right|thumb|250px|Spomenik palim žrtvama u logoru Jasenovac Sustavno istrebljenje Židova koje je pokrenula nacistička Njemačka, nazvano holokaust, provedeno je i u tadašnjoj Nezavisnoj Državi Hrvatskoj kroz djelovanje ustaškog režima. Veći dio, oko Židova stradalih s područja NDH bio je likvidiran u Jasenovcu i drugim logorima NDH, dok ih je oko 7000 izručeno nacističkoj Njemačkoj na likvidaciju.
I prije rata ustaška je ideologija od anti-srpske postajala sve više antisemitska. Godine 1936. u pamfletu Hrvatsko pitanje Pavelić stavlja Židove na drugo mjesto najvećih neprijatelja Hrvata, odmah iza beogradskog režima, te ispred komunista i masona. Po preuzimanju vlasti ustaše započinju brzo i neusmiljeno provođenje rasističke politike protiv Židova i Roma. U samo nekoliko mjeseci prenose rasističke zakone (Nürnberški zakoni) i postupke iz nacističke Njemačke (neki od njih primijenjeni su također i na Srbe), a Židove prisiljavaju nositi žutu Davidovu zvijezdu prije nacista u Njemačkoj. Osnivaju koncentracijske logore, također po nacističkom uzoru, a u njima su kasnije zatvarani, istrebljivani zbog nehumanih uvjeta zatočenja i masovno likvidirani Židovi, Romi, Srbi i Hrvati (politički protivnici režima). Ustaše počinju slati Židove u koncentracijske logore već svibnja 1941., prvo u Danicu, nakon toga ljeti u logorski sustav Gospić-Velebit-Pag, te Koncentracijski logor Jasenovac, mjesecima prije no što su se nacisti na Wannsee konferenciji odlučili na svoje"konačno rješenje". Već u srpnju 1941. ustaše proglašavaju Varaždin prvim judenfrei-gradom, tj. gradom očišćenim od Židova. Vlasti NDH su u tome poslušno udovoljavale zahtjevima Njemačke, makar je u redovama ustaša bilo katolika židovskog porijekla – tako primjerice dr. Ivo Korsky i Vlado Singer, te je bilo među njima dosta brakova i drugih dobrih socijalnih veza sa Židovima: iz izvješća SS-Sturmbahnfuehrera Hansa Helma s početka 1943. godine saznaje se da su njemački predstavnici u NDH pratili slučajeve kada bi ustaše nekog Židova zaštitili ili općenito ne bi pokazivali dovoljno spremnosti na progon Židova.
Do jeseni 1942. većina Židova i Roma s područja NDH bila je likvidirana, smještena u Jasenovac ili odvedena u nacističke logore, gdje će umrijeti ili biti ubijeni sljedećih godina. Nekoliko stotina Židova spašeno je zaslugom Katoličke Crkve (osobito nadbiskupa Alojzija Stepinca) ili pojedinaca koji su ih skrivali. Tako je sam predstavnik Svete Stolice Giuseppe Marcone kod prvih deportacija zagrebačkih Židova u Njemačku u veljači 1942. god. organizirao spašavanje grupe židovske djece, koje je preko Mađarske i Rumunjske prebacio u Italiju, a zagrebački nadbiskup Alojzije Stepinac je spasio sve štićenike židovskog staračkog doma u Zagrebu, premjestivši ih na imanje u vlasništvu Katoličke ckrve.
Prema Esther Gitman, od 39.500 Židova na području Hrvatske i BiH, samo njih oko 9.500 je preživjelo holokaust. Pretežni dio njih se spasio domogavši se Mađarske (koju Nijemci nisu bili okupirali, nego se prema njoj odnosili kao prema savezniku) ili Italije – talijanska vojna zapovjedništva u područjima NDH bliže Jadranu su se do kapitulacije Italije u rujnu 1943. godine odupirala zahtijevima Nijemaca da surađuju u progonima Židova, a njihov odlazak u talijansku okupacijsku zonu su ponekad dopuštali dužnosnici NDH; napose je to bilo omogućeno Židovima koji su bili konvertiti na kršćanstvo i Židovima koji su bili u braku s kršćanima. Dio Židova se spasio pridruživši se partizanima, nakon skrivanja ili nakon što ih je kao ključne stručnjake ustaški režim privremeno poštedio (tako primjerice nekoliko desetaka židovskih liječnika kojima su najprije vlasti NDH povjerile program liječenja endemskog sifilisa u Bosni, da bi potom mnogi od njih završili kao partizanski liječnici). Manji broj je preživio zahvaljujući rodbinskim vezama s ustaškim dužnosnicima, a dio ih se sakrivao do kraja rata. Esther Gitman navodi da je u Hrvatskoj bio doista veliki broj Hrvata koji su spašavali Židove, te osobito ukazuje na hrabrost ljudi koji su potpisivali peticije državnim vlastima, zauzimajući se za Židove – što se ne bilježi baš nigdje drugdje u okupiranoj Europi.
