vignette|Logo de Natura 2000.|alt=Logo de Natura 2000.
Le réseau Natura 2000 rassemble des aires protégées créées par les États membres de l'Union européenne sur la base d'une liste d'habitats et d'espèces menacés, définies par les deux directives européennes Oiseaux et Habitats, Faune, Flore.
La constitution du réseau Natura 2000 a pour objectif de maintenir la biodiversité, tout en tenant compte des exigences économiques, sociales, culturelles et régionales dans une logique de développement durable. Sachant que la commission européenne part du postulat que la conservation de la biodiversité présente également un intérêt économique à long terme.
La volonté de mettre en place un réseau européen de sites naturels répondait à un constat : conserver la biodiversité n'est possible qu'en prenant en compte les besoins des populations animales et végétales, qui ne connaissent en effet pas les frontières administratives entre États. Ces derniers sont chargés de mettre en place le réseau Natura 2000 subsidiairement aux échelles locales. La cartographie du réseau est consultable en ligne.
Le réseau de sites terrestres a été complété en 2008, puis en 2010, par un ensemble de sites maritimes, grâce à la démarche de l'Union européenne « Natura 2000 en mer ». Mi-2010, sur les en cours de désignation « Natura 2000 », seulement cinquante étaient marins. Début 2011, le réseau était finalement étendu de près de (principalement grâce à la République tchèque, au Danemark, à la France, l'Espagne et la Pologne), enrichi de zones marines (plus de ), ce qui lui fait atteindre près de 18 % du territoire terrestre de l'Union européenne et plus de de ses mers et océans.
En 2019, Natura 2000 constituait le plus grand réseau d'aires protégées (terrestres et marines) au monde : les qui le composent couvrent une superficie totale de (2017), soit 18,18 % de la surface terrestre et 9 % des domaines marins des vingt-sept pays de l'Union européenne () Le réseau Natura 2000 dépasse l'objectif de 17 % du domaine terrestre, et doit à terme atteindre 10 % d’aires protégées marines. Cf. Agence française pour la biodiversité, « Bilan de la stratégie nationale de création et de gestion des aires marines protégées 2012-2020 », octobre 2019, .
Historique vignette|Élargissement progressif de l'UE. En 1976, la Commission européenne a émis une proposition de directive, qui a finalement été adoptée en 1979, visant à protéger les oiseaux sauvages. Elle enjoignait les neuf états-membres à établir des zones de protection spéciale (ZPS) considérant que la protection des oiseaux était une responsabilité transfrontalière nécessitant des actions conjointes.
En 1987, l'acte unique européen donne la compétence à l'Union européenne pour agir dans le domaine de l'environnement.
L'Union européenne ratifie, en 1982, la convention de Berne. Celle-ci pousse les douze États membres de l'Union européenne à adopter la directive habitats le . La nouvelle directive exige des États membres la désignation de zones spéciales de conservations (ZSC).
En cette année 1992, 700 ZPS avait été désignées dans l'Union européenne.
Encore en cours de constitution, le réseau d'aire protégées devait permettre de réaliser les objectifs fixés par la Convention sur la diversité biologique, adoptée lors du Sommet de la Terre de Rio de Janeiro en 1992.
vignette|redresse=1.2|Chronologie prévue et méthode de formation du réseau Natura 2000. Initialement prévue pour juin 2004, la désignation des sites a pris du retard.|alt=Chronologie prévue. La formation du réseau est initialement prévue pour l'an 2000 (d'où le chiffre 2000 accolé à Natura)., et les listes des sites de conservation complétées en Source : Lettre Natura 2000 , publiée par l'Union européenne, mai 1996.. Les États membres de l'Union devaient sélectionner sur leur territoire les sites naturels qui devaient former le réseau, et fournir au plus tard en une liste nationale des sites soumis à la formation du réseau Natura 2000. En devait être achevée la seconde phase de constitution de Natura 2000, par la sélection définitive des sites d'importance communautaire (SIC), qui seraient ensuite intégrés au réseau Natura 2000 sous la désignation finale de ZSC.
Toutefois, la désignation des sites a pris du retard dans la plupart des pays. Par exemple, le réseau de sites français n'a été validé qu'en 2007, après de nombreux échanges avec la Commission européenne et un contentieux pour « désignation insuffisante de sites au titre de la directive Habitats faune flore ». La Pologne a également été mise en garde en 2006 par la Commission européenne.
Ce retard à l'échelle de l'UE est dû à un fort rejet de la politique Natura 2000 au niveau local et national qui a pour origine : le fait que toutes les terres font déjà l'objet d'usages multiples, en particulier agricoles, dans les différents États-membres, et le plus souvent sont des propriétés privées ; le choix de l'UE de baser la légitimité du réseau Natura 2000 entièrement sur la science, par opposition à une légitimité qui aurait pu naître d'un processus de création des aires protégées concerté avec les populations locales ; une volonté d'aller vite, un faible engagement au niveau des États ; un manque d'information des citoyens. On trouve de nombreux exemples de cette opposition en Allemagne, en France, en Finlande, ou en Belgique.
Dans un objectif de développer le réseau écologique paneuropéen en mer, à la suite du Conseil des ministres du , couvrant une surface de sur les trois façades maritimes, ont été ajoutés au réseau . Les arrêtés du de désignation de treize sites ont été publiés au Journal officiel du .
Les élargissements successifs de l'UE ont permis au réseau Natura 2000 de s'étendre sur six régions biogéographiques (régions alpine, atlantique, boréale, continentale, méditerranéenne et pannonienne). La Pologne a désigné ( de grands lacs et systèmes fluviaux, plaines alluviales et forêts). La République tchèque a apporté (dont hêtraies et prairies d'intérêt pour la biodiversité). Des ajustements de délimitation de sites existants ont aussi été faits.
