Thomas Morosini (Tommaso Morosini) est le premier patriarche latin de Constantinople, de 1204 à sa mort en . Morosini, alors sous-diacre, fut élu patriarche par les Vénitiens immédiatement après le sac de Constantinople par la quatrième croisade et l'établissement de l'Empire latin. Son élection fut initialement contestée comme non canonique par le pape Innocent III mais il laissera quand même la totalité des pouvoirs à Morosini sans lui accorder son titre. L’année suivante, soit en 1205, le pape lui accordera finalement le titre de patriarche qu'il aura jusqu'à sa mort en 1211.
Éducation Il reçoit une éducation à Saint-Marc, Bologne. Il est possible qu’il soit le fils ou le petit-fils du Doge Domenico Morosini. Comme marque de respect, il est promu comme sous-diacre papal. Un historien contemporain le dépeint comme un homme très gros, rasé de près, vêtu d'un vêtement moulant.
Quatrième Croisade et ses résultats À la suite de son élection en l’an 1198, le pape Innocent fait appel à une quatrième croisade en terre sainte. Certains répondront à cet appel et envoyèrent leurs représentants comme Geoffroi de Villehardouin. À la réticence de l’Europe entière, il est finalement conclu qu’il fallait créer une armée de croisés par la fin d’un tournoi se déroulant à Écry en 1199. À cette époque, Venise était devenu la puissance maritime de la Méditerranée et donc, elle servira de point de transport initial pour les troupes. En l’an 1202, il s’avère que les croisés se réuniront à Venise pour partir, mais ceux-ci ne seront pas autant qu’ils l’auraient espéré. Ce qui deviendra un problème lorsque le Doge de Venise, Enrico Dandolo, demandera de payer la somme convenue pour le transport, soit 85 000 marcs d’argent, et que les croisés ne pourront en amasser que 51 000. Dandolo acceptera de les laisser passer s’ils acceptent à leur tour de reprendre le port de Zara en Hongrie. Le territoire auquel appartenait ce port était sous contrôle du roi de Hongrie, Émeric, qui était au même moment sous protection pontificale.
Il faut aussi mentionner que la population du port était catholique et donc les croisés n’avaient aucune raison de s’en prendre à eux, ce qui poussa nombre d’entre eux à retourner d’où ils venaient. Le sac du port se fit tout de même lors du voyage et ainsi, le pape Innocent III entreprendra d’excommunier les Vénitiens et les croisés. Au cours de cette quatrième croisade, les croisés arriveront au mur de Constantinople et demanderont à l’empereur Alexis IV de payer ses comptes à ceux-ci. Plusieurs problèmes surviendront notamment, l’empereur n’avait pas les fonds pour payer les croisés et il renégociera les termes avec les croisés pour les engager pour six autres mois. À la fin de cet engagement, l’empereur ne pourra toujours pas payer les croisés et, à la suite de négociations qui échoueront, les croisés pilleront et saccageront Constantinople pour payer cette dette.
À cette fin, il y aura une guerre politique de laquelle sortira un nouvel empereur, Alexis V ou Alexis Doukas, ce qui deviendra un problème pour les croisés et les Vénitiens, qui ne seront pas contents du meurtre de leur contracteur et encore une fois saccageront la ville de Constantinople. La fin de cette croisade sera marquée par le traité Partitio terrarum imperii Romaniae qui partagera une bonne partie de l’empire byzantin et verra la création de l’Empire latin de Constantinople.
Les prédécesseurs d'Innocent III avaient généralement nié la prétention de Constantinople au statut de patriarcat. Maintenant que la capitale byzantine se trouvait aux mains des Occidentaux, le pape approuva le concept grec des cinq patriarcats et associa Constantinople à l'activité de l'apôtre Jean.
Les affaires grecques Les contacts entre Grecs et Latins, déjà présents, et maintenant accentués par le traité Partitio terrarum imperii Romaniae, n'ont cependant pas eu d'incidence sur l'attitude profondément ancrée de la majeure partie de la population grecque de la Romanie latine envers les Latins, largement influencée par l'appartenance religieuse et les évolutions ecclésiastiques. Peu de Grecs rejoignirent l'Église romaine au XIIIe siècle, la plupart restant au sein de leur propre communauté religieuse. Les conquérants latins de Constantinople humilièrent d'abord les Grecs en profanant leurs sanctuaires et en saisissant leurs reliques, dont beaucoup furent transférées en Occident.
L'Église grecque de Romanie latine fut bientôt soumise à l'autorité papale et sa structure fut réorganisée sur le modèle de la colonisation présent en Italie du Sud et en Sicile, ce qui permit le maintien de l'Église grecque partout où les Grecs constituaient la majorité de la population. Cette Église perdit peu à peu ses évêques et plusieurs de ses institutions monastiques au profit de l'Église latine. En outre, les conquérants confisquèrent une grande partie de ses vastes propriétés foncières. L'activité croissante des Franciscains et des Dominicains à partir des années 1220 accentua la pression sur l'Église grecque de Romanie latine. Néanmoins, cette Église fit preuve d'une vitalité considérable, illustrée par sa présence et son activité continues parmi les Grecs, surtout dans les zones rurales où l'Église latine resta largement absente.
