A malato deshidroxenase é un encima que cataliza reversiblemente a oxidación do malato a oxalacetato no ciclo do ácido cítrico e outras rutas, e utiliza o coencima NAD+. Este encima ten dúas isoformas: Malato deshidroxenase 1, citosólica, que participa na lanzadeira do malato-aspartato. Malato deshidroxenase 2, mitocondrial, que participa no ciclo do ácido cítrico mitocondrial.
O nome malato deshidroxenase con algún cualificativo engadido ao seu nome utilízase tamén para outros encimas distintos, como son:
Malato deshidroxenase (descarboxilante) ou encima NAD-málico, que actúa sobre o L-malato. D-Malato deshidroxenase (descarboxilante), que actúa sobre o D-malato. Malato deshidroxenase (NADP+). Malato deshidroxenase (descarboxilante de oxalacetato), outro encima NAD-málico. Malato deshidroxenase (descarboxilante de oxalacetato) (NADP+) ou encima NADP-málico. Malato deshidroxenase (quinona).