L’histoire des universités lorraines débute en 1558 à Verdun, puis avec la création d'une université à Pont-à-Mousson en 1572, transférée à Nancy en 1768. En 1968, la loi Faure crée l'université Nancy-I, l'université Nancy-II et l'Institut national polytechnique de Lorraine. L'université Paul-Verlaine de Metz est quant à elle créée en 1971. En 2012, les 3 universités de Nancy et celle de Metz sont fusionnées pour créer l'actuelle université de Lorraine.
l'université de Pont-à-Mousson Une ébauche à Verdun en 1558 Nicolas Psaume, évêque de Verdun et participant au concile de Trente, crée à Verdun en 1558 l'« Orphanotrophe », ainsi nommé parce que y sont réservées à des orphelins. Certains la présentent comme une université., d'autres comme une « université en miniature »Bernard Ardura, « Un précurseur de la réforme catholique en Lorraine. Nicolas Psaume évêque et comte de Verdun (1548-1575) », Revue d'histoire de l'Église de France, Tome 75, , 1989, ., certains posant directement la question de l'appellation à lui donnerSimonne Guenée, « Nicolas Psaume a-t-il fondé une université à Verdun au ? », Mélanges de la Bibliothèque de la Sorbonne offerts à André Tuilier, 1998, Paris, .. Le projet est ambitieux, on y enseigne la théologie, la philosophie, les belles-lettres, le droit, la médecine.
Mais l'expérience tourne court : faute de ressources, l'enseignement s'interrompt dès 1564. Elle est relayée en 1570 par la création, toujours à Verdun, d’un collège ouvert à tousOp. cit., Marie-Catherine Vignal Souleyreau, ..
1572 : une université à Pont-à-Mousson thumb|Bulle de création de l'université en 1572 thumb|Université de Pont-à-Mousson L'idée est reprise, quelques années plus tard, par le duc Charles et son cousin Charles de Lorraine, cardinal de Lorraine-Guise. Leur projet répond à plusieurs objectifs, le premier étant de créer un centre intellectuel pour limiter la fuite de la noblesse qui va parfaire ses études dans les pays voisins (les universités de Paris, Cologne, et Bologne attirent un grand nombre d'étudiants lorrains). Mais leurs motivations sont également d'ordre religieux, l'université de Pont-à-Mousson devant constituer un noyau de résistance contre l'avancée protestante venant des terres voisines, et contribuer à faire appliquer les principes du concile de Trente (1542-1563), qui prône une meilleure formation pour les prêtres et réfute les thèses protestantes. L'opposition entre catholiques et protestants est en effet extrêmement violente : en août de la même année, en France, le jour de la Saint-Barthélemy, des massacres font plusieurs milliers de morts parmi les protestants.
Ce projet prend corps dans un contexte particulièrement favorable. D'une part, de nombreuses universités voient le jour à cette époque-là : l'université de Reims, en 1548 , l'université de Douai en 1559 D'autre part, la Lorraine est directement au cœur de l'affrontement que se livrent catholiques et protestants : en effet, depuis 1552, les trois évêchés (Metz, Toul et Verdun) sont contrôlés par la France, aux termes du traité de Chambord, par lequel le roi de France, Henri , confirme son soutien financier et militaire aux princes protestants allemands contre Charles QuintVoir, sur le site du Ministère de la Culture, la présentation par Joël Cornette, professeur à l'université Paris-.. Cette prise de possession par le royaume de France, officieuse, ne sera officialisée qu'en 1648, par les traités de Westphalie qui marquent la fin de la guerre de Trente Ans et de la guerre de Quatre-Vingts Ans.
