thumb|upright=1.5|Le pont Battant actuel avec passage d'une rame du tramway. Les ponts bisontins permettent de franchir le Doubs au niveau du méandre qui sépare le quartier historique du reste de l'agglomération. Aujourd'hui, neuf ponts et quatre passerelles relient les deux rives du Doubs à Besançon.
Ponts Pont (de) Battant
Ce pont existe depuis l'époque romaine, il permet de relier le centre historique aux trois quartiers anciens de Battant, Charmont et Arènes. Partiellement endommagé durant la Seconde Guerre mondiale, il fut remplacé en 1953 par un ouvrage à arche unique en béton précontraint. La base d'une pile du pont antique a été conservée sur le chemin de halage en rive gauche.
Le nouveau pont, devenu vétuste, a été remplacé en 2013 par un ouvrage moderne et plus large, ce qui a aussi facilité le passage du tramway bisontin contraint, malgré cela, de faire un S pour le franchir.
Comme sur le pont des Arts à Paris, les amoureux ont pris l'habitude de suspendre un cadenas aux parapets métalliques. On dénombrait 400 cadenas en , bien loin des qui s'étaient accumulés, au fil des ans.
Pont de Bregille thumb|Le pont de Bregille actuel. Jusqu’à la fin du , seul le bac de l’Archevêché permettait un passage direct entre le village de Bregille et la ville.
La construction du pont fut réalisée en 1689 par l'entreprise Coquard. Comme l’ouvrage allait se situer hors de la ceinture fortifiée de la rive droite, les autorités militaires imposèrent l'emploi exclusif du bois pour des raisons stratégiques (coupure du pont plus aisée) et organisèrent sa protection en implantant une redoute à son entrée côté Bregille. La tour bastionnée de Bregille située juste à côté de la porte de Bregille, au débouché du pont, assurant la défense arrière depuis l’autre rive. Durant 35 ans, il put être emprunté moyennant un péage de deux liards (1/2 sou).
Ce pont servit, en 1698, de support à une canalisation permettant d'amener au centre-ville les eaux du vallon de Bregille. D'abord réalisée en bournels (troncs de bois évidés et aboutés), celle-ci fut, comme les autres canalisations d'eau de la ville, remplacée par des conduites en fonte à partir de 1724.
Le pont qui comportait six arches, subit de nombreuses et importantes avaries, qui entraîneront autant d'indisponibilités temporaires le temps des réparations. Celles des années 1704, 1709, 1734, 1740, 1751, 1757, 1758, 1765, 1770, 1778, 1781 et 1789 furent les plus importantes.
Le , des piles seront détruites par le passage de milliers de troncs que la crue avait emportés au niveau des Prés-de-Vaux, et une partie du pont s'affaissa.
Mais l'avarie la plus importante fut celle intervenue dans la nuit du 26 au . Devant l'importance des dégâts, l'ingénieur des Ponts et Chaussées Bertrand proposa la construction d'un pont sur pile de pierre plus apte à résister aux crues, mais les crédits manquaient à cette époque pour son financement.
Le pont ne fut rouvert qu'en 1810. Interdit aux voitures, il devient une simple passerelle piétonne, jusqu'au , année où les crues emportèrent une arche. L'état général du pont était alors tel qu'il ne fut plus jugé réparable.
Ce n’est qu’en 1837 qu’un pont de bois sur piles de pierre dû à l’ingénieur Parandier remplaça l’ouvrage originel. En 1886, la porte et la redoute (lunette) de Bregille seront dérasées.
Dynamité deux fois durant la Seconde Guerre mondiale, il sera remplacé vers 1953 par un ouvrage entièrement en béton.
Pont (de) Canot thumb|Le pont Canot avec, en arrière-plan, la résidence universitaire Canot.
