vignette|droite|L'Afrique au , carte simplifiée des principaux États, royaumes et empires africains : Mamelouk; Perse; Arabes; Yémen. califat hafcide; Kanem; Touareg; 1-Mérinides; 2 - Abdelouadides; Empire du Mali. Éthiopie; Aloa (*); Toundjour. comptoirs arabes ; Zanzibar; Kitara (*); Grand Zimbabwe; Feti; Khoï; San. vignette|droite|Fresque rupestre à Laas Geel.
L’histoire de la Somalie (Afrique de l'Est), quelles qu'en soient les variations territoriales, peut être, à l'instar des autres États d'Afrique, divisée en période pré-coloniale, coloniale et post-coloniale. Cette dernière est marquée par des troubles ayant fait tomber les institutions somaliennes.
Époque pré-coloniale
Préhistoire Des vestiges de l'époque préhistorique existent par exemple sur les sites de Dhambalin, Gaanlibah, Karinhegane et surtout Laas Geel, et par de très nombreux cairns. Des traces de civilisation humaine ont été découvertes notamment à , dans le sud de la Somalie.. Au nord, des peintures rupestres ont été trouvées à Karinhegane, à Laas Geel. ainsi qu'à Dhambalin et sur d'autres sites de la région de Togdheer..
La région de Sanaag présente de nombreux sites archéologiques intéressants, encore peu explorés, dont des cairns, à proximité de Armale, Dabhan, Damala (Somalie), El Ayo, El Buh, Erigavo, Haylan, Hingalol, Karinhegane, Laako, Las Khorey, Macajulayn, Maydh, Neis, Qa’ableh, Qombo'ul, Salweyn, Yubbe, mais aussi Gudmo Biyo Cas, Heis, Gelweita, El Ayo.
Antiquité
Le territoire de la Somalie et les côtes somaliennes sont l'une des localisations envisagées pour le pays de Pount, un pays avec lequel l'Égypte pharaonique entretenait des relations commerciales..
D'autres éléments attestent de l'activité commerciale des ports de la côte somalienne dès l'Antiquité. Ainsi, pour , le récit grec intitulé Le Périple de la mer Érythrée (en grec polytonique : / ; en latin : ), communément daté du début du , ou du , mentionne la côte somalienne : cette région est connue par les navigateurs et commerçants Grecs, Romains et Indiens. Dans ce Périple de la mer Érythrée, une ville portuaire appelée Opone (en grec ancien Ὀπώνη) est décrite, par exemple. Une correspondance est généralement établie entre cette ville portuaire et la ville désormais intitulée Hafun.. Ce port est situé à un point stratégique pour les routes commerciales par voie marine passant par la mer Rouge, à proximité de la pointe de la Corne de l'Afrique. Depuis cette ville, des échanges commerciaux étaient menés avec le Yémen, la Phénicie, la Grèce, Rome, l'Azanie, et l'Asie.
Les sources grecques utilisent le terme de « Berbères » pour désigner la Corne de l'Afrique et ses habitants, tout comme les premiers géographes arabes désignaient les Somaliens comme des «Berbères (noirs)»..
Moyen Âge
Une économie et un mode de vie se développe à l'intérieur des terres consistant principalement en un élevage nomade combinée, plus au sud, avec une exploitation agricole des terres dans la région des rivières Jubba et Shabeelle... Par le commerce maritime via les villes côtières, les habitants de ce territoire somalien entrent en contact avec les civilisations perse et islamique. La religion islamique progresse sur ces terres du .. Un système clanique se met probablement en place à cette époque, influencé par la société tribale patrilinéaire des Arabes, remplaçant la forme sociale originale, organisée, probablement là encore, de manière matrilinéaire.. Des Cités-États se développent autour des villes portuaires les plus importantes, comme Zeilah ou Berbera, intégrées dans le système des échanges autour de l'Océan Indien.. Plus au sud, le port de Mogadiscio gagne également en influence. Le géographe arabe Yaqout al-Rumi décrit cette cité au début du comme une ville sans roi où «les affaires sont réglées par des anciens». Durant ce même , un État islamique, le sultanat d'Ifat se constitue autour de Zeilah (sur la côte) et d'Ifât (à l'intérieur des terres), jusqu'à Berbera au sud-est et englobant également . Ce sultanat entre en concurrence avec l'Empire éthiopien, une puissance chrétienne, adjacente, au nord, qui le vassalise par intermittence..
