Zacharias Cygnaeus (23. syyskuuta 1763 Loviisa – 14. kesäkuuta 1830 Pietari) oli Porvoon piispa ja Pietarin luterilainen piispa.
Historia Cygnaeuksen vanhemmat olivat piispa Zacharias Cygnaeus vanhempi ja Helena Dorotea Willström. Hän valmistui filosofian kandidaatiksi ja papiksi 1784 ja maisteriksi 1786, toimi ensin sotaväen pappina ja sitten 1793 Hämeenlinnan ja vuodesta 1804 myös Vanajan kirkkoherrana, mistä siirtyi 1811 Hollolan kirkkoherraksi. Teologian tohtorin arvon Cygnaeus sai 1817. Porvoon piispaksi hänet nimitettiin 1819 ja seuraavana vuonna myös Pietarin ensimmäiseksi ja samalla viimeiseksi luterilaiseksi piispaksi sekä valtakunnan ylikonsistorin esimieheksi. Cygnaues toimi muun muassa kodittomien lasten opetuksen hyväksi sekä esitti 1815 kertomuksessaan Hollolan seurakunnan opetustoimesta naisten koulutuksen kehittämistä ja teki ehdotuksen Heinolan pedagogion perustamisesta. Pietarissa ollessaan hän toimi erityisesti köyhäinhoidon hyväksi.
Cygnaeuksen ensimmäinen puoliso vuodesta 1792 oli Mariana Matilda Martins, joka oli ollut naimisissa kapteeni K. J.Gaddingin kanssa, ja toinen vuodesta 1800 Margareta Karolina Aejmaleus (k. 1847). Fredrik Cygnaeus (1807–1881), runoilija, esteetikko ja historiantutkija, Gustaf Cygnaeus (1810–1886), Venäjän armeijan kenraalimajuri sekä Anders Reinhold Cygnaeus (1815–1889), yleisen revisio-oikeuden ylikomissaari, olivat Cygnaeuksen poikia jälkimmäisestä avioliitosta.
Keisarin tunnustus Matti Klinge kirjoittaa kirjassaan "Napoleonin varjo. Euroopan ja Suomen murros 1795–1815", kuinka Cygnaeus nuorempi sai Hämeenlinnan kirkkoherrana ollessaan keväällä 1808 keisari Aleksantsri I Pyhän Annan 2. luokan eli komentajan arvon. Tällä hänet palkittiin yhteistyöstä uuden hallitsijan kanssa.
Esko Koskenvesa kirjoittaa artikkelissa "Porvoon hiippakunta 1721–1869" (teoksessa Viipurin, Porvoon, Tampereen hiippakunnan historia), kuinka Cygnaeus nuorempi saavutti Suomen sodan aikana venäläisten luottamuksen ja keisari myönsi hänelle Pyhän Annan tähdistön 2. luokan ritarimerkin.
Huomionosoitukset kehyksetön|55x55px Pyhän Annan ritarikunta (II. luokka) komentajamerkki, 1808.
Lähteet Sivu 134.
Aiheesta muualla Viitattu 20.12.2013. Arno Forsius Cygnaeuksesta (Viitattu 20.12.2013)
Luokka:Suomen evankelis-luterilaisen kirkon papit Luokka:Porvoon piispat 1723–1923 Luokka:Vuonna 1763 syntyneet Luokka:Vuonna 1830 kuolleet Luokka:Pietarinsuomalaiset henkilöt