thumb|upright|Blason de Lectoure Lectoure est aujourd'hui une petite commune du Gers. Occupée depuis l'époque préhistorique, oppidum aquitain, cité gallo-romaine, ancienne capitale des comtes d'Armagnac, elle a une histoire particulièrement riche. C'est aussi, compte tenu de sa taille, l'une des communes de France qui ont fait l'objet d'un grand nombre de publications, en particulier par la Société archéologique du Gers et ses présidents successifs, Maurice Bordes et Georges Courtès, et par des ouvrages de synthèse publiés par les historiens locaux (voir bibliographie).

Préhistoire De nombreuses découvertes archéologiques tendent à prouver que l'actuelle ville haute connut une occupation permanente depuis le Paléolithique.

Selon Fat Cheung et al. (2012), les occupations laboriennes (transition du Magdalénien à l'Azilien et du Paléolithique au Néolithique) les plus distinctes sont celles de Manirac (à au nord de Lectoure) et de Gouërris (grottes de la Save, Lespugue, Haute-Garonne), ..

Antiquité vignette|Carte de la Novempopulanie et ses peuples thumb|Un autel taurobolique (musée Eugène-Camoreyt)

Lactora fut un oppidum protohistorique aquitain, capitale des Lactorates. À la différence de leurs belliqueux voisins, leur chef Piso s'allie d'emblée aux Romains et Lactora devient l'une des douze civitas de la Novempopulanie (Aquitaine antique).

La cité gallo-romaine du abandonna les hauteurs aux seuls temples, pour s'établir dans la plaine du Gers, avec ses thermes, ses zones artisanales (potiers), et une importante nécropole. Une des raisons données au développement de la cité est sa situation stratégique au carrefour des grandes voies de l'époque, Agen-Lugdumum Convenarum (Saint-Bertrand de Comminges), et Toulouse-Bordeaux. Les voient le développement du culte de Cybèle, associé à celui de l'empereur, caractérisé par de grandes cérémonies collectives, les tauroboles. Une grande quantité d'autels tauroboliques a en effet été trouvée à proximité du chœur de la cathédrale, en 1540, utilisés en remploi dans le rempart romain. Ce groupe d’objets a constitué dès cette époque une « collection publique » (base du musée créé par Eugène Camoreyt au ). Ces autels, en marbre blanc, ont été datés des années 176, 239 et 241, sans qu'on sache précisément la raison du choix de ces dates.

Le christianisme doit s'implanter à Lactora vers le . Les premiers évangélisateurs cités dans les textes sont saint Clair (dit saint Clair d'Aquitaine), venu d'Afrique ou de Grèce selon les sources, premier évêque d'Albi. Il subit le martyre, décapité au pied des remparts, au lieu qui s'appelle encore Saint-Clair. Ses reliques sont emportées à Bordeaux pour les soustraire aux invasions. Elles reviennent solennellement à Lectoure en 1858... Son compagnon saint Babyle, ou Babel, aurait également subi le martyre.

L'autre saint important est Huginius, ou Gény, né d'une famille noble de Lectoure, poursuivi par un édit de Maximien en raison de sa trop grande influence. Des soldats, envoyés par le proconsul d'Auch (à titre exceptionnel, pourrait-on dire, le célèbre Dacien n'est pas mentionné dans ce cas), vinrent pour se saisir de lui sur la hauteur de Sainte-Croix où il faisait ses oraisons. Mais ils furent arrêtés par une crue subite du Gers, et furent convertis. À leur retour à Auch, le proconsul furieux les fit décapiter à l'endroit qui s'appela la croix des innocents (place de la Patte-d'Oie). Quand le proconsul envoya d'autres soldats, Gény venait de s'éteindre paisiblement. Son corps fut inhumé dans une chapelle, à l'origine de l'abbaye de Saint-Gény, au pied de la ville.

