vignette|upright=1.5|Image satellite centrée sur l'Océanie. vignette|upright=1.5|L'Océanie et ses cinq grandes subdivisions. vignette|upright=1.5|Synthèse des mouvements migratoires anciens en Océanie.
Le peuplement préhistorique de l'Océanie s'est fait à travers deux grands mouvements d'expansionL'Océanie est un ensemble géographique dont les frontières sont discutées, mais qui regroupe généralement l'Australie, la Nouvelle-Guinée, la Mélanésie, la Micronésie et la Polynésie. Le découpage de l'Océanie en trois régions historiques est de nos jours remis en cause par certains chercheurs qui ne lui trouvent aucun caractère pertinent et pour qui les concepts d'Océanie proche et d'Océanie éloignée devraient être préférés. . Le premier s'est produit il y a , et a amené des Homo sapiens chasseurs-cueilleurs venus d'Asie continentale à peupler l'Insulinde, puis l'Océanie proche, c'est-à-dire la Nouvelle-Guinée, l'Australie, et certaines îles de la Mélanésie.
La seconde vague est plus récente et débute il y a environ . Elle amène des agriculteurs et navigateurs venus de Taïwan et parlant des langues austronésiennes à peupler l'Insulinde, c'est-à-dire les Philippines, la Malaisie, et l'Indonésie. Depuis les îles orientales de l'Indonésie, ces navigateurs austronésiens se dirigent, à partir de , vers la Nouvelle-Guinée et la Mélanésie, puis vers les îles de l'Océanie lointaine. Ils sont les premiers à atteindre la Micronésie et la Polynésie. Le peuplement des Tonga, à l'ouest de la Polynésie, a lieu il y a environ . Il y a peut-être un millénaire, ils atteignent même l'Amérique du Sud. Enfin, partis peut-être de Bornéo plus à l'ouest, des Austronésiens parlant des langues grand barito ont atteint il y a l'île africaine de Madagascar, qui devint ainsi, sur le plan linguistique, la quatrième grande île austronésienne.
Tout au long de ce parcours, les populations de la première et surtout de la seconde vague de peuplement se sont assez largement métissées, tant sur le plan culturel que génétique. Si l'on met l'accent sur ces deux grandes vagues de peuplement d'hommes modernes, cela n'exclut pas une colonisation intermédiaire : vague pama-nyungan en Australie depuis le sud des Célèbes (culture toalienne), et vague trans-néo-guinéenne en Nouvelle-Guinée.
La question de l'origine des Océaniens a été l'un des thèmes majeurs de la recherche océanienne depuis le . Si on a aujourd'hui, grâce à l'archéologie, la linguistique, l'ethnolinguistique, l'ethnobotanique, et la génétique, une réponse à peu près cohérente à cette question, de nombreux points restent encore en suspens.
Premiers Homo sapiens en Océanie vignette|upright=1.2|Carte estimée des premières migrations humaines, entre 70 et vignette|Femme Ati des Philippines (négritos)
On ne connaît pas de traces d'espèces humaines archaïques qui auraient su dépasser la Wallacea pour s'implanter dans le Sahul (Australie et Nouvelle-Guinée), avant l'arrivée en Australie des premiers Homo sapiens. L'Homme de Florès, présent sur l'île de Florès, en Indonésie, depuis au moins avant le présent (AP), n'est pas connu en dehors de Florès.
Les recherches génétiques ont mis en évidence une hybridation partielle entre les premiers Homo sapiens arrivés dans la région et l'Homme de Denisova, qui peuplait probablement une bonne partie de l'Asie orientale avant l'arrivée des hommes modernes. Ces recherches montrent aussi une possible et faible hybridation des Homo sapiens d'Asie de l'Est avec une autre espèce humaine locale encore non identifiée.
