Junnelius on suomalainen sukunimi. Tunnettuja Junneliuksia ovat olleet:
Carl E. Junnelius (1812–1861), oululainen laivanvarustaja, kauppias ja merikapteeni, Carl F. Junneliuksen poika Carl F. Junnelius (1775–1828), oululainen laivanvarustaja, kauppias ja merikapteeni Carl Fr. Junnelius (1838–1907), turkulainen kunnallisneuvos, yritysjohtaja Erik Junnelius (1770–1831), oululainen raatimies, laivanvarustaja, kauppias ja merikapteeni, Pehr Junneliuksen (1745–1790) poika Eric Junnelius (1784–1836), Oulussa ja Torniossa asunut laivanvarustaja, kauppias ja merikapteeni Frans Junnelius (1850–1916), kemiläinen kunnallishallintomies ja pankinjohtaja Johan Junnelius (1694–1755), Kautokeinon ja Oulun kirkkoherra Johan Junnelius (1781−1859), oululainen laivanvarustaja, kauppias ja merikapteeni Kaarlo Junnelius (1881–1950), oululainen talousmies ja kunnallispoliitikko Pehr Junnelius (1696–1753), oululainen laivanvarustaja ja kauppias, kauppias, kirkkoherra Johan Junneliuksen veli Pehr Junnelius (1745–1790), oululainen laivanvarustaja, upseeri, kauppias ja merikapteeni, Pehr Junneliuksen (1696–1753) poika Robert Junnelius (1843–1900), porilainen apteekkari, kunnallisneuvos ja valtiopäivämies Wäinö Jousi (vuoteen 1906 Junnelius, 1885–1947), lehti- ja painoalan yrittäjä.
Muuta Junneliuksen talo, suojeltu puurakennus Kemissä Junneliuksen palatsi, suojeltu venetsialaistyylinen renessanssipalatsi Porissa, nykyään kaupungintalona.