Memorijalni centar Yad Vashem je na listu pravednika među narodima, na koju se uvrštava osobe koje su tijekom holokausta spašavale Židove riskirajući svoj vlastiti život, do 2020. god. uvrstio 120 osoba iz Republike Hrvatske i 49 osoba iz Bosne i Hercegovine.
Židovi na području NHD desno|mini|250px|Koncentracijski logor Stara Gradiška Slavko Goldstein navodi da je u travnju 1941. na području današnje Republike Hrvatske i Republike Bosne i Hercegovine bilo oko 39.500 članova židovskih općina, od kojih je oko 30.000 tijekom rata umrlo, ubijeno ili poginulo. Tome treba dodati i Srijem, koji je također bio u sastavu NDH. Računa se da je oko 1.000 Židova pobijeno u koncentracijskim logoru Sajmište u Zemunu, kojim su upravljali Nijemci. Neki drugi izvori spominju broj od 36.000; nesigurnost potječe prvenstveno od razlika u broju židovskih imigranata u godinama pred rat.
Prema demografskim izračunavanjima Vladimira Žerjavića broj žrtava je nešto manji: između 25.800 i 26.700. Židovska virtualna knjižnica navodi da je u Jasenovcu ubijeno između 8.000-20.000 Židova s područja današnje Hrvatske i BiH, a oko 7.000 ubijeno je u inozemstvu (Auschwitz i ini logori).
Poimenični popis žrtava logora Jasenovac, objavljen u Beogradu 1997., navodi 10.521 Židova ubijenih u tom logoru; s obzirom na masovni pokolj i malo preživjelih žrtava, svakako ima nepopisanih.
Poimenični popis žrtava koncentracijskog logora Jasenovac 1941. – 1945. iz ožujka 2013., kojega vodi Javna ustanova Spomen područje Jasenovac, identificirao je 13.116 Židova kao žrtve logora.Popis JUSP Jasenovac, Poimenični popis žrtava KCL Jasenovca 1941.-1945. Nikola Banić u prosincu 2015. godine upozorava da se stanoviti (manji?) dio imena s tog popisa može pronaći među imenima Židova koji su preživjeli holokaust, te iznosi mišljenje da se Poimenični popis nekritički oslanja na jugoslavenski popis žrtava fašizma iz 1964. godine, koji da je sastavljan nekvalitetno i uz želju da se prikaže što veći broj žrtava fašizma u Jugoslaviji. Također navodi da se neka imena s Poimeničnog popisa žrtava Jasenovca mogu naći također i na popisu žrtava logora Buchenwald u Njemačkoj.
Neobičan je podatak da je supruga poglavnika Ante Pavelića bila Židovka, kao i supruge ministara Slavka Kvaternika i M. Žanića. Niz drugih ustaških dužnosnika imalo je supruge židovskog podrijetla (koje su prešle na kršćanstvo, ali po Nürnberškim zakonima to Židove nije spašavalo od progona). Nekoliko pristaša ustaškog pokreta i ustaških dužnosnika bili su Židovi ili židovskog podrijetla: Ljubo Kremzir, Viktor Gutman, Ivo Korsky i Vlado Singer bili su i sami Židovi. (Krišto, str. 301) (Singer je u jesen 1941. bio uhićen i poslan u logor Jasenovac, gdje je najprije bio dobro tretiran, da bi potom ipak bio ubijen.) Nadbiskup Alojzije Stepinac ukazao je u jednom dopisu ministru unutarnjih poslova Andriji Artukoviću na to licemjerje. Jedino Židovi u mješovitim brakovima bili su, i to samo dio njih, do kraja postojanja NDH pošteđeni od progona.
Početak progona 1941. right|thumb|300px|Već 1. svibnja 1941. godine proglašeni su u NDH Rasni zakoni po uzoru na nacističku Njemačku Akcije protiv Židova započinju odmah nakon proglašenja NDH. Već 10. – 11. travnja 1941. u Zagrebu je uhićena grupa uglednih Židova radi utjerivanja kontribucije (otkupnine). Nekoliko dana kasnije isto je učinjeno u Osijeku, gdje je uništena i sinagoga. Takav postupak ponavljan je 1941. i 1942. više puta s grupama Židova.
Dana 18. travnja 1941. NDH vlasti donose Zakonsku odredbu o sačuvanju hrvatske imovine kojom su poništeni svi pravni poslovi između Židova međusobno i Židova i trećih osoba, sklopljeni unutar dva mjeseca prije proglašenja NDH, s namjerom da spriječe Židovima prodaju ili prijenos imovine na druge osobe.
