vignette|La construite entre 1562 et 1567, est considérée comme la plus ancienne cathédrale d'Amérique du Sud. Le catholicisme en Amérique latine commence avec la colonisation espagnole des Amériques et celle des Portugais au Brésil. L'Église catholique s'efforce de christianiser les autochtones puis les esclaves africains et les protège dans une certaine mesure tout en étant un vecteur de la domination coloniale. Même si l'encadrement du clergé reste longtemps européen, le contact entre colons ibériques et peuples colonisés donne naissance à des formes de métissage culturel.
Après l’indépendance des colonies hispano-américaines, aux s, de nombreux régimes libéraux ont lutté pour contrôler et réduire le pouvoir et l'influence de l'Église catholique par la promulgation de lois anticléricales. Dans certains pays, la violence anticléricale a entraîné la destruction de biens de l'église et l'assassinat de prêtres et d'autres chefs religieux. Au Brésil, le passage à l'indépendance, plus pacifique, n'a pas entraîné de violences contre l'Église et l'anticléricalisme est resté marginal.
L'Église catholique en Amérique latine a longtemps paru liée au conservatisme politique et social. Cependant, dans la seconde moitié du , l'avènement de la théologie de la libération a remis en cause des alliances aussi étroites entre l'Église et l'État, avec un soutien pour le changement social, politique et économique émanant de communautés chrétiennes populaires, de membres d'instituts religieux et de prêtres radicaux. Certains jésuites libéraux ont eu une influence significative sur le développement de la théologie de la libération. Toutefois, le pape Jean-Paul II et le pape Benoît XVI ont condamné le mouvement qui a suscité de vives controverses dans la communauté théologique catholique. Le pape François a adopté de nombreux éléments de la théologie de la libération, notamment le dévouement de l'Église aux pauvres et aux marginalisés. Malgré une certaine perte d'influence, en comparaison avec sa situation en Europe et dans d’autres pays occidentaux, l’Église catholique a toujours une influence considérable sur les sociétés latino-américaines.
Colonisation espagnole et portugaise Deux empires catholiques thumb|Monument à l'Espagne missionnaire au Cerro de los Angeles, Getafe (communauté de Madrid) : Isabelle la Catholique, Christophe Colomb, Hernán Cortés, le frère Junípero Serra et trois Indiens. L'âge de la découverte a commencé avec le voyage de Christophe Colomb. en 1492. Le pape Alexandre VI, dans la bulle papale Inter caetera, a octroyé des droits coloniaux sur la plupart des terres récemment découvertes à l'Espagne et au Portugal. L'expansion du catholique Empire portugais et Empire espagnol avec un rôle important joué par l'Église catholique romaine a conduit à la christianisation des populations autochtones des Amériques comme les Aztèques et Incas. Dans le système du patronat, les nominations de personnel administratif étaient contrôlées par les autorités de l'État et aucun contact direct n'était autorisé avec le Vatican.
Une terre de mission Au cours de l'ère des découvertes, l'Église catholique romaine établit un certain nombre de missions dans les Amériques et dans d'autres colonies afin de propager le christianisme dans le nouveau monde et de convertir les peuples autochtones. Étendre le christianisme au continent nouvellement découvert était une priorité absolue mais aussi un élément du système de colonisation espagnol. De ce fait, les missionnaires franciscains et autres peuvent apparaître comme des avant-coureurs de l'impérialisme espagnol . Un des objectifs était de transformer l’autochtone agriculteur ou nomade en un modèle du peuple et de la société espagnols. Fondamentalement, l'objectif est l'urbanisation. Les missions y sont parvenues en «offrant des cadeaux et de la persuasion… et en préservant leurs ennemis». Cette protection constituait également une sécurité pour l’opération militaire espagnole, puisqu’il y aurait théoriquement moins de conflits si les indigènes étaient pacifiés, fonctionnant ainsi avec un autre élément du système Lee 1990:44..
Les Espagnols étaient déterminés à convertir leurs sujets américains au christianisme et à éliminer toutes les pratiques culturelles indigènes qui entraveraient cette fin. Cependant, la plupart des tentatives initiales dans ce domaine n’ont que partiellement abouti; Les groupes américains ont simplement mélangé le catholicisme avec leurs croyances traditionnelles. Les Espagnols n’ont pas imposé leur langue au même degré que leur religion. En fait, le travail missionnaire de l'Église catholique romaine en quechua, nahuatl et guarani a effectivement contribué à l'expansion de ces langues américaines, en les dotant de systèmes d'écriture.
Le Requerimiento de 1510, en relation avec l'invasion espagnole de l'Amérique du Sud, a demandé aux populations locales d'accepter la domination espagnole et de leur permettre de prêcher par des missionnaires catholiques, sous peine de guerre, d'esclavage ou de mort, sans exiger de conversion. L'esclavage faisait partie de la culture de la population locale avant l'arrivée des conquistadors. Les missionnaires chrétiens ont fourni aux esclaves existants l'occasion d'échapper à leur situation en cherchant la protection des missions.
En , le frère dominicain Antonio de Montesinos reprochait ouvertement aux autorités espagnoles qui gouvernaient Hispaniola d’avoir maltraité les indigènes américains, en leur disant que "... vous êtes dans le péché mortel... pour la cruauté et la tyrannie que vous utilisez pour traiter avec ces personnes innocentes ". Le roi Ferdinand promulgue les lois de Burgos et de Valladolid. L’application de la loi reste cependant laxiste et, alors que certains reprochent à l’Église de ne pas avoir fait assez pour libérer les Indiens, d’autres la considèrent comme la seule voix possible au nom des peuples autochtones. Néanmoins, les populations amérindiennes ont subi un grave déclin en raison de nouvelles maladies, introduites par inadvertance par le contact avec des Européens, qui ont créé un vide de travail dans le Nouveau Monde Noble, ..