Vers AP, l’Asie du Sud-Est insulaire n’était pas l'ensemble archipélagique qui existe aujourd'hui mais constituait un plateau continental, celui du Sunda, prolongement en forme de péninsule du continent asiatique. Le rivage de l'Australie s'étendait bien plus en avant dans la mer de TimorH. Voris, H. Simpson et C. Simpson, 2000 et 2006, , The Field Museum, Chicago, Illinois.. L'Australie et la Nouvelle-Guinée, reliées entre elles par un pont terrestre à travers la mer d'Arafura, le golfe de Carpentarie et le détroit de Torrès, formaient une masse continentale unique appelée Sahul, qui englobait également la TasmanieBig Bank Shoals of the Timor Sea : An environmental resource atlas , 2001, Australian Institute of Marine Science, consulté le 03/01/2009.Sahul Time, Monash University, consulté le 03/01/2009.. Entre le Sunda et le Sahul se trouvait un archipel que les géographes nomment Wallacea, la partie est de l'Indonésie. On pouvait alors aller du Sunda au Sahul en n’ayant pas à parcourir plus de de merVoir carte du Sahul sur .
Peuplement du Sunda Les premières migrations d'Homo sapiens vers le Sunda et la Wallacea sont mal connues et remonteraient à au moins « Phylogeography and Ethnogenesis of Aboriginal Southeast Asians », article publié en 2006 dans Molecular Biology and Evolution, par Catherine Hill, Pedro Soares, Maru Mormina, Vincent Macaulay, William Meehan, James Blackburn, Douglas Clarke, Joseph Maripa Raja, Patimah Ismail, David Bulbeck, Stephen Oppenheimer, Martin Richards..
Les populations actuelles de négritos témoignent qu'une couche de population ancienne, aujourd'hui marginalisée et submergée par les agriculteurs austronésiens, s'est établie dans le Sunda. Elle s'est mise en place aussi au-delà, puisque ces populations, aujourd'hui relictuelles, vivent également dans les îles Andaman et les Philippines. Les Négritos sont probablement les hommes modernes les plus anciens de l'Asie du Sud-Est (avec peut-être les Ainous du Japon, les Hmong-Mien et les anciens Qiang du Tibet), l'installation des ancêtres de ces groupes dans la région remontant en effet à au moins .
Malgré leur apparence similaire (peau très noire, cheveux crépus, petite taille), les analyses génétiques des différents groupes négritos montrent un apparentement incertain, lequel indiquerait une origine de peuplement très ancienne. Les croisements avec les populations austronésiennes environnantes ont également brouillé la signature génétique de ces populations.
Peuplement du Sahul thumb|Quatre populations des premières vagues de peuplement : 1. Femme Négrito des Philippines 2. Aborigène d'Australie 3. Papou de Nouvelle-Guinée 4. Enfant océanien du Vanuatu.
thumb|L'embouchure de la Swan (à Perth). En amont de celle-ci un établissement humain est daté de -.
À partir du Sunda, des migrations se sont produites à travers la Wallacea au cours du Pléistocène supérieur, quand le niveau de la mer était bien plus bas qu'aujourd'hui. Des épisodes répétés de glaciation durant le pléistocène se sont en effet traduits par des abaissements du niveau de la mer de 100 à 150 mètres par rapport au niveau actuel. Entre et , la première implantation se produit dans le Sahul (Nouvelle-Guinée et Australie)Y-chromosome studies confirm the presence of M130 chromosomes in Australian and Melanesian populations (Underhill, 2004), which suggests that the original settlers to this region were part of the initial southern migration c. 40,000–50,000 yr bp, « Environmental setting of human migrations in the circum-Pacific region », Kevin O. Pope et John E. Terrell, Journal of Biogeography, 2008, volume 35, pages 1 à 21.Ingman et Gyllesten donnent en 2003, à la suite de l'analyse de l'ADN mitochondrial, une estimation du peuplement de l'Australie entre - et - . Voir Ingman et Gyllesten, « Mitochondrial genome variation and evolutionary history of Australian and New Guinean aborigines », article publié dans Genome Research (13(7): 1600-6). Cité dans « The Australian Aboriginal People: Dating the Colonization of Australia », un article de Tressa Jamison publié sur Biology @ Iowa State, un site de l'université d'État de l'Iowa..