En 1415, Yeshaq , Empereur d'Éthiopie, prend des mesures contre le royaume d’Adal, dont les raids rebelles occasionnent des troubles dans les régions alentour et qui exerce un monopole sur le commerce avec les différents États de la mer rouge, du golfe d'Aden et sur les échanges à travers l'Océan indien. Le roi Sa'ad ad-Din II est emprisonné, puis exécuté. Ses fils quittent le pays pour s'exiler en Arabie. La région reste sous contrôle éthiopien pendant encore un siècle, même si ce contrôle n'est que partiel, et même si les fils Sa'ad ad-Din II, rentrés d'exil, choisissent de s'installer dans un nouveau territoire à l'Est d'Ifât, pour y constituer le Sultanat d'Adal. Ils y entretiennent une lutte contre les troupes chrétiennes.
Plus au Sud du territoire de la Somalie, au , un autre État s'est constitué, le Sultanat Ajuran, un État centralisé dans la vallée du Shebelle. Il s’agit de l’un des rares épisodes de centralisation d’un État pastoral de l’histoire de la Somalie, formant un royaume plus grand et plus puissant que les villes-États côtiers de Mogadiscio, Merca et Baraawe réunis..
La ville médiévale ruinée de est le site le plus remarquable (comparable à , et dans la région d'Awdal), et probablement de l'époque du sultanat d'Adal.
De 1450 à 1880 : avancées portugaises, ottomanes puis omanaises
L'Empire ottoman devient progressivement au la principale puissance islamique, succédant notamment au Moyen-Orient au Sultanat mamelouk d'Égypte. En 1517, , à la tête de cet empire ottoman, conquiert l’Égypte et prend ainsi pied en Afrique. Soliman le Magnifique, son fils, entreprend une série d'expéditions sur les bords de l'océan Indien et de la Mer Rouge, pour arrêter l'expansion portugaise et placer les terres musulmanes sous son protectorat : en 1538, il s'empare d'Aden, et en 1557 du port de Massaoua, fondant la province ottomane d'Abyssinie..
Vers 1527, mené par le charismatique imam Ahmed Ibn Ibrahim Al-Ghazi, l'Adal se révolte et envahit l’Éthiopie avec le soutien de l’Empire ottoman. Ahmed Ibn Ibrahim Al-Ghazi mène un djihad à la tête de musulmans somaliens et éthiopiens mais aussi de soldats venus de la péninsule Arabique et conquiert rapidement la moitié de l’Éthiopie jusqu’au Tigré. Les événements sont relatés par l’expédition portugaise de Christophe de Gama, fils de Vasco de Gama, qui se trouve alors dans la région. Les Portugais décident de soutenir l’Éthiopie chrétienne, en difficulté. Les troupes chrétiennes alliés aux Portugais parviennent à mettre fin au djihad, et à reprendre le contrôle d'une grande partie de leurs terres. Ahmed Ibn Ibrahim Al-Ghazi est battu le à la bataille de Wayna Daga, et y trouve la mort. Mais dans le territoire éthiopien dévasté par ce conflit, des Oromos s'installent, profitant de la faiblesse de l'empire éthiopien.
La veuve de Ahmed Ibn Ibrahim Al-Ghazi épouse Nur ibn Mujahid en échange de sa promesse de venger le roi défunt. Mujahid monte sur le trône et poursuit les hostilités contre ses ennemis du Nord jusqu’à sa mort en 1567. Entretemps, le Portugal tente de s'implanter en menant des opérations sur terre et sur mer, confronté directement à l'Empire ottoman ou à des sultanats qui se placent sous le protectorat de l'Empire ottoman . Le sultanat d'Adal éclate en une multitude d’États indépendants, dont beaucoup avec un chef somali à leur tête. Zeilah devient dépendant du Yémen et est incorporé à l’empire ottoman.
