vignette| redresse=0.5| Principaux rangs taxonomiques. Le règne (du latin « regnum », au pluriel « regna ») est, dans la taxonomie de Carl von Linné (qui classe la biodiversité en fonction des caractères communs partagés), le plus haut niveau de classification des êtres vivants. Dans les classifications les plus récentes, le règne n'est plus que le deuxième niveau de classification du vivant, après le domaine ou l'empire.
Chaque règne est divisé en embranchements (ou parfois divisions, en botanique), que l'on nomme également phylum en latin et en anglais. Les principaux niveaux de la classification taxonomique sont le monde vivant, l'empire ou domaine, le règne, le phylum (aussi appelé « division » en botanique et « embranchement » en zoologie), la classe, l'ordre, la famille, le genre et l'espèce.
Une révision, controversée, de la classification a été proposée par Carl Woese en 1990, après avoir observé ce qui semblait être de grandes différences au niveau moléculaire chez les bactéries et les archées, deux groupes d'organismes procaryotes. Woese a alors entrepris d'établir un système de classification à trois domaines : les bactéries, les archées et les eucaryotes, ce troisième domaine regroupant les plantes, les animaux, les protistes et les champignons. L'utilisation actuelle du système à sept règnes constitue un compromis entre le système classique à cinq règnes de Robert Harding Whittaker et le système à trois domaines de Woese. Ce système à sept règnes, où les procaryotes sont scindés entre bactéries et archées, est devenu le standard dans de nombreux travaux.
Classification scientifique traditionnelle La classification traditionnelle de Linné (1735) en deux groupes (végétal / animal) a évolué pour aboutir à la constitution des six règnes du vivant selon la biologieMichael L. Cain, Hans Damman, Robert A. Lue & Carol Kaeseuk Yoon, Découvrir la Biologie, De Boeck Supérieur, Bruxelles, 2006, . Lansing M. Prescott, John P. Harley, Donald A. Klein, Joanne M. Willey, Linda M. Sherwood & Christopher J. Woolverton, Microbiologie, , De Boeck, Bruxelles, 2010, . Cecie Starr, Ralph Taggart, Christine Evers & Lisa Starr, Biology : The Unit and Diversity of Life, Fourteenth Edition, Cengage Learning, Boston, 2016, . :
les archées ou formellement Archea (procaryotes unicellulaires à histones et premiers unicellulaires apparus il y a 3 milliards d'années) ; les bactéries ou formellement Bacteria (procaryotes unicellulaires sans histone) ; les protistes ou formellement Protista (eucaryotes unicellulaires), ancien règne classique dont avaient ensuite été retirés les procaryotes (archées et bactéries formant leur propre règne), et aujourd'hui divisé entre protozoaires (ou formellement Protozoa) et chromistes (ou formellement Chromista, incluant les algues brunes) ; les végétaux ou formellement Plantae (eucaryotes multicellulaires avec une vacuole, incluant également les algues vertes) ; les mycètes ou formellement Fungi, communément les champignons (eucaryotes multicellulaires pour la plupart mais unicellulaires pour certains Cecie Starr, Ralph Taggart, Christine Evers & Lisa Starr, Biology : The Unit and Diversity of Life, Fourteenth Edition, Cengage Learning, Boston, 2016, . , hétérotrophes et osmotrophes), qui ont été retirés de l'ancien règne végétal ; les animaux ou formellement Animalia (eucaryotes multicellulaires).
D'après la classification en six règnes (Carl Woese, 1977), est prise en considération, sur la base de l'analyse des séquences d'ARN ribosomique (16S ou 18 S), la proposition de diviser le monde vivant en trois « règnes primaires », ceux des archéobactéries, des eubactéries et des eucaryotes.
Il s'est produit, au cours de l'évolution cellulaire des organismes, une coupure fondamentale qui distingue le groupe des eucaryotes et celui des procaryotes.
Les procaryotes (Procaryota) sont unicellulaires mais peuvent être multicellulaires (exemple : Trichodesmium, un genre de cyanobactéries filamenteuses), et leur matériel génétique n'est pas enfermé dans un noyau. Ils possèdent des enzymes localisés dans la paroi cellulaire et se multiplient par scissiparité. Ils constituent les deux premiers règnes.
Tous les autres organismes sont appelés « eucaryotes » (Eukaryota). Leur matériel génétique est enfermé dans un noyau ; ils possèdent des organites cellulaires, la multiplication cellulaire a lieu par mitose et ils présentent souvent une reproduction de type sexuée.
Les eucaryotes peuvent être unicellulaires ou pluricellulaires. Les eucaryotes unicellulaires sont appelés « protistes » et constituent le troisième règne.
Enfin, les eucaryotes pluricellulaires sont divisés en trois règnes, les fonges (champignons), les métaphytes (végétaux chlorophylliens) et les métazoaires (animaux pluricellulaires).
Historique
Classification à deux règnes Histoire de la classification animaux versus plantes La distinction entre les règnes des animaux et des plantes est apparue dès l'Antiquité grecque, mais ce n'est qu'au milieu du que la reconnaissance formelle de ces deux règnes a fait son apparition dans la nomenclature sous la plume de Linné.
Durant l'Antiquité, les philosophes grecs se sont intéressés à la classification de la Nature. Ils distinguaient les êtres inanimés, les minéraux, des « êtres animés » (zên) c'est-à-dire doués de vie. Parmi ceux-ci, ils distinguaient le simplement vivant, à savoir les végétaux (zôn), de l'animé (zôon). Les zôia était un concept qui recouvrait l'ensemble des « êtres animés » non végétaux, c'est-à-dire les espèces animales, l'homme inclus, et les dieux. Ces trois classes naturelles, l'animal, l'homme et le dieu étaient désignés sous le terme de faunes. vignette|Couverture de Systema Naturæ de Linné (1758).
