Pionirski prvaci Hrvatske u nogometu za sezonu 1999./2000. su bili nogometaši Rijeke.
Prvi rang Prvo je igrano po regijama HNS-a, a potom završnica u koju su se plasirali prvaci regija jednokružnim liga-sustavom.
Završnica Igrano od 15. do 18. lipnja 2000. u Poreču
Konačni poredak: Rijeka Dinamo Zagreb Hajduk Split Varteks Varaždin Cibalia Vinkovci
Izvori Kruno Sabolić: Hrvatski športski almanah 2000/2001, Zagreb, 2001.
1999-00 *p-p