La zoologie (La prononciation « zoulogie » (), qu'on entend parfois, est doublement erronée : d'une part le mot « zoologie » ne vient pas de l'anglais, d'autre part le mot anglais zoology se prononce plus fréquemment que .) est la science qui étudie les animaux. Le terme est un mot savant construit sur le grec (« animal ») et (« discours »). Les spécialistes de cette discipline sont appelés zoologistes ou zoologues.
Regroupant plusieurs disciplines et utilisant de nombreuses techniques, cette science s'est lentement élaborée au cours des siècles depuis la Préhistoire. Les premières réflexions scientifiques concernant la zoologie qui nous ont été transmises sont celles d'Aristote. Les grandes tentatives de classification des espèces animales ont été nombreuses et souvent remaniées depuis cette époque.
La distinction entre zoologie et botanique La frontière entre la zoologie, qui étudie les animaux, et la botanique, qui étudie les végétaux, a été et est toujours sujette à controverses. Certains êtres vivants, considérés comme végétaux, se sont révélés être des animaux ; le cas de certains autres est toujours, à l'aube du , sujet à discussions. Pour ces êtres vivants atypiques, l'appartenance à l'une ou l'autre des sciences s'est trouvée modifiée grâce aux avancées et découvertes techniques ou scientifiques (entre autres la microscopie ou l'analyse de l'ADN).
Si la plupart des Métazoaires ont toujours été placés parmi les animaux, certains Métazoaires inférieurs étaient encore au placés dans une catégorie particulière nommée « Zoophytes » (étymologiquement : animaux-plantes). Ce grand groupe comprenait traditionnellement les Spongiaires, les Cnidaires et les Cténophores. Carl von Linné classait dans cette catégorie des Mollusques comme la Seiche, l'Aplysie, l'Holothurie, mais aussi les Échinodermes (oursins et étoiles de mer)Valmont de Bomare (1775) Dictionnaire raisonné universel d'histoire naturelle, Brunet, Paris, tome IX, . Ce n'est qu'en 1744 que Jean André Peyssonnel reconnut le corail comme un animal ; de même, les Spongiaires ne furent reconnus comme animaux qu'en 1825Collectif, Grande encyclopédie alpha des sciences et techniques, Zoologie tome I (1974), Grange Batelière, Paris..
Le cas des Protozoaires est encore plus problématique. L'étude des êtres vivants unicellulaires révèle des formes ambigües où la distinction entre animal et végétal n'est pas absolue. Certains d'entre eux, comme l'euglène ou certains Péridiniens qui peuvent avoir une alimentation autotrophe ou hétérotrophe, ont longtemps été placés à la frontière entre les deux disciplines. Ainsi, certains organismes unicellulaires sont pourvus de chlorophylle (caractère de l'« état végétal »), sont mobiles et ont une membrane cellulaire souple (caractère de l'« état animal »).
Dans la seconde moitié du , Ernst Haeckel, considérant que la coexistence de ces caractères était héritée d'ancêtres communs aux animaux et aux végétaux, définit pour les organismes unicellulaires le règne des Protistes (Protista) en 1866. La protistologie, étude scientifique des Protistes, se retrouva alors rattachée à la fois à la zoologie et à la botanique. Toutefois, une certaine dichotomie traditionnelle demeura : les zoologistes étudiant les formes à « affinité animale » et les botanistes les formes à « affinité végétale ». Les délimitations et classifications des Protistes proposées par les savants divergent donc considérablement selon la discipline concernée. Les chercheurs ont tenté de délimiter les deux règnes « animal » et « végétal », qui tendent à se confondre au sein des Flagellés, par la distinction des Zooflagellés et des Phytoflagellés.
Pour les biologistes qui, comme Cavalier-Smith à la fin du , recommandent de ne pas utiliser le terme d'« animaux unicellulaires », la zoologie est l'étude des animaux et des protozoaires Thomas Cavalier-Smith, "A revised six-kingdom system of life", Biological Reviews, Cambridge Philosophical Society, Vol.73, No.3, August 1998, v. .
