Le mouvement trotskyste français est divisé pendant l'Occupation, bien que la plupart refusent de s'allier avec les « petits-bourgeois » et les « impérialistes » contre l'Allemagne nazie. En 1939, le gouvernement dissout les deux principales organisations trotskistes, le Parti ouvrier internationaliste (POI) de Pierre Naville et le PCI de Raymond Molinier. Lors de la drôle de guerre, le mouvement trotskiste français adopte une position de « défaitisme révolutionnaire », puis publie, dès , le premier journal clandestin de la Résistance, La Vérité, organe bolchevique-léniniste. Divisé principalement entre ses deux composantes principales devenues clandestines: le Parti ouvrier internationaliste (POI), - tenté un temps par l'alliance avec la bourgeoisie contre Hitler -, et le Parti communiste internationaliste (PCI), - alors dirigé par Henri Molinier, en l'absence de son frère Raymond. Il refuse les attentats contre l'Occupant, assimilant ceux-ci à du « terrorisme » coupé des massesFac-similé de La Vérité n° 20 du 15 septembre 1941. Il s'oppose notamment au virage patriotique du PCF après la rupture du Pacte germano-soviétique en 1941, au nom de l'« internationalisme », qui le pousse à préférer la propagande envers l'Occupant, afin de gagner « les prolétaires allemands » sous les drapeaux à la cause révolutionnaire, plutôt que l'action armée directe. Ce n'est qu'en que la Quatrième Internationale prône la participation aux organisations armées afin de les structurer sur une base de classe ; si certains trotskistes français suivent, à titre personnel, cette ligne (par exemple Marcel Bleibtreu), elle n'est cependant pas officialisée par les structures clandestines trotskistes.
Défaitisme révolutionnaire et désorientation d'une partie des militants trotskistes
Le , seize militants (dont Pierre Boussel, alias ) se réclamant de la Quatrième Internationale, sont arrêtés. L'inculpation mentionne le chef d'accusation suivant : « infraction au décret du sur la publication de textes de nature à nuire au moral de l'armée et de la population ». Le rapport de police se termine ainsi « [...] se réclame ouvertement du marxisme-léninisme intégral, du défaitisme révolutionnaire et de l'antimilitarisme ».
Pierre Boussel est alors membre du Parti communiste internationaliste (PCI), qui prône et pratique l'entrisme au Rassemblement national populaire (RNP) de Marcel Déat, l'un des principaux partis collaborationnistes. Henri Molinier, alias Henri Testu, frère de Raymond Molinier, prit même la parole lors d'un congrès du RNP. Cette attitude est cependant minoritaire. Elle traduit l'émiettement et la désorientation des trotskistes. Henri Molinier, alias Henri Testu, ne « voit de solution que dans les organisations fascistes et staliniennes qui naîtront du triomphe du Pacte germano-soviétique ». Pierre Boussel, futur dirigeant de l'OCI, qui s'est évadé en , lors d'un transfert, s'oppose, lui, à cette orientation d'Henri Molinier, alias Henri Testu. Sans toutefois quitter le Parti communiste internationaliste, il s'engage dans la CGT clandestine. Il est finalement exclu du PCI, avec sa compagne. Il demande alors à adhérer, en , au Parti ouvrier internationaliste (POI) qui développe l'idée du défaitisme révolutionnaire : , reprenant ainsi les théories communistes de la Première Guerre mondiale où la guerre est impérialiste.
En , le Parti ouvrier internationaliste fusionne avec les autres groupuscules trotskistes dans le PCI, section française de la quatrième internationale, dont l'organe est La Vérité, pour qui « le fascisme est le fruit naturel du capitalisme, et on ne peut le finir qu'en abattant le capitalisme », et qui se démarque notamment en se prononçant contre l'union sacrée aussi bien extérieure (les Alliés et l'URSS) qu'intérieure (De Gaulle et le PCF). Cette attitude leur vaudra de la part du PCF la dénomination d'« hitléro-trotskistes ».
