Slovakian historia alkaa ensimmäisten ihmisten saapumisesta nykyisen Slovakian alueelle paleoliittisella kaudella.
Ennen antiikin aikaa alueella asui muun muassa kelttejä. Noin 200 ekr. alueen valtasivat germaanit. Slaaviheimoja saapui alueelle 500-luvulla, mutta ne pysyivät alisteisessa asemassa Karpaattien allasta hallinneille avaareille. 600-luvulla frankkikauppias Samon valtakuntaan kuului laajoja slaavilaisia alueita myös Slovakiassa, mutta se hajosi tämän kuoleman jälkeen. Avaarit ajettiin pois Keski-Euroopasta 800-luvun alussa. Samaan aikaan Länsi-Slovakiassa muodostui Nitran ruhtinaskunta, jonka johtaja Pribina oli ensimmäinen slaavipäällikkö, joka kastoi kansansa kristinuskoon. Sen läntinen naapuri Suur-Määri valtasi sen noin vuonna 833, mutta Nitran linna pysyi merkittävänä keskuksena monen vuosisadan ajan.
Itsenäinen slaavivalta loppui Slovakian alueella vuonna 907 kun madjaarit valtasivat alueen. Lopulta Slovakian alueet kuuluivat Unkarin kuningaskuntaan yli tuhat vuotta. Keskiajalla maahan saapui juutalaisia ja saksalaisia siirtolaisia. Slovakiassa syntyi kansallinen herääminen 1800-luvun alkupuolella. Tähän liittyi muun muassa vuonna 1848 alkanut kansannousu ja slovakin kirjakielen kodifiointi.
Slovakia pysyi kiinteänä osana Unkarin kuningaskuntaa aina ensimmäisen maailmansodan loppuun saakka kun Slovakian kansallisneuvosto julisti sen liittyvän uuteen Tšekkoslovakian tasavaltaan. Slovakian asema jäi kuitenkin lupauksista huolimatta selvästi Prahalle alisteiseksi ja kun maa hajosi Münchenin sopimuksen sekä Wienin välitystuomion jälkeen, julistautui Slovakia omaksi itsenäiseksi tasavallakseen. Se oli kuitenkin käytännössä natsi-Saksan nukkevaltio. Syksyllä 1944 maassa syttyi laaja, mutta epäonnistunut kansannousu. Toisen maailmansodan jälkeen Slovakia liittyi jälleen Tšekkoslovakiaan.
Kommunistien vallankaappauksen jälkeen vuonna 1948 Tšekkoslovakia liittyi Neuvostoliiton johtamaan itäblokkiin. Prahan kevään jälkeen maa muuttui liittovaltioksi ja Slovakia sai ainakin nimellisesti enemmän autonomiaa. Käytännössä tärkeimmät päätökset tehtiin kuitenkin Kommunistisen puolueen sisällä Prahassa. Loppuvuodesta 1989 Tšekkoslovakiassa tapahtunut veretön samettivallankumous päätti kommunismin ajan Tšekkoslovakiassa. Maa ei enää kuitenkaan selvinnyt mullistuksesta ja vuoden 1993 ensimmäisenä päivänä Tšekki ja Slovakia itsenäistyivät niin sanotussa samettierossa.
Vuoden 1993 jälkeen Slovakia on ollut itsenäinen tasavalta. Se liittyi Natoon 29. maaliskuuta 2004 ja Euroopan unioniin 1. toukokuuta 2004. Euro korvasi Slovakian korunan maan valuuttana vuonna 2009.
Varhaiset vaiheet thumb|150px|Mammutinluusta tehty myöhäispaleoliittisen kauden venushahmo, joka löydettiin Moravany nad Váhomista, Slovakiasta.|vasen Arkeologiset löydöt kertovat ihmisasutuksesta nykyisen Slovakian alueella jo paleoliittisen ajan varhaisvaiheilla. Kuuluisa Moravanyn venus on yli 22 800 vuotta vanha veistos. Pronssikaudella erityisesti keskinen Slovakia oli merkittävä pronssituotannon keskus ja siellä asuneet kansat kävivät vilkasta kauppaa välimeren asutuskeskuksien kanssa. Muun muassa Spišský Štvrtokin kaupungista on löydetty asutusrakennusten raunioita tältä ajalta.
Ensimmäinen Slovakiassa majaillut etninen ryhmä, josta on säilynyt kirjallisia lähteitä olivat keltit, jotka saapuivat alueelle noin 400 eKr. Kelttiheimojen perustamista kaupungeista kehittyi myöhemmin muun muassa Bratislava.Mannová 2000 s.10–11
Kelttien aika Slovakiassa päättyi noin 50 eKr. kun ensin daakialaiset, ja myöhemmin germaaniheimot valtasivat vuorotellen sen alueen. Samoihin aikoihin Rooman valtakunta laajeni Tonavan rannoille. Vaikka sen, ja pohjoisen germaaniheimojen suhteet olivat usein myös rauhallisia, ei konflikteiltakaan vältytty. Muun muassa Makromannien sodat käytiin suureksi osaksi juuri Slovakian alueella. Rooma vetäytyi alueelta vuonna 375 solmitun rauhansopimuksen myötä.Mannová 2000 s. 12–14
Kansainvaellusajaksi kutsuttu aikakausi mullisti myös Slovakian alueella asuneet kansat. Ensin hunnien ja myöhemmin muun muassa itägoottien hyökkäykset ja sodat toivat epävakautta alueelle. Tämä johti lopulta koko Karpaattien altaan väestökatoon, jota nykyisen Puolan alueelta saapuneet slaavit käyttivät hyväkseen. Noin vuonna 500 Karpaateille saapuneita slaaveja alettiin vuosisatoja myöhemmin kutsua slovakeiksi.Mannová 2000 s. 15–16
Varhaiskeskiaika thumb|150px|Pribinan patsas Nitrassa.
