vignette|upright=1.5|Carte de Mayotte datant de 1894.
L'histoire de Mayotte a été marquée par l'histoire du monde maritime de l'océan Indien, longtemps dépendante de la navigation saisonnière arabo-indienne au contact des cultures africaines et malgaches, puis par l'influence européenne. Les premières traces archéologiques de peuplement humain remontent au . La société mahoraise a eu des chefs appelés fani durant les huit siècles suivants. À la suite des conversions progressives à l'islam à partir du , un nouveau sultanat, celui des Shirazi, s'instaure au . La guerre avec Anjouan entamée au s'éteint au siècle suivant. Colonisée par la France à partir de 1841, elle en devient un département d'outre-mer depuis 2011.
Origine du peuplement Seule la recherche archéologique, débutée depuis les , permet de documenter les premiers siècles du peuplement de l'île. Les principaux sites archéologiques de Mayotte qui ont été fouillés par les archéologues se situent en Petite Terre (Bagamoyo) et en Grande Terre (Dembeni, Acoua). Ils apportent la preuve que très tôt, Mayotte est en relation avec le reste de l'océan Indien, en tant que véritable plaque tournante entre l'Afrique swahilie et Madagascar.
Un peuplement envisageable dès le début du premier millénaire de notre ère Il se dessine, au travers des sources gréco-romaines des (Pline l'Ancien et l'anonyme du Périple de la mer Érythrée) que la région de l'océan Indien occidental était déjà connue, notamment pour la chasse des tortues de mer alimentant le commerce de l'écaille. Un peuplement saisonnier ou des visites ponctuelles par des pêcheurs sont donc envisageables dès le début du premier millénaire de notre ère. Les découvertes récentes du professeur tanzanien Félix Chami en Grande Comore (grotte de Malé) permettaient d'envisager un durant cette époque pré-islamique, cependant encore très peu documenté et sans trace archéologique probante à Mayotte.
La première période de peuplement () Comme pour les autres îles de l'archipel des Comores, les premières populations documentées débutent au (le site archéologique de Koungou, au nord de Mayotte, a fourni des charbons datés par de ce siècle.). L'origine de ces premiers habitants est multiple, Africains bantous et Austronésiens (ou Protomalgaches) originaires de l'archipel indonésien (Kalimantan et Célèbes). Si l'arrivée d'Austronésiens se comprend par leur volonté de commercer avec l'Afrique, la présence bantoue serait le résultat soit de migrations volontaires venues coloniser l'ensemble comoro-malgache, soit les signes d'une traite ancienne du fait des Austronésiens. En effet, au , le persan Borzog ibn Shariyar, dans les Merveilles de l'Inde, rapporte la présence de (Austronésiens) à la côte du pays des Zenj (Zanguebar) venus quérir des esclaves.
En effet, dès le , le commerce entretenu par les Austronésiens entre Madagascar et la côte africaine où se développent les sociétés swahilies est très intense et repose notamment sur l'exportation de fer produit à Mayotte (site de Dembeni, ). . Dès cette époque, des marchands arabo-persans font escale dans l'archipel (nécropole de Bagamoyo) introduisant avec eux l'islam dans l'île.
Il semble que les premiers habitants appartiennent déjà aux premiers peuples swahilis, caractérisés par une culture d'origine bantoue. répandue sur l'ensemble des rivages de l'Afrique orientale de la Somalie au Mozambique, entretenant des relations encore mal connues avec les populations malgaches, d'origine austronésiennePar conséquent, ce ne serait pas un amalgame disparate de populations, d'un point de vue culturel. Cette civilisation typique des pourtours de l'océan Indien est apparentée à l'origine avec celle d'Indonésie (Austronésiens/Protomalgaches) comme avec celle de Madagascar... Mayotte et Anjouan ont été occupées apparemment plus tardivement car les deux îles se différencient de l'ensemble des Comores par une évolution linguistique spécifique. Le commerce maritime, très actif dès cette époque, atteste de contacts avec le Moyen-Orient musulman. Les plus vieux vestiges d'occupation humaine ont été retrouvés à Acoua, et datent de cette période. ; les premières populations n'étaient vraisemblablement pas musulmanes, et ne se seraient islamisées que plus tard, au contact des marchands arabes. Mayotte est alors une étape dans le commerce entre l'Afrique et Madagascar, comme l'attestent les données archéologiques du site d'Ironi Bé à Dembeni.
Le site archéologique de Dembeni () vignette|gauche|Vue aérienne de Dembeni.
Situé sur la côte orientale de Mayotte, surplombant une plaine côtière fertile, le site ancien de Dembeni (près du village actuel de Tsararano) est le plus important site médiéval de l'île tant par sa taille que pour ce qui a été trouvé à la suite des recherches archéologiques, principalement conduites par Claude Allibert.
La superficie et la taille de certains dépotoirs témoignent d'une concentration humaine très élevée. La métallurgie y est attestée. Les lingots de fer ainsi produits étaient destinés au monde indien et au Moyen-Orient. On a pensé jusque que dans les que la prospérité de Dembeni était due au commerce du fer.. Mais des recherches menées en 2013 semblent montrer que Dembeni était également une place de redistribution des produits malgaches, surtout le cristal de roche. Celui-ci était extrait de mines malgaches et était débité à Dembeni, où étaient retirés scories et parties impures.
