thumb|Blason d'Agde L'histoire d'Agde s'étend sur une longue période d'environ vingt-six siècles, jalonnée notamment par les Phocéens, les Romains, les Wisigoths. Comme toutes les communes du Bas-Languedoc, elle a subi la Croisade des Albigeois et les guerres de religion.
Préhistoire L'homme est présent dans la région depuis le début du Paléolithique (environ un million d'années avant notre ère), toutefois les vestiges retrouvés dans la commune sont très rares. Ce territoire a été affecté au cours des temps préhistoriques par des éruptions volcaniques (entre et ) à Agde et dans les environs (Vias, Portiragnes, Saint-Thibéry), ainsi que par de fortes fluctuations de la ligne de rivage, liées aux alternances des périodes glaciaires et interglaciaires.
Plusieurs gisements plus récents attestent la présence d'habitats au Néolithique, puis à l'époque protohistorique (âge du cuivre et âge du bronze)
Antiquité Les premiers occupants historiques de la région d'Agde furent les Ligures et les Ibères, puis vers le s'établit un peuple celtique, les Volques Tectosages.
Agathé Tyché, ville grecque
Le site d'Agde fut fréquenté par des Phocéens venus de Marseille vers 525 , ce qui rend le village un peu plus jeune que Béziers (625 ) et Marseille (600 ).. À partir de 400 la ville devient colonie massaliote. L'habitat phocéen est construit dans un quadrilatère de 150 et 200 mètres de côté à l'emplacement de la vieille ville actuelle. Le territoire (chora) de la cité est rapidement cadastré par les nouveaux habitants. Le comptoir devient rapidement prospère et prend contact avec les oppidums de la région et plus largement de la Celtique méditerranéenneDominique Garcia, La Celtique méditerranéenne. Habitats et sociétés en Languedoc et en Provence. - siècles av. J.-C., éditions Errance, Paris, 2004 , afin de commercer avec eux (Ensérune, Saint-Thibéry, Castelnau…). Les Grecs se procurent des céréales, de la laine, des meules en basalte et peut-être des esclaves. Ils introduisent les techniques de la production de l'huile d'olive et la vigne. Ils tirent aussi de gros bénéfices du trafic du sel abondant le long des étangs de la région. Les relations avec Marseille sont constantes et la cité d'Agathé Tyché y envoie des émissaires (théores) lors des grandes occasions.
Au , Agathé Tyché est un entrepôt permettant un trafic important et lointain. Les autorités grecques élaborent une cadastration du territoire qui s'étend au-delà des murailles de la cité et qui ne sera revue que trois siècles plus tard. L'activité de la cité est alors en plein essor. La présence de basalte permet aux Grecs de produire des meules qui seront par la suite vendues dans une bonne partie du bassin méditerranéen.
Agathé Tyché sous la domination romaine En 118 avant l'ère chrétienne, le consul Cneus Domitius Ahenobarbus s'empare de tout le sud de la France actuelle et fonde la province de la Narbonnaise. Pour structurer cette zone et faciliter la pénétration romaine, il fait construire la fameuse via Domitia qui se superpose au tracé de la fameuse voie héracléenne utilisée depuis la haute antiquité. Cette dernière passe à une vingtaine de kilomètres au nord du comptoir grec. De plus, pour concurrencer celui-ci, les Romains fondent Forum domitii (Montbazin) sur leur voie.
Agde, ville wisigothique
Vers 475, Agde, incluse dans la Septimanie, tombe aux mains des Wisigoths, déjà maîtres d'une grande partie du sud-ouest de la Gaule et de l'Hispanie. La période wisigothique durera environ trois siècles jusqu'à l'invasion musulmane au .
Très tôt, Agde fut le siège d'un évêché qui dura pendant quatorze siècles jusqu'à sa suppression à la Révolution. La création de l'évêché remonte probablement à l'époque wisigothique sous le règne d'Alaric II.
Le premier évêque aurait été Venustus, ou saint Vénuste, qui fut martyrisé par les Alamans probablement au début du (408), cependant le premier dont l'existence est attestée pour sa participation au concile d'Agde en 506 est Sophrone (Sagnes ).
Le dernier évêque et comte d'Agde, Charles François de Saint Simon Sandricourt fut guillotiné à Paris le 26 juillet 1794.