Stratégiquement, le lieu le plus adapté pour la nouvelle université semble être Pont-à-Mousson, ville barroise animée à l'époque du fait de sa situation sur les rives de la Moselle, canal commercial important, et à égale distance des trois cités épiscopales (Metz, Toul, Verdun) et de la cité ducale de Nancy. Soucieux de reconnaissance, le duc et le cardinal font le siège de Rome, et finissent par obtenir, le , que le pape Grégoire , dans sa bulle , crée aux frontières de l'Allemagne protestante, dans le duché de Bar, l'université de Pont-à-Mousson. Confiée aux Jésuites, elle se voit attribuer la mission de « dissiper le brouillard ténébreux de l'ignorance et la peste des hérésies »Op. cit., Marie-Catherine Vignal Souleyreau, . Dans cet article, elle utilise cette citation en l'attribuant à Henri Tribout de Morembert, « L'Université de Pont-à-Mousson et la controverse protestante », , dans « L'Université de Pont-à-Mousson et les problèmes de son temps. Actes du colloque de Nancy des 16-19 octobre 1972 », organisé par l'Institut de recherche régionale en sciences sociales, humaines et économiques de l'université de Nancy , Nancy, Annales de l'Est Mémoire , 1974..
La bulle fixe précisément les détails du fonctionnement de l'université de Pont-à-Mousson, et précise notamment qu'elle doit être composée de quatre facultés : une faculté des arts, une faculté de théologie, une faculté de médecine, et une faculté de droit. Les deux premières, qui sont confiées à des religieux, sont en place dès 1575. En revanche, les deux autres facultés, dont la bulle précise qu'elles doivent être confiées à des laïcs, prennent davantage de temps, notamment parce que les Jésuites n'en acceptent pas bien l'idée conférence donnée à l'occasion de la séance des 27 et 28 mai 1989 à la Société française d'histoire de la médecine.. Le collège-université est installé dans les bâtiments d’une ancienne commanderie. Le les cours sont inaugurés par une exhortation solennelle donnée au premier groupe de 60 étudiants dans des installations pas encore achevées. Le le grade de ‘maître ès arts’ est conféré à 10 étudiants, dont le jésuite Jacques SalèsSon futur compagnon de martyre le frère Guillaume Saultemouche était également à Pont-à-Mousson, comme portier. La même année Maldonado visite le collège au nom du Supérieur général. Les jésuites sont 18 prêtres et 11 ‘enseignants’. Cela nécessite l’ouverture de ‘pensionnats’ et l’octroi de pouvoirs supplémentaires aux pères pour faire exercer la discipline... Le premier cours de droit n'est donné qu'en 1578, et ce n'est qu'en 1582 que l'École doctrinale de droit publicClaude Collot, L'école doctrinale de droit public de Pont-à-Mousson (Pierre Grégoire de Toulouse et Guillaume Barclay) à la fin du , Librairie générale de droit et de jurisprudence, 1965, 357 est enfin mise en place par Pierre Grégoire. Concernant la faculté de médecine, il faut attendre que le célèbre Charles Le Pois (ou Lepois, selon les graphies), docteur régent de la faculté de médecine de ParisOp. cit., Antoine Beau, . accepte finalement de s'en charger. Les premiers cours, et le jardin botanique, sont mis en place à partir de 1592. En les premiers cours de médecine sont donnés et la faculté de Médecine est érigée en 1597. Le nombre d’étudiants augmente rapidement : de 400 en 1575, et 800 en 1587, ils seront 900 en 1594.
La « période de splendeur » vignette|Causes et remedes de la dysentrie... de Charles Le Pois imprimé à Pont-à-Mousson en 1623, bibliothèque Carnegie (Reims). Convaincus qu'il s'agit d'un facteur essentiel de réussite pour la nouvelle université, le duc et son cousin s'attachent à attirer à Pont-à-Mousson des enseignants à forte notoriété. Au nombre de ceux-ci, Pierre Grégoire, Jean Hay, Fronton du Duc (auteur de la première pièce en vers français sur Jeanne d'Arc)Op. cit., Eugène Martin, ., Léonard PerrinJésuite, il a été professeur de théologie scolastique, puis d'interprétation des livres saints, avant d'être chancelier puis recteur de l'université de Pont-à-Mousson. Voir, à ce sujet (y compris les variations d'orthographe du nom, et le flou sur le lieu de naissance) : la page 580 de l'ouvrage Bibliothèque des écrivains de la Compagnie de Jésus, tome 4, par Augustin et Alois de Backer, Imprimerie de L. Grandmont-Donders, Liège, 1836, 775 p. la page 267 du Dictionnaire universel, géographique, statistique, historique et politique de la France, Volume 2, par Louis-Marie Prudhomme, Édition Baudouin, 1804.. Des séances dramatiques s’ouvrent au public à partir de 1577 et suscitent l’enthousiasme du public mussipontain. En l’évêque de Toul y envoie six boursiers, considérant ‘de facto’ le collège comme étant son séminaire diocésain. En 1581, la reine d'Ecosse, Marie Stuart (nièce du feu cardinal de Lorraine), le choisit pour la formation de jeunes écossais et irlandais qui, une fois prêtres, rentreraient pour un service pastoral clandestin. À partir de 1616 le collège-université devient également la maison d’études des Jésuites de la province de Champagne.