Le pont (de) Canot de 1877, dû à l’ingénieur Louis Rouzet, traverse le Doubs à proximité des anciens abattoirs achevés, quant à eux, en 1879 sur la rive droite du Doubs. Le pont, qui aboutit à Chamars, offrit un premier désenclavement des quartiers Battant-Butte avant la construction du pont de la Grette au . La ville se heurta à une opposition du génie militaire qui préférait un autre emplacement plus propice à la pose d'une voie ferrée desservant l'Arsenal. Les négociations achoppèrent également sur le partage du financement de sorte que l'armée lança la construction de son propre pont, celui de l'Arsenal, à usage strictement militaire. Le projet de pont civil fut maintenu et réalisé une centaine de mètres en aval contraignant l'armée, qui ne voulait pas assurer la garde de deux ponts, à déconstruire le sien.
Ayant à choisir entre un pont en pierre et un pont métallique coûtant 20 % moins cher, mais d'une durée de vie normalement plus réduite, la municipalité opta pour la première solution. Mal lui en prit, car le pont Canot sera totalement détruit en par le Génie militaire. Un premier pont de bois sera construit fin 1940, mais ne résistera pas aux crues hivernales. Il fallut en construire un autre. À la libération, le service du Génie des troupes américaines installa, à proximité, un pont flottant pour parer à l’urgence, le pont actuel n'étant reconstruit qu'en 1951. L'ancien pont comportait quatre arches, le nouveau n'en a que trois. Il n’est plus en maçonnerie, mais en béton armé avec un parement de pierres.
Aujourd'hui, c'est un des ponts les plus utilisés de la ville. Il est emprunté par de nombreuses lignes de bus et, depuis 2014, par le tramway bisontin.
Pont Charles-de-Gaulle thumb|170x170px|Pont Charles-de-Gaulle. Originellement pont de la Grette, le pont Charles de Gaulle traverse le Doubs et permet de relier le centre historique via la Gare d'eau à la Grette et à Planoise. C'est un pont à encorbellement en béton précontraint constitué de poutres à hauteur variable. Il fut ouvert en 1968, réhabilité en 2008 et aménagé pour le passage du tramway, en 2014.
Pont de la République thumb|Le pont de la République. En 1833, Besançon ne possédait qu'un pont sur le Doubs : le pont romain de Battant datant du car, à la suite d'une ultime avarie, celui de Bregille, construit en bois en 1689, était coupé depuis 1830, après avoir été restreint aux piétons en 1805.
La municipalité souhaite alors remplacer ce second pont par un ouvrage en dur et en construire un nouveau au niveau du quartier des Chaprais. Elle y est autorisée par une ordonnance du après des négociations avec l'autorité militaire qui concédait la réalisation sur pile de pierre du pont de Bregille, dont le tablier devait rester en bois, mais rejetait dans un premier temps la construction d'un nouvel ouvrage. thumb|Le pont Saint-Pierre, futur pont de la République. Le pont des Chaprais, ou pont Saint-Pierre, se situera dans le prolongement de la rue Neuve-Saint-Pierre percée jusqu'au fleuve côté boucle et devenant rue de la République, mais deux options s'offraient pour traverser les Chaprais : une voie nouvelle rejoignant en ligne droite à travers champs la rue de Belfort, ou les rues existantes (actuelles avenue Sadi Carnot et rue des Chaprais) le long desquelles se trouvaient les auberges. Bien que le tracé soit tortueux, c'est cette seconde option qui est adoptée moyennant quelques rectifications pour réduire la pente.
Le type de pont fait également débat et ce n'est qu'en 1833 que le choix d'un pont suspendu est validé. L'adjudication est signée le avec M. Vieillard non sans que l'armée ait exigé des modifications afin de couper l'ouvrage en cas de besoin. Après les tests de robustesse, le pont est ouvert à la circulation le avec une concession de , et assortie d'un péage de quatre liards (un sou). Sur la rive droite et l'île St Pierre deux doubles-piles ont été implantées afin de supporter les câbles métalliques auxquels le pont est suspendu. Les pierres employées sont extraites des carrières de l'Abbaye-Damparis (Jura). Deux postes de péage sont placés à son entrée côté Chaprais, et une porte, la porte Saint-Pierre, est aménagée dans le rempart côté boucle à proximité de la tour bastionnée de Saint-Pierre.
L'ouvrage sera rapidement surnommé « pont (en) fil de fer », par les Bisontins, et la rue Neuve des Chaprais, partie basse de la voie traversant le quartier, sera rebaptisée rue du Pont suspendu ou du Pont de fer.