Au début du , les données de la biologie moléculaire permettent d'apprécier de façon plus fiable les relations de parenté entre les lignées d'organismes vivants. Alveolata"Alvélobiontes", in Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader, Classification phylogénétique du vivant, (revue et augmentée), Belin, Paris, 2006, . : Une étroite parenté a été mise en évidence entre Ciliés, Sporozoaires et Dinoflagellés. Les deux premiers groupes étaient antérieurement rattachés aux animaux (Protozoaires) et le troisième aux végétaux (Phytoflagellés / Protophytes), d'après l'absence ou la présence de chlorophylle. Amoebozoa"Amoebozoaires", in Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader, Classification phylogénétique du vivant, (revue et augmentée), Belin, Paris, 2006, . : Plusieurs familles d'amibes proprement dites, anciens Protozoaires rhizopodes, comprenant aussi bien des espèces libres comme Amoeba proteus (ou Chaos diffluens) que des espèces parasites comme Entamoeba histolytica, se retrouvent classées avec la plupart des lignées de moisissures visqueuses, anciens champignons Mycétozoaires. Euglenozoa"Euglénobiontes", in Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader, Classification phylogénétique du vivant, (revue et augmentée), Belin, Paris, 2006, . : Les Trypanosomes incolores (par exemple Trypanosoma brucei, l'agent pathogène de la maladie du sommeil) sont proches des Euglènes chlorophylliens. Percolozoa"Percolozoaires", in Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader, Classification phylogénétique du vivant, (revue et augmentée), Belin, Paris, 2006, . ou Heterolobosea : Une famille amibienne, rassemblant les amibes vahlkampfiides, d'anciens Protozoaires rhizo-flagellés, autour du genre Naegleria vivant en eau stagnante, est apparentée à une lignée de moisissures visqueuses dites acrasiales, anciens champignons Mycétozoaires. Rhizaria"Rhizariens", in Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader, Classification phylogénétique du vivant, (revue et augmentée), Belin, Paris, 2006, . : D'anciens Protozoaires rhizopodes, les Foraminifères et les Radiolaires, sont regroupés avec des lignées nouvelles de Protistes cercozoaires, parfois chlorophylliens comme les Chlorarachniophytes et des amibes euglyphides du genre Paulinella. Stramenopiles"Straménopiles", in Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader, Classification phylogénétique du vivant, (revue et augmentée), Belin, Paris, 2006, . ou Heterokonta : Une même lignée réunit d'anciens Protozoaires, les Opalines (entre autres, des parasites de la vessie des grenouilles), d'anciens champignons Oomycètes (dont Plasmopara viticola, l'agent pathogène du mildiou de la Vigne) et des algues brunes pluricellulaires, comme les Fucus et les Laminaires. Opisthokonta"Opisthocontes", in Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader, Classification phylogénétique du vivant, (revue et augmentée), Belin, Paris, 2006, . : L'ancien règne animal, diminué de la plupart des formes unicellulaires qui lui avaient été rattachées, se révèle proche d'un groupe renfermant la majorité des anciens champignons Eumycètes. D'anciens Protozoaires classés parmi les Cnidosporidies, les Microsporidies (entre autres, parasites des arthropodes et des poissons), sont considérés, au sein des Mycètes ou Fungi, comme le groupe frère de tous les autres champignons. Parmi les formes unicellulaires, seul le groupe des Choanoflagellés ou Choanomonada demeure directement apparenté aux Métazoaires dont il constitue le groupe frère. Intégrés parmi les Métazoaires, les Myxozoaires, unicellulaires sur la majeure partie de leur cycle de vie au cours de laquelle ils produisent des spores à plusieurs cellules différenciées, sont, quant à eux, considérés comme des Cnidaires extrêmement modifiésMichaël Manuel, « Évolution animale : les péripéthies de la phylogénie », Universalia 2009 : La politique, les connaissances, la culture en 2008, Encyclopædia Universalis, Paris, 2009, p. 134-149. .
