En anatomie, le terme amygdale peut désigner plusieurs entités différentes : amygdales pharyngées, amas de tissu lymphoïde du pharynx dont la plus connue est l'amygdale palatine ; amygdale cérébrale, noyau situé dans le lobe temporal et jouant un rôle dans les émotions et le conditionnement ; amygdale du cervelet ou amygdale cérébelleuse, lobe du cervelet.
Dans tous les cas, le terme vient du grec ancien / qui signifie amande, en référence à la forme de ces entités.
Selon la nomenclature anatomique moderne, le terme « amygdale » est réservé à l'amygdale cérébrale, il est remplacé par celui de « tonsille » dans le cas de l’amygdale pharyngée et par l'expression « tonsille cérébelleuse » dans le cas de l'amygdale du cervelet.
Œuvre de fiction Amygdales peut désigner : Amygdales (Tonsil Trouble), premier épisode de la saison 12 de South Park diffusé en 2008.