Slaaviheimot hankkivat elantonsa pääasiassa alkeellisella maanviljelyllä sekä paimentamisella. He tunsivat rautamalmin louhimisen ja työstämisen taidot jo ajalta ennen Slovakian mineraalirikkaille vuorille asettumistaan. Tämän aikakauden slaavien perheet olivat pakanauskoisia, yksiavioisia, ja he tuhkasivat kuolleensa.
Langobardien ja gepidien väliset sodat saavuttivat lakipisteensä 560-luvulla, kun langobardien kuningas Alboin kutsui avukseen avaarien nomadikansan mustanmeren pohjoispuolen aroilta. Liittolaissuhde johtikin langobardien lopulliseen voittoon gepideistä jo vuonna 567. Langobardit eivät kuitenkaan jääneet nauttimaan voitostaan, vaan lähtivät kohti Pohjois-Italiaa entisten liittolaistensa pelossa. Avaarit asettuivat pysyvästi valloittamilleen alueille ja heistä tuli koko Karpaattien altaan voimakkain kansa seuraavien kahden vuosisadan ajaksi.
Avaariarmeijat pystyivät päihittämään vastustajansa paremman aseistuksensa sekä taitavien hevostaktiikoidensa avulla. Vaikka he olivat saapuneet Keski-Eurooppaan ainakin jossain määrin samaan aikaan slaaviheimojen kanssa, huonontuivat näiden kansojen väliset suhteet nopeasti. Avaarit elättivät itsensä metsästyksen ja eläintenhoidon lisäksi erityisesti ryöstelemällä muiden heimojen asutuksia. Slovakiassa he pysyttelivät alangoilla ja jättivät korkeimmat ylängöt enimmäkseen rauhaan. Ryöstöretkiensä yhteydessä avaarien tekemät raiskaukset olivat yleisiä. Tämä johti puoliksi avaarien ja puoliksi slaavilaisten lasten syntyyn, jotka aikuisiksi kasvettuaan alkoivat kapinoida isiensä hirmuvaltaa vastaan. Heidän johdallaan monet slaaviheimot, muun muassa kroaatit ja serbit voittivat avaareita vastaan käymänsä taistelut noin vuonna 620 alkaneissa kansannousuissa.Mannová 2000 s.16–18 vasen|pienoiskuva|274x274px|Samo
Samon valtakunta Avaarien kaanikunnan luoteisosissa asuneet slaavit muodostivat tähän aikaan oman, entisaikoja voimakkaamman heimoliittonsa. Vuonna 623 he valitsivat hallitsijakseen frankkikauppias Samon. Hänen valtakuntansa sijaitsi Tonavan pohjoispuolella ja piti itsessään Slovakian lisäksi Määrin, osan Itävaltaa sekä mahdollisesti myös Böömin. Avaarien lisäksi Samon johtamat slaavit sotivat myös lännessä sijainnutta Frankkien valtakuntaa vastaan. Vuonna 631 alkaneessa sodassa slaavit menestyivät hyvin ja päihittivät kuningas Dagobert I:n joukot. Tähän aikaan myös Polabian slaavit vannoivat uskollisuutta Samolle.
Samon kuoltua vuonna 658 hänen valtakuntansa hajosi pienempiin osiin ja avaarit palauttivat vanhan valta-asemansa. Heidän toimensa eivät olleet kuitenkaan enää yhtä väkivaltaisia. Tästä esimerkkinä on erityisesti Länsi-Slovakiassa (Nitrassa) sekä Määrissä muodostuneet uudet slaaviruhtinaskunnat, jotka tunnustivat avaarien voiman ja maksoivat heille sovitun vuosittaisen rahasumman. Avaarien ja slaavien suhteet olivatkin tähän aikaan ilmeisen rauhallisia.
Itsenäiset slaavivaltiot 700-luvun viimeisinä vuosikymmeninä frankkien kuningas Kaarle Suuri sekaantui yhä enemmän kaanikunnan asioihin. Frankkien ja avaarien käymien sotien aikana myös slaavien pienet ruhtinaskunnat hyökkäilivät avaarien selustaan, mikä johti avaarivallan lopulliseen murtumiseen Karpaattien alueella viimeistään 800-luvun alussa. Samaan aikaan Kaarlen lisääntynyt mielenkiinto slaavien asioihin toi mukanaan myös katolisen kirkon johtaman lähetystyön voimistumisen. Tonavan pohjoispuolisilla alueilla siitä vastasi Passaun piispa.Mannová 2000 s.18–19
Avaarien kaanikunnan hajottua avaariheimojen uskotaan assimiloituneen joko alueella jo asuneisiin slaaviheimoihin, tai sinne 800-luvun lopussa saapuneisiin madjaareihin.
