Pendant la Seconde Guerre mondiale, la république portugaise était un régime politique autoritaire dirigé par António de Oliveira Salazar. Officiellement un pays neutre, il échappa au blocus britannique en invoquant la vieille Alliance anglo-portugaise et, dans la dernière phase de la bataille de l'Atlantique, prêta des bases maritimes aux Alliés. Il exporta des marchandises aussi bien aux Alliés qu’à l'Allemagne nazie et aux pays neutres d'Europehttp://lisboasos.blogspot.com/2010/04/lisboa-dos-espioes.html (en portugais). Les marchandises les plus exportées furent le sucre, le tabac, et le tungstène. Il participa marginalement à la guerre du Pacifique en défendant le Timor oriental contre les Japonais. Il fut aussi un foyer d'activité pour les services d'espionnage des deux camps et un pays de refuge et de transit pour beaucoup de réfugiés européens qui cherchaient à gagner les pays alliés ou neutres.
Aperçu Traités Le traité anglo-portugais de 1373 entre le Portugal et l'Angleterre, est le plus ancien traité d’alliance au monde toujours en vigueur. Salazar choisit de ne pas rompre l'alliance anglo-portugaise.
Le , le Portugal signa un traité d'amitié et de non-agression avec l'Espagne franquiste. En , le Portugal refusa l'invitation de l'ambassadeur d'Italie à se joindre au pacte anti-Komintern, une alliance entre l'Allemagne, l’Italie, et le Japon.
Le , l'Espagne et le Portugal signèrent un protocole additionnel au traité d'amitié et de non-agression aussi connu sous le nom de Pacte Ibérique.
Madère La décision de Salazar de s’en tenir à l'alliance anglo-portugaise permit à Madère d'aider les Alliés et, en , environ évacuées de Gibraltar furent expédiés à Madère. Ceci fut fait en raison du risque élevé pour Gibraltar d’être attaqué par l'Espagne ou l'Allemagne. Les habitants de Gibraltar laissèrent un bon souvenir dans l'île où ils étaient appelés Gibraltinos. Certains se marièrent à des Madériens et restèrent après que la guerre eut été achevée.
Monument 235px|left|thumb|Monument commémoratif des personnes évacuées de Gibraltar à Madère.
En 2010, un monument fut commandé à Gibraltar et expédié à Madère, où il fut érigé à côté d'une petite chapelle dans le parc de Santa Caterina, à Funchal. Le monument était un cadeau et un symbole de reconnaissance éternelle du peuple de Gibraltar à la population de Madère..
Opération Felix Les Allemands avaient planifié une attaque contre Gibraltar sous le nom de code opération Felix. Elle ne fut jamais lancée.
Directive du Führer Le , Hitler émit la directive . Le Führer y décrit un plan pour envahir le Portugal si les forces britanniques devaient y prendre pied. « Je demande également que le problème de l'occupation de Madère et des Açores soit considéré, avec les avantages et les inconvénients que cela entraînerait pour notre guerre maritime et aérienne. Les résultats de ces études doivent m’être soumis dès que possible », ajouta Hitler.
Opération Isabella En , l'opération Isabella était un plan allemand devant être mis en œuvre après l'effondrement de l'Union soviétique pour sécuriser des bases en Espagne et au Portugal pour poursuivre l'étranglement de la Grande-Bretagne. Ce concept fut projeté par Hitler, mais ne fut jamais exécuté.
Colonies portugaises En 1941, craignant une occupation japonaise de l'île, le Timor portugais (aujourd'hui Timor oriental) fut brièvement occupé par les forces australiennes et néerlandaises. Dans la nuit du , les Japonais attaquèrent le Timor portugais avec une force d'environ , et occupèrent la capitale, Dili avant de se répandre dans le reste de la colonie. Le , le contrôle de l'île fut officiellement rendu au Portugal par les Japonais. (Voir la bataille de Timor).
