La , unique club rhônalpin en Top 14, est mouvementée. Tout au long de la saison, le CSBJ se bat pour se maintenir dans le Top 14, terminant finalement à une onzième place tandis qu'il parvient à disputer une finale en Challenge européen, perdue contre les Anglais des Northampton Saints.

Sur le plan extra-sportif, la saison est agitée après le départ du président Pierre Martinet, remplacé par René Flamand. En raison d'un déficit budgétaire, le club est menacé de relégation administrative, avant que les pouvoirs publics permettent le rétablissement des comptes grâce notamment à deux subventions exceptionnelles, une de euros de la municipalité de Bourgoin-Jallieu et une autre de euros du conseil général de l'Isère.

La saison

Pré-saison

250px|alt=Carte de la France|link=

Bourgoin-Jallieu sort d'une saison 2007-2008 très décevante, celle-ci étant ponctuée par une non-qualification en Coupe d'Europe (H Cup) pour la première fois depuis cinq saisons et une au général. Le duo d'entraîneurs Éric Catinot et Xavier Péjéma ambitionne une place européennePlace européenne : accrocher une place dans les six premiers du classement pour disputer la H Cup qui est la compétition européenne la plus prestigieuse suivie du Challenge européen. pour cette nouvelle saison en renforçant l'équipe médicale et l'effectif, et en conservant des joueurs internationaux — Morgan Parra et Yann David notamment — tout en laissant partir Julien Pierre qui après six saisons berjalliennes rejoint l'ASM Clermont. Depuis de nombreuses années, les jeunes joueurs formés par le club rejoignent d'autres équipes du championnat, obligeant le club à mettre en avant chaque saison sa formation. Il compte par ailleurs sur le retour de son arrière Florian Denos après six mois d'absence et la fidélité de son buteur Benjamin Boyet. En revanche, l'avenir d'Olivier Milloud (au club depuis 1995) reste hypothétique en raison d'une rupture du tendon d'Achille en .

Les matchs amicaux de pré-saison ne permettent pas l'optimisme après une défaite contre l'US Montauban (7-24), puis un nul contre le FC Grenoble (3-3), avant de remporter son unique match contre le promu de Pro D2, l'US Bourg-en-Bresse (35-6).

Récit de la saison sportive

Début de saison raté

Le commence son championnat par un déplacement au Biarritz olympique sur la côte basque. Malgré un essai en début de match de Yann David et la botte de Benjamin Boyet qui surprennent les locaux, les Biarrots remportent le match inaugural 29-22, grâce notamment à deux essais de l'ailier Takudzwa Ngwenya et à la botte de Valentin Courrent. Bourgoin empoche néanmoins le point de bonus défensifUn point de bonus défensif est octroyé à toute équipe battue par un écart inférieur ou égal à sept points.. Lors du second match, Bourgoin accueille l'USA Perpignan. Malgré un match maîtrisé jusqu'à la où les Isérois mènent de deux points grâce à une pénalité de Morgan Parra, la fin de match est perpignanaise et ces derniers l'emportent 22 à 16. Lors du troisième match, le retrouve l'US Montauban qu'il a affronté en match amical en pré-saison. Bien que le marque l'unique essai du match par l'intermédiaire de Yann Labrit, c'est une nouvelle défaite qui attend les Berjalliens en raison de la botte montalbanaise de Fabien Fortassin qui inscrit cinq pénalités et un drop. Le club berjallien rate complètement son début de saison avec trois défaites, malgré trois points de bonus défensifs.

Déplacement au Stade des Alpes thumb|left|alt=Vue du stade des Alpes depuis la Bastille de Grenoble.|Le délocalise la rencontre contre le Stade français au stade des Alpes à Grenoble.

Lors de la , le accueille le Stade français (invaincu en championnat) en s'exilant à 60 kilomètres dans le nouveau stade grenoblois dédié habituellement au club de football du Grenoble Foot 38 : le Stade des Alpes, inauguré au printemps 2008. Ce n'est pas la première fois que le se délocalise dans son histoire puisque le club s'est déplacé auparavant au Stade Geoffroy-Guichard à Saint-Étienne (contre l'ASM Clermont), au Stade de Gerland à Lyon (contre le Stade toulousain), au Stade Lesdiguières à Grenoble (contre le Stade français) ou encore au Stade de Genève en Suisse pour une rencontre européenne contre le Munster, seul le déplacement à Lesdiguières avait été couronné par un succès berjallien. Ce déplacement permet au de pouvoir accueillir près de personnes au lieu des du Stade Pierre-Rajon. Lors de ce match, près de spectateurs sont présents au Stade des Alpes mais assistent à une victoire parisienne 32-25 où le ramène le point de bonus défensif grâce à une ultime pénalité de Laloo à la , ce match est également l'occasion de voir le premier essai de sa carrière en rugby à XV de l'ancienne star du rugby à XIII australien Mark Gasnier lors de son premier match sous ses couleurs parisiennes. Après cette cinquième défaite en six matchs, l'entraîneur Éric Catinot parle de et considère que le ne peut pas rappelant que le club berjallien est le douzième budget du Top 14.

Se profile alors la réception du dernier finaliste du championnat l'ASM Clermont au Stade Pierre-Rajon. Le club auvergnat connaît à Bourgoin-Jallieu sa première victoire à l'extérieur de la saison (30-23), enfonçant le club berjallien au classement près de la zone de relégation bien qu'il obtienne une nouvelle fois le point de bonus défensif. L'objectif d'atteindre seize points avant la trêve européenne n'est pas acquis et les ambitions européennes du club disparaissent.

