Juniorski prvaci Hrvatske u nogometu za sezonu 1999./2000. su bili nogometaši Dinama iz Zagreba.
Prva liga mjklubutpobnerporgol+gol-bod1. Dinamo (Zagreb) 22 17 2 3 61 12 532. Varteks (Varaždin) 22 16 2 4 70 29 503. Hajduk (Split) 22 14 4 4 46 21 464. Istra (Pula) 22 12 7 3 45 22 435. Rijeka (Rijeka) 22 10 4 8 43 34 346. Zagreb (Zagreb) 22 8 6 8 33 29 307. Osijek (Osijek) 22 9 2 11 36 41 298. Šibenik (Šibenik) 22 7 6 9 29 41 279. Hrvatski dragovoljac (Zagreb) 22 6 6 10 24 28 2410. Cibalia (Vinkovci) 22 4 3 15 35 65 1511. Vukovar 91 (Vukovar) 22 2 4 16 22 79 1012. Slaven Belupo (Koprivnica) 22 1 6 15 21 63 9
Izvori Kruno Sabolić: Hrvatski športski almanah 2000/2001, Zagreb, 2001.
1999-00 *j-p