Les méthodes modernes de la cladistique ont permis de distinguer la lignée verte (qui concerne indiscutablement la botanique et la phycologie), les opisthochontes (qui concernent la zoologie et la mycologie), la lignée brune (phycologie) et diverses lignées dont l'appartenance à telle ou telle discipline n'est pas toujours résolue et qui relèvent, par défaut, de la protistologie.
La distinction entre zoologie et botanique devient floue au point qu'il est supputé en 2012 que, parmi les Métazoaires, des animaux marins (Cnidaires tels les coraux et les anémones de mer) se transforment en végétaux par endosymbiose avec des algues chlorophylliennes : les zooxanthelles, Dinophytes photosynthétiques qui les pourvoient en matières organiques. Dans certains cas, ces algues endosymbiotiques se transmettent d'une génération à l'autre par les ovules de l'hôte, sur le modèle de l'hérédité des plastes dans les végétauxMarc-André Selosse, « Les Végétaux existent-ils encore ? », Les Végétaux insolites, Dossier Pour la Science, , octobre-Décembre 2012, .Marc-André Selosse, « Animal ou Végétal ? Une distinction obsolète », Pour la Science, , , ..
Histoire Préhistoire
L'Homo sapiens du Paléocène supérieur a réalisé de nombreuses peintures, gravures et sculptures rupestres. Ces représentations artistiques à dessein sans doute rituel montrent que nos ancêtres observaient attentivement la faune, représentant des détails qui indiquent une bonne connaissance des animaux de leur environnement, comme la mue des bisons ou le repli cutané présent à la base de la queue des mammouths.
Le bestiaire varie selon les régions et selon les époques du Paléolithique supérieur : toutefois, on trouve en majorité de grands herbivores (chevaux, bisons, aurochs), comme dans la grotte de Lascaux.
D'autres espèces sont plus rarement représentées, parfois avec de fortes dominantes géographiques ou chronologiques : lions et rhinocéros dans la grotte Chauvet, en Ardèche, biches dans les grottes de la région des Cantabres en Espagne ou mammouths à Rouffignac, en Dordogne. Il arrive aussi que soient représentés des animaux indéterminables ou « fantastiques » : une figure de la salle des taureaux de Lascaux est parfois qualifiée de « licorne ».
La période néolithique montre aussi des représentations animales très réalistes. Au Sahara, une civilisation d'éleveurs remontant au est responsable des gravures et peintures rupestres classées dans le style des « bubales » et des « bovidés ». Dans sa forme la plus ancienne, la « période bubaline » n'a figuré que des gravures de faune sauvage : bovidés, équidés, félins, girafes, mouflons, antilopes, gazelles, éléphants, rhinocéros, autruches, etc.Dans sa forme plus récente, la « période bovidienne » correspond à des peintures de faune domestique : bœufs, chèvres et moutons.
Antiquité La révolution néolithique, qui est caractérisée par la domestication des animaux, se prolonge sur la période de l'Antiquité.
La connaissance antique de la faune est illustrée par la représentation réaliste d'animaux sauvages et domestiques au Proche-Orient, en Mésopotamie comme en Égypte.
Les animaux dans le Proche-Orient ancien aussi bien que les animaux dans l'Égypte antique relèvent du domaine culturel de la zoologie, s'étendant du sacré au symbolisme et à l'art, en passant par les pratiques et techniques d'élevage, de chasse ou de pêche.
L'invention de l'écriture se traduit pour la zoologie par la présence des animaux dans les hiéroglyphes égyptiens.
L'époque de l'Antiquité fut celle d'Aristote dans toute l'étendue scientifique du domaine de la zoologie.