Et, en effet, le nombre d'étudiants progresse rapidement, ainsi que le montrent les effectifs présents aux processions annuelles, pour atteindre 2000 en 1607. Ce ne sont d'ailleurs pas uniquement les élites lorraines que l'on retrouve désormais à Pont-à-Mousson, mais également de nombreux étudiants étrangers, belges, hollandais, allemands, écossais, irlandais viennent grossir les rangs des étudiants. L'université de Pont-à-Mousson, à ses plus belles heures, fait concurrence à la Sorbonne, qui souffre de nouvelles concurrences, après avoir été la référence des universités au Moyen ÂgeLaurence W.B. Brockliss, « Patterns of Attendance at the University of Paris, 1400-1800 », The Historical Journal, Vol. 21, No. 3 (Sep., 1978), . Consultable sur Jstor.org..
À la fin du , l’université a son imprimerie (comme le voulaient les lettres patentes de fondation). Un graveur et un peintre (en 1616) sont également des ‘officiels’ de l’université. Ne sont imprimés que les livres approuvés par le recteur de l’université.
L’université atteint son apogée durant le rectorat de Jean Bouvet, d’ à 1615. Les capucins installent à Pont-à-Mousson leur maison d’études. Les Prémontrés et Augustins sont également présents. Les étudiants proviennent d’Allemagne, de Flandre et du Hainaut, de Hollande, d’Écosse, de Pologne et d’ailleurs. La communauté jésuite compte 75 religieux. En 1609 Charles Malapert, jésuite belge, a 150 étudiants dans son auditoire. Le collège, avec les Arts et la Théologie, compte en 1605 et les deux facultés de Droit et Médecine: 400. Construire de nouveaux bâtiments s’impose. Au cours de l’année 1610 les nouveaux locaux sont occupés. Ni l’incendie d’une partie des bâtiments (en 1613) ni les épidémies occasionnelles de peste n’en retardent le progrès. Une forte culture scientifique est attestée avec l’arrivée du père Louis Lallemant à la chaire de mathématiques en 1612. Les publications scientifiques commencent peu après.
Culture et formation religieuses ne sont pas négligées, avec des exhortations dominicales, en latin ou français suivant les niveaux d’étude, et la présence d’actives congrégations mariales, pour les humanistes et les théologiens, sans parler des représentations dramatiques annuelles dont les thèmes sont inspirés par les grandes figures de la Bible. Fêtes et célébrations religieuses solennelles à l’occasion de canonisations.
Formation et discipline religieuse contribuent grandement à introduire en profondeur les réformes du concile de Trente dans la Lorraine et au-delà. Au début du plusieurs réformateurs d’ordres religieux sortent du collège de Pont-à-Mousson, le mieux connu d’entre eux est saint Pierre Fourier réformateur des Augustins. Mais également Philippe Thibault (des Carmes), Servais de Lairuelz (des Prémontrés), Didier de la Cour (des Bénédictins). L’église est très fréquentée et renommée pour ses sermons. Des pères sont ‘missionnaires des campagnes’ et visitent systématiquement les paroisses rurales y contribuant à la réforme des mœurs du clergé.
Un coup d'arrêt au développement