A presenza da Igrexa greco-católica no Imperio Ruso ten a súa orixe logo das sucesivas particións de Polonia, cando a maioría das estruturas da metrópole greco-católica de Kíiv-Galicia e toda a Rus pasaron a estar baixo dominio ruso. Antes da primeira partición a metrópole estaba organizada en oito dioceses: Kíiv, Lutsk, Lviv, Polack, Przemyśl, Chełm, Pinsk-Turaŭ e Volodymyr-Brest. En total, os greco-católicos tiñan 9.452 templos; arredor do 60% destes edificios pasaron a estar en territorio ruso logo das particións.
Os gobernantes rusos tiveron unha actitude negativa respecto aos greco-católicos, considerándoos como ortodoxos que, baixo coacción, aceptaran a xurisdición papal, e que renunciarían á Unión de Brest á menor oportunidade. Durante o goberno de Catarina II se realizou unha actividade importante para a conversión dos greco-católicos de Belarús e Lituania á ortodoxia. Logo da pausa que supuxeron os reinados de Paulo I e Alexandre I, o tsar Nicolao I retomou a loita contra a Unión. A supresión administrativa da Igrexa greco-católica foi precedida por unha longa campaña para asemellar os seus ritos aos da Igrexa ortodoxa rusa, que foi coordinada polo bispo Yosyf Semashko. En 1839 o sínodo de Polack proclamou a abolición da Unión en Lituania e Belarús; só sobreviviu a eparquía de Chełm, posteriormente suprimida en 1875. As autoridades empregaron medidas coercitivas contra a poboación para forzar a súa conversión; en lugares como Pratulin e Drelów houbo varias vítimas mortais entre os greco-católicos. Malia o recoñecemento administrativo de todos os greco-católicos como ortodoxos, arredor de 100.000 persoas nunca obedeceron as ordes tsaristas, boicoteando as parroquias da Igrexa ortodoxa rusa. Esta política contraria á Unión por parte dos sucesivos tsares estaba relacionada coa política de rusificación das terras capturadas como resultado das particións de Polonia.
A política dos tsares Reinado de Catarina II Inmediatamente logo da anexión ao Imperio Ruso dos territorios onde os greco-católicos constituían a maioría da poboación, a tsarina Catarina II declarou a súa tolerancia cara a poboación católica de "ambos os dous ritos", e asegurou que a súa situación non variaría en comparación coa que viviran na República das Dúas Nacións. Porén, na realidade, o goberno ruso tratou aos greco-católicos como rusos ortodoxos que se viran obrigados cambiar de relixión, e que só era cuestión de tempo a súa conversión á ortodoxia. O 2 de setembro de 1780 Catarina II enviou un rescrito ao gobernador de Polotsk e Mogilev Chernyshev, no que permitía que o clero ortodoxo se apoderara das igrexas greco-católicas se a freguesía o desexaba. Chernyshev e o bispo ortodoxo de Mogilev Georgii Konisskii aplicaron unha interpretación bastante ampla do rescrito, o que levou á entrada na Igrexa ortodoxa rusa de 112.573 fieis, 35 sacerdotes, e 95 igrexas parroquiais; todas estas actuacións foron realizadas malia as protestas da xerarquía greco-católica. Ao mesmo tempo, Catarina II promoveu o nomeamento dun bispo auxiliar para a eparquía de Kíiv, Viktor Sadkovskii, quen ía repetir as accións do bispo de Mogilev nos territorios da Ucraína do Dniéper, Volinia e Podolia. Despois da segunda partición de Polonia, Sadkovskii pasou a ser o bispo ortodoxo de Minsk. Unha das súas primeiras accións foi publicar unha carta pastoral na que informaba que todos os greco-católicos que desexaran pasar á ortodoxa tan só debían informarlle, e que o metropolita Teodosii Rostotskyi unicamente tiña que tomar nota da conversión. A propia Catarina II apoiou xenerosamente as actividades do bispo Sadkovskii e dos seus sacerdotes. En outubro de 1794 o xerarca informou ao Sínodo da Igrexa ortodoxa rusa da adquisición de 721 parroquias greco-católicas, e ao ano seguinte doutras 1607 adicionais. En contraposición, as estatísticas de 1802 recollidas polo bispo greco-católico Mykhailo Levytskyi, indican que naquel momento os greco-católicos só conservaban 176 igrexas.