Par la suite, une nouvelle cité vient s'édifier au sur la première qui avait probablement été détruite au siècle précédent. On a retrouvé des trésors monétaires, sans doute cachés en hâte à cette période. On édifia au Bas-Empire le rempart dit « romain » qui ceinturait la ville haute. Peu de vestiges subsistent de ce premier rempart qui fut à maintes reprises remanié. On peut en voir des assises, faites de gros blocs de remploi, à la base du rempart nord, près de la tour du BourreauGeorges Fabre et Pierre Sillières, Inscriptions latines d’Aquitaine, Lectoure, Bordeaux, Ausonius, 2000.. La cité retrouva progressivement sa population, mieux défendue des risques d'invasion.

Plus tard, Lectoure est capitale de la Lomagne et la ville principale du comté d'Armagnac.

Moyen Âge thumb|La porte est, dite porte Matabiau, porte Boucouère, porte des Jacobins, porte Saint-Gervais, thumb|Tour du Bourreau () À l'apogée de sa puissance, le petit comté d'Armagnac s'est progressivement agrandi et comprend deux noyaux : l'un en Gascogne, au sud de la Garonne, intégrant le comté de Fezensac et le comté de l'Isle-Jourdain, la vicomté de Lomagne, les vicomtés de Brulhois, et de Fezensaguet, la baronnie de Mauléon, l'Éauzan, le Magnoac, la seigneurie de Rivière, et au sud, l'Astarac, les pays d'Aure, de Labarthe et la Barousse, qui au cœur des Pyrénées offrent un débouché sur l'Espagne. D'autre part, en Rouergue et en Auvergne, les comtes d'Armagnac possèdent le comté de Rodez, les vicomtés de Carlat et de Murat, celle de Creissels, et les baronnies de Meyrueis, Valleraugue et Roquefeuil. Possédant de nombreuses places, les comtes choisiront de s'installer à Lectoure, où l'emprise royale et épiscopale semble moindre, et qui est surtout leur meilleure place forte.

En 1392, succède à son frère Jean. Dur et sans scrupules, il épouse la cause du roi de France , qui le nomme connétable après la défaite d'Azincourt (1415). Il fait régner sur Paris une discipline de fer qui lui attire la haine des habitants, déjà favorables aux Bourguignons contre les Armagnacs. Lorsque les Bourguignons pénètrent dans Paris, en 1418, il est arrêté, puis livré à la populace qui le torture pendant trois jours avant de l'achever.

En 1425, dans son château de L'Isle-Jourdain, son fils et successeur, le comte reçoit une « plainte et supplique » des Crestias (cagots) de sa ville de Lectoure, ceux-ci se plaignent de l'hostilité et des violences de la population à leur égard. écrit au juge de Lomagne : « ... Ces Crestias sont tous les jours inquiétés et molestés par nos bailes de Lectoure, bien qu'ils n'aient commis aucun crime ou délit justifiant ces vexations, mais pour leur extorquer une certaine somme... Quant à nous, informés de ce que cesdits Crestias sont bien utiles et conviennent à notre cité de Lectoure, nous voulons et désirons que nos sujets et vassaux soient préservés et gardés de pareilles oppressions et extorsions. Pour cela nous voulons et vous mandons et commandons expressément... que, de par nous, vous interdisiez et défendiez auxdits bailes, sous grandes peines par nous appliquées, que d'ores et déjà, ils ne molestent et n'inquiètent plus lesdits Crestias, à moins qu'ils n'aient à leur encontre quelque information qui soit par vous décrétée... ». Il s'agit de la première trace, dans l'histoire des cagots, d'une résistance aux discriminations dont ils sont l'objet.

, adopte par ailleurs une conduite toute en prudence et louvoiements, mais pas exempte de maladresses. Trop souvent il adopte des partis contraires à ceux du roi de France . Alors qu'apparaît Jeanne d'Arc, soulevant l'enthousiasme de nombreux Gascons, au point qu'on la surnomme l'Armagnageoise, reste prudemment à l'écart et refuse même d'accorder des subsides de guerre à la cause royale. Devant une telle mauvaise volonté, le roi envoie le dauphin, le futur , contre , réfugié à l'Isle-Jourdain. Le comte d'Armagnac se rend, il est emprisonné à la cité de Carcassonne, puis est libéré sur l'intercession du roi de Castille, mais au prix de douloureuses concessions et pertes.

