Un virus est un agent infectieux nécessitant un hôte, souvent une cellule, dont les constituants et le métabolisme déclenchent la réplication. Le nom virus a été emprunté au par Ambroise ParéOscar Bloch et W. von Wartburg, Dictionnaire étymologique de la langue française, P.U.F., 1964, s.v. virus, 674. au latin (consulté le 4 janvier 2016).Félix Gaffiot, Dictionnaire illustré Latin-Français, Hachette, s.v. , 1683.. La science des virus est la virologie, et ses experts sont des virologues ou virologistes.
On considère de plus en plus les virus comme faisant partie des acaryotes « Les Acaryotes ou Virus », sur la page de Vincent Cimetiere, TD de licence .. Ils changent de forme durant leur cycle, passant par deux stades : Une phase extracellulaire sous forme de particule virale. Ils sont alors des objets particulaires, infectieux, constitués au minimum d'un acide nucléique, souvent englobé dans une capside de protéines ; Une phase intracellulaire : soit comme séquence virale sous forme dormante, soit en train de détourner activement la machinerie cellulaire au profit de sa réplication en parasitant tout ou partie du métabolisme de son hôte.
Sous la forme intracellulaire (à l'intérieur de la cellule hôte), les virus sont des éléments génétiques qui peuvent s'intégrer à un chromosome du génome hôte (on parle alors de provirus ou de prophage) ou non (cas par exemple des usines à virions).
En 2022, de virus étaient décrites, réparties en et .. Pour les humains, seules 129 espèces sont jugées pathogènes en 2018..
Le débat sur la nature des virus (vivants ou pas) repose sur des notions complexes.. et est toujours ouvert dans les années 2020. Selon de nombreuses définitions, teflex.org. du vivant (entité matérielle réalisant les fonctions de relation, nutrition, reproduction), les virus ne sont pas des êtres vivants, mais d'autres définitions permettent de les considérer comme vivants..
Histoire, découvertes Les maladies virales comme la rage, la fièvre jaune ou la variole affectent l'Homme depuis des millénaires. Des hiéroglyphes mettent en évidence la poliomyélite dans l'Égypte antique ; des écrits de l'Antiquité gréco-romaine et d'Extrême-Orient décrivent certaines maladies virales.
Varron (116–27 av. J.-C.) affirme « qu'il y a des créatures minuscules qui ne peuvent être vues par les yeux », qui flottent dans l'air et pénètrent dans le corps par la bouche et le nez et y provoquent des maladies graves..
Dans la langue française, le mot est attesté au moins depuis la fin du (1478 où il désignait une « substance qui recèle l'agent du contage et est capable de transmettre la maladie » (Le Guidon en françois d'apr. Sigurs, p. 79 et p. 423). ; en 1575 (Ambroise Paré, Œuvres compl., éd. J.-Fr. Malgaigne, février 1564 tome 2, p. 531) on parle de virus vérollique; de virus [de la rage] (t. 3, p. 307)Trésor de la langue française.
Selon (p 177)..
selon (Cl. BERNARD, Princ. méd. exp., 1878, p. 169, cité par le trésor de la langue française, le mot virus désignait autrefois pour le médecin toute . dans le domaine de la biologie, à l'époque de Calmette et Pasteur, il désignait des germes pathogènes (ex : Virus du charbon, de la rage, de la variole; virus syphilitique, vénérien), invisibles au microscope optique, assez petit pour traverser les filtres qui bloquent les bactéries. En 1812, Mozin-Biber parle de virus vaccin et Jean Rostand dans Genèse vie, en 1943 (p. 195) explique que ; organisme différent de la bactérie « essentiellement par le fait qu'il ne possède qu'un seul type d'acide nucléique ARN ou ADN, lequel modifie le patrimoine génétique de la cellule infectée » (d'apr. GDEL).
À la fin du , se représenter des agents infectieux qui ne fussent ni des bactéries, ni des champignons, ni des parasites, et qu'on ne pouvait déceler au microscope optique, était encore difficilement concevable.