Dès les premières années qui suivirent la conquête, le clergé grec se tourna vers le siège patriarcal de Nicée et vers le clergé d’Épire pour trouver soutien et inspiration. En retour, le clergé transmit aux Grecs de la Romanie latine, l’opposition théologique résolue de l’Église byzantine à la papauté, alimentant leur opposition au pouvoir laïc latin et à la suprématie ecclésiastique romaine. Il devint ainsi le centre et le promoteur de la conscience ethnique et de l’identité collective grecques. Son rôle à cet égard fut particulièrement important dans des régions telles que la principauté d’Achaïe, où les archontes refusèrent de s’opposer aux Francs. L’animosité grecque envers les conquérants et leurs successeurs contribua à l’effondrement de l’empire latin, mais ailleurs elle eut des effets pratiques limités. Le sentiment permanent d’aliénation ressenti par les Grecs et leur affinité pour Byzance furent décrits par le Vénitien Marino Sanudo vers 1330, plus d’un siècle après la conquête latine :
« Bien que ces lieux soient soumis à la domination des Francs et obéissants à l'Église romaine, néanmoins presque toute la population est grecque et est encline à cette secte [c'est-à-dire l'Église orthodoxe orientale], et leurs cœurs sont tournés vers les affaires grecques, et quand ils peuvent le montrer librement, ils le font. »
Ascension au pouvoir À la suite de cette croisade, vint l’établissement de la nouvelle administration pour ce nouvel empire. C'était le rôle d’une commission de seigneurs français et vénitiens de distribuer les fiefs et les dignités. L’empereur fut donc choisi pour être un représentant français et l’empereur Baudouin fut élu premier roi français de Constantinople. Il allait de soi que si on avait choisi un représentant français pour être empereur, il fallait donc choisir un représentant vénitien comme patriarche. On élit Thomas Morosini, simple sous-diacre qui n’avait jusque là que travailler dans les affaires de la République Vénitienne, en . Il fut aussi décrit qu’à l’avenir, il ne pourrait y avoir que des Vénitiens pour être élu au chapitre cathédral, ce qui était présomptueux de leur part car ils étaient toujours excommuniés et donc, le pape rendra nul ces engagements et refusera que Morosini ne les endosse..
Le Doge de Venise envoya une lettre au pape dans laquelle il écrivit que son peuple était innocent et demandait que l’excommunication soit levée à la suite de leurs efforts considérables envers Dieu et l’Église romaine. Le pape accepta, mais il prendra son temps pour le faire. Le Doge aurait fait consacrer en succession Morosini de diacre à prêtre pour ensuite devenir patriarche. Malgré le fait qu’il resta en office durant ce temps, Morosini ne sera reconnu par Innocent III qu’un an après avoir été élu pour qu’il n’ait pas à reconnaître la légitimité du chapitre cathédral.
En , Innocent III ordonnera au clergé latin de remplacer les positions des prêtres grecs qui se sont enfuis et d’élire quelqu’un pour présider au-dessus d’eux, comme si Morosini n’avait jamais été élu. En , le pape écrira au clergé de Constantinople et au Doge que l’élection de Morosini avait été refusé auparavant parce que les Vénitiens n’avaient pas le droit, mais qu’à la suite d’une réflexion, ses soucis pour la cause de la croisade, pour établir un nouvel ordre d’empire latin et pour l’union des églises, il avait accepté la position de Morosini. Le plus gros problème auquel Morosini aurait à faire face durant sa carrière serait le fait qu’il était Vénitien. Dès le départ, il était dit qu’il serait partial envers Venise ce qui attirait l’attention non seulement du pape, mais aussi de l’empereur latin et du clergé de Constantinople. La faute en revenait en partie au pape. Lors de son départ de Venise pour Constantinople, Morosini se fera mettre à la tête d’une escorte de bateaux vénitiens, ce qui ne faisait que renforcer l’idée de ses ambitions. Ceci deviendra encore plus compliqué lorsque les Vénitiens, qui ont probablement entendu le plan du pape, mettront en place la condition que le clergé Latin de Sainte-Sophie doit être choisi pour son mérite ce qui fera apparaître la rumeur que Sainte-Sophie deviendrait hors du contrôle de Venise. Cette impossibilité de prouver son allégeance deviendra le catalyseur de son temps comme patriarche. Il confessa de n’avoir presque pas pu quitter Venise pour se rendre à Constantinople, car sachant que les autorités seraient parties sans lui, les créanciers ne lui permettront pas de pouvoir s’approvisionner dans sa fortune.
À son arrivée à Constantinople au milieu de l'été 1205, Thomas rencontra de sérieux problèmes : la résistance du clergé grec, le refus des croisés français de reconnaître sa position, l'attitude hostile de l'empereur latin et l'avidité des Vénitiens. Le caractère colérique de Thomas ne fit qu'aggraver la situation. Il ne parvint pas à se réconcilier avec les Grecs et interrompit temporairement les services religieux grecs à Constantinople lorsque les prêtres orthodoxes décidèrent d’omettre son nom de leurs prières ; la plupart des évêques grecs refusant de lui obéir. Le pape tenta d'utiliser Thomas dans les intérêts de la papauté, le jouant contre tous les partis, lui accordant divers privilèges superficiels tout en le rabaissant en même temps.
Le conflit le plus violent concernait le serment de Thomas d'admettre uniquement des chanoines vénitiens au chapitre de la cathédrale et de ne promouvoir que des Vénitiens comme archevêques ; le pape le fit renoncer à son engagement le . Le patriarche se querella également avec le podestat vénitien au sujet de la possession de l'icône de l'Hodegetria. Le patriarche fut accusé par les Français d'avoir détourné d'énormes sommes (100 000 marks) du trésor de Sainte-Sophie ; il reconnut avoir pris 18 000 marks. Il se querella avec les Français et l'empereur Henri de Flandres au sujet de la juridiction sur les églises conventuelles. Sa politique contribua au déclin du respect pour l'Église latine dans l'empire conquis.
L’empereur Baudouin de Flandres