vignette|200px|alt=Blason montrant une roue sur laquelle un homme presque nu est attaché.|Les armoiries de Molsheim : le supplice de saint Georges.
Lhistoire de Molsheim (Bas-Rhin) inventorie, étudie et interprète l'ensemble des événements du passé liés à cette ville.
Bien que ne constituant pas un noyau urbain dans l'Antiquité pré-romaine ni gallo-romaine, Molsheim est déjà un lieu de passage et de résidence, dont témoignent de nombreux vestiges archéologiques. La ville est pour la première fois mentionnée dans un document datant de 820. Le premier édifice durable, l'église du Dompeter, est construit au cours du .
Le marque la date officielle de naissance de la ville en tant que cité. Frédéric II la dote d'une charte qui lui octroie les privilèges d'une ville. Rapidement, cette ville, dont la création par l'empereur contre le gré de l'évêque se révèle illégale, est récupérée par la puissance épiscopale. Durant le Moyen Âge et jusqu'à la Révolution française, Molsheim reste possession de l'évêché, qui la dote, la fortifie et l'enrichit.
Lorsque survient la Réforme luthérienne, Strasbourg passe au protestantisme. Les structures ecclésiales catholiques se réfugient alors à Molsheim, qui devient la capitale alsacienne de la Contre-Réforme. Elle accueille, outre l'évêque, le chapitre cathédral des vingt-quatre comtes, ainsi que plusieurs communautés monastiques et religieuses ; elle connaît alors une période de prospérité importante. L'affrontement entre catholiques et protestants ruine cependant à plusieurs reprises la ville. Entre-temps, à la fin du , Molsheim est intégré au royaume de France par les conquêtes de Louis XIV.
Lors de la Révolution française, la ville voit disparaître ses communautés religieuses. L'industrie se développe, en particulier sous l'action de Jacques Coulaux. La ville hérite en outre du statut de chef-lieu de canton, puis de sous-préfecture. L'arrivée de la ligne de Strasbourg à Saint-Dié puis celle de celle de Sélestat à Saverne en font un carrefour ferroviaire important. Ces fonctions administratives, industrielles et tertiaires perdurent et se développent avec l'intégration dans l'Alsace-Lorraine allemande. En 1909, un ingénieur milanais, Ettore Bugatti, s'établit à Molsheim pour y établir son usine de construction automobile.
La première Guerre mondiale affecte relativement peu Molsheim, hors la conscription de ses habitants dans l'armée impériale. À l'issue de cette guerre, Molsheim voit se développer les succès automobiles et sportifs de Bugatti. La Seconde Guerre mondiale marque durablement la ville, comme dans toute l'Alsace, avec le recrutement forcé des Malgré-nous. La libération de Molsheim a lieu le .
Durant les Trente Glorieuses, l'industrie se développe fortement à Molsheim, et ce développement se maintient ensuite. Malgré la fermeture de la ligne vers Saverne, la fonction de carrefour demeure une caractéristique de Molsheim, avec le développement du réseau autoroutier qui la dessert. Les grands chantiers du début du visent à protéger Molsheim des engorgements routiers. Puis les actions politiques visent à requalifier le centre-ville de la cité.
Protohistoire À l'époque protohistorique, Molsheim n'existe pas en tant que ville. Néanmoins, de nombreux établissements humains sont attestés à cette époque sur le site de Molsheim. Le plus connu est le , parfois qualifié de « menhir », situé au tripoint des communes de Molsheim, Altorf et Dorlisheim. Il s'agit d'un stèle qui surmonte un tertre funéraire. Les fouilles menées à cet endroit en 1928 par F. A Schaeffer et J.-J. Hatt ont mis au jour des tessons de poterie de la fin du ..
Antiquité Le site est occupé pendant l'époque gallo-romaine. Les travaux de démolition de l'église Saint-Georges, au , révèlent deux-bas-reliefs romains, qui avaient été réutilisés dans la construction de l'édifice. Ces deux bas-reliefs représentent deux divinités avec voile flottant et recevant des offrandes à leurs pieds.. Une tombe romaine tardive, du , est révélée en 1924 dans le quartier du Stierkopf . ; une autre, du , est mise au jour en 1970 dans le quartier du Rott ..