Au sud du territoire somalien, le sultanat Ajuran se désintègre lui-aussi à la fin du , sous les attaques portugaises, les dissensions internes et les intrusions des tribus nomades du nord. Plus d’un siècle est nécessaire à l’émergence d’un nouvel État, le sultanat Geledi, autour de la ville d’Afgooye. Entretemps, le sultanat d'Oman repousse les Portugais hors de Somalie, pour prendre le contrôle de la côte de Benadir, et impose un tribut au villes somaliennes contre sa protection.
Du au les Portugais gardent le contrôle de Baraawe et Mogadiscio. Lorsque l'empire ottoman cesse de progresser et réduit même son emprise, de nouvelles puissances régionales sont apparues, notamment les sultanats d'Oman et de Zanzibar, tenant tête à ces Portugais, puis à la Royal Navy britannique..
De 1880 à 1960 : la Somalie colonisée
Tensions durables (1870-1940) À partir de 1875, la Grande-Bretagne, la France et l’Italie revendiquent le territoire de la Somalie. La Grande-Bretagne s'est emparé déjà de la cité portuaire d’Aden au Yémen, et désire mettre la main sur Berbera, située juste en face. La mer Rouge est alors une voie cruciale vers les colonies britanniques en Inde.
La France s’intéresse aux gisements de charbon de l’intérieur des terres, et veut casser les ambitions britanniques de construire un chemin de fer longeant la côte est de l’Afrique du nord au sud. L’Italie, tout juste unifiée et sans expérience coloniale, cherche surtout à obtenir des territoires en Afrique sans devoir affronter de puissance européenne. Elle s’approprie le sud de la Somalie, ce qui va devenir la plus grande revendication européenne dans le pays, mais aussi la moins intéressante sur le plan stratégique.
En 1884, l’Égypte devenue indépendante de l’empire Ottoman souhaite restaurer son ancienne puissance et s’intéresse à l’Afrique de l’est. Le Soudan lui résiste cependant, et la révolution mahdiste de 1885 expulse les forces égyptiennes hors du Soudan, mettant un terme aux velléités de créer un nouvel empire égyptien. Les troupes qui sont parvenues en Somalie sont secourues par la Grande-Bretagne et escortées pour leur retour de leur côté des lignes.
Par la suite, la plus grande menace sur les ambitions européennes en Somalie vient de l’Éthiopie, en la personne de l’empereur Menelik II, qui a réussi à éviter à son pays l’occupation, et qui projette d’envahir à nouveau la Somalie. En 1900, il annexe l’Ogaden, région désertique de l’ouest qui fait encore l’objet périodiquement de conflits territoriaux entre les deux États.
La résistance somalienne à la colonisation commence sérieusement en 1899 derrière Diiriye Guure et Mohammed Abdullah Hassan, issu de la tribu Darod et du par sa mère. Leurs cibles principales sont leurs ennemis héréditaires d’Éthiopie et l’administration britannique, qui contrôle les ports les plus lucratifs et prélèvent des taxes auprès des paysans qui envoient leur bétail à leurs clients au Moyen-Orient et en Inde. Brillant orateur soutenu par les derviches fondamentalistes issus de sa lignée maternelle, Hassan mène une guérilla sanglante pendant deux décennies, jusqu’à ce que la Royal Air Force britannique bombarde la région en 1920. Hassan prend la fuite et meurt d’une pneumonie peu de temps après, devenant une figure héroïque du nationalisme somalien. Ce conflit est l’une des plus longues et des plus sanglantes guerres de résistance en Afrique subsaharienne, qui coûte la vie à près d’un tiers de la population du nord de la Somalie..
Les Dhulbahante sont alors les seuls à avoir refusé de signer le traité de protectorat et de se soumettre à la Grande-Bretagne : ils se voient comme les garants de la grande Somalie. Toutefois, même si les Isaaq, les Issas, les Warsangali et les Gadabuursi aient signé sans opposé de résistance, la Grande-Bretagne ne leur fait pas confiance, et invoque immédiatement l’article 7 du traité, qui lui permet d’instaurer une politique de ségrégation. Elle fait également usage de la sous-section 3k qui l’autorisa à retirer un certain nombre d’enfants de leurs mères pour leur inculquer une éducation spécifique – avant tout pour inspirer une certaine crainte parmi la population. Certains chefs tribaux en viennent à regretter de ne pas avoir soutenu la guérilla des Dhulbahante.