En 1837, le médecin testerin Jean Hameau fait un premier exposé sur les virus devant la Société royale de médecine de Bordeaux, Réflexions sur les virus, et un autre en en 1843, devant l'Académie nationale de médecine. Son Mémoire sur les virus est présenté en séance de l'Académie de médecine le dimanche .. Les scientifiques isolaient alors les agents infectieux grâce aux filtres de porcelaine non vernissée utilisés pour recueillir les bactéries.
Identification des agents infectieux Entre 1887 et 1892 (ou 1898 ?)., le botaniste russe Dimitri Ivanovski, en étudiant la mosaïque du tabac, montre que la sève des plantes malades contenait un agent infectieux non retenu par les filtres Chamberland (conçus par le biologiste du même nom). Ivanovski pensait à une toxine ou une très petite bactérie.
C'est le chimiste hollandais Martinus Willem Beijerinck qui en approfondissant ces travaux, en 1898, écarte à la fois l'hypothèse bactérienne, et l'hypothèse toxinique : en inoculant de la sève diluée de plantes infectées à des plantes saines, il constate que ces dernières développent toutes la maladie ; réitérant la manipulation, il put transmettre la maladie de multiples fois, montrant ainsi que la sève de la dernière plante infectée était aussi virulente que la première, effet qu'une toxine, après tant de dilutions n'aurait pu produirePage 111 du livre Une histoire des microbes de Patrick Berche, 2007, .. Beijerinck appela l'agent (« germe vivant soluble »).
À la même époque, le premier virus identifié est celui de la fièvre aphteuse, par Friedrich Löffler et Paul Frosch. Le premier virus pathogène de l'Homme identifié est celui de la fièvre jaune, entre 1900 et 1902. Louis Pasteur les nomma « infrabactéries », d'autres les qualifièrent de « virus filtrants » ou « virus ultrafiltrants ».
Étude et description C’est pendant la Première Guerre mondiale que le Britannique Frederick Twort et le microbiologiste franco-canadien Félix d'Hérelle mettent en évidence le phénomène de « lyse transmissible » observable par la lyse des bactéries cultivées en milieu solide. Ce phénomène est dû à un virus de bactéries que Félix d'Hérelle qualifia de bactériophage. Les virus des plantes, des animaux, de l'Homme et des bactéries étaient ainsi découverts et leurs listes ne cessèrent de s'allonger au cours du .
Vers 1925, un virusLa première mention du terme virus apparaît chez Virgile avec le sens de « liquide sanieux et purulent ». François Chast , « Virus herpès : d'histoire », Revue d'histoire de la pharmacie, , , 1998, . était défini comme un « agent responsable d'une maladie infectieuse, parasite, de nature particulaire et de taille comprise entre »Christelle Rigal, Contribution à l'étude de la recherche médicale : autour des travaux de Jean Bernard et de ses collaborateurs sur la leucémie aiguë, 1940-1970, Université - Denis Diderot, 2003..
L'apparition de la microscopie électronique dans les années 1930 permit l'observation des virus., mais on ne savait toujours pas à cette époque ce qu'ils étaient réellement. Le biochimiste américain Wendell Stanley cristallisa le virus de la mosaïque du tabac sous forme de cristal protéique en 1935. L'année suivante, des études complémentaires montrèrent que ce cristal contenait également de l'ARN. Les études ultérieures montrèrent que, selon les virus étudiés, ceux-ci étaient composés soit de protéines et d'ARN, soit de protéines et d'ADN. C'est en 1957 qu'André Lwoff proposa une définitionAndré Lwoff, J Gen Microbiol, 1957 Oct. 17(2):239-53. 1° les virus ne contiennent qu'un seul type d'acide nucléique (ADN ou ARN) qui constitue le génome viral ; 2° les virus se reproduisent à partir de leur matériel génétique et par réplication ; 3° les virus sont doués de parasitisme intracellulaire absolu. claire et moderne des virus. En 1959, les microbiologistes Lwoff, Anderson et Jacob proposèrent le terme de virion pour définir la particule virale infectieuse A. Lwoff, T. F. Anderson, F. Jaocb, « Remarques sur les caractéristiques de la particule virale infectieuse », Ann. Inst. Pasteur, 97 (1959), p. 281-289.