Coopération militaire Avec les puissances de l'Axe À la veille de la guerre, la Marine portugaise acheta quatre navires à l'Allemagne : ils ne furent jamais livrés mais leur paiement servit à couvrir d'autres achats dont des avions allemands livrés au Portugal pendant la guerre. Le conglomérat Reichswerke Hermann Göring s'établit à Porto et Lisbonne à travers une série de sociétés écrans pour acquérir des matériaux stratégiques comme le tungstène et blanchir une partie de l'or et des joyaux confisqués par le régime nazi en Europe.
Dans la première phase de la bataille de l'Atlantique, les autorités portugaises fermèrent les yeux sur l'activité de ravitaillement des sous-marins allemands dans la baie de Tarrafal aux îles du Cap-Vert, possession portugaise. En mars 1941, Winston Churchill demanda à l'Amirauté britannique d'entreprendre une action pour y mettre fin. Cependant, il fallut attendre le décryptage du système de codage Enigma, quelques mois plus tard, pour que le sous-marin lourd soit qui avaient un rendez-vous de ravitaillement : l'affrontement eut lieu dans la nuit du 27 septembre 1941 ; un U-Boot fut endommagé puis coulé sur la route du retour..
En , le premier Junkers Ju 52 portugais se posa pour réaliser des missions de transport de fret.
Environ 159 volontaires portugais combattirent sur le front de l'Est aux côtés des phalangistes espagnols de la division Azul.
Le Portugal de Salazar entretint de bonnes relations économiques et culturelles avec le régime de Vichy dont il se rapprochait par l'anticommunisme ; en outre, l'agriculture portugaise avait un besoin vital des phosphates du Maroc, sous tutelle française vichyste jusqu'à la prise de contrôle de l'Afrique du Nord par les Alliés en novembre 1943.
Avec les puissances alliées Après la déclaration de guerre, le gouvernement portugais annonça que l'alliance anglo-portugaise restait intacte, mais tant que la Grande-Bretagne ne demandait pas l'aide portugaise, le Portugal resterait neutre. Dans un aide-mémoire , le gouvernement britannique confirma sa compréhension du message. Du point de vue britannique, la non-belligérance portugaise était essentielle afin de prévenir l'Espagne d'entrer dans la guerre aux côtés de l'AxeLeite, Joaquim da Costa. "Neutrality by Agreement: Portugal and the British Alliance in World War II." American University International Law Review 14, no. 1 (1998): 185-199.
Pour encourager les bonnes dispositions de Salazar, le , l'université d'Oxford lui décerna « le grade honorifique de docteur en droit civil ». En , Salazar autorisa environ de Gibraltar à s'abriter à Madère. En , Winston Churchill écrivit à Salazar pour le féliciter de sa capacité à garder le Portugal en dehors de la guerre, affirmant que « comme souvent pendant les nombreux siècles de l'alliance anglo-portugaise, les intérêts britanniques et portugais [étaien]t identiques sur cette question vitale ».
En 1942, la base aérienne de Lajes aux Açores reçut le nom de la base aérienne et le gouvernement portugais élargit la piste. Il envoya également des troupes et de l'équipement à Lajes, dont des chasseurs Gloster Gladiator. L'activité militaire dans les Açores augmenta car le rôle des Gladiator prit de l’importance dans la couverture aérienne des convois alliés, les missions de reconnaissance, et les vols météorologiques. Les troupes portugaises de l'île de Timor rejoignent les Australiens et les Néerlandais dans la lutte contre les Japonais.
En 1943, les forces armées britanniques et américaines furent autorisés à se baser aux Açores ; la Royal Air Force appela la base aérienne de Lajes, la RAF Lages. Les Açores permirent aux aviations britannique et américaine de protéger les navires alliés dans le secteur central de l'Atlantique..