Lorsque des Européens demandent si les Indiens sont vraiment humains et dignes du baptême, le pape Paul III, dans la bulle de 1537, Sublimis Deus, répond que « leur âme était aussi immortelle que celle des Européens » et qu'ils ne doivent ni être volés ni transformés en esclaves Johansen, : . Les autochtones sont souvent définis légalement comme des enfants et les prêtres assument un rôle paternaliste, parfois assorti de châtiments corporels Jackson, ..
Malgré cette égalité de principe, l'Église n'accepte pas l'ordination de prêtres indiens et rend très difficile celle des candidats métis ou de naissance illégitime. Les Blancs, les Indiens et les Noirs forment des confréries séparées. Les Indiens sont confinés dans les fonctions subalternes du clergé : sacristain, acolyte, portier, etc. Les caciques et autres indigènes de confiance sont chargés de veiller à la pratique religieuse de leurs compatriotes et de dénoncer leurs manquements.
Dominicains et franciscains thumb|Messe de la Jeunesse franciscaine à (Mexique) en octobre 2017. Les ordres mendiants, frères prêcheurs (dominicains) et frères mineurs (franciscains), sont ceux qui envoient les premières missions catholiques vers le Nouveau Monde. Le couvent San Esteban de Salamanque, où Christophe Colomb avait séjourné en 1486 et 1487, est celui qui fournit la plupart des missionnaires dominicains aux Caraïbes, au Mexique et en Amérique centrale. Les premiers sont envoyés par le cardinal Cajetan en 1507 : sur une quinzaine, quatre seulement atteignent le Nouveau Monde. En 1512, une quarantaine de dominicains, sous la conduite de Pedro de Cordoba, fondent un établissement à Hispaniola dans ce qui est aujourd'hui la République dominicaine : par la suite, Pedro de Cordoba se signalera dans la défense des droits des peuples indigènes. La première province de l'Ordre est fondée en 1530 sous le nom de Sainte-Croix des Antilles, suivie par celles de Saint-Jacques au Mexique en 1532, Saint-Jean-Baptiste au Pérou en 1539, Saint-Vincent du Chiapas et Saint-Antonin du Venezuela en 1551. La province de Saint-Jacques est également chargée des missions en Extrême-Orient par la route transpacifique. Par la suite, de nouvelles provinces sont créées en Équateur et Chili, détachés de la province du Pérou, et à Oaxaca et Puebla, détachées de celle de Mexico. Des grands couvents sont fondés dans les principales villes et des petits établissements pour l'évangélisation des campagnes.
En 1522, les premiers missionnaires franciscains arrivent au Mexique, créant des écoles, des fermes modèles et des hôpitaux. Les missionnaires dominicains et franciscains vont prêcher d'un village à l'autre, confiant parfois à un frère convers la gestion courante de leur paroisse. Ils doivent apprendre les langues des autochtones et se familiariser avec leur culture. Ainsi, en 1650, le chapitre de la province Saint-Jacques nomme quatre prédicateurs généraux de langue nahuatl, trois de langue zapotèque, trois pour le dialecte du nord et un pour chaque langue des Chontals, Chinantèques, Gavia et Mixtèques.
Au cours de la période coloniale, les missions s'étendent au sud-ouest de l'Amérique du Nord, .. Le prêtre franciscain Junípero Serra fonde une série de missions qui deviennent d'importantes institutions économiques, politiques et religieuses.. Elles introduisent de nouvelles plantes cultivées, du bétail et un nouveau mode de vie aux tribus indiennes de Californie. Des routes terrestres sont établies à partir du Nouveau-Mexique, ce qui entraîne la fondation de San Francisco en 1776 et de Los Angeles en 1781. Cependant, en introduisant la civilisation occidentale dans la région, ces missions et le gouvernement espagnol ont été tenus pour responsables de l’élimination de près d’un tiers de la population autochtone, principalement par maladie..
Jésuites thumb|Milice indienne guaranie levée pour protéger une réduction jésuite au Paraguay, seconde moitié du s. Les missions jésuites en Amérique latine ont été très controversées en Europe, en particulier en Espagne et au Portugal, où elles étaient perçues comme une ingérence dans les entreprises coloniales des gouvernements royaux. Les jésuites étaient souvent les seuls à s'interposer entre les Amérindiens et l'esclavage. Ensemble dans toute l'Amérique du Sud, mais surtout dans l'actuel Brésil et le Paraguay ils ont formé des villes-états de chrétiens amérindiens, appelées « réductions » (Reducciones espagnol, portugais Reduções). C'étaient des sociétés créées selon un modèle théocratique idéalisé. C'est en partie parce que les jésuites, tels qu'Antonio Ruiz de Montoya, ont protégé les indigènes (que certains colonisateurs espagnols et portugais voulaient asservir) que la Compagnie de Jésus a été supprimée.
Des prêtres jésuites, tels que Manuel da Nóbrega et José de Anchieta, fondent plusieurs villes au Brésil au , notamment São Paulo et Rio de Janeiro. Ils jouent un rôle influent dans la pacification, la conversion et l'éducation des nations indiennes.
Les réductions jésuites sont une version particulière de la stratégie catholique générale de christianisation des autochtones. Les réductions ont été créées par l’ordre des jésuites en Amérique du Sud, dans des zones habitées par les peuples Tupi-Guarani, ce qui correspond généralement au Paraguay des temps modernes. Les réductions ultérieures ont été étendues à une partie des territoires de l'Argentine, du Brésil, de la Bolivie et de l'Uruguay.