De surcroît, la technique de la culture tissulaire, dont le lauréat du prix Nobel Alexis Carrel était le pionnier, contribuait à avancer les études du virus, car ce dernier ne se multiplie qu'au sein des cellules vivantes. C'est Carrel qui a réussi, pour la première fois en 1926, à isoler un virus en cellulaire, virus du sarcome de RousPatrick Berche, Une histoire des microbes, p. 118, 2007 (consulté le 11 avril 2024). Dorénavant, les chercheurs peuvent propager intentionnellement les virus avec cette technique.
À partir des années 1960, les progrès des cultures cellulaires, de la microscopie électronique et de la biologie moléculaire permirent de progresser dans la compréhension des mécanismes de réplication des virus, dans la réalisation de diagnostics fiables et dans l'élaboration de vaccins.
Omniprésence des virus On sait, depuis la fin du , que l'océan mondial est un immense réservoir de virusSuttle C. A. (2005) Viruses in the sea. Nature 437, 356–361 ., de la surface aux évents hydrothermauxOrtmann A. C. & Suttle C. A (2005) High abundances of viruses in a deep-sea hydrothermal vent system indicates viral mediated microbial mortality. Deep-Sea Res. I 52, 1515–1527. en passant par l'Arctique et les sédiments marinsDanovaro R., Dell'Anno A., Trucco A., Serresi M. & Vanucci S. (2001) Determination of virus abundance in marine sediments. Appl. Environ. Microbiol. 67, 1384–1387 (résumé)..
Dans l'eau de mer, la concentration en particules virales est de 106 à 108 particules par millilitreConcentration of viruses in seawater, bionumbers.. En surface et près des rivages, les concentrations en virus habituellement rencontrées sont de l'ordre de 107 virus par millilitre (soit dix mille virus par millimètre cube (un millième de millilitre)) ; la concentration décroissant avec la profondeur et la distance au rivage. Des concentrations plus élevées (108 à 109 / cm3) se rencontrent dans les sédiments marins proches de la surface.
Ces virus jouent dans l'océan un rôle majeur dans le contrôle des efflorescences algales, ainsi que dans les cycles biogéochimiques, en particulier dans le cycle du carbone océanique (quotidiennement environ 20 % des organismes constituant la biomasse microbienne océanique totale est tuée par des virusSuttle C. A. (2007) Marine viruses — major players in the global ecosystem ; Nature Reviews Microbiology, 1er octobre 2007, vol. 5, p. 801-812 (résumé) ; ces derniers s'attaquent massivement au phytoplanctonSuttle C. A., Chan A. M. & Cottrell M. T. (1990) Infection of phytoplankton by viruses and reduction of primary productivity. Nature 347, 467-469. et au zooplancton, mais aussi aux bactériesTorrella F. & Morita R. Y. (1979) Evidence by electron micrographs for a high incidence of bacteriophage particles in the waters of Yaquina Bay, Oregon: ecological and taxonomical implications. Appl. Environ. Microbiol. 37, 774–778. et cyanophycéesProctor L.M & Fuhrman J.A (1990) Viral mortality of marine bacteria and cyanobacteria. Nature 343, 60-62).
Grâce aux progrès de la cytométrie en flux et de l'analyse génétique (métagénomique notamment), en quelques décennies les chercheurs ont inventorié près de de populations virales en mer (en 2019, on en comptait exactement, un chiffre douze fois plus élevé que celui de l'évaluation faite en 2016)Lambert J. (2019) [Scientists Discover Nearly 200,000 Kinds of Ocean Viruses ; New work raises the estimated diversity of viruses in the seas more than twelvefold and lays the groundwork for a better understanding of their impact on global nutrient cycles]. Quanta Magazine ; 90 % des virus identifiés en mer entre 2016 et 2019 étaient jusqu'alors inconnus de la science. Remarque : on ne parle pas ici d'espèces mais de populations, au sein desquelles il y a plus de flux de gènes dans un groupe qu'entre groupes de virus (si les virus séquencés partagent au moins 95 % de leur ADN, alors ils sont classés dans une même population distincte des autres).