En , l'ambassadeur britannique à Lisbonne, Ronald Campbell, écrivit que « la stricte neutralité était le prix que les Alliés payaient pour les avantages stratégiques provenant de la neutralité du Portugal, et que si, sa neutralité au lieu d'être stricte avait été plus bienveillante en faveur des Alliés, l’Espagne se serait inévitablement jeté corps et âme dans les bras de l'Allemagne. Si cela s’était produit, la péninsule aurait été occupée puis l’Afrique du Nord, avec pour résultat que tout le cours de la guerre en aurait été modifié au profit de l'Axe ».
Une opinion similaire est partagée par Carlton Hayes, l'ambassadeur américain en Espagne pendant la Seconde Guerre mondiale, qui parla de Salazar dans son livre, Wartime Mission in Spain (Mission en temps de guerre en Espagne) : Salazar « ne ressemblait pas à un dictateur classique. Il est apparaissait plutôt comme un modeste, calme, très intelligent et érudit monsieur... littéralement traîné d'une chaire d'économie politique dans la vénérable université de Coimbra une douzaine d'années auparavant afin de redresser les finances du Portugal, et que son succès presque miraculeux à cet égard conduisit à d'autres fonctions, dont celles de ministre des Affaires étrangères et de rédacteur de la constitution ». Hayes était très reconnaissante des efforts constants du Portugal pour maintenir l'Espagne avec le Portugal dans un bloc péninsulaire véritablement neutre, une contribution incommensurable, à un moment où les Britanniques et les États-Unis avaient beaucoup moins d'influence, pour lutter contre la propagande et les moyens de l'Axe. Plus tard dans le même livre, Hayes écrivit sur le rôle du Portugal en faveur des milliers de militaires français réfugiés qui tentaient en 1943 de traverser l'Espagne pour l'Afrique du Nord afin de rejoindre les forces alliées là-basWartime mission in Spain, 1942-1945 / by Carlton J.H. Hayes, Historian and late American Ambassador to Spain.
En , le vol BOAC 777-A, un avion de ligne commercial transportant l'acteur Leslie Howard fut abattu au-dessus du golfe de Gascogne par la Luftwaffe après avoir décollé de Lisbonne, peut-être parce que des espions allemands à Lisbonne crurent que le premier ministre Winston Churchill était à bord.
En , le Portugal signa un accord de coopération militaire avec la Grande-Bretagne, acceptant un soutien britannique direct dans le réarmement et la modernisation des forces armées portugaises. L'accord, cependant, ne fut pas mis en vigueur qu'en . En , le Portugal signa l'accord luso-britannique, par lequel le Portugal louait des bases dans les Açores aux Britanniques. L'occupation de ces installations le reçu le nom de code opération Alacrity par les Alliés.. Ce fut un tournant décisif dans la bataille de l'Atlantique, permettant aux Alliés de fournir une couverture aérienne dans le secteur central de l'Atlantique, permettant de chasser les sous-marins allemands et de protéger les convois. Churchill surprit les membres du parlement quand il affirma qu'il allait utiliser un traité du ; de nombreux députés ne savaient pas que le Portugal et l'Angleterre étaient liés par la plus ancienne alliance encore en vigueur au monde, le traité anglo-portugais de 1373.
Le , des représentants militaires britanniques et américains à la base de Lages de la RAF signèrent un accord conjoint décrivant les rôles et les responsabilités pour les forces aériennes de l'armée des États-Unis (USAAF) et la marine américaine (USN) sur la base de Lajes. L’accord définissait les lignes directrices et les limites pour convoyer les avions en Europe via la base de Lajes. En retour, les États-Unis acceptèrent d'aider les Britanniques pour améliorer et étendre les installations existantes à Lajes. Les avions de transport du commandement du transport aérien commencèrent à atterrir à Lajes immédiatement après l'accord fut signé.
En 1944, le Portugal signa un accord avec les États-Unis permettant l'utilisation d'installations militaires dans les Açores. Les forces armées américaines construisirent une petite et éphémère base aérienne sur l'île de Santa Maria.
Le , le premier convoi de rapatriement quitta Madère pour Gibraltar, et, à la fin de 1944, seulement 520 réfugiés non prioritaires étaient encore sur l'îleGarcia, .