Bourgoin au plus mal

Après un début de saison difficile où le club berjallien se situe à la douzième place du classement avec six défaites en sept matchs, il dispute le Challenge européen. Lors de la première journée, il se rend à Bucarest en Roumanie pour affronter le Bucarest Rugby. Les Berjalliens remportent le match avec un score de 21 à 10, ce qui leur permet de bien entamer leur campagne européenne.

Une semaine plus tard, lors de la deuxième journée du Challenge européen, le club italien de Petrarca Padoue remporte le match 29 à 28 sur le stade du CSBJ. Le président Pierre Martinet parle de concernant les joueurs, tout en maintenant sa confiance au duo d'entraîneurs. Cette défaite préoccupante marque également les joueurs, notamment Julien Frier (au club depuis 2004) qui déclare à l'issue du match et remet en question les suffisances de certains joueurs.

Le , le se déplace lors de la du Top 14 pour rencontrer le Montpellier RC. Une semaine après la désillusion en Challenge européen, le club berjallien remporte son premier succès à l'extérieur en Top 14 depuis un an (victoire le sur le terrain de l'US Dax) en s'imposant 19-12 au Stade Yves-du-Manoir grâce notamment à l'unique essai du match en contre-attaque inscrit par Rudi Coetzee et à la botte de Benjamin Boyet. Les Berjalliens préservent le score malgré l'expulsion de d'Arnauld Tchougong. Ce succès permet au de s'éloigner de la zone de relégation. Le , le sélectionneur de l'Équipe de France établit la liste des 23 joueurs sélectionnés pour les tests de novembre où un seul Berjallien est appelé : Morgan Parra.

thumb|upright|alt=Portrait en buste d'Olivier Milloud|Olivier Milloud opéré une nouvelle fois au talon d'Achille est absent pour plusieurs mois.

Début novembre, le perd un match important dans sa lutte au maintien sur le terrain de l'US Dax sur le score de 10-32 dont 22 points d'Antoine Vignau-Tuquet. Les Berjalliens retombent dans leurs travers une semaine après le succès sur Montpellier. Le , Le accueille l'Aviron bayonnais, ce dernier n'ayant été défait qu'à deux reprises depuis le début de saison. Ce match est un échec pour le qui s'incline une nouvelle fois à domicile 9-13 et se retrouve à la du classement donc dans la zone de relégation pour la première fois de la saison. De plus, des mauvaises nouvelles sont annoncés puisque Parra se blesse lors du match test de la France contre l'Argentine. Il souffre alors d'une fracture de la main qui le tient éloigné un mois des terrains. Dans le même temps, Olivier Milloud subit une nouvelle intervention chirurgicale à son talon d'Achille et une absence de plusieurs mois est prévue. Le accueille un second match d'affilée avec la réception des leaders du Stade toulousain le . Malgré un match honorable des Berjalliens, ces derniers s'inclinent une nouvelle fois 12-18 en décrochant le point de bonus défensif. Il s'agit de la cinquième défaite en six matchs à domicile.

Le se déplace fin novembre au Castres olympique en enregistrant de nombreuses absences : Parra, Yann David (entorse à une cheville) et Tim Cowley (contusions cervicales). C'est un match entre deux clubs en grande difficulté alors que tous deux ont visé la Coupe d'Europe en début de saison. Il tourne à l'avantage du 23-9 qui s'extirpe de la zone de relégation au détriment de son adversaire du jour ; le match est notamment marqué par l'expulsion du pilier castrais Carl Hoeft, auteur d'un geste dangereux, et permet au de dominer la fin de match alors que la partie est serrée.

Intermède en Challenge européen Le mois de décembre est marqué par le retour du Challenge européen avec deux matchs programmés pour le . Lors de la , le club berjallien qui peut compter sur le retour de Parra s'impose au Stade Pierre-Rajon contre Worcester 29-14 et prend une option sur la qualification pour les quarts de finale. Lors de la du Challenge européen, Worcester prend sa revanche en s'imposant à domicile 27 à 6 contre les Isérois.

La semaine suivante, le dispute un match de Top 14 en se déplaçant au CA Brive où, malgré une bonne prestation, le club berjallien s'incline 20 à 12 et laisse échapper le point de bonus défensif.

Début de la phase retour

Après le passage à l'année 2009, le enregistre le retour de Yann David après deux mois d'absence. À mi-chemin du championnat, le club berjallien compte seulement trois victoires en treize matchs et n'espère plus que se maintenir en Top 14, loin de ses ambitions de qualifications européennes. Lors du premier match de l'année et premier match de la phase retour, le accueille le Biarritz olympique mal-en-point qui sort d'une série de cinq défaites consécutives. Cette année débute par une victoire berjallienne 15-14 grâce à cinq pénalités inscrites par Benjamin Boyet, victoire qui permet au de sortir de la zone de relégation. Une semaine plus tard, le se rend sur le terrain de l'USA Perpignan. Dans un match houleux, les Berjalliens connaissent une expulsion temporaire de Rudi Coetzee pour placage cathédrale puis l'expulsion définitive de Julien Frier pour un comportement déplacé envers l'arbitre, cela constitue le tournant du match où les Catalans réussissent à empocher le bonus offensif pour une victoire 44-14.

Qualification en quart de finale du Challenge européen

Le retrouve le Challenge européen pour les deux dernières journées en phase de groupes. Il s'incline une seconde fois contre les Italiens de Petrarca Padoue 24-25. La semaine suivante, ils accueillent les Roumains de Bucarest Rugby pour une victoire 50 à 10 et huit essais inscrits. Cet ultime succès permet aux Berjalliens de se qualifier in extremis pour les quarts de finale où ils se déplaceront sur le terrain des London Irish, le est l'un des deux seuls représentants français avec le CA Brive en quarts de finale.