La résistance trotskiste
La Résistance trotskiste occupe une place à part. Elle ne veut pas participer à qui anime toutes les résistances et refuse le travail commun avec les courants « bourgeois » de la Résistance, considérés comme des adversaires dans la lutte pour la Révolution. Seuls le Mouvement national révolutionnaire de Jean Rous et Fred Zeller, et, pendant un temps, le Parti ouvrier internationaliste (POI) de Marcel Hic, échappent à cette règle.
Les petits groupes trotskistes refusent aussi ce qu'ils considèrent comme la du « À chacun son boche ! » du PCF, se veulent internationalistes, qualifie la lutte armée de « terrorisme », prônent la fraternisation avec les « travailleurs allemands sous l'uniforme », et organisent avant tout un travail en direction des soldats allemands de la Wehrmacht, publiant des journaux en langue allemande, en Bretagne, par exemple. Ainsi, selon le journaliste Christophe Nick, Au printemps 1943, le POI compte une cellule de quinze soldats et sous-officiers allemands en Bretagne. Sur toute la France, ils en « réseautent » une cinquantaineChristophe Nick, Les Trotskistes, Fayard, 2002, 318.
L'activité était risquée et la Gestapo réussit à démanteler assez aisément ces réseaux : la cellule bretonne comptait un agent gestapiste, ce qui conduit aux arrestations du : Robert Cruau (fusillé), Yves Bodénez (mort à Dora) et 10 autres Bretons (dont trois ne reviendront pas de déportation), 15 soldats allemands (qui auraient été guillotinés), ainsi qu'à Paris, Marcel Hic (mort à Dora), David Rousset, Philippe Fournié, Yvonne et Roland Filiâtre, également déportés.
Dans le contexte d'une occupation de plus en plus brutale de la France, ce discours et ces méthodes ne parviennent ni à convaincre, ni à obtenir de résultats face aux occupants, surtout lorsque le travail en direction des Allemands n'était pas accompagné d'autres formes de lutte visant concrètement à la fin de l'Occupation. D'autre part, en dépit du discours patriotique, voire nationaliste du PCF clandestin, ce dernier ne négligeait pas non plus la propagande à destination des soldats occupants (le « travail allemand », confié aux militants FTP-MOI et à Artur London), bien que ce travail n'ait pas été pour lui une priorité.
Ces interprétations du conflit conduiront les trotskistes à s'abstenir de toute résistance armée contre l'occupant jusqu'en , considérant que les masses n'appuyaient pas alors ce qui était considéré comme du « terrorisme ». La critique du virage patriotique du PCF est exprimée, en 1945, par le surréaliste Benjamin Péret, qui avait rejoint le POI en 1936 puis s'était battu en Espagne avec le POUM et la colonne Durutti : en réponse à L'Honneur des poètes (1943), auquel participaient Paul Éluard et Aragon, Péret rédige ainsi Le Déshonneur des poètes.
La presse trotskiste clandestine
Par ailleurs, les trotskistes éditent deux journaux clandestins La Vérité clandestine et L'Étincelle, qu'ils diffusent aussi largement que possible, c'est-à-dire fort peu. L'Étincelle est diffusée par le « Comité pour la Internationale » autour de Yvan Craipeau, Jean Rous, Barta et Daniel GuérinChristophe Nick, Les Trotskistes, Fayard, 2002, 296. À la Libération, en raison de leur refus de l'Union nationale et de la puissance du PCF, ces journaux seront les seuls à ne pas obtenir immédiatement l'autorisation de reparaître au grand jour.
La violence de leurs attaques contre les Anglo-Saxons et la France libre n'y est pas non plus étrangères, ainsi que le fait qu'ils renvoient dos à dos les puissances fascistes et les Alliés. De Gaulle était régulièrement qualifié au printemps 1944 d'agent de la City et de l'impérialisme britannique.