Catarina II tamén utilizou aos greco-católicos como moeda de cambio nas súas negociacións coa Santa Sé relacionadas coa aprobación dos cambios feitos pola tsarina na estrutura administrativa da Igrexa latina en Rusia. A conversión de arredor de 100.000 persoas entre os anos 1780 e 1783 forzou á Igrexa católica a aceptar os cambios, coa esperanza de deter o proceso de destrución da Unión.
A estrutura administrativa da Igrexa ortodoxa rusa foi desenvolvida a expensas dos greco-católicos. En 1806, das estruturas greco-católicas en territorio ruso, só quedaba a arquieparquía de Polack dirixida polo bispo Iraklij Lisoŭski, quen era de total confianza da tsarina. A eparquía ortodoxa rusa de Podolia-Bratslav foi estabelecida principalmente a costa dos centros tomados dos greco-católicos. As propiedades dos bispos greco-católicos foron tomadas polo estado, e parcialmente asignadas a remuneracións para os militares e funcionarios distinguidos na difusión da ortodoxia.
Reinado de Paulo I Logo da chegada de Paulo I ao poder, a actitude das autoridades respecto aos greco-católicos mudou. O novo tsar era reticente a eles (malia ser favorable ao catolicismo latino), pero a súa política foi de contradicir programaticamente as accións da súa nai. Paulo I aceptou a restauración das tres dioceses greco-católicas e ordenou que parasen as actividades proselitistas da xerarquía ortodoxa. Os greco-católicos pasaron a estar subordinados ao Colexio do Clero encabezado polo arcebispo de Mogilev.
Reinado de Alexandre I 200px|dereita|miniatura|Jazafat Bulhak Alexandre I mantivo unha política tolerante cara aos greco-católicos. Durante o seu reinado, se estima que 1.398.478 fieis, 91 mosteiros, e 1.388 parroquias permaneceron como católicos bizantinos. Ao mesmo tempo, durante a época de Paulo I e Alexandre I, aproximadamente 200.000 fieis pasaron á Igrexa latina, como forma de protexerse da conversión forzada á ortodoxia. Este movemento foi recibido con protestas por parte dos bispos greco-católicos.
Co propósito de deter a vaga de transicións ao rito latino, Alexandre I creou unha sección greco-católica no Colexio Eclesiástico Católico en 1804, nomeando ao bispo Jazafat Bulhak como o seu presidente. Isto foi apoiado pola xerarquía greco-católica, xa que o percibiu como unha oportunidade para evitar a latinización do rito. En 1805 o Colexio foi dividido en días seccións, e Iraklij Lisoŭski pasou a dirixir a sección greco-católica; cría na posibilidade dunha unificación completa das igrexas, polo que levou a cabo unha reforma litúrxica durante a súa administración, eliminando elementos introducidos no culto por influencia latina, e introducindo outros típicos da Igrexa ortodoxa rusa.
Reinado de Nicolao I Dende o comezo do seu reinado, Nicolao I levou a cabo varias accións decisivas para loitar contra a Igrexa greco-católica. O 11 de agosto de 1829 recibiu en audiencia ao seus representantes, e declarou que a súa intención era a de "organizar" a Igrexa greco-católica, e eliminar todas as influencias latinas nela. Porén, o goberno ruso non aboliu a Unión de forma inmediata, mais desenvolveu un plan a longo prazo baseado na asunción de que a maior similitude entre o ritual greco-católico e o ortodoxo levaría a unha unión natural entre ambas as dúas Igrexas. O principal impulsor e executor deste enfoque foi o bispo de Mscisłaŭ Yosyf Semashko. Cautivado pola ortodoxia rusa, que coñecera en San Petersburgo, se consideraba el mesmo ruso, e preparou un plan para debilitar a Unión; o bispo presentou o plan ao tsar, e obtivo a súa aprobación.
De acordo co proxecto de Semashko, en 1828 as funcións das seccións latina e grega do Colexio Eclesiástico foron totalmente separadas, creando na práctica un Colexio greco-católico dirixido por Jazafat Bulhak. Posteriormente foi reestruturada a administración da Igrexa greco-católica, dividíndoa entre unha arquidiocese belarusa (dirixida por Bulhak) e unha diocese lituana, dirixida polo propio Semashko. Logo do Alzamento de Novembro, as autoridades rusas aboliron a metade dos 95 mosteiros basilianos que seguían a existir; nesta ocasión foi cando a Igrexa ortodoxa tomou a Laura de Pochaiv. En 1835 prohibiuse aos católicos pasar do rito bizantino ao rito romano.