Début 2011, le réseau comprenait pour une superficie terrestre de . Il s'est ensuite régulièrement agrandi, et montait en 2023 à pour selon le site officiel de l'agence européenne pour l'environnement. L'entrée de nouveaux États membres dans l'Union fait significativement augmenter la surface du réseau, mais en 2019, le Brexit a amputé le réseau de 934 sites et .
Le , le « règlement sur la restauration de la nature » a été formellement adopté par le conseil de l'Union européenne. Son objectif est de restaurer 20% des zones terrestres et marines de l'UE en 2030, avec une priorité d'action sur les sites Natura 2000.
Deux types de zones protégées La politique européenne pour mettre en place ce réseau s'appuie sur l'application des directives Oiseaux et habitats, adoptées respectivement en 1979 et 1992 pour donner aux États membres de l'Union européenne un cadre commun d'intervention en faveur de la préservation des espèces et des milieux naturels. C'est donc la réunion des deux directives qui doit permettre la création du réseau.
Deux types de sites interviennent dans le réseau Natura 2000 : les ZPS et les ZSCParallèlement à la désignation des sites qui se fait normalement par chacun des États membres, la Commission européenne peut, si elle constate qu'un site potentiel n'est pas placé dans le réseau Natura 2000 par un État, entamer une procédure de concertation bilatérale avec ledit État afin de classer éventuellement ce site ( de la directive Habitats)..
Zone de protection spéciale vignette|Flamants roses dans le Parc naturel de Ses SalinesZPS ES0000084, Ibiza, îles Baléares, Espagne La directive Oiseaux de 1979 enjoint aux États membres de l'Union européenne de mettre en place des zones de protection spéciale (ZPS) sur les territoires les plus appropriés en nombre et en superficie afin d'assurer un bon état de conservation des espèces d'oiseaux menacées, vulnérables ou rares.
Les États sont libres dans leur méthodologie pour désigner des ZPS. Cependant, les listes nationales initiales de ZPS ont été vérifiées par la commission européenne, a-postériori, sur la base de publications scientifiques, entre autres les inventaires de zones importantes pour la conservation des oiseaux produite par BirdLife International. La commission a reproché à plusieurs États-membres l'insuffisance des surfaces proposées.
En France en particulier, le ministère de l'Écologie a chargé en 1979 le muséum national d'histoire naturelle et la ligue pour la protection des oiseaux d'identifier les sites qui pourraient devenir des ZPS.
Zone spéciale de conservation vignette|« Rivières des étages planitiaire à montagnard avec végétation du Ranunculion fluitantis et du Callitricho-Batrachion » habitat d'intérêt communautaire 3260, ici dans la Würmtal un affluent de la Rour, à Würselen, AllemagneZSC DE5102301. Les zones spéciales de conservation (ZSC), instaurées par la directive habitats en 1992, ont pour objectif la conservation de sites écologiques présentant soit : des habitats naturels ou semi-naturels d'intérêt communautaire, de par leur rareté, ou le rôle écologique primordial qu'ils jouent (dont la liste est établie par l'annexe I de la directive Habitats) ; des espèces de faune et de flore d'intérêt communautaire, là aussi pour leur rareté, leur valeur symbolique, le rôle essentiel qu'ils tiennent dans l'écosystème (et dont la liste est établie en annexe II de la directive habitats).
La désignation des ZSC est plus longue que les ZPS, en effet la directive habitats (92/43/CEE) prévoit une démarche en trois étapes : Chaque État membre de l'Union européenne fait part de ses propositions à la Commission européenne, sous la forme de pSIC (proposition de site d'importance communautaire). La proposition doit prendre une forme standardisée Le pSIC est inscrit comme Site d'importance communautaire (SIC) sur les listes officielles de la commission européenne, après une validation sur la base de critères scientifiques. Il est finalement intégré au réseau Natura 2000 par décision nationale d'un État membre qui le désigne comme Zone Spéciale de Conservation (ZSC).
Natura 2000 en mer
vignette|Dauphin commun à bec court nageant dans le site Natura 2000 GR4130001ZSC GR4130001. Les sites Natura 2000 en mer peuvent être des ZSC ou des ZPS.
Chaque État membre ayant une façade littorale doit désigner un réseau cohérent et suffisant d'habitats naturels et d'espèces d’intérêt communautaire présents dans l’espace maritime, avant mi-2008. Pour les aider, la Commission européenne a publié un guide d’application de Natura 2000 en merEn anglais. précisant : les aspects juridique et politique (directive-cadre sur l'eau, politique maritime européenne, conventions régionales et internationales…) ; les définitions et recensement (par pays) des habitats et des espèces d’importance communautaire ; les éléments permettant de localiser, évaluer et de sélectionner des sites ; les mesures de gestion à y proposer et les liens avec la politique commune de la pêche. La gestion devant ensuite prendre en compte les exigences économiques, sociales, culturelles en jeu.
La Commission engage aussi les États membres à combler leurs lacunes scientifiques et encore améliorer la représentativité du réseau marin.
Gestion des sites vignette|L'aigle de Bonelli, inscrit à l'annexe I de la directive Oiseaux est protégé par la mise en place de plusieurs ZPS, notamment la ZPS des Basses Corbières, dans le département de l'Aude, en France. Un programme LIFE-nature vise à expérimenter des modes de gestion des milieux ouverts, à améliorer les populations d'espèces proies et à réduire les menaces sur cette espèce.|alt=Lithographie de l'aigle de Bonelli