Une analyse génétique de 2007 a conclu que le « peuplement de l'Australie et de la Papouasie-Nouvelle-Guinée par les humains modernes a été effectué par un seul groupe de personnes qui sont restées dans un isolement substantiel ou total jusqu'à une époque récente. La constatation écarterait les hypothèses sur des vagues de migration ultérieures [...]. Les aborigènes d'Australie et les habitants de la Papouasie-Nouvelle-Guinée seraient les descendants d'une unique population fondatrice« From DNA Analysis, Clues to a Single Australian Migration », par NICHOLAS WADE, The New York Times, le 8 mai 2007, citant les travaux de Georgi Hudjashov, Toomas Kivisild et al. publiés le 11 mai 2007 dans « Revealing the prehistoric settlement of Australia by Y chromosome and mtDNA analysis », dans la revue The Proceedings of the National Academy of Sciences. ». D'autres preuves génétiques récentes d'Australiens aborigènes et de Papous suggèrent également que ces peuples sont issus d'une population ancestrale commune, divergeant finalement dans leurs groupes génétiques respectifs après un goulot d'étranglement initial, avec peu de preuves d'un flux génétique ultérieur Corey J. A. Bradshaw, Kasih Norman, Sean Ulm et al., Stochastic models support rapid peopling of Late Pleistocene Sahul, Nature Communications, volume 12, Article numéro: 2440, 29 avril 2021, doi.org/10.1038/s41467-021-21551-3.
On pense que les hommes ont navigué entre la Wallacea et le Sahul, puis se sont diffusés à travers le continentThe Original Australians: Story of the Aboriginal People [Google books], pages 178 à 181, Joséphine Flood, Allen & Unwin, 2006, .. Les modèles convergent vers l'idée que la première entrée en Nouvelle-Guinée par Célèbes est la plus probable, bien qu'une route du sud à travers Bali, Timor et sur le plateau Sahul maintenant noyé dans la mer d'Arafura au nord de la région moderne de Kimberley en Australie occidentale soit également plausible, les deux hypothèses ne s'excluant pas. Le peuplement du Sahul est d'ailleurs aujourd'hui la plus ancienne preuve d'une navigation en haute mer. Un peuplement d'île bien plus ancien est certes connu vers l'île de Florès mais sur une distance maritime bien plus réduite. Pour atteindre Florès, le détroit le plus large (en fonction du niveau de la mer de l'époque) était en effet de seulement, donc toujours en contact visuel avec une côte.
L'archéologie a révélé un habitat humain dans l'amont de la Swan en Australie-Occidentale, datant d'il y a Barbara Ann Kipfer, Encyclopedic Dictionary of Archaeology, éditions Springer, 2000, , page 584.. D'après les fouilles du site de Warreen Cave, les humains arrivent en Tasmanie, à l'époque reliée par un pont terrestre à l'Australie, il y a environ Australian Bureau of Statistics, Aboriginal occupation..
« C'est à la même époque que furent franchies les quelques dizaines de kilomètres qui séparent l'archipel Bismarck du Sahul : la Nouvelle-Bretagne, la Nouvelle-Irlande furent atteintes puis, à cent soixante kilomètres de là, l'île de Buka au nord de l'archipel des Salomon : un véritable exploit vieux de . Enfin, pour clore la première phase du peuplement de l'Océanie, l'île de Manus (îles de l'Amirauté), à 240 km au nord des Bismarck était, avant , habitée par les Océaniens« Polynésiens et Océanautes, le peuplement de l'Océanie », par Michel Orliac, Chercheur au CNRS, un article publié en 2000, reproduit sur le site Clio.fr. ».
À cette date ( avant notre ère), l'expansion des colons de la première vague semble cesser. Les îles Salomon, juste au sud de l'île de Buka, restent vierges d'occupation humaine. « Dans l'état actuel des connaissances, il existe un vide temporel de plus de huit millénaires avant que ne reprenne la course vers l'océan ».