En 1834 as autoridades rusas comezaron unha intensa campaña de cambios litúrxicos na Igrexa greco-católica. Os libros litúrxicos en uso polos greco-católicos foron substituídos por edicións rusas, e das igrexas se eliminaron bancos e órganos, alleos á tradición ortodoxa, así como as imaxes de santos católicos non recoñecidos pola Igrexa ortodoxa rusa. A partir de 1837 todos os asuntos relativos ao funcionamento da Igrexa greco-católica pasaron a estar suxeitos do Sínodo da Igrexa ortodoxa rusa.
Logo do pasamento de Jazafat Bulhak en 1838, o episcopado greco-católico do Imperio Ruso pasou a estar composto só por partidarios da disolución da Igrexa greco-católica na Igrexa ortodoxa rusa (o propio Yosyf Semashko, Antonij Zubko e Vasiĺ Lužynski). O 12 de febreiro de 1839 foi finalmente aprobada a disolución da Igrexa greco-católica no sínodo de Polack. Despois destes acontecementos, a única institución greco-católica existente baixo goberno ruso pasou a ser a eparquía de Chełm.
Reinado de Alexandre II Os pasos para eliminar a última eparquía greco-católica do Imperio Ruso comezaron logo do Alzamento de Xaneiro e foron parte dunha campaña máis ampla de rusificación do país de Chełm. A adopción da ortodoxia por parte dos greco-católicos era ao mesmo tempo unha forma de absorbelos na cultura e nación rusas. Os principais impulsores desta solución foron o secretario de estado para Polonia, Nikolai Miliutin, e o director xeral para asuntos internos e o clero do Reino de Polonia, Vladimir Cherkasskii. A intención era seguir o mesmo procedemento utilizado antes do sínodo de Polack, sen ter en conta que na rexión de Chełm a adherencia ao catolicismo de rito bizantino era moito maior entre a poboación que nas terras de Belarús e Lituania.
250px|miniatura|Os Mártires de Pratulin, obra de Walery Eljasz-Radzikowski.
En 1864 as autoridades tsaristas disolveron os mosteiros basilianos de Lublin, Chełm, Biała Podlaska e Zamość, trasladando aos monxes a un convento en Varsovia. En 1866 foi abolido o dereito de padroado, dando á nobreza polaca control sobre o clero parroquial. O clero greco-católico comezou a recibir salarios do goberno. As autoridades rusas comezaron tamén a recrutar sacerdotes greco-católicos de Galicia dispostos a traballar na rexión de Chełm, con posturas rusófilas e involucrados en eliminar elementos latinos do rito greco-católico. Ademais, prohibiuse aos greco-católicos pasar ao rito latino. A pesar de que parte da xerarquía ortodoxa (entre eles o arcebispo Ioannikii Gorskii) se opoñía á supresión da Unión a través da represión, favoreciendo un traballo a longo prazo entre a poboación, o goberno tsarista decidiu de forma inmediata abolit a Igrexa greco-católica. De acordo cun comité segredo, o administrador da eparquía de Chełm Markell Popel ordenou que os actos de culto foran celebrados segundo o rito sinodal da Igrexa ortodoxa rusa. Isto resultou en protestas dos greco-católicos, suprimidas en Drelów e Pratulin por medios militares, que causaron varias mortes (mártires de Drelów e mártires de Pratulin). En 1875 foi proclamada a liquidación completa da Unión de Brest na rexión de Chełm, e a unión da eparquía á Igrexa ortodoxa rusa. Arredor de 29.000 persoas non aceptaron esta decisión, e un grupo maior, oficialmente ortodoxos, seguiron a se considerar greco-católicos. O bispo ortodoxo de Chełm en 1905, Evlogii Georgievskii, estimaba o seu número en 100.000 persoas. Describindo a situción relixiosa da rexión, escribiu:
150px|miniatura|Igrexa clasicista de Drohiczyn, con cúpulas de estilo ortodoxo ruso engadidas despois de 1839.