Moyen Âge
En 506, du temps du règne du roi wisigoth Alaric (bien qu'il fût de religion arienne), se tint en l'église Saint-André le concile d’Agde sous la présidence de saint Césaire d'Arles.
Les Sarrasins, commandés par le général Zama, envahissent la Septimanie et après avoir occupé Narbonne en 720, ils prennent Agde en 725. La ville est reprise et détruite en 737 par Charles Martel.
En 859, Agde est pillée par les Vikings du chef Hasting, qui venaient de Nantes et avaient hiverné en Camargue..
Au Moyen Âge, la vicomté d'Agde appartint à la maison Trencavel, vassale du comte de Toulouse et du roi d'Aragon, qui posséda les vicomtés d'Albi, Agde, Carcassonne, Nîmes, Razès et Béziers avant d'être annexée par les rois de France à la suite de la croisade des Albigeois. La première mention de la vicomté d'Agde, alors liée à la vicomté de Béziers, apparaît dans une charte à la fin du , avec Boson, vicomte d'Agde et de Béziers, mort vers 920 (Sagnes, ). En 1150, Raimond Trencavel, vicomte de Béziers, cède la vicomté d'Agde à son frère Bernard Aton V (Sagnes ).
Bernard-Aton (1159 - † ap. 1214) fut le dernier vicomte d'Agde. Après l'échec de son alliance avec le roi d'Aragon contre le comte de Toulouse, il se donna le 17 juillet 1187 comme chanoine à l'église Saint-Étienne d'Agde, et transféra l'entière vicomté, ou comté d'Agde, à l'évêque Pierre-Raymond envers lequel il était redevable depuis 1181 de sols melgoriensLes sols melgoriens étaient la monnaie des comtes de Melguel ou Melgueil (aujourd'hui Mauguio) qui eut longtemps cours dans la province de Languedoc (Jordan ). Cette donation, confirmée en juillet de la même année par le comte de Toulouse, fit de l'évêque le comte d'Agde.
Lors de la croisade des Albigeois, Thédise Balbi, évêque d'Agde et ancien chanoine de Gênes, dut traiter avec le comte Amaury de Montfort en 1219 et renoncer au titre de comte. Le comte de Toulouse Raymond VII s'empara de la ville d'Agde le 7 avril 1214 (Jordan ), mais rétablit l'évêque dans ses droits le 23 août de la même année (Sagnes ). Dès lors les évêques exercèrent jusqu'en 1790 à la fois le pouvoir spirituel et le pouvoir temporel, mais leur pouvoir s'affaiblira au fur et à mesure que s'imposeront d'une part, les consuls d'Agde et d'autre part, les représentants du roi de France.
Le 13 juin 1279, un accord entre les communautés d'Agde et de Vias met un terme à des affrontements violents et définit la limite de leurs territoires respectifs, concrétisée par le creusement d'un fossé (valat), l'actuel ruisseau des Panthènes (Picheire ). Vers la même époque des contestations analogues opposèrent Agde à Bessan et Florensac, ainsi qu'à Marseillan, à propos du Bagnas. Ce dernier litige ne sera définitivement réglé qu'à la Révolution.
En 1286, après la bataille navale des Formigues où la flotte française fut écrasée, l'amiral Roger de Lauria, au service du roi d'Aragon Alphonse III, prit Agde d'assaut, fit incendier la ville et massacrer tous les hommes de 15 à 60 ansJoseph Picheire, Histoire d'Agde, chez Pierre Bissuel, Lyon 1961, .
Comme d'autres villes du Languedoc, Agde bénéficia très tôt d'une certaine émancipation avec le statut d'« université », équivalent de la « commune » dans les régions du nord de la France, dirigée par un collège de « consuls ». L'existence de ces derniers est attestée depuis 1206, mais est sans doute beaucoup plus ancienne. D'abord, au nombre de six, réduits à quatre à partir de 1550, ils avaient un mandat annuel et étaient choisis par l'évêque sur une liste de douze (ultérieurement huit) notables de la bourgeoisie élus par la communauté. Les consuls assuraient l'administration de la ville et défendaient les intérêts de la communauté face à l'évêque, seigneur féodal, et face à l'autorité royale, représentée par la sénéchaussée de Béziers. L'institution des consuls dura jusqu'à la Révolution.
