Cette liste de musées d'histoire naturelle mentionne d'abord les musées d'histoire naturelle de rang national, comme le Musée national d'histoire naturelle des États-Unis ou le Muséum des sciences naturelles de Belgique. Viennent ensuite, sur une deuxième liste non exhaustive, tous les autres musées d'histoire naturelle, comme le Musée américain d'histoire naturelle (aussi aux États-Unis, mais pas le musée national) ou le Musée d'histoire naturelle de Tournai (aussi en Belgique, mais pas le musée national).
Certains des musées de ces deux listes portent le nom de « ». Cette appellation est propre à certains pays francophones et fut utilisée pour la première fois en 1793 par le premier d'entre eux, le Muséum national d'histoire naturelle, situé à Paris, en FranceEn français, le terme « » (avec l'accent) apparaît pendant la Révolution française, en référence au Mouseîon d'Alexandrie, lorsque sont institués en 1791 le « Muséum central des Arts de la République » (décret de l'Assemblée nationale du 26 mai 1791 : Jean-Marc Léri, Le Louvre du palais royal au musée national, , dans « Patrimoine parisien 1789-1799. Destructions, créations, mutations », Délégation à l'Action Artistique de la Ville de Paris, Bibliothèque historique de la Ville de Paris, 1989, ) et en 1793 le « Muséum national d'histoire naturelle » (décret de la Convention du 10 juin 1793 : Histoire du muséum). Par la suite, « Muséum » (à la place de « Musée ») n'est conservé que pour le second établissement, à partir duquel il diffuse sous la dénomination de Muséum d'histoire naturelle pour finir par désigner de sciences naturelles (la plupart, mais pas tous) dont 23 en France et 2 en Suisse romande. En conséquence, l'expression « muséum d'histoire naturelle » est devenue un pléonasme puisque le terme « muséum » ne s'applique qu'à des musées d'histoire naturelle, et c'est pourquoi trois d'entre eux (Besançon, Cherbourg et Toulouse) s'intitulent plus simplement « Muséum ».. Depuis, en langue française, le terme « muséum » est devenu synonyme de « musée d'histoire naturelle »Puisque le terme « muséum » est, en langue française, un synonyme de « musée d'histoire naturelle », l'appellation « muséum d'histoire naturelle » constitue un pléonasme. L'appellation pléonastique « muséum d'histoire naturelle » relève pourtant d'un usage pleinement établi dans la langue française et ne constitue pas une faute..
Musées nationaux d'histoire naturelle Afrique NomPays, villeAnnée de fondationMusée du Transvaal, Pretoria1892Musée national d'histoire naturelle d'Angola, Luanda1938Musée des arts et des sciences d'Éthiopie, Addis-Abeba2022Musée national de Nairobi, Nairobi1930Musée d'histoire naturelle de l'île Maurice, Port-Louis1842Musée d'histoire naturelle du Mozambique, Maputo1975 (1913Le Musée d'histoire naturelle du Mozambique (en portugais, Museu de História Natural de Moçambique) a été fondé en 1913 sous le nom de Museu Provincial (« musée provincial »). C'est en 1975, à la suite de l'indépendance du pays, que ce musée a pris son nom actuel.)
Asie NomPays, villeAnnée de fondationMusée d'histoire naturelle de Pékin, Pékin1951Muséum d'histoire naturelle d'Abou Dabi, Abou Dabi2025Musée Steinhardt d'histoire naturelle, Tel Aviv2018Musée national d'histoire naturelle de l'Inde, New Delhi1972 (détruit par un incendie en 2016)Musée national de la nature et des sciences de Tokyo, Tokyo1871Musée d'histoire naturelle de Mongolie, Oulan-Bator1924Musée d'histoire naturelle d'Oman, Mascate1985Musée national d'histoire naturelle (Manille), Manille2017Musée d'histoire naturelle du Pakistan, Islamabad1976
Amériques NomPays, villeAnnée de fondationMusée argentin des sciences naturelles, Buenos Aires1826Musée national d'histoire naturelle de la Bolivie, La Paz1980Musée national de l'université fédérale de Rio de Janeiro, Rio de Janeiro1818 (incendié en 2018)Musée canadien de la nature, Ottawa1856Musée national d'histoire naturelle du Chili, Santiago1830Musée national de Colombie, Bogota1823Musée national du Costa Rica, San José1887Musée national d'histoire naturelle des États-Unis, Washington, D.C.1910Musée d'histoire naturelle du Mexique, Mexico1909Musée national du Nicaragua, Managua1897BiomuseoPanama, Panama2014Musée national d'histoire naturelle de l'Uruguay, Montevideo1837Musée des Sciences, Caracas1875