Le pont suspendu ne faisait pas obstacle aux crues, mais son tablier, trop bas, sera gravement endommagé en 1882 par les milliers de traverses de chemin de fer, stockées à Rivotte, qui avaient été emportées par la crue du Doubs.
Devant le coût considérable des réparations et face à un ouvrage mal adapté au trafic croissant, il fut décidé de remplacer le pont suspendu par un autre en pierre.
C'est la pierre de la carrière de Damparis facile à tailler qui est de nouveau choisie de préférence aux pierres locales des Montboucons ou de la Malcombe. Les parements arrivent façonnés sur le chantier qui bénéficie de conditions favorables et d'un lit de rivière en roche compacte. Dès , les piles sont hors d'eau.
Le nouveau pont, mis en service en 1885, est plus élevé que l'ancien, ce qui nécessite un allongement des rampes, et son arche sur le canal latéral est supportée par une charpente métallique fabriquée aux forges de Fraisans pour répondre à une exigence des militaires dans l'optique d'une dépose rapide. La porte Saint-Pierre est supprimée vers cette époque.
Il reçoit les rails et caténaires du tramway en 1897. En 1904 son nom est laïcisé en pont de la République.
L'ouvrage résistera à la crue historique de qui, cette fois, charriera des pièces de bois de la papeterie de Novillars, en aval de Besançon.
Comme les autres ouvrages de Besançon, il sera dynamité (arches détruites en totalité) le à l'approche des troupes allemandes. L'occupant exigera sa reconstruction en dur. C'est la direction locale de l'entreprise Zublin-Perrière qui réalisera l'ouvrage en béton armé avec parements et parapets en pierre que nous connaissons aujourd'hui.
En 1944, le pont de la République ne sera que partiellement endommagé, les occupants n'ayant pas utilisé les chambres de mines. Seule l'arche centrale sera détruite, mais les deux autres auront subi d'importants dégâts. Zublin-Perrière sera chargée de la remise en état après la libération. Le pont est reconstruit à l'identique en faisant appel à des vérins et des treuils pour remettre en place pile décalée et voûte affaissée. La fin des travaux est célébrée le par le maire Jean Minjoz (les deux dates 1883 et 1947 figurent sur le parapet). Le tramway sera remis en service jusqu'à son arrêt en 1952, et c'est depuis 2014 que sa version moderne l'emprunte à nouveau. Le , la maire Anne Vignot réserve entièrement le pont aux mobilités alternatives à la voiture. La voie de circulation est transformée en piste cyclable afin de restituer les trottoirs aux piétons.
Pont Robert-Schwint thumb|200x200px|Pont Robert-Schwint, ex-pont Denfert-Rochereau. Le pont Robert-Schwint, ex-Denfert-Rochereau, permet de relier le centre historique au quartier des Chaprais en franchissant le Doubs.
Ne remplaçant aucun pont, la passerelle Denfert-Rochereau fut construite près de l'extrémité aval de l'île Saint-Pierre par l'autorité française et non par l'organisation Todt comme fréquemment avancé. En 1942, sur des piles érigées par l'entreprise Zublin-Perrière, sera posé un tablier métallique de provenant des Forges et Ateliers de Commentry-Oissel. La « passerelle » servit à pallier l’indisponibilité temporaire des autres ouvrages de la boucle, car malgré son nom, elle comportait dès l'origine deux voies de circulation automobile.
Implantée dans le prolongement de la rue Proudhon, elle fut dynamitée par les Allemands en . Réparée définitivement vers 1954, elle ne sera remplacée par un pont moderne en poutres métalliques, nommé pont Denfert-Rochereau, qu’en 1989, et ce, jusqu'à ce que celui-ci soit rebaptisé Robert Schwint (ancien maire de Besançon) en .
Pont de Velotte thumb|165x165px|Pont de Velotte. Le pont de Velotte comportait à l’origine (1887) un tablier métallique soutenu par trois arches de pierre. Il n’avait initialement qu’une voie de circulation. Dynamité comme tous ceux de Besançon durant la Seconde Guerre mondiale, il sera élargi lors de sa reconstruction.