Il était ensuite revendu à des marchands arabes, juifs et persans, le cristal de roche étant recherché par des ateliers d'Irak, d'Égypte et de Perse pour la confection d'objets de luxe. Des textes persans de l'époque indiquent d'ailleurs que le cristal de roche venait d'une île de la cote des Zandj. La période de prospérité de Dembeni correspond à la période de production des plus belles pièces de cristal de roche en Égypte et en Iran. Ces activités expliquent l'incroyable prospérité du site où des objets originaires de Madagascar, du Moyen-Orient et même de Chine (porcelaine blanche Tang du ) ont été retrouvés en quantité. Une céramique originale, à engobe rouge et parfois graphitée, que l'on retrouve en abondance (peut-être la preuve d'une production locale) connaît une diffusion importante entre le , de la côte occidentale de Madagascar aux cités swahilies africaines et jusqu'à la péninsule arabique, où des exemplaires ont été retrouvés sur le site archéologique de Sharma (), en Hadramaout.
Quant à l'origine des Dembeniens, on s'accorde à reconnaître dans leur culture les caractéristiques des populations austronésiennes ou « proto malgaches », bien que certains indices trahissent une présence bantoue.
Ce site, malheureusement attaqué par l'urbanisation, n'a pas livré tous ses secrets : aucune sépulture n'y a été encore découverte et l'on ignore encore par conséquent si les Dembeniens étaient islamisés. Enfin les causes de l'abandon du lieu restent mal expliquées : une modification des réseaux commerciaux pourrait expliquer son déclin à partir du lorsque des comptoirs tenus par des islamisés se développent directement à Madagascar et réduisent l'archipel des Comores au seul rôle d'escale.
L'époque des Fani bâtisseurs () Du , l'île est sous la direction de chefs musulmans, les Fani, et connaît un du fait de sa position stratégique dans le commerce entre Madagascar et le monde swahili.. Les relations avec la côte et la grande île sont importants, et les restes de poteries africaines, malgaches, indiennes et même chinoises attestent d'un commerce florissant. Les fouilles menées à Dembeni ont mis en évidence des céramiques importées du golfe Persique, d’Inde, de Chine ainsi que des produits malgaches (notamment du cristal de roche travaillé) datant du .
Les premières chefferies au Si le déclin du site de Dembeni au est manifeste, d'autres communautés villageoises de taille réduite poursuivent néanmoins la mise en valeur agricole de l'île, jetant la trame villageoise actuelle.
Les premières enceintes fortifiées apparaissent (rempart de Majicavo, d'Acoua) et signalent dès cette haute époque l'existence de potentats locaux attribuables à des chefferies. L'élevage du zébu, déjà présent lors de la période Dembeni, se généralise : nombre de ces enclos villageois sont des enclos pastoraux. La constitution de cheptel, la maîtrise du commerce et l'islamisation participent à l'apparition d'une aristocratie. Ainsi s'élabore dès le une période nouvelle qui préfigure la structuration politique de l'archipel des Comores en sultanats : l'époque des Fani. Ce terme désigne les chefs, hommes ou femmes islamisés, dirigeant l'espace villageois, entité politique alors indépendante.
Une influence croissante de la côte swahilie L'archipel des Comores constitue la frontière sud de l'aire culturelle swahilie qui se développe à partir de la fin du Moyen Âge dans cette région que l'on appelle en Europe le Zanguebar ; Mayotte constitue également le point de contact de cet ensemble avec la culture malgache, très différente, ce qui fait très tôt de cette île un carrefour d'influences — mais aussi une cible guerrière. Les influences venues de l'ensemble de l'océan Indien, mais aussi de la côte africaine, chamboulée par l'irruption des Bantous, et de la côte malgache, ne cessent de façonner la société swahilie insulaire. Une immigration bantoue et malgache (Sakalava) commence progressivement.
Mayotte, comme le reste de l'archipel, entre alors sous l'influence de la culture swahilie, influence qui s'explique comme à Ngazidja et à Ndzuani par l'installation de nouveaux clans originaires de la côte swahilie et sudarabique, venus principalement pour s'enrichir du commerce régional . Ces nouvelles influences transforment profondément la société qui adopte le même mode de vie que les populations swahilies de la côte africaine. C'est alors que des petites bourgades se constituent, prospérant du commerce des esclaves principalement et de l'exportation des productions agricoles (viandes, riz). Les premières habitations en pierre, résidences des élites révélées par l'archéologie, apparaissent dès le . Les rivalités entre ces localités et peut-être déjà entre les îles, se traduisent par la multiplication des sites fortifiés. Les principales localités d'alors sont Mtsamboro, Acoua, Tsingoni, Bandrélé... qui connaissent un fort développement et amorcent un processus d'urbanisation.
Islamisation des élites Si les sépultures islamiques de la nécropole de Bagamoyo () témoignent d'une présence ancienne de l'islam dans l'île, le nombre croissant de découvertes de sépultures musulmanes datées des atteste d'une islamisation massive des élites mahoraises autour du , ce qui rejoint les écrits d'al Idrissi qui au rapporte que les élites de l'archipel sont musulmanes (il s'agit alors de la première mention écrite de l'archipel des Comores). Si l'islam sunnite chaféite, développé à la côte swahilie, est imposé par le sultanat shirazi au , il n'en a pas toujours été ainsi puisque le soufisme chiite et l'ibadisme ont laissé des traces sur l'île : au travers du nom de certains fani, de la vénération des tombes des saints – ziara – et de l'existence sur le site de Mitseni des vestiges d'une mosquée ibadite antérieure à la mosquée chaféite, enfin dans la légende, datée des , de Matsingo et de son époux Mwarabu (l'Arabe), ce dernier veut enseigner l'islam chaféite aux chefs de l'île et voit le refus de certains prétextant qu'ils ont déjà leurs propres traditions islamiques.
Mosquées anciennes de Mayotte vignette|Minaret de la Mosquée de Tsingoni, la plus ancienne mosquée en activité de France. Si la mosquée remonte au moins au , le minaret est bien postérieur.