Nitran ruhtinaskunta pienoiskuva|Nitran ja Määrin mahdolliset rajat ennen vuotta 833. Avaarien tappion myötä Lounais-Slovakian jo 700-luvun lopulla käynnistynyt valtiokehitys voimistui entisestään. Nitran linna rakennettiin tärkeälle strategiselle paikalle Nitrajoen varrelle ja tästä valtakeskittymästä kehittyi 800-luvun alkupuolella Nitran ruhtinaskunta. Vallitsevassa valtatyhjiössä se valloitti alueita erityisesti idässä ja pohjoisessa, joissa se ei kohdannut juurikaan vastarintaa. Etelässä ruhtinaskunnan rajana toimi Tonava, kun lännessä se kohtasi samaan aikaan vahvistumassa olleen Määrin ruhtinaskunnan. Ainut nimeltä tunnettu Nitran ruhtinas oli slaavi nimeltään Pribina. Tämä muun muassa rakennutti Nitraan sen ensimmäisen kirkon ja hyväksyi valtakuntansa kristillistämisen mennessään naimisiin baijerilaisen kristityn prinsessan kanssa.Teich, s.30Mannová 2000 s.19–20
Ruhtinaskunnan voima perustui sen rakentamiin linnavuoriin, joita miehittivät ruhtinaalle uskolliset soturit. Tänä aikana perustettuja linnavuoria on löydetty muun muassa Pobedimistä Länsi-, Vyšný Kubínista Keski-, sekä Spišské Tomášovcesta Itä-Slovakiassa. Sotilaallisen merkityksensä lisäksi ne toimivat myös kaupankäynnin ja uskonnollisen toiminnan keskuksina.
Suur-Määri pienoiskuva|Suur-Määri saavutti suurimman mittakaavansa alun perin Nitran linnaa hallinneen Svätoplukin valtakaudella. Nitran aika itsenäisenä ruhtinaskuntana tuli päätökseensä noin vuonna 833, kun Määrin ruhtinas Mojmír I:n joukot valtasivat sen. Tätä seurannutta valtiota on kutsuttu Suur-Määriksi. Luonteeltaan se oli hyvin samanlainen Nitran kanssa. Kumpikin oli pääosin slaaveista koostuneita pienehköjä, mutta laajentumishaluisia ruhtinaskuntia, joidenka sotilaallinen voima oli keskittynyt varta vasten rakennettuihin linnavuoriin.Mannová 2000 s.20–22
Nitran vallattuaan Suur-Määri laajeni seuraavien vuosien aikana erityisesti itään. Se kuitenkin ajautui konfliktiin läntisen suurvaltanaapurinsa, Itä-Frankian kanssa, jonka kuningas Ludvig Saksalainen hyökkäsi ja syrjäytti Mojmírin vuonna 846. Määrin hallitsijaksi Ludwig nosti Mojmírin veljenpojan Rastislavin, joka vannoi tälle uskollisuutta. Valtakuntien väliset suhteet pysyivätkin hyvinä seuraavat vuodet, mutta heikentyivät taas 850-luvulla Rastislavin yhä itsenäisemmän politiikan vuoksi. Tämä johti Ludvigin uuteen hyökkäykseen vuonna 855, mutta vahvistamiensa linnoitusten avulla määriläiset onnistuivat puolustautumaan tällä kertaa paremmin. Määri onnistui sodan aikana jopa valloittamaan itselleen lisää alueita Pannoniasta, mutta taipui lopulta rauhaan vuonna 864. Uskollisuudenvalan vannottuaan Rastislav sai pysyä valtaistuimellaan. vasen|pienoiskuva|Stropkovin kirkossa sijaitseva alttarimaalaus Kyrilloksesta ja Methodiuksesta.800-luvun kuluessa kristinusko levisi Keski-Euroopassa voimakkaasti. Myös Määrin sisä- ja ulkopolitiikassa uskonto nousi yhä tärkeämmäksi kysymykseksi, ja tämä nosti lähimmän arkkipiispan istuimen sijaitsemisen ajoittain vihamielisessä Itä-Frankiassa yhä suuremmaksi ongelmaksi.Mannová 2000 s.22–23
Rastislavin pyynnöstä Bysantin keisari Mikael III lähetti vuonna 863 kreikkalaiset veljekset Kyrilloksen ja Methodioksen tekemään lähetystyötä ja kouluttamaan paikallisia uskovaisia papeiksi. Yhtenä heidän tehtävänään oli levittää kristinuskoa paikallisille slaaveille ymmärrettävällä kielellä. Tässä he käyttivät kehittämäänsä glagoliittista kirjaimistoa, mikä perustui Makedonian slaavien kieleen. Veljesten rooli Keski-Euroopan slaavien kristillistämisessä oli merkittävä.