Moyen Âge Période mérovingienne À l'endroit où l'actuelle rue des Romains, située au nord du centre-ville, croise l'antique voie allant de Molsheim à Avolsheim, une vaste néropole mérovingienne appelée (du nom du quartier actuel) est peu à peu mise au jour à partir du , avec des fouilles plus systématiques en 1926 par F. A. Schaeffer, et surtout de 1935 à 1939 par J. et Édouard Griess. Cette nécropole compte environ deux cents squelettes. Les parures et mobiliers les ornant sont abondants et variés, même après de nombreux pillages antérieurs. Ainsi, huit tombes richement meublées de la fin du sont trouvées sur le terrain Arbogast, vingt-deux autres sur la parcelle dite , trente-et-une sur la parcelle contiguë N°399, treize sur le , cinquante-huit sur la parcelle Rauner. Une ultime campagne de fouilles est menée en 1980 lors de la création du cimetière moderne du Zich, et dégage sept tombes du . ..
Première mention du nom La première mention du nom de Molsheim date de 820. Il s'agit d'une charte par laquelle Adeloch, évêque de Strasbourg et maître d'ouvrage de la construction de Saint-Thomas, fait don au chapitre de cette dernière de diverses possessions, dont des vignes situées . D'autres dons du même type, constitués uniquement de vignes, sont effectués par les évêques Richwin (913-933) et Erchenbald (965-991), dons qui sont confirmés le par Frédéric Barberousse sous la dénomination ..
Premiers édifices et fortunes diverses vignette|redresse|droite|alt=Détail d'une esquisse de carte montrant une partir de ville.|Le cimetière fortifié entourant l'église Saint-Georges, premier noyau urbain de Molsheim en 1220.
Les historiographes de Molsheim s'accordent pour dire que durant le Haut Moyen Âge, l'agglomération de Molsheim est non seulement très modeste dans son étendue, mais composée de surcroît de cabanes très simples. Ce hameau jouit d'une relative autonomie, mais ne peut se prévaloir d'aucune autorité politique ni religieuse. En revanche, la principale ressource de la ville semble déjà être la culture de la vigne.
La première église de la ville est située assez loin au nord de la ville moderne, à la limite d'Avolsheim. Il s'agit du Dompeter, consacrée en 1049 par le pape alors de passage.
Le premier noyau urbain de la ville se constitue autour de l'église Saint-Georges, qui n'est alors qu'une chapelle dépendant du Dompeter. Saint-Georges est située au cœur d'un cimetière fortifié, à l'emplacement de ce qui est au la place du Marché, dans la partie haute de la cité. Ce premier noyau est très réduit mais s'étend rapidement vers le sud et l'est.
La Querelle des Investitures se termine en 1122 par le concordat de Worms ; à cette occasion, Berthold III de Zähringen effectue une incursion armée en territoire alsacien, afin de venir en aide à son ami le comte de Dabo. Ses troupes stationnent devant Molsheim le ; les habitants de la ville viennent de nuit assassiner le duc et disperser son escorte.
Molsheim devient ensuite le séjour temporaire d'un empereur du Saint-Empire, Conrad III ; une charte qu'il rédige en faveur de la ville italienne de Plaisance est datée de . Ses successeurs tiennent Molsheim pour une de leurs possessions durant tout le . Philippe de Souabe, prétendant au trône impérial, la donne à Conrad de Hunebourg, évêque de Strasbourg, en espérant que ce dernier le soutienne. Celui-ci ayant préféré soutenir Otton de Brunswick, Philippe se venge contre Molsheim, qu'il pille et incendie en 1198, ne laissant la vie sauve qu'aux habitants ayant trouvé refuge dans le cimetière..
Durant les vingt années qui suivent, Molsheim est propriété de l'évêque, qui l'exprime clairement dans ses actes, qui y désigne ses gens ; cela dit, cette formulation ne signifie pas que tous les habitants du lieu relève de l'évêque, même si ce dernier nomme le , c'est-à-dire le prévôt.