Rasni zakoni Ukazom Glavnog ustaškog stana (vodećeg tijela ustaškog pokreta) od 22. travnja 1941. započela je čistka Židova, Roma i Srba iz vladinih službi, vojske, masovnih medija, gospodarstva i javnih službi. Zabranjeno je Židovima, kao i Srbima, stanovati u sjevernom djelu Zagreba. Svi Židovi osim sveučilišnih nastavnika otpušteni su iz državne službe. Između listopada 1941. i travnja 1942. srušena je sinagoga u Zagrebu, koja se nalazila na adresi Praška 7, gdje se i danas nalazi prazni prostor s parkiralištem.
Dana 30. travnja 1941. Pavelić je proglasio rasističke, antisemitske zakone, preuzete iz nacističkih Nürnberških zakona iz 1935. godine: Zakonska odredba o rasnoj pripadnosti, Zakonska odredba o državljanstvu i Zakonska odredba o zaštiti arijske krvi i časti hrvatskog naroda. Proglašeno je da jedino osobe "arijske" krvi mogu biti hrvatski državljani, s čime su Židovi stavljeni izvan zakona, zabranjeni su brakovi između Židova i osoba "arijskog" podrijetla.
Nekoliko antižidovskih zakona vlasti NDH proglašavaju 4. lipnja 1941. godine. Zakonska odredba o zaštiti narodne i arijske kulture hrvatskog naroda zabranjuje Židovima svako sudjelovanje u radu organizacija i ustanova društvenog, omladinskog, športskog i kulturnog života, a napose u književnosti, novinarstvu, likovnoj i glazbenoj umjetnosti, urbanizmu, kazalištu i filmu.
Antisemitska propaganda u NDH Usporedno s uvodjenjem rasističkih zakona ustaški tisak je započeo intenzivnu antisemitsku propagandu. Odmah 1. svibnja 1941. Hrvatski narod, glasilo ustaškog pokreta, preko cijele naslovne strane, donosi vijest: “KRV I ČAST HRVATSKOG NARODA zaštićeni posebnim odredbama”.Boško Zuckerman, "Prilog proučavanju antisemitizma i protužidovske propagande u vodećem zagrebačkom ustaškom tisku (1941-1943)" Zavod za hrvatsku povijest, Vol. 42, Zagreb, 2010 Dva dana kasnije, Novi list navodi da hrvatski narod mora “budnije no ijedna druga etnička skupina štititi narod svoju rasnu čistoću …Moramo čuvati svoju krv od židovske” Novi list piše da su Židovi sinonim “podlosti, varanja, gramzljivosti, nemorala i tuđinstva”, te su stoga “široki hrvatski narodni slojevi uvijek prezirali Židova i prema njemu osjećali prirodnu odvratnost”.Boško Zuckerman, "Prilog proučavanju antisemitizma i protužidovske propagande u vodećem zagrebačkom ustaškom tisku (1941-1943)". Zavod za hrvatsku povijest, Vol. 42, Zagreb, 2010 Nova Hrvatska dodaje da je putem svete židovske knjige Talmuda, “tog otrovnog vrela židovske zloće i podlosti...Židovu je, čak, slobodno ubiti nežidova”.
Jedna od osnovnih teza propagandnih napada na židovsku zajednicu u NDH, bilo je uvjeravanje da su Židovi uvijek bili protiv samostalne hrvatske države i protiv hrvatskog naroda. U travnju 1941. Hrvatski narod proziva Židove kao uzrok “tolikih neuspjeha i tolikih nedaća hrvatskog naroda”, zbog čega se odmah pod vodstvom Poglavnika pristupilo “iskorjenjivanju ovih zala”. A časopis Spremnost, piše da ustaški pokret određuje “židovstvo kao jednog od najvećih neprijatelja hrvatskoga naroda.”
Neki u Katoličkoj crkvi su se pridružili antisemitskoj propagandi. Tako je u sarajevskom Katoličkom tjedniku objavljen 25. svibnja 1941. godine urednički tekst u kojem se tvrdi da "pokret oslobađanje svijeta od Židova, predstavlja pokret za obnovu ljudskog dostojanstva. Sveznajući i svemogući Bog stoji iza tog pokreta”.Michael Phayer, The Catholic Church and the Holocaust, 1930-1965, Bloomington, Indiana University Press, 2000. Strana 35 Navodi se da je u srpnju 1941. franjevac Dionizije Juričev u Novom listu pisao da “nije više grijeh ubijati sedmogodišnju djecu”.Michael Phayer, The Catholic Church and the Holocaust, 1930-1965, Bloomington, Indiana University Press, 2000. Strana 34. Vrijedi spomenuti da su drugi ljudi iz katoličkih krugova nastojali spašavati Židove; tako zagrebački nadbiskup Alojzije Stepinac."'KNJIGA ESTER GITMAN: 'Alojzije Stepinac bio je sveti čovjek i pomagao je Židovima i Srbima u NDH'", HINA kod "Slobodna Dalmacija", 17. listopada 2012.
Konfiskacija imovine