Druga nogometna liga Herceg-Bosne je svoje šesto izdanje imala u sezoni 1999./00. Bila je podijeljena u dvije skupine – Sjever i Jug. Nakon ove sezone se Nogometni savez Herceg-Bosne i Nogometni savez Bosne i Hercegovine spajaju, kao i njihove lige te nastaje ligaški sustav za cijelo područje Federacije BiH.
Ljestvice
Sjever poz. klub ut. pob. neod. por. gol+ gol- bod 1. Odžak 102 26 15 5 6 56 26 50 2. Sloga Prud 26 15 2 9 69 45 47 3. Elektrobosna Jajce 26 11 10 5 48 41 43 4. Novi Travnik 26 13 4 9 43 38 43 5. Nova Bila 26 13 3 10 44 36 42 6. Usora Žabljak 26 12 5 9 57 38 41 7. Jardol PC 96 26 10 8 8 45 39 38 8. Busovača 26 9 7 10 48 37 34 9. Mladost Domaljevac 26 9 7 10 42 31 34 10. Dinamo Donja Mahala 26 9 6 11 37 51 33 11. Posavina 108 Bijela 26 9 5 12 58 54 32 12. Sloga Tolisa 26 9 3 14 46 58 30 13. Hajduk Orašje 26 6 5 15 24 61 23 14. Gromovnik Novi Šeher 26 6 2 18 37 97 20
Jug
Poveznice Prva nogometna liga Herceg-Bosne 1999./00. Nogometno prvenstvo Herceg-Bosne – 3. ligaški rang 1999./00.
Izvori Iljo Dominković: 70 godina NK "Sloga", Tolisa : (1947. – 2017.), Tolisa, 2017, (str. 245-249)
1999-00 1999-00 HB 2