Quelques jours après le débarquement allié de Normandie, alors que les massacres des Nazis ensanglantent quotidiennement la France, et les bombardements des alliés détruisent les villes, La Vérité titre : « Ils se valent » : alors qu'en , le secrétariat provisoire de la IV Internationale s'était enfin rallié à la Résistance, en proclamant une « résolution sur le mouvement des partisans » prônant l'entrisme dans les organisations armées afin d'appuyer une structuration sur une base de classe, La Vérité écrit, le , dans cet article : « En réalité, la libération de Roosevelt vaut tout autant que le socialisme de Hitler »Fac-similé de La Vérité n° 67 du 22 juin 1944. L'article appelle les ouvriers à s'organiser dans des Milices Ouvrières pour se libérer eux-mêmes, sans les Alliés. Selon Marcel Bleibtreu, responsable du journal à l'époque (et l'un des rares à s'être engagé, à titre personnel, au sein du Conseil national de la Résistance), il fut alors scandalisé de ce « raccourci » attribué à Rodolphe Prager qui fut exclu du journalChristophe Nick, Les Trotskistes, Fayard, 2002, 316.
D'autres interprétations furent aussi lancées par les trotskistes clandestins. Ainsi l'idée d'un accord secret entre les belligérants pour s'entendre sur le dos des travailleurs européens et prévenir l'éclatement d'une hypothétique révolution européenne à la chute du Troisième Reich - dans cette perspective, le débarquement signifiait que « le grand capital américain [venait] voler au secours du grand capital allemand » (). De même, les bombardements alliés sur la France, avec leur cortège d'imprécisions et de victimes inutiles, étaient interprétés comme une volonté délibérée de terroriser les ouvriers pour prévenir une révolution...
La Vérité fut l'une des premières feuilles à dénoncer les mesures antisémites« Le Protocole des Sages de Léon », article de Robi Morder dans Le Monde du 9 mars 2002 : dès l'été 1940, avant même la promulgation du Statut des juifs d', La Vérité dans son premier numéro clandestin (daté du ) publie un article intitulé « À bas l'antisémitisme !!! », qui se conclut par un appel à « organiser des groupes de défenses ouvriers contre les bandes antisémites »Fac-similé de La Vérité n° 1 du 31 août 1940 et suite du fac-similé de La Vérité n° 1 du 31 août 1940 et dans son numéro 34 du , le journal, sous le titre « La marque d'infamie », écrit au sujet de l'imposition de l'étoile jaune le : « Travailleurs français, il faut vous unir aux travailleurs, aux artisans, aux intellectuels juifs pour lutter contre les pogroms et l'antisémitisme ! ». Fac-similé de La Vérité n° 45 du 20 mai 1943.
Seuls les journaux trotskistes se sont explicitement indignés de la violence inutilement meurtrière des bombardements alliés sur l'Allemagne : La Vérité n° 56 du , en référence aux bombardements de Hambourg de l'été 1943, publie un article intitulé « NON, les morts de Hambourg ne vengent pas les morts de Nantes ! »Fac-similé de La Vérité n° 56 du 15 janvier 1944.
À la suite de la défaite de 1940 et de l'Occupation, la commune de Couëron devient une base de repli pour la direction nationale clandestine des comités de la Internationale. Travaillant en étroite collaboration avec le jeune militant Robert Cruau, Roger Tual prend la tête de la cellule clandestine locale. Au début de l'année 1941, il installe une imprimerie clandestine dans une pièce au domicile de Gabriel Rincé, située au 8 rue Jules-Ferry à Couëron« Histoire des Petits Ports : L'imprimerie clandestine de la rue Jules Ferry », petits.ports.free.fr (Document PDF/Archives locales).. Afin d'étouffer les bruits de la machine et de masquer la lumière, les ouvertures de la pièce sont obstruées par des matelas. C'est dans ce lieu qu'est imprimé clandestinement, entre juillet 1943 et l'été 1944, le journal d'opposition Le Front ouvrier. Ce bulletin internationaliste et anti-nazi est tiré à plusieurs milliers d'exemplaires et diffusé auprès des travailleurs d'une quinzaine d'usines de Nantes et de la Basse-Loire.