Jean V et le siège de 1473 : fin de la maison d'Armagnac

Jean IV meurt en 1450. Son fils lui succède. Contrairement à son père, il bénéficie de la faveur du roi, pour qui il a combattu en Normandie, et en Aquitaine où il a repris Bordeaux aux Anglais. lui restitue Lectoure et le Rouergue, confisqués à . Mais le comte d'Armagnac ne tarde pas à avoir des revendications excessives et à indisposer le roi. L'affaire qui fait déborder le vase est celle de l'inceste : affiche en effet une passion excessive pour sa propre sœur Isabelle. Trois enfants naissent même de cette union qu'il ne cache pas. Il demande une dispense au pape pour pouvoir épouser sa sœur : la réponse immédiate de est une double excommunication. intervient pour tenter de ramener à la raison. Celui-ci, poussant la provocation jusqu'au bout, fait célébrer un mariage en grande pompe dans la cathédrale. Le roi envahit alors les possessions du comte et assiège Lectoure. et sa sœur s'enfuient en Espagne.

À la mort de , en 1462, , qui entretient pour l'instant de meilleures relations avec le nouveau roi, , retrouve sa capitale. Il y revient avec son épouse officielle, Jeanne de Foix. Mais de nouveau, de provocations en complots, il est à plusieurs reprises de nouveau contraint de s'enfuir. Exclu de Lectoure en 1472, il la reprend en force début 1473. envoie alors une armée, commandée par le cardinal d'Albi, Jouffroy, pour assiéger Lectoure.

La place est forte, bien défendue, et le siège peut traîner en longueur ; or, la présence des troupes françaises est nécessaire en Roussillon. On promet au comte la vie sauve s'il capitule. Il accepte, les Français entrent dans la ville. s’est réfugié dans sa maison forte de Sainte-Gemme, au cœur de la ville. Un des soldats de l’armée assiégeante, par provocation, plante sa bannière sous les fenêtres du comte. Un de ses écuyers étant sorti pour protester, il tombe percé de coups. sort à son tour et est assassiné d’un coup de dague. La mort du comte donne le signal du massacre et du pillage. La ville est ravagée. La comtesse, enceinte, est emmenée au château de Buzet, proche de Lectoure : il s’agit plus probablement de Buzet-sur-Baïse (Lot-et-Garonne) que de Buzet-sur-Tarn mentionné dans les chroniques. On la force à boire un breuvage pour la faire avorter. Elle meurt deux jours après avoir accouché d'une fille mort-née.

À la suite du siège et de la prise de la ville, les dégâts sont immenses. La cathédrale est en partie détruite, de nombreuses maisons incendiées, les remparts démantelés. Des chroniques de l'époque, certainement exagérées, laissent entendre que la ville se retrouva déserte et hantée par les loups. Mais son relèvement sera rapide. lui accorde de nombreux privilègesLettres patentes de , Plessis-du-Parc-lèz-Tours, mai 1481. Lectoure est choisie comme capitale de la sénéchaussée d'Armagnac rattachée au royaume de France. À partir de 1480, on reconstruit la cathédrale, on élève le clocher, une vie intense renaît dans la cité désormais unie à la couronne.

Louis XI n'en a pas terminé avec la maison d'Armagnac : ses derniers représentants sont pourchassés. , frère de , qui revendique son héritage, est emprisonné treize ans à la Bastille. Libéré, ses facultés mentales semblent largement diminuées et il montre une telle violence qu'il faut encore l'interner, jusqu'à sa mort en 1497.

Guerres de religion

Première guerre de religion (1562) thumb|left|Blaise de Monluc L'histoire des guerres de religion à Lectoure est dominée par la figure de Blaise de Monluc, gentilhomme gascon originaire du Saint-Puy, lieutenant du roi de France et adversaire sans pitié des protestants. Dans les années 1530 et suivantes, la population de Lectoure se convertit au protestantisme, pour être entièrement huguenote au début des guerres de religion, .