tautikuolemiin. Kansan edessä Ahmadin seuraajan Abdallahi ibn Muhammad suosio ei laskenut, vaan heidän silmissään hän oli uusi mahdi. Mahdivaltio kukistui imperialistipyrkimyksiään jouduttavalle Britannialle pääkaupunki Omdurmanissa käydyssä taistelussa vuonna 1898.Reconquest of Sudan Sudan: A Country Study. Library of Congress, 1991.
Angloegyptiläinen Sudan
Britit perustivat Sudaniin yhteishallinnon Egyptin kanssa. Brittien tarkoituksena oli jatkaa turkkilais-egyptiläisen Sudanin perintöä ja yhdistää molemmat Niilin laakson valtiot. Sudan pysyi Brittiläisen imperiumin kiikarissa myös sen vuoksi, että sen avulla voitaisiin turvata suunniteltu keinokastelupatohanke Assuaniin ja varmistaa niin sanottu Kap–Kairo-suunnitelman toteutuminen. Ranskalla oli oma siirtomaasuunnitelma, se halusi itselleen alueet Senegalista Punaiselle merelle. Suunnitelmat aiheuttivat sodanuhan Fašodassa. Britit onnistuivat taivuttelemaan ranskalaiset luopumaan omasta hankkeestaan. Egyptin kanssa luotu yhteishallinto onnistui rauhoittamaan maan aiemmin epävakaiset olot pohjoisessa, mutta vastarinta etelässä pitkittyi.
Uuden Sudanin ensimmäinen kenraalikuvernööri oli lordi Kitchener, mutta hänen tilalleen nousi 1899 Sudanin tilanteen hyvin tuntenut ja kansaan ymmärtäväisesti suhtautunut Reginald Wingate. Hän ei jouduttanut uudistamishankkeita ja piti verotuksen kevyenä. Rautatieverkkoa laajennettiin ja viestintäyhteyksiä parannettiin, mutta maa oli taloudellisesti riippuvainen Egyptistä. 1900-luvun alussa perustettiin myös peruskouluja, jotka tuottivat maahan länsimaisen sivistyneistön yläluokan, joka vieraantui perinteisistä heimokulttuurista ja -elämästä. Egyptiläisten nationalismin nousun hengessä nämä oppineet synnyttivät oman kansallishengen Sudaniin. Sudanilaisten nationalistien kapinat laajenivat maailmansotien välissä, mutta ne tukahdutettiin. Yhtenä liikkeenä oli Valkolippuliitto. Egyptiläiset nationalistit liittoutuivat sudanilaisten nationalistien kanssa kahden erillisen valtion perustamiseksi. Toisessa maailmansodassa Sudanin vuonna 1925 perustettu armeija otti osaa Itä-Afrikan taisteluihin.The Road to Independence Sudan: A Country Study. Washington: GPO for the Library of Congress, 1991.
Itsenäisyys ja sisällissodat