Aristote (384-322 av. J.-C.) fut l'un des premiers à s'intéresser à la classification animale. Nous lui devons le regroupement des animaux possédant des caractères similaires au sein d'un genre, terme qui avait un sens plus large que le terme utilisé aujourd'hui en biologie, ainsi que la distinction des différentes espèces au sein d'un même genre. Aristote divisait les animaux en deux types : les animaux possédant du sang et ceux qui n'en possèdent pas, tout au moins ne possédant pas de sang rouge. Cette distinction correspond assez bien à notre distinction entre les vertébrés et les invertébrés. Les animaux possédant du sang, correspondant aux Vertébrés, se groupent en quatre genres : les quadrupèdes vivipares (les mammifères), les oiseaux, les quadrupèdes ovipares (les reptiles et les amphibiens), les Poissons (en y ayant inclus les Baleines car Aristote ne s'était pas rendu compte qu'il s'agissait de Mammifères). Les animaux dépourvus de sang étaient classés en tant que céphalopodes, crustacés, Insectes (qui incluaient les arachnides), les animaux à coquille (la plupart des mollusques et des échinodermes) et les plantes-animaux (les éponges et les cœlentérés)Barbara Cassin, Jean-Louis Labarrière, Gilbert Romeyer-Dherbey, Centre Léon Robin, L'animal dans l'Antiquité, VRIN, , 1997.
Ce qui a été fait par Aristote pour le règne animal l'a aussi été réalisé pour le règne végétal par Théophraste. Théophraste répartit les végétaux en quatre groupes selon leur forme : les arbres, les arbrisseaux, les sous-arbrisseaux et les plantes herbacées. Au , Théophraste fit une liste d'environ 500 espèces dans ses deux ouvrages majeurs : Historia plantarum (« L'histoire des plantes ») et « Des causes des plantes »). Bien qu'il se soit surtout intéressé aux plantes pour des raisons médicales, il fut amené à les classer par catégories en fonction de leur moyen de reproduction.
Au après Jésus-Christ, Dioscoride décrivit dans ses Materia Medica plus de 600 végétaux différents. Ce livre fut « édité » pendant près de mille ans.
Au , Carl von Linné, popularise le système binomial de nomenclature qui désigne une espèce par son nom générique (le genre) et son épithète spécifique (l'espèce). Un système binomial comparable avait été créé deux siècles auparavant par le naturaliste suisse Gaspard Bauhin auquel Linné rendit hommage en lui dédiant le nom d'espèce Bauhinia bijuga. L'ambition de Linné était de nommer et de décrire par une phrase taxonomique d'une douzaine de mots l'ensemble des animaux, des plantes et des minéraux connus à son époque. En effet, la notion des règnes à l'époque de Linné ne diffère pas de celle qui prédominait depuis l'antiquité. Il s'agissait toujours davantage d'une description naturaliste que biologique, raison pour laquelle on y trouve encore le règne minéral si cher aux alchimistes.
Frontière incertaine entre les végétaux et les animaux L'Antiquité et le Moyen Âge étaient l'ère des naturalistes. Les philosophes grecs considéraient la nature comme un continuum entre l'inerte, le vivant et le spirituel. Ils considéraient les coraux comme des organismes intermédiaires entre le minéral et le vivant, de même les organismes tels que les éponges et les cœlentérés sont à leurs yeux des intermédiaires entre le végétal et l'animal. Cette conception moniste mais bipolaire plante-animal persiste encore chez Linné qui envisage en 1767 le « règne chaotique » (Regnum chaoticum) pour classer les animaux-plantes. Treviranus, au , les nomme « zoophytes » et les classe dans le règne des Amphorganicum à côté des règnes des plantes et des animaux. Le règne des Amphorganicum de Treviranus contenait les zoophytes ainsi que les champignons, les bryophytes, les fougères, les Confervae (algues filamenteuses), les fuci, et les Najadales. En 1824, Bory de Saint-Vincent créa le règne des psychodiaires (pour les zoophytes, les vorticellidés et les diatomées).
Classification à trois règnes vignette|Les trois règnes selon Ernst Haeckel (1866).
Au milieu du , il était reconnu que certains organismes, tels que l'euglène, ne pouvaient pas être rangés comme animal ou comme végétal. Un troisième règne devenait nécessaire pour les classer : les protistes.
Le monde du vivant restera partagé en règne animal et règne végétal jusqu'au début du . Les premières observations des organismes microscopiques grâce à l'invention de la microscopie (Leeuwenhoek, 1683) nécessitaient de les classer dans le monde du vivant. Les eucaryotes unicellulaires étaient alors classés dans le règne animal en tant que protozoaires par Owen (1859) Richard Owen, "Palaeontology", in Encyclopædia Britannica [ ed.], Vol. 17, Adam and Charles Black, Édimbourg, 1859, .. Les bactéries ont été en un premier temps rapprochées du taxon des Vermes de Linné. Les Vermes, qui signifie vers, regroupait l'ensemble des animaux invertébrés non-arthropodes, ce rapprochement était dû à la forme en bâtonnet et la mobilité flagellaire des bacilles. En 1838, Ehrenberg, qui a été le premier à les nommer bactéries les classait en tant que vibrions dans le règne animal. Cependant Cohn les changea de règne en 1872 pour les classer parmi les plantes après avoir démontré que les algues bleu-vert sont proches des bactéries. Cohn les classa en tant que végétaux inférieurs dans l'embranchement des schizophytes.