En 1206, le pont de pierre à plusieurs arches qui traversait l'Hérault s'écroula. Ce pont, dont l'époque de construction est inconnue, fut probablement reconstruit et disparut à une date indéterminée, mais par la suite la traversée du fleuve s'effectua grâce à un pont de bateaux. Celui construit en 1678 fut emporté par une crue en 1705. Il fut reconstruit à plusieurs reprises, à nouveau emporté par des crues et périodiquement remplacé par un service de bacs, jusqu'à ce que le dernier pont de bateaux mis en service en 1808 soit remplacé par un pont suspendu en 1837.
En 1348, l'épidémie de peste noire, qui se diffuse depuis Marseille, ravage tout le Languedoc et touche Agde.
Le 23 août 1400, le port d'Agde est assailli par des marins d'Aigues-Mortes qui s'emparent de plusieurs navires et de leurs équipages. Ceux d'Aigues-Mortes prétendaient maintenir leur monopole sur le commerce maritime en Languedoc en vertu de privilèges accordés par le roi Charles . Cependant, la même année le roi confirma le droit d'Agde de commercer librement au moins pour deux ans.
La fondation de l'hôpital d'Agde est attribuée à l'évêque Jean Teste en 1430, mais des documents plus anciens attestent l'existence d'un hôpital dès le début du , vraisemblablement situé hors les murs. Cet établissement sera détruit lors des Guerres de religion et réinstallé en 1569 dans le bourg.
La cathédrale Saint-Étienne, église fortifiée construite en lave basaltique, est consacrée le par l'évêque d'Agde, Messire Étienne de Roupy de CambraiJ. Picheire, Histoire d'Agde, éditions Pierre Bissuel, Lyon, 1961..
Époque moderne
En 1524, est institué le « Conseil général » qui compta 27 membres, puis 57 à partir de 1554. Constitué de notables de la ville, désignés à vie par les Consuls, il avait notamment pour fonction d'élire chaque année lesdits Consuls.
Guerres de religion
La Réforme commença à s'implanter dans la région vers 1560. En mai 1562, les protestants menés par Jacques Beaudiné, baron de Crussol, s'emparent de la ville avec la complicité de certains Agathois qui leur ouvrent les portes. À la fin du mois d'octobre de la même année, le vicomte de Joyeuse, lieutenant général, assiège la ville pendant deux jours, mais échoue à la reprendre malgré quatre assauts et doit battre en retraite à l'approche de l'armée de Crussols (Jordan ). Pour commémorer cette victoire, les protestants firent sceller dans les remparts un écusson aux armes de la ville que l'on peut toujours y voir.
La ville ne revint aux catholiques qu'en 1563 grâce à l'édit de Pacification qui mit fin à la première guerre de religion. D'autres attaques ont lieu par la suite, notamment le 1567 où les Réformés tentèrent de prendre la ville par surprise, mais sans succès.
En 1610, à la suite de l'expulsion des Morisques d'Espagne, environ d'entre eux transitèrent par Agde avant de s'embarquer pour l'Afrique du Nord. Cet épisode provoque certains désordres dans la ville et donne lieu à des affaires de brigandage, notamment lorsqu'un armateur et consul de la ville, Anthoron Estienne, abandonne ses 40 passagers sur une plage et s'empare de leurs richesses. Ledit Anthoron est par la suite soumis au supplice de la roue à Montpellier (Picheire ).
Le cardinal de Richelieu, par ordonnance du conseil du roi datée du 10 janvier 1630, ordonna la création d'un grand port sur la côte languedocienne en s'appuyant sur le cap d'Agde. En octobre 1632, il vint reconnaître les lieux et lança la construction de la jetée qui devait rejoindre l'îlot de Brescou. Sa mort en 1642 provoqua l'abandon du projet alors qu'un tiers de la jetée avait été réalisé. En 1651, les États du Languedoc cessèrent de financer le projetJ.-J. Balthazar Jordan, Histoire de la ville d'Agde depuis sa fondation et sa statistique au 1824, ou Agde ancien et moderne, Laffite Reprints, Marseille 1975, réimpression de l'édition de 1824. Ce port de mer, initialement prévu à Sète, y sera finalement réalisé par Colbert en 1666.