Création de la ville et relations avec l'Empire et l'évêque au vignette|redresse=1.3|gauche|alt=Texte médiéval latin écrit en lettres gothiques. Le nom « Mollesheim » apparaît à la seconde ligne.|La charte de fondation de la ville de Molsheim, en 1220.
La ville est officiellement créée en tant que cité du Saint-Empire romain germanique en le , par Frédéric II. Celui-ci mesure pleinement la situation stratégique de la ville à la sortie de la Vallée de la Bruche, et donc sur l'itinéraire permettant d'acheminer le sel depuis la Lorraine jusqu'en Alsace. Toutefois, cette fondation se fait illégalement, en spoliant l'évêque de sa possession légitime, ce qui amène plaintes et différends. Dès le , un premier arbitrage contraint l'empereur à restituer le droit de patronage au prélat ; le , un nouvel arrangement permet à l'évêque Berthold de Teck de récupérer certains droits et impôts sur la ville..
Les visées de Frédéric II sur Molsheim se heurtent encore en 1236 à la fin de non-recevoir exprimée par l'évêque Berthold ; par la suite, l'empereur rabat ses ambitions sur la ville proche de Rosheim plus ouverte à la négociation. Vers 1241-1242, ni Molsheim ni la vallée de la Bruche ne paient plus l'impôt d'Empire (). Enfin, en 1245, le premier concile de Lyon, réuni par Innocent IV excommunie Frédéric II, ce qui le discrédite complètement en Alsace, et facilite la reprise en main de nombreux territoires, notamment de Molsheim, par l'évêché strasbourgeois. Cette mainmise est encore accrue par la vacance du trône impérial durant le Grand Interrègne de 1250 à 1273. Aux débuts, ce rapprochement entre Molsheim et le pouvoir épiscopal est vécu assez paisiblement ; mais les relations s'enveniment très rapidement avec l'arrivée à l'évêché de Walter de Geroldseck, beaucoup plus ambitieux sur le plan politique. Le , la ville de Molsheim est pour la première fois qualifiée d, ce qui signifie que la construction des remparts a commencé..
La plus intense phase de construction du nouveau rempart se situe entre 1250 et 1260. Cependant, en 1262, après la bataille de Hausbergen, les troupes strasbourgeoises victorieuses dirigées par Reinbold Liebenzeller arrivent devant Molsheim ; la ville leur offre une forte somme d'argent pour ne pas être pillée, ce qui prouve aux yeux des historiens modernes l'inachèvement, ou du moins l'insuffisance de la muraille à cette date. Le , les villes de Strasbourg, Molsheim et Mutzig concluent une alliance défensive contre la maison de Geroldseck, qui incite cette dernière à conclure un traité.
L'Interrègne prend fin avec l'élection de Rodolphe de Habsbourg en 1273. Ce dernier souhaite clarifier sa position vis-à-vis des villes fondées par sa famille, en particulier Molsheim et Mulhouse. Trois accords et chartes défont légalement le lien entre Molsheim et l'Empire : le , Molsheim et Mutzig sont cédés par Rodolphe, pour la durée de la vie de ce dernier, à Conrad de Lichtenberg, en échange de Mulhouse. Le , Adolphe de Nassau confirme le lien entre Molsheim et l'évêque ; enfin, le , Henri VII de Luxembourg affirme l'irrévocable appartenance épiscopale de Molsheim et Mutzig, en échange de droits sur Mulhouse et Wasselonne.
Développement médiéval droite|redresse|vignette|alt=Borne de pierre marquée d'une roue à six rayons.|Borne du ban de Molsheim, délimitant le territoire de la Ville hors les murs.
Jean de Dirpheim, à la suite des traités de 1308-1309 transférant officiellement la souveraineté de Molsheim aux évêques de Strasbourg, agrandit probablement le rempart du côté oriental afin d'englober l'hospice fondé avant 1318. Ces travaux hypothétiques auraient duré jusque vers 1325...
L'hôpital, mentionné ci-dessus, est justement une création de Jean de Dirpheim. Il est présenté comme destiné aux pauvres et aux malades ; toutefois cette activité caritative n’a guère laissé de traces écrites ; en revanche, il est doté dès 1326 de sept prébendes sacerdotales ; un « chapitre de l’hôpital », présidé par un doyen, le gère...