Europe NomPays, villeAnnée de fondationMusée d'histoire naturelle de Berlin, Berlin1889Musée d'histoire naturelle de Vienne, Vienne1891Muséum des sciences naturelles, Bruxelles1846Musée national d'histoire naturelle de Bulgarie, Sofia1889Musée d'histoire naturelle du Danemark, Copenhague2004Musée national des sciences naturelles d'Espagne, Madrid1815Musée estonien d'Histoire naturelle, Tallinn1842Musée d'histoire naturelle de Finlande, Helsinki1829Muséum national d'histoire naturelle, Paris1793 (1626L'institution de recherche scientifique qu'est le Muséum national d'histoire naturelle fut en réalité fondée en 1626 par le roi Louis XIII sous le nom de « Jardin royal des plantes médicinales ». C'est en 1793, pendant la Révolution française, que le Jardin royal prit le nom de Muséum national. Le Muséum national a toujours pour siège le même jardin, de nos jours connu plus simplement comme le « Jardin des plantes ».)Musée Goulandris d'histoire naturelle, Athènes1965Musée hongrois d'histoire naturelle, Budapest1802Musée d'histoire naturelle d'Irlande, Dublin1856Musée d'histoire naturelle d'Islande, Reykjavik2007Musée civique de Zoologie, Rome1792Musée national d'histoire naturelle du Luxembourg, Luxembourg1854Musée national des sciences naturelles de Malte, L-Imdina1973Musée national d'ethnographie et d'histoire naturelle, Chișinău1889Centre de biodiversité Naturalis, Leyde1998Musée national d'histoire naturelle, Leyde1820-1998Le musée national d'histoire naturelle des Pays-Bas a été fondé en 1820. En 1978 une partie de ses collections lui a été retirée pour former le . En 1990 les deux musées ont à nouveau fusionnés en un musée national, pour lequel un nouveau bâtiment a été construit en s'ajoutant aux bâtiments déjà existants. Avec l'inauguration du nouveau bâtiment en 1998 le musée a rouvert ses portes sous le nom de Naturalis (voir juste au-dessus sur la liste).Musée de l'évolution de l'Académie des sciences de Pologne, Varsovie1968Musée national d'histoire naturelle et de la science, Lisbonne2011 (1861Au Portugal, le Musée national d'histoire naturelle a d'abord été fondé en 1861 sous le nom de Museu Nacional de Lisboa (« musée national de Lisbonne »). En 2011, ce musée national a fusionné avec un jardin botanique situé à proximité et avec l'observatoire astronomique de Lisbonne pour devenir un nouvel organisme dénommé Museu Nacional de História Natural e da Ciência (« Musée national d'histoire naturelle et de la science »).)Musée national d'histoire naturelle « Grigore Antipa », Bucarest1834Musée d'histoire naturelle de Londres, Londres1881Musée Darwin, Moscou1907Musée d'Histoire naturelle de Belgrade, Belgrade1895Musée suédois d'histoire naturelle, Stockholm1819Muséum d'histoire naturelle de Genève, Genève1794Musée national de Prague (partie Přírodovědecké muzeum), Prague1818Musée d'histoire naturelle de Kyïv, Kyïv1870
Océanie NomPays, villeAnnée de fondationAustralian Museum, Sydney1857
Autres musées d'histoire naturelle
+NomPays, villeAnnée de fondationMusée d'histoire naturelle de Brunswick, Brunswick1754Musée d'histoire naturelle de Bamberg, Bamberg1791Musée Godeffroy, Hambourg1861 (fermé en 1878)Musée Hauff, Holzmaden1936Musée national d'histoire naturelle de Karlsruhe, Karlsruhe1785Musée d'histoire naturelle de Leipzig, Leipzig1906Musée d'histoire naturelle de Mayence, Mayence1910Musée d'histoire naturelle de Nuremberg, Nuremberg1884Muséum Senckenberg, Francfort-sur-le-Main1914Musée national d'histoire naturelle de Stuttgart, Stuttgart1914Musée westphalien d'Histoire naturelle, Münster1892Maison de la nature - Musée de la nature et des techniques, Salzbourg1924Muséum régional des Sciences naturelles, Mons1839Musée d'histoire naturelle de Tournai, Tournai1839Musée royal de l’Afrique centrale, Tervuren1897Aquarium-Muséum Universitaire de Liège, Liège1962Musée d'archéologie et d'ethnologie de São Paulo, São Paulo1989Musée des Géosciences, São Paulo1934Musée de Zoologie, São Paulo1969Musée des roches et des Minéraux Heinz Ebert, São Paulo1976Musée géologique Valdemar Lefèvre, São Paulo1967Musée du Pará Emílio-Goeldi, Belém1866Musée d'histoire naturelle de Shanghaï, Pékin1956Musée La Salle des sciences naturelles, San José1960Musée des sciences naturelles d'Alava, Vitoria-Gasteiz1986Musée des Sciences naturelles de BarceloneLe musée des Sciences naturelles de Barcelone est constitué de cinq organismes :
le musée Martorell (situé dans le bâtiment nommé pareil : « musée Martorell ») le laboratoire de Nature (Laboratori de Natura , dans le bâtiment nommé « Château des trois dragons ») le jardin botanique historique de Barcelone (situé sur la colline de Montjuïc) le jardin botanique de Barcelone (situé aussi sur la colline de Montjuïc)