Orientations of Proteins in Membranes (OPM) database (base de datos Orientacións de Proteínas en Membranas) é unha base de datos que proporciona as posicións espaciais das estruturas das proteínas de membrana na bicapa lipídica.ST NetWatch: Protein Databases review of OPM in Signal Transduction NetWatch list from Science As posicións da proteína calcúlanse usando un modelo de solvatación implícita da bicapa lipídica. Os resultados dos cálculos foron verificados comparándoos con estudos experimentais da disposición espacial das proteínas transmembrana e periféricas de membrana.
As estruturas das proteínas tómanse de Protein Data Bank. OPM tamén proporciona unha clasificación estrutural de proteínas asociadas a membranas en familias e superfamilias, e a topoloxía na membrana, a estruturas cuaternarias de proteínas no seu estado unido á membrana, e o tipo de membrana de destino para cada proteína. Poden descargarse os ficheiros coordinados cos límites de membrana calculados. O sitio permite a visualización de estruturas proteicas con límites de membrana planos por medio de Jmol, MDL Chime, WebMol e Discovery Studio.
Esta base de datos foi amplamente utilizada en estudos experimentais e teóricos de proteínas asociadas á membrana. Porén, as estruturas de moitas proteínas asociadas a membrana non están incluídas na base e datos se non se poden predicir computacionalmente. Este é o caso cando todas as partes ancoradas na membrana das proteínas (hélices alfa anfifílicas, residuos non polares expostos, ou residuos de aminoácidos lipidados) se perden nas estruturas experimentais.
Notas
Categoría:Bases de datos biolóxicas Categoría:Proteínas de membrana